Unofficial Open Targets MCP Server 🧬

非公式 Open Targets MCP サーバー 🧬

遺伝子・薬剤・疾患の関連性研究のために、Open Targets プラットフォームのデータにアクセスする非公式の Model Context Protocol サーバーです。

開発元：Augmented Nature

✅ 検証済みの機能

6 つのツールすべてが、Open Targets API のライブデータで動作します：

• 🎯 ターゲット検索 - 遺伝子シンボル、名称、説明（BRCA1、TP53 など）
• 🦠 疾患検索 - 名称、別名、説明（がん、糖尿病など）
• 🔗 ターゲットと疾患の関連性 - 20 以上のデータベースから得られるエビデンススコア
• 📊 疾患ターゲットの概要 - 優先順位付けされた治療ターゲット
• 🧬 ターゲットの詳細 - 遺伝子・タンパク質に関する包括的な情報
• 🎭 疾患の詳細 - オントロジーを含む完全な疾患プロファイル

🚀 クイックスタート

# Install and build
npm install
npm run build

# Run the server
node build/index.js

📋 MCP クライアントの設定

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "opentargets-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/opentargets-server/build/index.js"]
    }
  }
}

その他の MCP クライアント

node /path/to/opentargets-server/build/index.js

🛠️ 利用可能なツール

🎯 search_targets

遺伝子シンボル、名称、説明から治療ターゲットを検索します

{
  "name": "search_targets",
  "arguments": {
    "query": "BRCA1", // Gene symbol, name, or description
    "size": 10 // Optional: 1-500 results (default: 25)
  }
}

検索結果の例：

• BRCA1 (ENSG00000012048) - BRCA1 DNA 修復関連
• BRCA2 (ENSG00000139618) - BRCA2 DNA 修復関連
• BRIP1 (ENSG00000136492) - BRCA1 相互作用 DNA ヘリカーゼ 1

🦠 search_diseases

名称、別名、説明から疾患を検索します

{
  "name": "search_diseases",
  "arguments": {
    "query": "breast cancer", // Disease name, synonym, or description
    "size": 10 // Optional: 1-500 results (default: 25)
  }
}

🔗 get_target_disease_associations

エビデンススコアを含むターゲットと疾患の関連性を取得します

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "targetId": "ENSG00000012048", // Target Ensembl ID
    "size": 10 // Optional: 1-500 results
  }
}

または

{
  "name": "get_target_disease_associations",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // Disease EFO ID
    "size": 10 // Optional: 1-500 results
  }
}

📊 get_disease_targets_summary

疾患に関連する優先順位付けされたターゲットを取得します

{
  "name": "get_disease_targets_summary",
  "arguments": {
    "diseaseId": "EFO_0000305", // Disease EFO ID (required)
    "size": 20 // Optional: 1-500 targets (default: 50)
  }
}

🧬 get_target_details

ターゲットに関する包括的な情報を取得します

{
  "name": "get_target_details",
  "arguments": {
    "id": "ENSG00000012048" // Target Ensembl gene ID
  }
}

🎭 get_disease_details

疾患に関する包括的な情報を取得します

{
  "name": "get_disease_details",
  "arguments": {
    "id": "EFO_0000305" // Disease EFO ID
  }
}

📚 リソーステンプレート

標準化された URI を通じて Open Targets のデータにアクセスできます：

• opentargets://target/{ensemblId} - ターゲットの完全な情報
• opentargets://disease/{efoId} - 疾患の完全な情報
• opentargets://drug/{chemblId} - 薬剤情報
• opentargets://association/{targetId}/{diseaseId} - 関連性のエビデンス
• opentargets://search/{query} - 検索結果

🧪 実際の使用例

がん研究のワークフロー

# 1. Search for cancer-related targets
{"name": "search_targets", "arguments": {"query": "oncogene", "size": 10}}

# 2. Get detailed info for specific target
{"name": "get_target_details", "arguments": {"id": "ENSG00000012048"}}

# 3. Find all diseases associated with BRCA1
{"name": "get_target_disease_associations", "arguments": {"targetId": "ENSG00000012048"}}

# 4. Get top targets for breast cancer
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000305", "size": 20}}

創薬パイプライン

# 1. Search for Alzheimer's disease
{"name": "search_diseases", "arguments": {"query": "Alzheimer", "size": 5}}

# 2. Get disease details
{"name": "get_disease_details", "arguments": {"id": "EFO_0000249"}}

# 3. Find prioritized therapeutic targets
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000249", "size": 30}}

🔬 データソースと標準

Open Targets は 20 以上のデータベースを統合しています：

• ChEMBL - 薬剤・化合物データ
• Ensembl - 遺伝子・タンパク質の注釈
• EFO - 実験的因子オントロジー
• ClinVar - 臨床バリアントデータ
• GWAS Catalog - ゲノムワイド関連解析
• UniProt - タンパク質配列と機能
• Reactome - 生物学的経路
• その他多数...

標準化された識別子：

• ターゲット：Ensembl 遺伝子 ID（例：ENSG00000012048）
• 疾患：EFO ID（例：EFO_0000305）
• 薬剤：ChEMBL ID（例：CHEMBL1234）

🏗️ アーキテクチャ

• 堅牢な型安全性を備えた TypeScript 実装
• 効率的なデータ取得のための GraphQL クエリ
• MCP Protocol に準拠した JSON-RPC 通信
• 包括的な検証を備えた エラー処理
• 30 秒のタイムアウトと適切なロギングを備えた 本番環境対応

📊 API 情報

• ベース URL：https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql
• バージョン：Open Targets v25.0.1
• レート制限：研究用途では十分な制限
• 認証：不要
• 形式：GraphQL クエリ、JSON レスポンス

🤝 コントリビューション

このサーバーは Augmented Nature が開発・保守しています。機能強化を行う場合：

1. リポジトリをフォークします
2. 変更を加えます
3. プルリクエストを送信します

サポート

以下に関する問題について：

• MCP サーバー：サーバーログとエラー出力を確認してください
• Open Targets API：platform.opentargets.org をご覧ください
• GraphQL クエリ：Open Targets GraphQL ブラウザーをご利用ください

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、以下のように引用してください。

author = {Moudather Chelbi},
title = {OpenTargets MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/OpenTargets-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}