Unofficial STRING MCP Server

非公式 STRING MCP サーバー

STRING タンパク質相互作用データベースにアクセスするための、包括的な Model Context Protocol（MCP）サーバーです。このサーバーは、STRING API を通じて、タンパク質ネットワーク解析、機能エンリッチメント、比較ゲノミクスのための強力なツールを提供します。

機能

ツール（6 つの包括的なツール）

• get_protein_interactions：特定のタンパク質の直接的な相互作用パートナーを、信頼度スコアと証拠の種類とともに取得します
• get_interaction_network：複数のタンパク質のタンパク質相互作用ネットワークを構築して解析します
• get_functional_enrichment：GO 用語、KEGG パスウェイ、その他のアノテーションを使用して機能エンリッチメント解析を実行します
• get_protein_annotations：詳細なタンパク質アノテーションと機能情報を取得します
• find_homologs：比較解析のため、異なる種にまたがる相同タンパク質を検索します
• search_proteins：複数の種にわたって、名前または識別子でタンパク質を検索します

リソース（6 つのリソーステンプレート）

• string://network/{protein_ids}：指定されたタンパク質のタンパク質相互作用ネットワークデータ
• string://enrichment/{protein_ids}：タンパク質セットの機能エンリッチメント解析結果
• string://interactions/{protein_id}：特定のタンパク質の直接的な相互作用パートナー
• string://homologs/{protein_id}：異なる種にまたがる相同タンパク質
• string://annotations/{protein_id}：詳細なタンパク質アノテーションと機能情報
• string://species/{taxon_id}：種固有のデータとタンパク質数

インストール

npm install
npm run build

使用方法

Claude Desktop での使用

claude_desktop_config.json に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "string-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/string-server/build/index.js"]
    }
  }
}

クエリの例

1. タンパク質の相互作用を検索する：

   Get interaction partners for insulin (INS) using get_protein_interactions
   

2. タンパク質ネットワークを構築する：

   Build an interaction network for insulin signaling proteins: INS, INSR, IRS1, AKT1 using get_interaction_network
   

3. 機能エンリッチメント解析：

   Perform functional enrichment analysis on these diabetes-related proteins: INS, INSR, IRS1, GLUT4, AKT1
   

4. タンパク質の相同体を検索する：

   Find homologs of human insulin (INS) in mouse and rat using find_homologs
   

5. タンパク質を検索する：

   Search for insulin-related proteins using search_proteins with query "insulin"
   

6. タンパク質アノテーションを取得する：

   Get detailed annotations for insulin receptor pathway proteins using get_protein_annotations
   

7. リソースに直接アクセスする：

   Show me the resource string://network/INS,INSR,IRS1
   

API 統合

このサーバーは STRING Database API（https://string-db.org/）と統合されています。

• STRING REST API：タンパク質相互作用データ、アノテーション、相同性情報を取得します
• 複数の種をサポート：5000 を超える生物種に対応しています
• 証拠の種類：近傍、融合、共起、共発現、実験、データベース、テキストマイニング
• 信頼度スコア：0～1000 の相互作用信頼度スコア

主な機能

タンパク質相互作用解析

• 直接的な相互作用：直近の相互作用パートナーを検索します
• ネットワーク構築：包括的な相互作用ネットワークを構築します
• 証拠の分類：7 種類の相互作用証拠
• 信頼度スコア：相互作用の定量的な信頼度

機能解析

• GO エンリッチメント：Gene Ontology 用語のエンリッチメント
• KEGG パスウェイ：代謝経路およびシグナル伝達経路の解析
• カスタム背景：カスタムのタンパク質セットを背景として使用します
• 統計的有意性：P 値と FDR 補正

比較ゲノミクス

• 種間解析：生物種にまたがる相同体を検索します
• 進化的関係：タンパク質の進化を解析します
• 種のフィルタリング：特定の分類群に絞り込みます
• オルソログの識別：オルソログとパラログを区別します

ネットワーク特性

• トポロジー解析：ネットワーク密度、クラスター形成、連結性
• ハブの識別：多数の接続を持つタンパク質を検索します
• モジュール検出：タンパク質複合体とモジュールを特定します
• 経路解析：タンパク質間の最短経路を検索します

補完的なサーバー

この STRING サーバーは、以下のサーバーと優れた連携が可能です。

• UniProt MCP サーバー：タンパク質配列と詳細な機能アノテーション用
• PDB MCP サーバー：タンパク質構造と構造解析用
• AlphaFold MCP サーバー：予測タンパク質構造用

これらを組み合わせることで、包括的なタンパク質解析を実現できます：配列 → 構造 → 相互作用 → 機能

データ品質と検証

• キュレーション済みデータ：STRING は、キュレーション済みデータベースと計算による予測を組み合わせています
• エビデンスの統合：複数の種類のエビデンスを、確率論的なフレームワークを用いて組み合わせています
• 定期的な更新：データベースは新しい実験データを取り込み、定期的に更新されます
• 品質スコア：各相互作用には信頼度スコアが付与されています

エラー処理

サーバーには、以下に対応する堅牢なエラー処理が備わっています。

• 無効なタンパク質識別子
• ネットワーク接続の問題
• API のレート制限
• 種の検証
• パラメーターの検証
• 不正な形式のリクエスト

開発

# Install dependencies
npm install

# Build the server
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

クレジット

このプロジェクトは Augmented Nature が開発しています。 🌐 ウェブサイト：augmentednature.ai

STRING Database について：STRING は、既知および予測されたタンパク質間相互作用のデータベースです。相互作用には、直接的（物理的）な関連と間接的（機能的）な関連が含まれます。これらは、計算による予測、生物間の知識の転用、他の（一次）データベースから集約された相互作用に基づいています。

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、以下のように引用してください。

author = {Moudather Chelbi},
title = {STRING DB MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/STRING-db-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}