ClinicalTrials MCP Server

ClinicalTrials MCP Server

🔍 シンプルな MCP インターフェースを通じて、AI アシスタントが ClinicalTrials.gov のデータを検索、利用できるようにします。

ClinicalTrials MCP Server は、Model Context Protocol（MCP）を通じて、AI アシスタントと ClinicalTrials.gov の臨床試験リポジトリをつなぎます。AI モデルが臨床試験を検索し、その内容にプログラムからアクセスできるようにします。

🤝 コントリビュート • 📝 バグを報告

✨ 主な機能

• 🔎 臨床試験の検索：カスタム検索文字列または詳細な検索パラメーターを使って臨床試験を検索します ✅
• 🚀 効率的な取得：試験のメタデータに素早くアクセスできます ✅
• 📊 メタデータへのアクセス：NCT ID を使って、特定の試験の詳細なメタデータを取得します ✅
• 📊 研究支援：医療科学分野の研究や分析を支援します ✅
• 📋 CSV 管理：試験データを含む CSV ファイルを保存、読み込み、一覧表示します ✅
• 🗃️ ローカルストレージ：試験をローカルに保存し、すばやくアクセスできるようにします ✅
• 📊 統計：臨床試験に関する統計を取得します ✅

🚀 クイックスタート

Smithery 経由でインストール

Smithery 経由で Claude Desktop に ClinicalTrials Server を自動的にインストールするには：

Claude

npx -y @smithery/cli@latest install ClinicalTrials-mcp-server --client claude --config "{}"

Cursor

以下を Settings → Cursor Settings → MCP → Add new server に貼り付けます：

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run ClinicalTrials-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install ClinicalTrials-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install ClinicalTrials-mcp-server --client cline --config "{}"

手動でインストール

uv を使ってインストールします：

uv tool install ClinicalTrials-mcp-server

開発用：

# Clone and set up development environment
git clone https://github.com/JackKuo666/ClinicalTrials-MCP-Server.git
cd ClinicalTrials-MCP-Server

# Create and activate virtual environment
uv venv
source .venv/bin/activate
uv pip install -r requirements.txt

📊 使い方

MCP サーバーを起動します：

python clinical_trials_server.py

サーバーが起動したら、AI アシスタントまたはアプリケーションで提供されている MCP ツールを使用できます。ツールの使用例を以下に示します：

例 1：検索式を使って臨床試験を検索し、CSV に保存する

result = await mcp.use_tool("search_clinical_trials_and_save_studies_to_csv", {
    "search_expr": "COVID-19 vaccine efficacy",
    "max_studies": 5
})
print(result)

例 2：キーワードで試験を取得する

result = await mcp.use_tool("get_studies_by_keyword", {
    "keyword": "diabetes",
    "max_studies": 10
})
print(result)

例 3：特定の試験の詳細情報をすべて取得する

result = await mcp.use_tool("get_full_study_details", {
    "nct_id": "NCT04280705"
})
print(result)

例 4：カスタムフィールドを指定して試験を検索、保存する

result = await mcp.use_tool("search_clinical_trials_and_save_studies_to_csv", {
    "search_expr": "alzheimer",
    "max_studies": 20,
    "filename": "alzheimer_studies.csv",
    "fields": ["NCT Number", "Study Title", "Brief Summary", "Conditions"]
})
print(result)

これらの例では、ClinicalTrials MCP Server が提供する主なツールの使用方法を説明しています。用途に応じてパラメーターを調整してください。

🛠 MCP ツール

ClinicalTrials MCP Server は、以下のツールを提供します：

search_clinical_trials_and_save_studies_to_csv

検索式を使って臨床試験を検索し、結果を CSV ファイルに保存します。

パラメーター：

• search_expr (str)：検索式（例："Coronavirus+COVID"）
• max_studies (int, optional)：返す試験の最大数（デフォルト：10）
• save_csv (bool, optional)：結果を CSV ファイルとして保存するかどうか（デフォルト：True）
• filename (str, optional)：保存する CSV ファイルの名前（デフォルト：corona_fields.csv）
• fields (list, optional)：含めるフィールドのリスト（デフォルト：NCT Number, Conditions, Study Title, Brief Summary）

戻り値： 検索結果の文字列表現

get_full_study_details

特定の臨床試験に関する詳細情報を取得します。

パラメーター：

• nct_id (str)：臨床試験の NCT ID

戻り値： 試験詳細の文字列表現

get_studies_by_keyword

特定のキーワードに関連する試験を取得します。

パラメーター：

• keyword (str)：検索するキーワード
• max_studies (int, optional)：返す試験の最大数（デフォルト：20）
• save_csv (bool, optional)：結果を CSV ファイルとして保存するかどうか（デフォルト：True）
• filename (str, optional)：保存する CSV ファイルの名前（デフォルト：keyword_results_{keyword}.csv）

戻り値： 試験の文字列表現

get_study_statistics

臨床試験に関する統計を取得します。

パラメーター：

• condition (str, optional)：絞り込みに使う任意の条件

戻り値： 統計情報の文字列表現

get_full_studies_and_save

研究の全データを取得し、CSV に保存します。

パラメーター：

• search_expr (str)：検索式（例：「Coronavirus+COVID」）
• max_studies (int, optional)：返す研究の最大数（デフォルト：20）
• filename (str, optional)：保存する CSV ファイル名（デフォルト：full_studies.csv）

戻り値： 結果が保存されたことを示すメッセージ

load_csv_data

CSV ファイルからデータを読み込み、表示します。

パラメーター：

• filename (str)：読み込む CSV ファイル名

戻り値： CSV データの文字列表現

list_saved_csv_files

現在のディレクトリにある、利用可能な CSV ファイルをすべて一覧表示します。

戻り値： 利用可能な CSV ファイルの文字列表現

🔍 MCP リソース

ClinicalTrials MCP Server は、以下のリソースも提供します。

clinicaltrials://corona_fields

コロナのフィールドデータをリソースとして取得します。

clinicaltrials://full_studies

研究の全データをリソースとして取得します。

clinicaltrials://csv/{filename}

指定した CSV ファイルのデータを取得します。

パラメーター：

• filename (str)：CSV ファイル名

clinicaltrials://available_files

利用可能な CSV ファイルをすべて一覧表示します。

clinicaltrials://study/{nct_id}

NCT ID で指定した研究を取得します。

パラメーター：

• nct_id (str)：臨床試験の NCT ID

clinicaltrials://condition/{condition}

指定した疾患に関連する研究を取得します。

パラメーター：

• condition (str)：検索する疾患

Claude Desktop での使用方法

次の設定を claude_desktop_config.json に追加してください。

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "ClinicalTrials": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "ClinicalTrials-mcp-server"]
      }
  }
}

（Windows 版）：

{
  "mcpServers": {
    "ClinicalTrials": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "ClinicalTrials-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

Cline での使用方法

{
  "mcpServers": {
    "ClinicalTrials": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/ClinicalTrials-MCP-Server/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/ClinicalTrials-MCP-Server/clinical_trials_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Claude Desktop を再起動すると、次の機能を利用できるようになります。

臨床試験の検索

次のようなクエリを使用して、Claude に臨床試験の検索を依頼できます。

Can you search for recent clinical trials about diabetes?

検索結果には、一致する試験の基本情報が含まれます。

• 試験のタイトル

• NCT 番号

• 疾患

• 概要

試験の詳細情報の取得

NCT ID がわかったら、詳細情報を尋ねることができます。

Can you show me the details for trial NCT04280705?

次の情報が返されます。

• 試験の正式なタイトル

• 疾患

• 概要

• その他の利用可能な詳細情報

📁 プロジェクト構成

• clinical_trials_server.py：FastMCP を使用した MCP サーバーのメイン実装
• clinical_trials.py：ClinicalTrials.gov API と連携するためのヘルパー関数

🔧 依存関係

• Python 3.10+
• FastMCP
• pytrials
• pandas

次のコマンドで必要な依存関係をインストールできます。

pip install FastMCP pytrials pandas

🤝 貢献

貢献を歓迎します！お気軽にプルリクエストを送信してください。

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT License の下でライセンスされています。

⚠️ 免責事項

このツールは研究目的でのみ使用してください。ClinicalTrials.gov の利用規約を遵守し、責任を持ってこのツールを使用してください。