Geneontology Mcp Server

非公式 Gene Ontology MCP サーバー

Gene Ontology（GO）データにアクセスするための包括的な Model Context Protocol サーバーです。AI システムによるオントロジーベースの分析、遺伝子アノテーションの調査、機能エンリッチメント解析を可能にします。

機能

• 用語の検索と照会：キーワード、名前、定義から GO 用語を検索します
• オントロジーのナビゲーション：用語間の階層関係を調べます
• 遺伝子アノテーション：遺伝子やタンパク質の GO アノテーションにアクセスします
• 検証：GO 識別子を検証し、用語の存在を確認します
• 統計：オントロジーの統計情報とメタデータを包括的に取得します

インストール

npm install
npm run build

使い方

MCP サーバーとして

MCP クライアントの設定に追加します：

{
  "mcpServers": {
    "go-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/go-server/build/index.js"]
    }
  }
}

利用可能なツール

search_go_terms

キーワード、名前、定義から Gene Ontology の用語を検索します。

{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 10
}

get_go_term

指定した GO 用語の詳細情報を取得します。

{
  "id": "GO:0006915"
}

validate_go_id

GO 識別子の形式を検証し、その用語が存在するか確認します。

{
  "id": "GO:0008150"
}

get_ontology_stats

GO オントロジーの統計情報（用語数、最近の更新など）を取得します。

{
  "ontology": "all"
}

リソーステンプレート

• go://term/{id} - GO 用語の完全な情報
• go://annotations/{gene} - 遺伝子アノテーション
• go://search/{query} - 検索結果
• go://hierarchy/{id} - 用語の階層関係

使用例

アポトーシス関連の用語を検索する

# Using the search_go_terms tool
{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 5,
  "include_obsolete": false
}

GO 用語の詳細情報を取得する

# Using the get_go_term tool
{
  "id": "GO:0006915"
}

GO 識別子を検証する

# Using the validate_go_id tool
{
  "id": "GO:0008150"
}

データソース

このサーバーは以下と連携します：

• QuickGO API（https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/） - 主なデータソース
• GO Consortium（https://geneontology.org/） - 公式 Gene Ontology
• AmiGO（http://amigo.geneontology.org/） - 追加の閲覧インターフェース

エラー処理

このサーバーには、以下に対応する包括的なエラー処理が含まれています：

• 無効な GO 識別子
• 用語が見つからない場合
• API のタイムアウト
• ネットワークエラー
• 不正なリクエスト

コントリビューション

1. リポジトリをフォークします
2. 機能ブランチを作成します
3. 変更を加えます
4. 該当する場合はテストを追加します
5. プルリクエストを送信します

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、以下のように引用してください：

author = {Moudather Chelbi},
title = {GeneOntology MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/GeneOntology-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}