Surechembl Mcp Server

非公式 SureChEMBL MCP サーバー

SureChEMBL 化学特許データベースにアクセスするための、包括的な Model Context Protocol（MCP）サーバーです。このサーバーは、特許検索、化学物質の発見、構造解析、特許インテリジェンス調査のためのツールを提供します。

Augmented Nature が開発

概要

SureChEMBL は、化学構造とそれに関連する特許文書にアクセスできる大規模な化学特許データベースです。この MCP サーバーにより SureChEMBL の API とシームレスに連携でき、次のような強力なツールを利用できます。

• 特許インテリジェンス：化学特許を検索・分析します
• 化学物質の発見：化合物とその特許対象範囲を見つけます
• 先行技術調査：既存の化学物質の開示を特定します
• 競合分析：企業による化学分野の開発動向を追跡します
• 構造活性分析：化学構造と特許請求の範囲を関連付けます

機能

🔍 文書・特許検索（4 ツール）

• search_patents - テキスト、キーワード、識別子で特許を検索します
• get_document_content - 化学物質の注釈を含む特許文書の全文を取得します
• get_patent_family - 特許ファミリーの構成特許と関連情報を取得します
• search_by_patent_number - 特定の特許番号で検索します

🧪 化学物質の検索・取得（4 ツール）

• search_chemicals_by_name - 化学物質を名称または同義語で検索します
• get_chemical_by_id - SureChEMBL ID で詳細な化学物質情報を取得します
• search_by_smiles - SMILES 構造表記で化学物質を検索します
• search_by_inchi - InChI／InChI キーで化学物質を検索します

🖼️ 構造・可視化（2 ツール）

• get_chemical_image - 化学構造の画像を生成します
• get_chemical_properties - 分子の特性と記述子を取得します

📊 データのエクスポート・分析（2 ツール）

• export_chemicals - 化学物質データを一括エクスポートします（CSV/XML）
• analyze_patent_chemistry - 特許に含まれる化学物質を分析します

🔬 高度な分析ツール（3 ツール）

• get_chemical_frequency - 特許データベース全体における化学物質の出現頻度統計を取得します
• search_similar_structures - 類似性検索を使って構造が類似する化学物質を見つけます
• get_patent_statistics - 特許に含まれる化学物質の統計概要を取得します

📚 リソーステンプレート

• surechembl://document/{doc_id} - 特許文書の内容
• surechembl://chemical/{chem_id} - 化合物データ
• surechembl://family/{patent_id} - 特許ファミリー情報
• surechembl://search/{query} - 検索結果

インストール

前提条件

• Node.js 18+
• npm または yarn

依存関係のインストール

npm install

サーバーのビルド

npm run build

開発モード

npm run watch

使用方法

サーバーの実行

npm start

Claude Desktop での使用

Claude Desktop の設定ファイルに追加します。

macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json Windows：%APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "surechembl-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/surechembl-server/build/index.js"]
    }
  }
}

MCP Inspector での使用

npm run inspector

API の使用例

化学物質を名称で検索する

// Search for aspirin-related compounds
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "search_chemicals_by_name",
  arguments: {
    name: "aspirin",
    limit: 10,
  },
});

特許文書の内容を取得する

// Get full patent document with chemical annotations
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "get_document_content",
  arguments: {
    document_id: "WO-2020096695-A1",
  },
});

化学構造画像を生成する

// Generate structure image from SMILES
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "get_chemical_image",
  arguments: {
    structure: "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
    width: 300,
    height: 200,
  },
});

特許に含まれる化学物質を分析する

// Analyze chemical annotations in a patent
await use_mcp_tool({
  server_name: "surechembl-server",
  tool_name: "analyze_patent_chemistry",
  arguments: {
    document_id: "US-2021123456-A1",
  },
});

ツールリファレンス

文書・特許検索

search_patents

テキスト、キーワード、識別子で特許を検索します。

パラメーター：

• query（string、必須）：検索クエリ
• limit（number、任意）：結果数の上限（1～1000、デフォルト：25）
• offset（number、任意）：結果のオフセット（デフォルト：0）

get_document_content

化学物質の注釈を含む特許文書の全文を取得します。

パラメーター：

• document_id（string、必須）：特許文書 ID（例：WO-2020096695-A1）

get_patent_family

特許ファミリーの構成特許と関連情報を取得します。

パラメーター：

• patent_id（string、必須）：ファミリーの構成特許を検索する特許 ID

search_by_patent_number

特定の特許番号で特許を検索します。

パラメーター：

• patent_number (string, required)：特許番号または公開番号

化学物質の検索と取得

search_chemicals_by_name

名称、別名、または一般名で化学物質を検索します。

パラメーター：

• name (string, required)：化学物質の名称または別名
• limit (number, optional)：取得する結果数（1～1000、デフォルト：25）

get_chemical_by_id

SureChEMBL 化学物質 ID を指定して、詳細な化学物質情報を取得します。

パラメーター：

• chemical_id (string, required)：SureChEMBL 化学物質 ID（数値）

search_by_smiles

SMILES 構造表記で化学物質を検索します。

パラメーター：

• smiles (string, required)：SMILES 文字列
• limit (number, optional)：取得する結果数（1～1000、デフォルト：25）

search_by_inchi

InChI または InChI キーで化学物質を検索します。

パラメーター：

• inchi (string, required)：InChI 文字列または InChI キー
• limit (number, optional)：取得する結果数（1～1000、デフォルト：25）

構造と可視化

get_chemical_image

SMILES またはその他の構造表記から化学構造画像を生成します。

パラメーター：

• structure (string, required)：SMILES 文字列または構造表記
• height (number, optional)：画像の高さ（ピクセル単位、デフォルト：200）
• width (number, optional)：画像の幅（ピクセル単位、デフォルト：200）

get_chemical_properties

化学物質の分子特性と記述子を取得します。

パラメーター：

• chemical_id (string, required)：SureChEMBL 化学物質 ID

データのエクスポートと分析

export_chemicals

化学物質データを CSV または XML 形式で一括エクスポートします。

パラメーター：

• chemical_ids (array, required)：SureChEMBL 化学物質 ID の配列（1～100）
• output_type (string, optional)：エクスポート形式 — 'csv' または 'xml'（デフォルト：csv）
• kind (string, optional)：ID の種類 — 'cid' または 'smiles'（デフォルト：cid）

analyze_patent_chemistry

特許文書に含まれる化学物質の内容と注釈を分析します。

パラメーター：

• document_id (string, required)：分析対象の特許文書 ID

高度な分析ツール

get_chemical_frequency

特許データベース全体における化学物質の頻度統計を取得します。

パラメーター：

• chemical_id (string, required)：SureChEMBL 化学物質 ID

search_similar_structures

類似性検索を使用して、構造が類似する化学物質を検索します。

パラメーター：

• reference_id (string, required)：類似性検索の基準となる化学物質 ID
• threshold (number, optional)：類似度のしきい値（0.0～1.0、デフォルト：0.7）
• limit (number, optional)：返す結果数（1～100、デフォルト：25）

get_patent_statistics

特許に含まれる化学物質の統計概要を取得します。

パラメーター：

• document_id (string, required)：統計を取得する特許文書 ID
• include_annotations (boolean, optional)：詳細な注釈統計を含めるかどうか（デフォルト：true）

リソーステンプレート

文書リソース

surechembl://document/{doc_id}

化学物質の注釈を含む特許文書の全文にアクセスします。

化学物質リソース

surechembl://chemical/{chem_id}

化合物の情報と特性にアクセスします。

特許ファミリーリソース

surechembl://family/{patent_id}

特許ファミリーの構成員とその関係にアクセスします。

検索リソース

surechembl://search/{query}

クエリに対する化学物質の検索結果にアクセスします。

エラー処理

サーバーは、以下の状況に対応する包括的なエラー処理を備えています。

• 無効な API パラメーター
• ネットワークのタイムアウトと接続の問題
• API のレート制限
• 不正な形式の化学構造
• 文書または化学物質が見つからない場合

すべてのエラーは、内容を説明するメッセージと適切なエラーコードとともに返されます。

レート制限

サーバーは SureChEMBL の API レート制限を遵守します。

• 複雑なリクエストのタイムアウトは 30 秒です
• リクエスト間隔を適切に空けます
• 一時的な障害に対する自動再試行ロジック

開発

プロジェクト構成

surechembl-server/
├── src/
│   └── index.ts          # Main server implementation
├── build/                # Compiled JavaScript
├── package.json          # Dependencies and scripts
├── tsconfig.json         # TypeScript configuration
└── README.md            # This file

利用可能なスクリプト

• npm run build - TypeScript を JavaScript にコンパイルします
• npm run watch - 開発用のウォッチモードを実行します
• npm run inspector - MCP inspector を実行します
• npm start - サーバーを起動します
• npm run dev - ウォッチモードで開発します

コントリビューション

1. リポジトリをフォークします
2. 機能ブランチを作成します
3. 変更を加えます
4. 該当する場合はテストを追加します
5. プルリクエストを送信します

ライセンス

MIT License - 詳細は LICENSE ファイルをご覧ください。

サポート

問題や質問については、以下をご利用ください。

• GitHub Issues：バグや機能リクエストを報告
• ドキュメント：SureChEMBL API ドキュメント

関連プロジェクト

• ChEMBL MCP Server - ChEMBL 生物活性データベース
• PubChem MCP Server - PubChem 化学物質データベース
• UniProt MCP Server - UniProt タンパク質データベース

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、以下の形式で引用してください。

author = {Moudather Chelbi},
title = {SureChEMBL MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/SureChEMBL-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
---

**SureChEMBL MCP Server** - Empowering chemical patent intelligence through the Model Context Protocol.