DeepDNA local

DeepDNA MCP サーバー

AI エージェントに、出典付きの薬理ゲノム学および遺伝子バリアントの検索結果を提供するリモートのModel Context Protocolサーバーです。回答ではCPICおよびDPWGのガイダンスとその出典を引用できます。このリポジトリには、ユーザー自身のコンピューター上で生のDNAファイルを読み取るローカルパッケージも含まれています。ファイルの内容がDeepDNAに送信されることはありませんが、パッケージが報告する内容はAIモデルとの会話に含まれます。

https://deepdna.ai/mcp

Streamable HTTP、ステートレス、APIキー不要、アカウント不要です。公式MCPレジストリにはai.deepdna/knowledgeとして登録されています。

教育目的の情報であり、医療上の助言ではありません。このサーバーは、遺伝子、バリアント、または薬物と遺伝子の組み合わせについて、厳選された情報源やガイドラインに記載されている内容を報告します。診断、処方、用量の推奨は行いません。

ツール

ツール	返される内容
list_genes	ナレッジベースに含まれる遺伝子の一覧。各遺伝子の概要とカテゴリを1行で示します
lookup_gene	1つの遺伝子について厳選されたすべての情報：機能、rsID付きの主要なバリアント、表現型、薬物相互作用、消費者向け遺伝子型判定アレイで分かることと分からないこと、および出典
lookup_variant	dbSNP rsIDで指定した1つのバリアント：遺伝子、スターアレルまたは一般名、GRCh37のプラス鎖上のアレル、影響、頻度に関する注記、および出典。受け付けるのはrsIDのみで、遺伝子型は受け付けません
lookup_drug_gene	遺伝子に関するガイダンス。必要に応じて1つの薬剤を指定できます：ガイドライン（該当するものがあればCPICまたはDPWG）、概要、表現型グループ、および出典
check_medications	一般名の薬剤リストを、厳選された記録がある薬剤（遺伝子と、根拠がCPICまたはDPWGのガイドライン、薬剤ラベル、一次文献のいずれかを示すbasisフィールド付き）と、対象外の薬剤に分類します。遺伝子型は不要です

5つのツールはすべて読み取り専用です。

medication_reviewとexplain_variantという2つのプロンプトは、MCPプロンプトを表示するクライアント向けに、よくある質問をまとめたものです。

現在の対象は12遺伝子（CYP2C19、CYP2C9、CYP2D6、SLCO1B1、VKORC1、UGT1A1、G6PD、MTHFR、COMT、HFE、APOE、BRCA1）です。うち11遺伝子にわたる51組の薬物と遺伝子の組み合わせが厳選されており、40組はCPICまたはDPWGのガイドラインを出典として引用し、残りは薬剤ラベルまたは一次文献を出典としています。ガイドラインがない場合、check_medicationsのbasisフィールドにその種類が示されます（guidelineはnull、または「drug label」です）。これは小規模なレビュー済みセットであり、PharmGKB／ClinPGxのミラーではありません。各記録に出典が記載されています。levelフィールド（ガイドラインのエビデンス評価）は、現在すべての組み合わせでnullです。

接続

Claude Code

claude mcp add --transport http deepdna https://deepdna.ai/mcp

Cursor（~/.cursor/mcp.json）およびmcpServersファイルを使用するその他のクライアント：

{
  "mcpServers": {
    "deepdna": { "type": "http", "url": "https://deepdna.ai/mcp" }
  }
}

VS Code（.vscode/mcp.json）：

{
  "servers": {
    "deepdna": { "type": "http", "url": "https://deepdna.ai/mcp" }
  }
}

Claude Desktopおよびclaude.ai： https://deepdna.ai/mcpをカスタムコネクターとして追加します。

Gemini CLI（ローカルパッケージではなく、リモートの読み取り専用サーバーhttps://deepdna.ai/mcpを拡張機能としてインストールします。gemini-extension.jsonはこのリポジトリにあります）：

gemini extensions install https://github.com/alfonsoguv/deepdna-mcp

クライアントなしで試す

curl -s https://deepdna.ai/mcp \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -H "Accept: application/json, text/event-stream" \
  -d '{"jsonrpc":"2.0","id":1,"method":"tools/call","params":{"name":"lookup_drug_gene","arguments":{"gene":"CYP2C19","drug":"clopidogrel"}}}'

回答には、CYP2C19の代謝型グループ別に示したクロピドグレルのCPIC推奨事項、その作成に用いた出典、および免責事項が含まれます。同じデータはプレーンなRESTでも利用でき、APIドキュメントおよびOpenAPI仕様に記載されています：

GET https://deepdna.ai/api/v1/pgx/CYP2C19/clopidogrel
GET https://deepdna.ai/api/v1/variants/rs4244285

ご自身のコンピューターで生DNAファイルを読み取る

リモートサーバーは遺伝子型を受け取りません。ツールにその入力欄がないためです。生DNAファイルを読み取るためのローカルパッケージが、このリポジトリにあります。ユーザーのコンピューター上でファイルを読み取り、DeepDNAが管理する各位置の結果を、引用元の記録とともに報告します。ファイルの内容がdeepdna.aiに送信されることはありません。このパッケージは、すべてのユーザーに同じ公開記録をダウンロードします。また、lookup_drug_geneが送信するのは遺伝子名と薬剤名だけです。read_dna_fileが返す内容（管理対象の位置における文字とその数）は、クライアントが使用するAIモデルとの会話の一部となり、そのプロバイダーの利用規約が適用されます。

Claude Code（uvが必要です。パッケージはPyPIにあります）：

claude mcp add deepdna-local -- uvx [email protected]

plugin/フォルダーには同じコマンドがClaudeプラグインとしてパッケージ化されており、Claude Codeと、ユーザーのコンピューター上でのCoworkセッションで利用できます。

mcpServersファイルを使用するクライアント（クライアントがuvxを見つけられない場合は、which uvxで確認できるフルパスをcommandに指定してください）：

{
  "mcpServers": {
    "deepdna-local": { "command": "uvx", "args": ["[email protected]"] }
  }
}

ツール	返される内容
read_dna_file	23andMe、AncestryDNA、MyHeritage/FamilyTreeDNAのエクスポートファイル（.txt、.csv、.zip）における、管理対象の各位置の結果
lookup_drug_gene	公開APIから取得した、遺伝子に関する情報。オプションで薬剤を1つ指定できます。送信されるのは遺伝子名と薬剤名だけです

• 各位置の状態は、read、no_call、not_in_file、unexpected_letters（記録にもその相補鎖にも一致しない文字）のいずれかです。位置が欠落している場合や読み取れない場合、その状態は不明であり、正常を意味するものではありません。
• 記録でcountable（位相情報や、読み取りに必要なその他の変異が不要）とされている位置については、ファイルに示された変異アレルのコピー数を、記録の本文と出典とともに表示します。
• genesを指定すると、回答はユーザーが尋ねた内容に限定されます。APOE、BRCA1、HFEは疾患リスク遺伝子です。genesに名前を指定した場合にのみ読み取られるため、ユーザー自身が何を知るかを選べます。
• sexが必要なのは、G6PDなど、一部の染色体X上の位置に限られます。
• まずファイルの鎖を確認します。A/TまたはC/G以外の位置が少なくとも3つ一致し、不一致がない必要があります。どちらの鎖でも同じ2文字に見えるA/TおよびC/Gの位置は、鎖が確定した場合にのみカウントされます。

1つの位置におけるコピー数は、代謝型、ディプロタイプ、診断、投薬量を示すものではありません。ツールはモデルに対して、薬剤の開始、中止、変更を提案しないよう指示します。それらは処方医が判断します。VCFファイルには対応していません。

次のように試してみてください：「23andMeのファイルは/Users/me/Downloads/genome.txtにあります。DeepDNAが管理しているCYP2C19の各位置では何が示されていますか。また、出典にはクロピドグレルについて何と書かれていますか？」（Windowsでは、C:\Users\me\Downloads\genome.txtのようなパスを指定します）。

対象外のこと

• リモートサーバーはDNAファイルを読み取りません。 DeepDNAのサーバーでの解析はAPIで定義されていますが、プライベートベータ版であり、デプロイされていません。リモート検索に渡されるのは、遺伝子記号、rsID、または薬剤名です。ツールには遺伝子型フィールドがなく、宣言されていない引数は拒否され、使用されません。報告される対立遺伝子は、23andMeの生データと同じく、GRCh37のプラス鎖に基づいています。
• どちらのサーバーも表現型や投与量を判定しません。 遺伝子型から代謝能の状態を判定するには、フェージングと、該当遺伝子内の他のバリアントが必要です。単一の検索やチップファイルだけでは判定できません。PharmCATなどのツールは、VCFからこれらを判定します。
• リモートの利用状況は集計されますが、利用者個人は特定されません。 リモートサーバーへの各リクエストについて、メソッド、ツール、後述の検索ラベル、回答の有無、クライアントの名前とバージョン、ユーザーエージェント、国コードが集計されます。IPアドレス、リクエスト本文、薬剤リストは保存されません。宣言済みのフィールドに入力された値は、短い検索ラベルとしてのみ記録されます。ラベルは、rs123形式のrsID、既知の薬理遺伝子の固定リストから選ばれた遺伝子、またはDeepDNAが対応している薬剤のいずれかです。それ以外の入力は、内容にかかわらず「(other)」として記録されます。これらのフィールドに個人の遺伝情報を入力しないでください。プライバシーポリシーをご覧ください。ローカルパッケージのダウンロードは、公開APIへの通常のリクエストであり、ユーザーエージェントは deepdna-mcp-local/<version> です。
• 消費者向けチップは臨床検査ではありません。 アレイは一般的なバリアントには信頼性がありますが、まれなバリアントでは信頼性が大きく低下します。健康上の判断に影響する可能性がある場合は、検証済みの検査を受け、臨床医に相談してください。

リンク

• ドキュメント：https://deepdna.ai/docs/#mcp
• 実際の出力を使った解説：https://deepdna.ai/blog/pharmacogenomics-mcp-server/
• ローカルパッケージを使ってClaudeで23andMeファイルを読み取る手順：https://deepdna.ai/blog/read-23andme-file-with-claude/
• Pythonを使った実例。独自のコードでDNA生データファイルからCPIC表現型を判定します（どちらのサーバーもこの手順は実行しません）：https://deepdna.ai/blog/pharmacogenomics-raw-dna-python/
• 利用規約：https://deepdna.ai/terms/ · プライバシー：https://deepdna.ai/privacy/

このリポジトリにはドキュメントとローカルパッケージが含まれています。リモートサーバーはDeepDNAがホストしています。質問やバグ報告はissuesに投稿してください。DNA生データファイル、遺伝子型、薬剤情報は投稿しないでください。

_{AIの支援を受けて作成しました。}