BioRxiv MCP Server

bioRxiv MCP サーバー

🔍 シンプルな MCP インターフェースを通じて、AI アシスタントが bioRxiv の論文を検索し、アクセスできるようにします。

bioRxiv MCP サーバーは、Model Context Protocol（MCP）を通じて AI アシスタントと bioRxiv のプレプリントリポジトリをつなぎます。AI モデルが生物学のプレプリントを検索し、そのメタデータにプログラムからアクセスできるようにします。

🤝 貢献する • 📝 バグを報告する

✨ 主な機能

• 🔎 論文検索：キーワードまたは詳細検索で bioRxiv の論文を検索 ✅
• 🚀 効率的な取得：論文のメタデータにすばやくアクセス ✅
• 📊 メタデータへのアクセス：特定の論文の詳細なメタデータを取得 ✅
• 📊 研究支援：生物科学の研究と分析を支援 ✅
• 📄 論文へのアクセス：論文の内容をダウンロードして閲覧 📝
• 📋 論文一覧：ダウンロードしたすべての論文を表示 📝
• 🗃️ ローカルストレージ：アクセスを高速化するため、論文をローカルに保存 📝
• 📝 研究プロンプト：論文分析に特化したプロンプト一式 📝

🚀 クイックスタート

前提条件

• Python 3.10+
• FastMCP ライブラリ

インストール

1. リポジトリをクローンします：

   git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
   cd bioRxiv-MCP-Server
   

2. 必要な依存関係をインストールします：

   pip install -r requirements.txt
   

Smithery 経由でインストールする

Smithery 経由で、Claude Desktop 用の bioRxiv Server を自動的にインストールできます：

claude

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

Cursor

以下を Settings → Cursor Settings → MCP → Add new server に貼り付けます：

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

Claude Desktop での使用

この設定を claude_desktop_config.json に追加します：

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}

（Windows 版）：

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

Cline での使用

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

📊 使用方法

MCP サーバーを起動します：

python biorxiv_server.py

🛠 MCP ツール

bioRxiv MCP サーバーでは、以下のツールを利用できます：

1. search_biorxiv_key_words：キーワードを使って bioRxiv の論文を検索します。
2. search_biorxiv_advanced：複数のパラメーターを指定して、bioRxiv の論文を詳細検索します。
3. get_biorxiv_metadata：DOI を使って bioRxiv 論文のメタデータを取得します。

論文を検索する

次のようなクエリを使って、AI アシスタントに論文の検索を依頼できます：

Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?

論文の詳細を取得する

DOI がわかったら、さらに詳しい情報を依頼できます：

Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?

📁 プロジェクト構成

• biorxiv_server.py：FastMCP を使用した MCP サーバーの主要な実装
• biorxiv_web_search.py：bioRxiv の検索に用いるウェブスクレイピングのロジック

🔧 依存関係

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging

🤝 貢献

貢献を歓迎します！お気軽にプルリクエストを送信してください。

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT License のもとでライセンスされています。

⚠️ 免責事項

このツールは研究目的でのみ使用してください。bioRxiv の利用規約を遵守し、責任を持ってご使用ください。