BioCatalystFeed

BioCatalystFeed

ウェブサイト：https://biocat.ai · お問い合わせ：[email protected]

バイオテクノロジー分野のためのオープンソースの触媒フィードです。フォローしている企業や医薬品について、臨床試験、FDA と EMA の措置、NIH の助成金、論文／プレプリント、SEC 提出書類で何が変わったかを確認できます。 CLI として、AI エージェント（Claude、Cursor、…）向けの MCP サーバーとして、または Apify actor として利用できます。

⚠️ 投資、法律、医療に関する助言ではありません。 データは不完全、遅延、または誤っている可能性があります。PDUFA の日付は、SEC 提出書類から抽出された未検証の候補です。必ずリンク先の一次情報を確認してください。

機能

ソース	コマンド	得られる情報
ClinicalTrials.gov API v2（NLM）	bcf trials	検索、スポンサーのパイプライン、差分：新規試験、ステータス／フェーズ／登録数／日付、主要評価項目、群、介入、施設数、結果公開状況の変更。それぞれを重大／注目／軽微に分類
openFDA（Drugs@FDA、SPL ラベル）	bcf fda	承認（新規分子実体 NME／BLA のフラグを含む）、申請、ラベル改訂、差分
NIH RePORTER	bcf grants	組織／研究責任者（ミドルネームのイニシャルを考慮）／キーワード別の助成金、新規採択、金額の変更
PubMed + Europe PMC + bioRxiv/medRxiv	bcf papers	論文とプレプリント、ソース間で DOI／PMID による重複排除
SEC EDGAR	bcf sec	PDUFA 日付に関する 8-K の記載（未検証の候補。提出書類へのリンク付き）
欧州医薬品庁（EMA）	bcf ema	EU で中央承認された医薬品：CHMP の見解、EC の承認、却下、取り下げ、一時停止、オーファン／PRIME フラグ、差分
Federal Register（FDA 通知）	bcf adcom	FDA 諮問委員会の会議：議題に基づく委員会、会議日、NDA／BLA 番号、スポンサー、延期／中止、差分
上記すべて	bcf profile	企業プロフィールを統合して表示（企業名またはティッカー）

すべてのツールで、--exclude TERM … を使ってノイズを除外し、--rank で関連度順に並べ替えられます。また、各 watch で --rss／--json-feed を指定するとダイジェストファイルが作成されます（配信したり、任意のリーダーに取り込んだりできるローカルファイルです。メールは送信されません）。

クイックスタート

python3 -m venv .venv && source .venv/bin/activate   # macOS/Homebrew Python blocks global pip installs (PEP 668)
pip install biocatalystfeed
# no venv needed:  uvx --from biocatalystfeed bcf --help    or    pipx install biocatalystfeed

bcf trials search --sponsor "Viking Therapeutics" --phase PHASE3
bcf papers search --drug resmetirom --since 2026-09-01 --exclude mice rat --rank
bcf grants search --pi "Ioannou, George N" --since 2024-01-01 --no-future
bcf sec pdufa MDGL --since 2023-01-01
bcf profile Lilly MDGL "Viking Therapeutics" --md profiles.md
bcf ema search --status Opinion --since 2026-09-01          # latest CHMP opinions (EU)
bcf adcom upcoming --area drugs biologics                   # scheduled FDA advisory committee meetings

# watches: first run = baseline, later runs report what changed (cron it daily)
bcf trials --db bcf.db watch --name obesity --condition obesity --phase PHASE3 --rss obesity.rss
bcf trials --db bcf.db changes --name obesity --min-severity critical   # terminations, endpoint rewrites
bcf papers --db bcf.db watch --name mdgl --affiliation "Madrigal Pharmaceuticals" --json-feed mdgl.feed.json

--db などのグローバルフラグは、ツール名の後、サブコマンドの前に指定します。例：bcf trials --db bcf.db changes。bcf --db bcf.db trials changes や bcf trials changes --db bcf.db ではありません。 bcf trials changes は、変更ごとに 1 行の読みやすい概要を表示します。--json を追加すると、1 行ごとに JSON オブジェクトを出力します。 PubMed の --since／--until は、出力に表示される発行日で絞り込みます（Europe PMC では初回公開日を使用します）。

以前のコマンド（trialwatch、fdawatch、grantwatch、paperwatch、secwatch、trialwatch-mcp）も引き続き利用できます。

MCP サーバー

{"mcpServers": {"biocatalystfeed": {"command": "uvx", "args": ["biocatalystfeed", "mcp"],
  "env": {"BIOCATALYSTFEED_DB": "/path/to/bcf.db"}}}}

（または、command をインストール済みの biocatalystfeed-mcp に指定してください）。公式 MCP Registry に io.github.biocatalystfeed/biocatalystfeed として登録されています。 ツールには、search_trials、sponsor_pipeline、fda_approvals、company_profile、search_grants、search_papers、sec_pdufa_mentions、ema_medicines、fda_adcom_meetings、snapshot_*／*_changes_since、changes_feed（RSS／JSON Feed）が含まれます。

設定

環境変数	用途
BIOCATALYSTFEED_CONTACT	SEC の User-Agent に設定する連絡先メールアドレス（SEC の公平なアクセスに関するポリシー）。既定値はプロジェクトの連絡先（[email protected]）です。SEC を頻繁に利用する場合は、ご自身の連絡先を設定してください
SEC_USER_AGENT	SEC の User-Agent 全体を上書き
NCBI_EMAIL	NCBI E-utilities に送信する任意のメールアドレス
OPENFDA_API_KEY	任意の openFDA API キー（open.fda.gov/apis/authentication で無料取得可能）。1 日あたり／1 分あたりのレート制限が引き上げられます。ログには記録されません
NCBI_API_KEY	任意の NCBI E-utilities API キー（NCBI アカウント設定から無料取得可能）。PubMed の上限が 3 req/s から 10 req/s に引き上げられます。ログには記録されません
BIOCATALYSTFEED_DB（または TRIALWATCH_DB）	MCP サーバー用の SQLite DB
FDAWATCH_ALIASES	企業の別名テーブルを拡張する JSON ファイル

比較

DataLookout に関する情報は、datalookout.com、その /citeline-alternative ページおよび /clinical-trial-monitoring ページに基づいています（2026-10-21 PT に確認）。同社の製品はテストしていません。引用付きの詳細な比較については、docs/COMPARISON.md をご覧ください。

	BioCatalystFeed（オープンソース）	DataLookout
価格	無料（Apache-2.0）。無料のレート制限付きホスト型 MCP エンドポイントあり	無料プラン。Pro は月額 $49
ソース	ClinicalTrials.gov、openFDA、NIH RePORTER、PubMed、Europe PMC、bioRxiv/medRxiv、SEC EDGAR、EMA、Federal Register（FDA AdComs）	ClinicalTrials.gov
変更追跡	自分で実行した各回の差分（試験：ステータス、フェーズ、登録数、日付、スポンサー、タイトル、中止理由、主要評価項目、群、介入、施設数、結果の掲載状況。重大度：critical/notable/minor。さらに FDA、EMA、AdCom、助成金、論文、SEC の変更）	毎日スキャン。ステータス、登録数、主要評価項目、介入、結果、施設数、完了日など、13 項目を追跡。変更は Stopped/Notable/Minor に分類
配信	CLI、AI エージェント向け MCP サーバー（ローカル、または読み取り専用のサブセットを提供するホスト型）、RSS/JSON Feed ファイル、Apify actor	朝のメールダイジェスト＋ダッシュボードの受信トレイ
ウォッチ上限	セルフホストの場合はなし	無料：スポンサーのウォッチリスト 1 件＋疾患のウォッチリスト 1 件＋保存済み検索 1 件。Pro：それぞれ 10 件
スケジュール設定	自分で実行（cron、Apify のスケジュール）	ホスト型、毎日
セットアップ	Python のインストール	「2 分」（同社の主張）

ホスト型のメール配信で、ClinicalTrials.gov のみを対象とするダイジェストが必要な場合は DataLookout をお選びください。企業やティッカーごとに複数のソースを利用したい場合、エージェント/MCP からアクセスしたい場合、またはセルフホストしたい場合は BioCatalystFeed をお選びください。

試験変更の重大度（v0.3.0）

試験のすべての変更には severity が付与され、日付の変更には shift_days が付与されます。

• critical：ステータスが TERMINATED / SUSPENDED / WITHDRAWN に変わる、中止理由が追加される、または主要評価項目が書き換えられる場合です。
• notable：その他のステータスまたはフェーズの変更、新規試験、主担当スポンサーの変更、結果の掲載、群または介入の変更、登録数が 20% 以上変化した場合、開始日／主要完了日／完了日が 30 日以上移動した場合です。
• minor：上記以外すべて（小幅な日付や登録数の調整、施設数の変更、タイトルの編集）です。

bcf trials watch / changes では --min-severity notable|critical を、MCP ツール trial_changes_since では min_severity を指定して絞り込めます。旧バージョンで作成されたスナップショットは、次回の実行時から新しいフィールドの追跡を開始するため、アップグレードによって誤検知が大量に発生することはありません。

検索フィルター（v0.2.1）

• --exclude には単語または語句を指定します（スペースまたはカンマ区切り）。照合は単語単位で、大文字と小文字は区別されません。末尾の * は前方一致のワイルドカードです（--exclude "murin*" rat）。
• --rank はタイトルでの一致に 3 点、その他のフィールドでの一致に 1 点を付けます（単純な複数形も許容）。タイトル内の複数語の完全一致には +1 点、クエリ内のすべての語が一致した場合は +2 点が加算されます。同点の場合は日付が新しいものを優先します。スコアは relevance に格納されます。

データソース、制限、利用上のマナー

組み込みのスロットルは、各ソースが公開しているポリシーに従います（例：NIH RePORTER は 1 req/s、NCBI はキーなしで ≤3 req/s、SEC は User-Agent を申告した場合に ≤10 req/s、openFDA はキーなしで IP ごとに 1,000 req/day）。論文／プレプリントについて保存するのはメタデータとリンクのみで、要旨は保存しません。変更検出は自分で実行した各回のみを対象とし、過去データの遡及的な補完はありません。PDUFA の日付は 8-K テキストから正規表現で抽出したものであり、カレンダーではありません。データ提供元：U.S. Food and Drug Administration（https://open.fda.gov）。出典：European Medicines Agency（EMA）、https://www.ema.europa.eu。完全な帰属表示については NOTICE をご覧ください。設計上の注意事項とソースごとの利用規約については docs/DEVELOPER-NOTES.md をご覧ください。

ホスト型 MCP エンドポイント（無料）

無料で読み取り専用、リクエスト数に制限のある MCP エンドポイント（Streamable HTTP、アカウント不要）が Cloudflare Workers 上で稼働しています。

https://bcf-mcp.lively-recipe-5a12.workers.dev/mcp

{"mcpServers": {"biocatalystfeed-hosted": {"type": "http", "url": "https://bcf-mcp.lively-recipe-5a12.workers.dev/mcp"}}}

ClinicalTrials.gov、openFDA、PubMed、Federal Register を対象に、5 つのツール（search_trials、get_trial、fda_approvals、search_papers、fda_adcom_meetings）を提供します。上限は IP アドレスごとに 1 分あたり 30 リクエストです（超過すると HTTP 429 が返されます）。 ウォッチ、変更履歴、その他のソースを利用するには、上記のローカルインストールが必要です。リクエストログは保存されません。詳細はTERMS.mdとPRIVACY.mdをご覧ください。ソースコード： worker/。

貢献／テスト

git clone https://github.com/biocatalystfeed/biocatalystfeed && cd biocatalystfeed
python3 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install -e '.[dev]'
pytest                      # offline tests; live-API tests are skipped by default
TRIALWATCH_LIVE=1 pytest    # also run tests that call the real public APIs (needs network; slower)

貢献とライセンス

CONTRIBUTING.md、CODE_OF_CONDUCT.md、SECURITY.mdをご覧ください（脆弱性は非公開で報告してください）。Apache License 2.0の下でライセンスされています。BioCatalystFeed は独立したプロジェクトであり、NLM、NIH、FDA、SEC、EMA、Office of the Federal Register、EMBL-EBI/Europe PMC、bioRxiv/medRxiv の承認を受けていません。