BioMCP: Biomedical Model Context Protocol

BioMCP

1 つのバイナリ。1 つの文法。信頼できる生物医学データソースから得られるエビデンス。

データ利用条件

BioMCP は上流の生物医学データソースからデータを取得します。取得したデータの利用には、各データソースの利用条件が適用されます。商用利用や臨床利用を制限しているソースもあります。データを利用する前に、各ソースの利用条件を確認し、必要なライセンスを取得してください。ソースごとの詳細については、ソースのライセンスと利用条件をご覧ください。

BioMCP とは？

BioMCP は、1 つのコマンド文法で 72 の信頼できる生物医学データソースに直接アクセスできる CLI バイナリです（PubMed、ClinVar、ClinicalTrials.gov、OncoKB、Reactome など。さらに 10 のソースは、別のソースの回答内で取得できます）。また、MCP（Model Context Protocol）サーバーでもあるため、Claude Code、Codex、Claude Desktop などの AI エージェントから同じツールを利用できます。

BioMCP は、通常は異なる API、識別子、検索方法の向こう側にあるソースへ 1 回のクエリでアクセスし、生物医学データを探す際の複雑さを解消します。研究者、臨床医、エージェントは同じコマンド文法を使い、ソースごとにワークフローを作り直すことなく、検索、絞り込み、関連情報への移動ができます。公開データのリアルタイム検索に加え、ローカルの研究解析からも、エビデンスを重視した簡潔な結果を得られます。

機能

• 文献を検索する： search article は、フィルターが対応している場合に PubTator3、Europe PMC、PubMed を横断検索し、PMID／PMCID／DOI 識別子の重複を除去します。また、フィルターが対応していれば Semantic Scholar も検索対象に追加できます。
• 作業をやり直さずに関連情報へ移動する： 遺伝子、変異、薬剤、疾患、パスウェイ、タンパク質、論文から、フィルターを手作業で作り直すことなく、次の組み込みビューへ直接移動できます。
• プレイブックを選ぶ： biomcp skill list で提供されている実践例を確認し、対応する biomcp skill <slug> ワークフローを開けます。
• 研究をローカルで解析する： study コマンドでは、ダウンロードした cBioPortal 形式のデータセットを対象に、ローカルのクエリ、コホート、生存分析、比較、共起分析のワークフローを実行でき、ターミナル、SVG、PNG 形式のネイティブなグラフを利用できます。
• 論文の引用関係をたどる： article citations、article references、article recommendations、article entities を使うと、既知の論文 1 件から、より広範なエビデンスマップを作成できます。
• データを拡充して一括処理する： biomcp enrich で g:Profiler のトップレベルのエンリッチメントを実行し、biomcp batch で最大 10 件の対象を絞った get 呼び出しを 1 つのコマンドで実行できます。

クイックスタート

30 秒以内に最初のクエリを実行できます。

uv tool install biomcp-cli
biomcp health --apis-only
biomcp skill list
biomcp list gene
biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma  # unified cross-entity discovery
biomcp get gene BRAF pathways hpa

紹介動画を見る

BioMCP を活用したプロジェクトが、2025 年の St. Jude's KIDS BioHackathon で優勝しました。その後に行われた講演は、2025 年 10 月 24 日に収録された、BioMCP の 1 時間の紹介です。

YouTube で見る · 記事を読む · トランスクリプト全文

インストール

バイナリのインストール

curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash

PyPI ツールのインストール

uv tool install biomcp-cli
# or: pip install biomcp-cli

PyPI パッケージに関する警告： biomcp ではなく biomcp-cli をインストールしてください。PyPI の biomcp パッケージは、このプロジェクトとは無関係です。

MCP Registry の所有権マーカー：mcp-name: io.github.genomoncology/biomcp。

これにより、~/.local/bin に biomcp バイナリがインストールされます。このディレクトリがまだ PATH に含まれていない場合、インストーラーは追加用のコマンドを 1 つ表示します。シェルの起動ファイルを変更することはありません。

Homebrew

brew tap genomoncology/biomcp
brew install biomcp

これらのコマンドを実行するには、別の genomoncology/homebrew-biomcp tap リポジトリが事前に存在している必要があります。

Docker

docker run --rm ghcr.io/genomoncology/biomcp --version
docker run --rm ghcr.io/genomoncology/biomcp list
docker run --rm -i ghcr.io/genomoncology/biomcp serve

ローカルにインストールせずに CLI を手早く確認する場合や、stdio MCP クライアントを使う場合は、GHCR イメージを使用してください。

Claude Code プラグイン

まず biomcp バイナリをインストールし、ホスト型プラグインマーケットプレイスを追加してから、Claude Code に BioMCP プラグインをインストールします。

/plugin marketplace add genomoncology/biomcp
/plugin install biomcp@biomcp

このプラグインにより、biomcp serve を使って Claude Code をローカルの stdio MCP サーバーに接続できます。BioMCP のガイド付きワークフローを利用する場合は、以下のスキルアセットもインストールしてください。

Codex MCP サーバー

まず biomcp バイナリをインストールし、同じ stdio MCP サーバーを Codex に登録します。

codex mcp add biomcp -- biomcp serve

Claude Desktop 拡張機能（.mcpb）

お使いの環境で利用可能な場合は、Claude Desktop の Anthropic Directory から BioMCP をインストールしてください。ローカルまたは手動でセットアップする場合は、以下の JSON MCP 設定を使用します。

スキルをインストールする

実行ファイルにはガイドと実例が組み込まれています。biomcp skill render でガイド全体を読むか、エージェントのディレクトリにコピーをインストールします。

biomcp skill install ~/.claude --force

MCP クライアント

{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "biomcp",
      "args": ["serve"]
    }
  }
}

リモート HTTP サーバー

共有またはリモート環境にデプロイする場合：

biomcp serve-http --host 127.0.0.1 --port 8080

リモートクライアントは http://127.0.0.1:8080/mcp に接続します。プローブ用ルートは GET /health、GET /readyz、GET / です。

実行可能なデモ：

uv run --script examples/streamable-http/streamable_http_client.py

初めての方向けのガイドは、Remote HTTP Server をご覧ください。

ソースから

make install
"$HOME/.local/bin/biomcp" --version

リポジトリ内で検証するには、標準ゲートを直接実行します：make lint、 make test、make spec です。make test には Rust nextest と Python／ドキュメントのコントラクトテストレーンの両方が含まれます。また、make release-gate は名称付きの全機能の証明を追加し、全機能を有効にしたリリースバイナリに対して仕様テストを実行します。 サポート対象の make check コマンドはありません。任意のライブ公開上流サービスの信頼性確認には make verify のみを使用してください。make release-live-smoke は互換性エイリアスのままです。

コマンド文法

search <entity> [filters]    → discovery
skill list                   → playbook catalog for how-to questions
discover <query>             → concept resolution before entity selection
get <entity> <id> [sections] → focused detail
<entity> <helper> <id>       → cross-entity pivots
enrich <GENE1,GENE2,...>     → gene-set enrichment
batch <entity> <id1,id2,...> → parallel gets
search all [slot filters]    → counts-first cross-entity orientation

エンティティとデータソース

以下の表では、詳細カードのエンティティと検索専用の対象を区別し、 エージェントがサポートされていない get コマンドを合成しないようにしています。

取得可能なエンティティ

エンティティ	BioMCP が使用する上流プロバイダー	例
gene	MyGene.info, UniProt, Reactome, QuickGO, STRING, GTEx, Human Protein Atlas, DGIdb, ClinGen, NIH Reporter, DisGeNET, GTR を基盤とする診断ピボット	biomcp get gene BRAF pathways hpa
variant	MyVariant.info, ClinVar, 直接取得する gnomAD v4 の集団データ, CIViC, Cancer Genome Interpreter, OncoKB, cBioPortal, GWAS Catalog, AlphaGenome	biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar
article	PubMed, PubTator3, Europe PMC, PMC OA, NCBI ID Converter, Semantic Scholar（認証は任意。S2_API_KEY を推奨）	biomcp search article -g BRAF --limit 5
author	Semantic Scholar, ORCID	biomcp get author semanticscholar:1716151
trial	ClinicalTrials.gov API v2, NCI CTS API	biomcp search trial -c melanoma -s recruiting
diagnostic	NCBI Genetic Testing Registry のローカル一括バンドル ＋ WHO IVD のローカル CSV ＋ 任意の OpenFDA デバイスオーバーレイ	biomcp get diagnostic GTR000006692.3 regulatory
drug	MyChem.info, DDInter のローカルバンドル, EMA のローカルバッチ, WHO Prequalification のローカルエクスポート, ChEMBL, OpenTargets, Drugs@FDA, OpenFDA のラベル／供給不足／承認／FAERS／MAUDE／リコール, CIViC	biomcp drug interactions warfarin
disease	MyDisease.info, Monarch Initiative, MONDO, OpenTargets, Reactome, CIViC, SEER Explorer, NIH Reporter, DisGeNET, GTR／WHO IVD の診断ピボット	biomcp get disease "Lynch syndrome" genes
pathway	Reactome, KEGG, WikiPathways, g:Profiler, Enrichr を基盤とするエンリッチメントセクション	biomcp get pathway hsa05200 genes
protein	UniProt, InterPro, STRING, ComplexPortal, PDB, AlphaFold	biomcp get protein P15056 complexes
adverse-event	OpenFDA FAERS／MAUDE／リコール、および CDC WONDER VAERS のワクチン集計検索	biomcp search adverse-event --drug pembrolizumab
pgx	CPIC, PharmGKB	biomcp get pgx CYP2D6 recommendations
cell-line	Cellosaurus と ChEMBL, PharmacoDB, DepMap, COSMIC, GDSC, LINCS との相互参照	biomcp get cell-line CVCL_0004 xrefs

検索専用のエンティティ

エンティティ	BioMCP が使用する上流プロバイダー	例
gwas	GWAS Catalog	biomcp search gwas --trait "type 2 diabetes"
phenotype	Monarch Initiative（HPO の意味的類似性と直接的な裏付けの確認）	biomcp search phenotype "HP:0001250"

エンティティ間のヘルパー

フィルターを作り直さずに、関連するエンティティ間を移動できます。

ヘルパーと新たな検索を使い分ける方法については、エンティティ間ピボットガイドを参照してください。

biomcp variant trials "BRAF V600E" --limit 5
biomcp variant articles "BRAF V600E"
biomcp drug adverse-events pembrolizumab
biomcp drug trials pembrolizumab
biomcp disease trials melanoma
biomcp disease drugs melanoma
biomcp disease articles "Lynch syndrome"
biomcp gene trials BRAF
biomcp gene drugs BRAF
biomcp gene articles BRCA1
biomcp gene pathways BRAF
biomcp pathway drugs R-HSA-5673001
biomcp pathway drugs hsa05200
biomcp pathway articles R-HSA-5673001
biomcp pathway trials R-HSA-5673001
biomcp protein structures P15056
biomcp article entities 22663011
biomcp article citations 22663011 --limit 3
biomcp article references 22663011 --limit 3
biomcp article recommendations 22663011 --limit 3

遺伝子セットエンリッチメント

biomcp enrich BRAF,KRAS,NRAS --limit 10

トップレベルの biomcp enrich は g:Profiler を使用します。他のエンティティビュー内の遺伝子エンリッチメントセクションでは、データの取得元として Enrichr を引き続き参照します。

セクションと段階的な情報開示

すべての get コマンドでは、出力を絞り込むためにセクションを選択できます。

biomcp get gene BRAF                    # summary card
biomcp get gene BRAF pathways           # add pathway section
biomcp get gene BRCA1 diagnostics       # diagnostic-test pivot from GTR
biomcp get gene BRAF hpa                # protein tissue expression + localization
biomcp get gene BRAF civic interactions # multiple sections
biomcp get gene BRAF all                # standard sections; diagnostics/funding stay opt-in

biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar population conservation
biomcp get article 22663011 tldr
biomcp get drug pembrolizumab label targets civic approvals
biomcp get drug trastuzumab regulatory --region who
biomcp get disease "Lynch syndrome" genes phenotypes variants
biomcp get disease tuberculosis diagnostics
biomcp get diagnostic GTR000006692.3 regulatory
biomcp get trial NCT02576665 eligibility locations outcomes

JSON モードでは、get のレスポンスに次に実行する可能性の高いコマンドを示す _meta.next_commands と、セクションレベルの出典情報を示す _meta.section_sources が含まれます。batch ... --json は、同じメタデータ形式のエンティティごとのオブジェクトを返します。

API キー

ほとんどのコマンドは認証情報なしで動作します。オプションのキーを設定すると、レート制限が緩和されるか、オプションのエンリッチメントを利用できるようになります。

export NCBI_API_KEY="..."        # ClinVar, PubTator, PubMed/efetch, PMC OA, NCBI ID converter
export S2_API_KEY="..."          # Optional Semantic Scholar auth; dedicated quota at 1 req/sec
export OPENFDA_API_KEY="..."     # OpenFDA rate limits
export NCI_API_KEY="..."         # NCI CTS trial search (--source nci)
export ONCOKB_TOKEN="..."        # OncoKB variant helper
export ALPHAGENOME_API_KEY="..." # AlphaGenome variant effect prediction

search article、get article、batch article、get article ... tldr、および明示的な Semantic Scholar ヘルパーは、S2_API_KEY なしで動作します。キーを設定すると、BioMCP は認証済みのリクエストを送信し、1 req/sec の専用レート制限を使用します。キーがない場合、BioMCP は共有の未認証プールを使用し、レート制限は 1 req/2sec です。search article --source は all、pubtator、europepmc、pubmed、semanticscholar、litsense2 をサポートします。互換性のあるデフォルトの論文連携検索では、PubTator3、Europe PMC、PubMed、自動 Semantic Scholar が使用されます。いずれかのソースのみを使用する場合は、--source semanticscholar または --source litsense2 を明示的に指定してください。ソースを明示的に選択すると、プロバイダー間の行エンリッチメントも無効になります。Semantic Scholar の上流データでは出版社による省略があるため、購読が必要な論文では参考文献や推奨情報が空になる場合があります。

設定

Claude Desktop 拡張機能の設定

ディレクトリのバンドルで公開されるのは、最初のレビュアー向けビルドに必要なオプション設定のみです。

Claude Desktop フィールド	ランタイム環境変数	目的
OncoKB トークン	ONCOKB_TOKEN	biomcp variant oncokb "<gene> <variant>" の治療法およびエビデンスレベルを有効にします
DisGeNET API キー	DISGENET_API_KEY	遺伝子および疾患の検索結果で、スコア付き DisGeNET セクションを有効にします
Semantic Scholar API キー	S2_API_KEY	論文の TLDR、引用、参考文献、推奨の各ヘルパーの信頼性を高めます

最初のディレクトリビルドで公開されるオプション設定は、この 3 つのみです。高度な CLI 専用環境変数は、BioMCP CLI の一般的な利用方法について、API キーに記載されています。

使用例

公開情報を使ったエンティティ横断の概要

ユーザープロンプト： メラノーマにおける BRAF の概要を、ノイズを抑えて提示してください。

想定されるツール呼び出し： biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma --counts-only

想定される動作： 詳細な表を大量に出力する代わりに、次のコマンドを選ぶためのエンティティ横断の件数サマリーを返します。

想定される出力： 件数を先に示すサマリーと、最も有用なエンティティをさらに調べるための推奨コマンド。

公開情報を使った変異のエビデンス

ユーザープロンプト： BRAF V600E の ClinVar における意義と集団頻度を要約してください。

想定されるツール呼び出し： biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar population

想定される動作： 読み取り専用の 1 回の呼び出しで、対象を絞った変異カード、ClinVar セクション、集団頻度データを取得します。

想定される出力： 変異の概要、ClinVar における意義の詳細、gnomAD の集団頻度。

認証情報が必要な OncoKB の例

ユーザープロンプト： BRAF V600E の OncoKB 治療法エビデンスを表示してください。

想定されるツール呼び出し： biomcp variant oncokb "BRAF V600E"

想定される動作： ONCOKB_TOKEN が設定されている場合はそれを使用し、設定されていない場合は認証情報が不足していることを案内します。

想定される出力： ONCOKB_TOKEN が設定されている場合は治療法とエビデンスレベルの情報、設定されていない場合は明確な設定方法のヒント。

認証情報を使った DisGeNET の例

ユーザープロンプト： TP53 のスコア付き DisGeNET 関連を表示してください。

想定されるツール呼び出し： biomcp get gene TP53 disgenet

想定される動作： DISGENET_API_KEY を使用して、スコア付きの遺伝子と疾患の関連セクションを取得します。

想定される出力： DISGENET_API_KEY が設定されている場合、エビデンス数とスコアを含む、疾患関連のランキング表が表示されます。

プライバシーポリシー

BioMCP はテレメトリ、分析情報、リモートへのログアップロードを追加しません。 プライバシーに関する声明全文は https://biomcp.org/policies/ をご覧ください。

複数ワーカーのデプロイ

BioMCP のレート制限はプロセス単位です。多数のワーカーを同時に実行する場合は、共有の Streamable HTTP biomcp serve-http エンドポイントを 1 つ起動し、すべてのワーカーで 1 つのレート制限枠を共有します。

biomcp serve-http --host 0.0.0.0 --port 8080 \
  --allowed-hosts biomcp.example.org

ループバックサーバーでは、デフォルトでローカルの Host 値のみが許可されます。ループバック以外のアドレスにバインドするには、--allowed-hosts が必要です。明示的な --unsafe-allow-any-host による回避オプションで無効になるのは、この Host チェックのみです。認証、TLS、暗号化が追加されるわけではありません。リモートデプロイは、信頼できる認証付き TLS プロキシの背後、またはプライベートネットワーク内に配置してください。

リモートクライアントは http://<host>:8080/mcp に接続してください。軽量なプロセスプローブは GET /health、GET /readyz、GET / で利用できます。

スキル

BioMCP には、エージェント向けの埋め込みガイドと、実例のカタログが付属しています。 適切な実例が必要な場合は biomcp skill list を使用し、埋め込み BioMCP ガイドを読む場合や、ワークフローのリファレンスをローカルに保存するためにエージェントのディレクトリにインストールする場合は、biomcp skill を使用してください。

biomcp skill list
biomcp skill
biomcp skill install ~/.claude --force

対応するインストール先、インストールされるファイル、旧バージョンとの互換性に関する注意事項については、スキルをご覧ください。

ローカル研究解析

study は、ダウンロードした cBioPortal 形式のデータセットをローカルで解析するための BioMCP のコマンド群です。公開されているエンティティのインターフェースでは、API を利用した探索、ローカル実行時の探索、ハイブリッド形式の探索と詳細取得を扱います。研究ごとのクエリ、コホート、生存分析、比較、共起の各ワークフローが必要な場合は、ローカルのデータセットに対して study コマンドを使用します。遺伝子ごとのクエリでは、ローカルの data_sv.txt ファイルから変異、CNA、発現、構造変異／融合を取得します。変異の要約には変異のみが含まれ、融合／SV が必要な場合は --type sv を指定するよう注記されます。

study download を使って、データセットをローカルの study ルートにダウンロードしてください。再現可能なスクリプトやデモで明示的なデータセットの場所を指定する場合は、BIOMCP_STUDY_DIR を設定してください。未設定の場合、BioMCP はデフォルトの study ルートを使用します。

export BIOMCP_STUDY_DIR="$HOME/.local/share/biomcp/studies"
biomcp study download msk_impact_2017
biomcp study query --study msk_impact_2017 --gene TP53 --type mutations --chart bar --theme dark --palette wong -o docs/blog/images/tp53-mutation-bar.svg
biomcp study query --study msk_impact_2017 --gene RET --type sv

study コマンド群全体とデータセットの前提条件については、CLI リファレンスをご覧ください。

運用

biomcp version                            # show version and build info
biomcp health                             # inspect API connectivity plus local DDInter/EMA/cache readiness
biomcp update                             # self-update with release SHA256 checksum verification
biomcp update --check                     # check for updates without installing
biomcp uninstall                          # remove biomcp from ~/.local/bin

サポート

• GitHub の課題： https://github.com/genomoncology/biomcp/issues
• トラブルシューティング： docs/troubleshooting.md
• ドキュメント全文： https://biomcp.org/

ドキュメント

• はじめに
• すべてを検索するワークフロー
• BioASQ ベンチマーク
• エンティティ間ピボットガイド
• プライバシーポリシー
• ソースのライセンスと利用規約
• データソース
• クイックリファレンス
• トラブルシューティング

引用

研究で BioMCP を使用する場合は、CITATION.cff を使って引用してください。 このファイルがある場合、GitHub のリポジトリのサイドバーにも Cite this repository が表示されます。

データソースとライセンス

BioMCP は MIT ライセンスです。データセットを同梱またはミラーリングするのではなく、上流プロバイダーにオンデマンドでクエリを実行します。ただし、取得した結果の再利用には上流プロバイダーの利用規約が適用されます。

完全にオープンなプロバイダーもあれば、BioMCP の一部機能で登録や API キーが必要なプロバイダーもあり、クエリ可能なソースの中には再利用に関する重要な制限を設けているものもあります。特に注意が必要なのは KEGG と COSMIC の 2 つです。KEGG は学術利用と非学術利用を区別しており、COSMIC はそのライセンスモデルが直接的なオープン統合と相容れないため、BioMCP では間接利用のみにしています。

ソースごとの内訳についてはソースのライセンスと利用規約を、設定手順と登録リンクについてはAPI キーを参照してください。

ライセンス

MIT