fhir-mcp-server-medagentbench

fhir-mcp-server-medagentbench

MedAgentBench 環境向けに設計された、Python ベースの MCP（MedAgentBench Communications Protocol）サーバーです。このサーバーは、FHIR（Fast Healthcare Interoperability Resources）API とのやり取りをシミュレートします。

FHIR サーバーに実際の HTTP リクエストを送信する代わりに、FHIR 操作の MCP リクエストを傍受し、実行されるはずだった HTTP リクエストのテキスト表現を返します（例：GET https://fhir.example.com/Patient/123 または POST https://fhir.example.com/Observation\n{...}）。これにより、稼働中の FHIR エンドポイントを用意せずに、MedAgentBench エージェントをテストできます。

特長

• MCP ハンドラーを実装します：
  • list_resources：利用可能なシミュレート対象リソース（現在は CapabilityStatement）を一覧表示します。
  • read_resource：URI で指定された FHIR リソースの読み取りをシミュレートします。
  • list_tools：利用可能な FHIR シミュレーションツールを一覧表示します。
  • call_tool：FHIR 操作の実行をシミュレートします：
    • search_fhir：FHIR リソースの検索をシミュレートします。
    • read_fhir：URI で指定された特定の FHIR リソースの読み取りをシミュレートします。
    • create_fhir_resource：新しい FHIR リソースの作成をシミュレートします。
• MCP 通信に mcp-server ライブラリを使用します。
• Poetry を使用して設定およびパッケージ化されています。
• pytest と pytest-asyncio による非同期ユニットテストが含まれています。

インストール

Python >= 3.10 と Poetry がインストールされていることを確認してください。

poetry install

設定

サーバーを実行する前に、環境変数 FHIR_BASE_URL を設定する必要があります。この URL は、シミュレートされたリクエスト文字列の構築に使用されます。

export FHIR_BASE_URL="https://your-fhir-server-base.com/fhir"
# Or for local testing:
# export FHIR_BASE_URL="http://localhost:8080/fhir"

使用方法

設定後、インストールされたスクリプトを使用してサーバーを実行します：

fhir-mcp-server-medagentbench

サーバーは標準入出力を介して MCP リクエストの待ち受けを開始します。

開発

セットアップ

リポジトリをクローンし、開発ツールを含む依存関係をインストールします：

git clone https://github.com/MikeHolcomb/mcp-fhir-python-medagentbench.git
cd mcp-fhir-python-medagentbench
poetry install --with dev

リントとフォーマット

このプロジェクトでは、コードスタイル（black、isort）の適用と問題のチェック（flake8、mypy）に pre-commit を使用します。

# Run all checks on staged files (usually run automatically on commit)
poetry run pre-commit run

# Run all checks on all files
poetry run pre-commit run --all-files

# Or run tools individually
poetry run black .
poetry run isort .
poetry run flake8 src tests
poetry run mypy src

テスト

テストは tests/ ディレクトリにあり、pytest を使用します。

poetry run pytest

# Run with coverage report
poetry run pytest --cov=src

MCP ハンドラーが非同期であるため、テストには pytest-asyncio が必要です。

ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスの下で公開されています。詳細については LICENSE ファイルを参照してください（ただし、LICENSE ファイルが存在しない場合は作成が必要になることがあります）。

コントリビューション

コントリビューションを歓迎します！Issue を作成するか、プルリクエストを送信してください。