Noodle Biomedical Literature Discovery MCP

Noodle Biomedical Literature Discovery MCP

Helena Bioinformatics が提供する、生物医学文献の検索に対応した公式の公開・読み取り専用 Model Context Protocol アダプターです。 ユーザーが Noodle ブランドを知らなくても、エージェントはユーザーのタスクに応じてこのアダプターを選択できます。

公開エンドポイント：https://api.helena.bio/noodle/v1/mcp

公式レジストリ ID：io.github.helena-bioinformatics/noodle

アカウント、API キー、患者データ、非公開コンテンツは不要であり、受け付けません。

エージェントができること

• 自然言語、PMID、DOI、または PMCID を使って、PubMed 由来の公開生物医学コーパスを検索する；
• PMID または Noodle work ID を使って、出典へのリンク付きの出版物レコードを取得する；
• 出版物から、範囲を限定した引用および意味的な近傍をたどる；
• 返された work ID を使って、エッジの種類とグラフの出典情報を保持しながらグラフ探索を続ける；
• コーパスの規模、情報源、新しさ、網羅範囲、アクティブなグラフのメタデータを調べる。

公開されている 7 つのツールは、search_biomedical_literature、get_publication_details、get_work_details、get_publication_neighborhood、get_work_neighborhood、get_corpus_summary、および明示的なオプトインが必要な独立した support_helena 情報アクションです。

接続

リモート Streamable HTTP に対応する MCP クライアントであれば、エンドポイントを利用できます。ChatGPT、Claude、Codex、VS Code、Cursor、Windsurf、Gemini CLI、Grok、Perplexity、Microsoft Copilot Studio、Biomni、Biorouter 向けの具体的な設定方法は、registry/platforms および integrations にあります。

すぐに使えるエコシステムパッケージも含まれています。

• Dify。再現可能な .difypkg も含まれます；
• n8n。ホスト型サービスがサポートする、ステートレスな MCP JSON-RPC の正確な契約を使用します；
• Galaxy。Planemo による検証済みの ToolShed ラッパーを備えています；および
• KNIME Analytics Platform。テーブルから MCP への変換に対応する Python Script ノードと、準備済みの Hub 掲載情報を備えています；および
• Google Colab と Kaggle のノートブック、ならびに Cytoscape GraphML ワークフロー；および
• Folklore から Noodle への文献ワークフローを扱う、関連する Galaxy Training Network チュートリアル。

関連する Agent Skill は skills/noodle-biomedical-literature-discovery にあります。次のようなリクエストに対して、タスクを優先した暗黙的な選択を可能にします。

• 「BRCA1 の相同組換えに関する、出典へのリンク付き論文を探してください。」
• 「PMID 35008774 の出版物は何ですか？」
• 「引用と意味的類似性を通じて、この記事に関連する論文を表示してください。」
• 「この work ID から範囲を限定して 2 ホップたどり、エッジの種類を保持してください。」

決定論的なスキルアーカイブを次のコマンドでビルドします。

python3 ops/package_agent_skill.py

グラフの境界

解決済みの PMID または work ID から開始し、一度に 1 つの範囲限定近傍をリクエストします。エッジは返されたとおりに正確に報告し、訪問済み ID のセットを保持し、近傍が見つからない場合は停止します。検索順位、引用の近さ、意味的類似性、共言及、グラフ距離は、発見の手がかりです。因果関係、科学的妥当性、診断、治療を立証するものではありません。

開発

Python 3.12 が必要です。

python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install -r requirements-dev.lock
python -m pip install --no-deps -e .
pytest
ruff check .
ruff format --check .

ブランド名に依存しない契約監査を次のコマンドで実行します。

python benchmarks/agent-discovery/audit_skill.py

ベンチマークには、Noodle、Helena、MCP を含まない 60 件のプロンプトがあります。6 つすべての科学的ルートに加え、否定的な対照と安全性の対照を網羅しています。

Agent Plugin と Kiro Power

このリポジトリは、ポータブルな Agent Plugin および Kiro Power としても利用できます。plugin.json にはブランドに依存しない有効化キーワードが用意されており、既存の Agent Skill が 科学的なルーティングと安全性の境界を提供し、mcp.json が 正規のホスト型 Streamable HTTP エンドポイントに直接接続します。Power は Noodle をプロキシしたり、再パッケージ化したり、 再実装したりしません。

プライバシーポリシー：https://noodle.helena.bio/privacy

Noodle の引用

永続的な Research Resource Identifier は RRID:SCR_028920 です。方法のセクションでは、リソースを Noodle (RRID:SCR_028920) として引用してください。 バージョンを特定したソフトウェアの引用も必要な場合は、 バージョン DOI を使用してください。RRID は 論文をまたいでリソースを識別し、DOI はアーカイブされた 0.2.0 リリースを識別します。

サポート：https://noodle.helena.bio/contact または [email protected]

公開リソース

• 実践チュートリアル：https://github.com/helena-bioinformatics/noodle-mcp/blob/main/docs/tutorials/biomedical-literature-discovery-and-graph-traversal.md
• コネクターとエージェント選択ガイド：https://noodle.helena.bio/mcp
• クライアント統合：https://noodle.helena.bio/integrations
• サーバーカード：https://noodle.helena.bio/.well-known/mcp/server-card.json
• 公式レジストリ：https://registry.modelcontextprotocol.io/v0/servers?search=io.github.helena-bioinformatics%2Fnoodle
• 引用可能なリリース：https://doi.org/10.5281/zenodo.22166486
• Software Heritage アーカイブリクエスト：https://archive.softwareheritage.org/api/1/origin/save/2457442/
• Software Heritage スナップショット：https://archive.softwareheritage.org/swh:1:snp:09b8fb7c64de15487e873b4f77e3e4b57abc02fb/
• 方法論：https://noodle.helena.bio/methodology

ライセンスとセキュリティ

Apache License 2.0 です。脆弱性は SECURITY.md の説明に従って非公開で報告してください。患者情報、非公開の症例情報、臨床記録、認証情報、 または非公開でアップロードしたコンテンツを、公開サービスや課題トラッカーに送信しないでください。