MCP Simple PubMed

MCP Simple PubMed

Entrez API を通じて PubMed の論文にアクセスできる MCP サーバーです。

機能

ツール

• PubMed を検索 - キーワード、MeSH 用語、著者名、日付範囲、ブール演算子を使ってデータベースを検索します
• 全文を取得 - 利用可能な場合、全文をダウンロードします（PubMed Central のオープンアクセス論文が対象です）
• 抄録にアクセス - リソース URI を通じて、論文の抄録とメタデータを取得します

プロンプト（v0.1.14 で追加）

MCP プロンプトを使うと、効果的な PubMed 検索を組み立てられます。

• システマティックレビュー検索 - システマティックレビュー向けに、MeSH 用語、同義語、日付フィルターを使った包括的な検索戦略を生成します
• PICO 検索 - PICO フレームワーク（対象者、介入、比較、結果）を使って、臨床上の疑問に関する検索を構築します
• 著者検索 - 適切な名前の表記で、特定の著者によるすべての論文を検索します

これらのプロンプトは、最適化された PubMed クエリを作成するよう AI をガイドし、徹底的な文献検索を容易にします。

注意事項

このツールは全文を XML 化した形式で返します。ただし、文書の構造に関する追加情報が含まれるため、「人が読みやすい」テキストよりも AI にとって有用です。少なくとも、Claude 3.5 Sonnet はその形式のほうが好みだと言っていました。

また、このツールや、場合によっては他のツールで論文の全文を取得できないのは、全文が利用できないためとは限りません。このツールのテスト中に、PubMed に全文が掲載されていない論文を見つけました。Claude が DOI 経由で取得した出版物の URL に fetch を使ってアクセスしたところ、「forbidden」エラーが返されました。しかし、同じページに通常のブラウザーからアクセスすることはできました。

つまり、AI アシスタントがこのツールで論文の全文を取得できない場合は、通常のウェブブラウザーを使って手動で試す価値があります。

最後に、このツールでは当然ながら、有料の論文やペイウォールのある論文にはアクセスできません。図書館の利用権限を通じて読める場合もありますし、最後の手段として、公的資金による研究を無料で一般公開することを目指す特定のサイトを利用する方法もあります。

インストール

Smithery を使ったインストール

Smithery を使って、Claude Desktop 用の Simple PubMed を自動的にインストールするには：

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

手動インストール

pip install mcp-simple-pubmed

設定

サーバーには、次の環境変数が必要です。

• PUBMED_EMAIL：メールアドレス（NCBI が必須としています）
• PUBMED_API_KEY：リクエスト制限を緩和するためのオプションの API キー

標準のリクエスト制限は 1 秒あたり 3 件です。一般的な使用状況では、AI がこれを超えるトラフィックを生成する可能性は非常に低いため、レート制限は実装していません。必要な場合は、API キーを登録すると、1 秒あたり 10 件のリクエストが可能になります。NCBI のページにある説明をお読みください。

Claude Desktop での使用

Claude Desktop の設定（claude_desktop_config.json）に追加します。

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "[email protected]",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

（Windows）

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "[email protected]",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

macOS の SSL 証明書の修正

macOS で SSL 証明書の検証エラー（[SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: self-signed certificate in certificate chain など）が発生した場合は、適切な証明書バンドルをインストールする必要があります。

/Applications/Python\ 3.13/Install\ Certificates.command

3.13 をお使いの Python のバージョン番号に置き換えてください。このスクリプトは、python.org から入手した Python のインストールに含まれています。

Finder から実行することもできます。

Claude Desktop を開いたままこの変更を行った場合、変更を反映するには Claude Desktop を終了してから再起動する必要があります。

ライセンス

MIT ライセンス