aurora-agent

ローカル

aurora-neuro.github.ioヘルスケア14 週間前に更新

aurora-agent について

aurora-agentは、FIBER意思決定コンテキストコンパイラーを基盤とする、前臨床生物学研究向けのMCPサーバー兼コマンドラインツールです。型付きの意思決定クエリから範囲を限定した証拠領域を組み立て、除外内容を示すコンテキスト証明書を付けます。研究エンジンは臨床判断を行いません。

主な機能

01意思決定に必要な証拠コンテキストのコンパイル
02除外内容を示すコンテキスト証明書の生成
03範囲を限定したグリオーマ研究ワークフローの実行
04証拠と能力に基づく工程のゲート制御
05複数研究の一致度と縦断的移行の分析
06登録済みアウトカムの報告状況の監査

活用シーン

01研究課題に関連する意思決定用証拠の選定
02研究ワークフローが証拠ゲートを満たすか確認
03独立研究間で効果と方向を比較
04登録済み主要アウトカムの期限内報告を確認

MCP 対応

MCPサーバーとして、FIBERによる証拠コンパイルとグリオーマ研究分析のツールをクライアントに公開します。自律エンジンのMCP経由の実行はシミュレーション専用であり、本番環境ではホスト側がローカルワーカーを用意します。

設定

ローカルサーバーの設定はどのクライアントでも共通です。コピーしてクライアントの MCP 設定ファイルに貼り付けてください。

インストール方法は未掲載です

このサーバーのパッケージやリモートエンドポイントはまだ取得できていません。プロジェクトの README の手順に従ってください。

リポジトリ

パッケージ

mcpbaurora-agent.mcpb0.1.3stdio

npmaurora-agent-mcp0.1.3stdio

ツール

ツール一覧はまだ取得されていません

ローカルサーバーのツールはマシン上で起動して初めて取得できます。メンテナーはまだツール一覧を提供していません。

詳細

AURORA Agent（bioprism）

実行可能な生物学のための、クエリコンパイル型推論。

根拠を明示するコンテキストエンジニアリング。

FIBER 意思決定コンテキストコンパイラーを基盤とする MCP サーバーおよび CLI です。型付きの意思決定クエリを、意思決定に十分な最小限のエビデンス領域へコンパイルし、何を省略したのかを正確に示すコンテキスト証明書とともに提供します。

前臨床グリオーマエンジンは、現在、範囲を限定した完全な研究ワークフローをコンパイルし、型付きの結果に応じて次の段階を適応させ、ディスパッチ前に、能力が適合する施設内ワーカーのみを受け入れます。ワーカーへのルーティングは決定論的で、フェイルクローズ方式です。エンジンは未実装の段階を汎用アクションに置き換えることはなく、臨床上の判断も行いません。また、このルートでは、型付きステージ／アダプターを介して自律型エンジンをエンドツーエンドで動作させることもできます。MCP ではこれをシミュレーション専用のリハーサルとして公開し、本番環境のホストは独自のローカルワーカーを提供します。エビデンスは受動的なレポートではなく、実行のゲートです。P07 ステージルーターがワーカーを受け入れるには、まず P01 のファミリー横断トライアンギュレーションが適格でなければなりません。エビデンスゲート付きステージエンジンは、次のアクションを伴う明示的なエビデンス保留または能力保留を返し、その後に限り、範囲を限定したエビデンス、マルチモーダル、メカニズム、実験、計算、再現、リリース、フェデレーションの各段階を実行します。

AURORA BioPRISM／OncoWorld／FIBER の設計図（v0.6、登録済み仕様モジュール935件）の実装です。Rust ワークスペースの中心的な考え方は、コンテキストの組み立てはコンパイラのパスであるということです。検索と要約と雰囲気に基づく圧縮を行うのではなく、型付きの意思決定クエリを、意思決定に十分な最小限のエビデンス領域へコンパイルし、意思決定セクションとして提供します。さらに、何を省略したのか、また、その省略によって意思決定が変わる可能性があったかどうかを正確に示すコンテキスト証明書を添えます。

意思決定に十分な最小限のエビデンス領域をコンパイルします。デフォルトでナレッジ構造全体をたどることは決してありません。

測定結果が実際に示すこと

リファレンスワールドには761件の事実があり、そのうち750件は探索的な注意そらし要素で、すべてが同じ保護対象の cohort_id ハブを使用します。FIBER はクエリを 11件の事実（ワールド全体の1.45%） に絞ってコンパイルし、決定論的オラクルは4つすべての漏洩証拠を含めたまま、正しい判定を返します。

同じ結果を出すのはこれだけではありません。 同じ条件で調整すると、5ホップの入射ウォークと BM25 リトリーバーは、k=11 でまったく同じ11件の事実を選択します。配布物に含まれる compare_baselines.py は、深さ7と上限なしの2つの設定でのみグラフベースラインを測定しています。どちらの設定でもすべてが返され、69倍の優位性が報告されますが、同じ条件で調整するとその差はなくなります。これは藁人形論法による比較であり、これを是正することが43.38および43.41の要件です。

そのため、リファレンスワールドではこれらの手法を区別できません。crates/worldgen は構造をパラメーター化し、手法を区別できるワールドを構築します。注意そらし要素をハブの末端ではなくターゲットの近くに配置し、決定的な事実をリレーチェーンの背後に置き、注意そらし要素のタグを保護対象の語彙にトークン化されるよう偽装します。

戦略	事実数	健全性	閉包	許容可能
full-context	762	はい	100%	はい
graph-5-hop	750	いいえ	0%	いいえ
graph-7-hop	750	いいえ	0%	いいえ
graph-11-hop	761	はい	100%	はい
lexical-top-11（BM25）	11	はい	91%	いいえ
fiber	11	はい	100%	はい
3 つの異なる失敗モードが現れています。グラフ探索には有用な深さがありません。5～10 は世界の 98% を取り込み、しかも決定的な証拠をすべて見落とします。11 が初めて妥当な設定ですが、その時点ですでにすべてを取り込んでいます。BM25 は91% の保護対象クロージャから正しい判定に到達しますが、関係のない保護対象の事実をたまたま落とした結果であり、k を 50 に増やしても回収できません。FIBER だけが許容可能な戦略です。11 件の事実で、正しい判定と完全なクロージャを実現します。

最後の失敗が、ハーネスが判定だけでなく許容性に基づいて順位付けする理由です。判定だけで順位付けしていたら、必須のクロージャに違反しながら偶然うまくいった戦略が首位になっていたでしょう。

これは、FIBER が一般に優れていることを示すものではありません。識別用の世界は、参照用の世界がハブ展開を明らかにするために構築されたのと同様に、これらのモードを明らかにするために構築されました。構造ファミリー全体のスイープを実施しました。attachment x relay depth x tag style x distractor count にわたる 36 セルで、これまで欠けていた 2 つのベースラインもパネルに追加されています。スイープの主な結果は、FIBER にとって否定的なものです。有向ファクターエッジ上の単純な後ろ向き探索は、クロージャを優先し、FIBER とまったく同じ事実数で 36 セルすべてにおいて許容可能です。そのため、このファミリーでは許容性とコストによってコンパイラーとこの探索を区別できません。一方、固定基底の埋め込み検索は、厳しい予算のもとでカモフラージュされたセルすべてに失敗します。詳細な分析：docs/FINDINGS.md。ワークスペースが設計図をどこまで実際にカバーしているか、また、どのセクションに代替となるものがないかについては、docs/COVERAGE.md を参照してください。クレートの構成と設計図へのパスについては、docs/ARCHITECTURE.md を参照してください。

Rust 製のグリオーマ研究エンジンでは、実行可能な機能を docs/glioma/PROGRAM_PLAN.md で追跡しています。P10 F32 では、 analyze_glioma_longitudinal_transport と MCP ツール glioma_longitudinal_transport_analyze を通じて、縦断的な再現研究の移送機能を追加します。研究は同じ推定対象と効果単位に結び付け、共通の時間グリッドをカバーする必要があります。不完全な研究は補完せずに除外されます。異なるモデルシステムには最大の移送ギャップが適用され、その最大値をリクエストで明示的に許可した場合に限り含められます。採用されたソースはシグネチャの類似度で重み付けされます。固定小数点プーリングの前に、効果は ±1,000,000,000 ミリ単位に制限されます。このチェックアウトにはこの枠に対応する詳細なソース設計図が設定されていないため、ゲートと閾値のポリシーは明示的にリポジトリで定義されています。

P10 F03 では、analyze_glioma_prospective_contradiction と MCP の glioma_prospective_contradiction_plan を通じて、相反する前臨床の主張を解決するための前向き計画を立てます。対立する主張、エビデンスレポート、デザインレポート、ローカルのアーティファクトは、それぞれダイジェストに結び付けられたまま保持されます。エビデンスは独立したグループ単位で数えられ、対立する主張間で共有される裏付けを、排他的な裏付けとして確立することはできません。品質の低い所見、帰無所見、未解決の所見も引き続き表示されます。リゾルバーの予測区間は、対立する主張のペアを区別し、実現可能性、リスク、予算の各ゲートを通過する必要があります。plan_ready の結果は、制限付きのポートフォリオが宣言済みの対立するペアをすべてカバーすることを意味します。実験が実施された、または主張が解決されたことを意味するものではありません。このチェックアウトには詳細な P10-F03 設計図が設定されていないため、契約はリポジトリで定義されています。

P10 F02 では、analyze_glioma_multistudy_concordance と MCP の glioma_multistudy_concordance_analyze を通じて、独立した研究の効果を比較します。厳密な推定対象と単位に結び付け、適格な同一モデルのペアすべてについて、区間の重複と確信度の高い方向性を報告し、異なるモデル間のペアは比較不能として扱います。帰無所見、未解決の研究、品質の低い研究は、補完やプーリングを行わずに保持します。このチェックアウトには詳細な P10-F02 設計図が設定されていないため、契約はリポジトリで定義されています。 P10 F04 では、audit_glioma_registered_outcome_reporting と MCP glioma_registered_outcome_reporting_audit を通じて、登録済みアウトカムの報告状況を監査します。ローカルの登録プロトコルとレビュー済みの結果報告メタデータを比較し、主要アウトカムの報告が期限を過ぎても確認できない場合にマークするとともに、未完了、曖昧、未登録、報告期限前のアウトカムを区別します。効果値は受け付けず、報告状況の違いは出版バイアスや不正行為の証拠ではなく、レビューのためのシグナルとして扱います。このチェックアウトには詳細な P10-F04 ブループリントがないため、この契約はリポジトリで定義されています。

P10 F05 では、単一のダイジェストにひも付けられた研究アウトカム向けに、build_glioma_registered_outcome_record と MCP glioma_registered_outcome_record_build を追加します。P10 F06 では、効果をプールせずに独立した研究の互換性のあるレコードを組み合わせるため、build_glioma_registered_outcome_evidence_panel と MCP glioma_registered_outcome_evidence_panel を追加します。付随する glioma_registered_outcome_sensitivity_analyze ルートは、呼び出し側が宣言した欠落結果の範囲を、個別のシナリオとして評価します。このチェックアウトには詳細な P10-F05/F06 ブループリントがないため、これらの契約はリポジトリで定義されています。

自律エージェントのプロセス境界

Rust ランタイムは、明示的な Linux プロセス境界を必要とする呼び出し側向けに、オプトインの Docker ベースのコマンド境界も公開します。これはエージェントのツールディスパッチにも試験プロバイダーにも接続されていません。その制限と統合境界については、docs/OCI_SANDBOX.md に記載されています。

Python SDK には、自律型ブレイン向けの、シークレットを安全に扱うオペレーター用エントリーポイントが含まれています。

cd python
python -m prism_sdk catalogue
python -m prism_sdk evidence-plan --domain science
python -m prism_sdk provider-status --provider openai

キー不要のローカル開発では、同じ境界で明示的な認証情報なしのフィクスチャもサポートされます。 python -m prism_sdk provider-status --provider local および run --provider local --model local-model はランタイムの上限付きインメモリトランスポートを使用します。キーは不要で、ネットワークプロバイダーにも接続しません。 OpenAI キーなしで実際のローカルモデル推論を行うには、ファーストクラスの Ollama プリセットを使用します。 python -m prism_sdk provider-status --provider ollama（デフォルトのエンドポイントは http://127.0.0.1:11434/v1）を実行し、その後 --provider ollama --model <installed-model> および --approve-provider-call を指定して実行します。Ollama の経路は明示的で、認証情報不要かつ OpenAI 互換であり、デフォルトではループバックに限定されます。ローカルサーバーが利用できない場合は、合成応答にフォールバックせず、安全側に停止します。根拠に基づく調査を行うには、LocalNeurosurgicalAgent.grounded_real_data_research() / grounded_public_literature_research()（Python）または groundedRealDataResearch() / groundedPublicLiteratureResearch()（TypeScript）が、上限付きの実データまたは6専門分野の PubMed コンテキスト、明示的に承認された認証情報不要のローカルモデル呼び出し、対応する権威あるドラフト主張監査を組み合わせます。Ollama または呼び出し元が登録した別のローカルプロバイダーを受け付け、コンテキスト／バンドルのダイジェストと構造化された主張を返し、状態は grounded_for_human_review のままです。プロバイダーが停止した場合は安全側に停止し、合成エビデンスは一切生成しません。権威あるドラフト監査の前に、ブリッジは、モデルが引用するすべての情報が受け取った正確な上限付きコンテキスト内に存在することを要求します。コンテキストに含まれないものの有効なスナップショットレコードは、根拠があるものとして扱わず、拒否されます。 tool_loop=True（Python）または toolLoop: true（TypeScript）を設定すると、上限付きの読み取り専用かつ認証情報不要のスナップショットツールをローカルモデルに公開できます。これには、行検索、ClinicalTrials.gov の試験状況一覧ビュー（neurosurgery_real_data_trial_landscape_view）、および cBioPortal/GDC の分子カバレッジビュー（neurosurgery_real_data_molecular_coverage_view）が含まれます。呼び出しには明示的なターン数と呼び出し数の上限が適用され、サニタイズされた tool_trace として記録されます。返された引用識別子はクローズ検査に追加されます。最終監査の対象が広がるのは同じソースのファセット内に限られ、ネットワークツールや患者データツールに広がることはありません。試験および分子ビューと、比較用の neurosurgery_real_data_cohort_landscape_view は、引用用の記述的な集計値と正確な行を返しますが、適格性、有効性、安全性、治療、または患者に関する推論は行いません。3つ目のレビューキュービュー（neurosurgery_real_data_review_queue_view）は、該当する人間によるレビューに必要な、明示的なリンクの欠落、抄録、日付、またはサンプル数に関する義務のみを公開します。上限付きのタスク行は引用範囲内で完結しており、臨床的所見として扱われることはありません。このループでは neurosurgery_real_data_reconciliation_view も公開されます。このビューは、人間によるレビュー用に、正規化された PMID／DOI 対応表台帳（識別子の欠落または共有、件数、正確なメタデータ行）を返します。識別子の修復や統合、ソースの取得は行わず、識別子間の関係を生物学的または臨床的エビデンスとして扱うこともありません。返される行は引用範囲内で完結しています。また、neurosurgery_real_data_research_brief_view も公開されます。これは、統合された分子学的同一性、ゲノミクス、画像診断、病理学、試験、転帰、腫瘍微小環境、治療効果のメタデータを対象とする、決定論的な神経膠腫トピックレーン抽出機能です。トピックへの分類は語彙ベースで、レビュー担当者向けのものであり、関連性、エビデンスの質、生物学、臨床上の助言を示すものではありません。返される各レコードは、提供された実データスナップショットの引用範囲内で完結しています。公開文献ツールループでは neurosurgery_public_literature_review_queue_view も公開されます。このビューは、実際の PubMed スナップショットにある DOI／抄録／MeSH／出版物タイプの欠落、および重複識別子に関する義務を、引用範囲内で完結したレビュー担当者向けタスクに変換します。対象は専門分野に限定され、読み取り専用であり、メタデータの欠落を否定的なエビデンスとして扱うことはありません。また、neurosurgery_public_literature_integrity_view も公開されます。このビューは、呼び出し元の固定レーンについて、上限付きの PubMed ソース完全性および識別子の適正性に関する件数、レビュー理由、正確なメタデータの問題を返します。問題は引用範囲内で完結したレビュー作業のままです。エビデンスの順位付け、否定的な所見、臨床的結論として扱われることはありません。神経膠腫ループでは neurosurgery_real_data_evidence_graph_view も公開されます。これは、明示的な研究／プロファイル／PMID 対応表を上限付きでたどります。グラフのエッジは識別子／出所メタデータであり、因果関係や生物学的なつながりを示すものではありません。返されるノードはすべて引用クローズセットに追加されます。また、neurosurgery_real_data_evidence_acquisition_view も公開されます。このビューは、検証済みスナップショットと固定された神経膠腫リクエストから、上限付きの次段階エビデンス作業リストを作成します。作業リストに含まれるのは、ローカルで再実行する検索クエリ、ソースにリンクされたメタデータ参照、照合件数、明示的なレビュー担当者の義務のみです。ソースの取得、患者アセットのオープン、臨床行為の承認は行いません。公開文献ループでは、固定された専門分野レーンに対して並行する neurosurgery_public_literature_evidence_acquisition_view が公開されます。このビューは、チェックイン済みの PubMed スナップショットを、同じ上限付きのレビュー担当者所有のローカル作業リストにまとめる一方で、PMID 参照と human_review_required の境界を明示します。計画された検索クエリを、エビデンスが存在する証明として扱うことはありません。神経膠腫ループでは neurosurgery_real_data_coverage_view も公開されます。これは、ソース、レコード種別、時間、アッセイ、明示的なリンクのカバレッジと、上限付きの不足項目を示す、ダイジェストに紐付いたインベントリです。呼び出し元のスコープと省略項目は保持されますが、カバレッジを品質スコアや臨床的主張に変換することはありません。どちらのループでも neurosurgery_specialty_evidence_map_view が公開されます。このビューは、固定レーンの同一性、空間的、機能的、時間的なカバレッジ状態、欠落カウンター、レビュー担当者向けの質問を表示します。返されるのは計画メタデータのみ（観測値や臨床的推論は含まれません）で、プロバイダー不要かつ読み取り専用です。また、呼び出し元の専門分野レーンから逸脱するレポートは拒否されます。呼び出し元が明示的な UTC freshness クロックを指定すると、各ループで鮮度ビュー（neurosurgery_real_data_freshness_view または neurosurgery_public_literature_freshness_view）も公開され、上限付きのソース経過時間状態とダイジェストメタデータが返されます。ホストクロック、取得、品質推論、合成フォールバックは使用されません。この関数は、構造化された実データファセット（レコード種別、試験の状態／フェーズ／研究タイプと日付範囲、分子／ゲノムのセレクター、リンクされた出版物／MeSH セレクター、ソース ID）または PubMed ファセット（出版物タイプ、MeSH 用語、日付範囲）を受け付けます。モデルはファセットをさらに絞ったり、語彙テキストを変更したりできますが、呼び出し元のファセットを上書きしたり、結果上限を引き上げたりすることはできません。専門分野レーンをモデルが選択することはできません。語彙フィールドはファセットのみの検索では省略可能です。省略した場合、現在の上限付き質問（または呼び出し元のテキスト）がセレクターとして使用されます。ツールの結果には、試験の状態／フェーズ／研究タイプ、分子およびゲノムのデータ型ラベル、出版物／MeSH ラベル、登録／サンプルの集計数、存在する場合は抄録の抜粋など、上限付きのソースメタデータが保持されます。認識された related_records エッジはソースの対応関係を維持しますが、患者レベルの値が表示されることはありません。神経膠腫ツールループでは、正規化された PMID／DOI に関する欠落／共有行を示す、ダイジェストに紐付いた識別子照合ビューも提供されます。これはメタデータのみを扱う人間によるレビュー作業であり、識別子の修復、統合、取得、臨床的解釈は行いません。オペレーター向けコマンドでは、--tool-loop、--max-tool-turns 1..8、--max-tool-calls 1..32 を指定して同じモードを利用できます。永続化されたトレースに保持されるのは、検索テキストのダイジェストと構造化ファセットのみです。これらの根拠に基づくヘルパーでは、HTTP プロバイダーはループバック（localhost、127.0.0.1、または ::1）に解決される必要があります。リモートの認証情報不要ゲートウェイは、エビデンスツールやネットワーク呼び出しが行われる前に拒否されます。上限付きの groundedRealDataResearchLoop() / groundedPublicLiteratureResearchLoop() ヘルパーは、有限の自律的なファンアウトへと機能を拡張します。各パスでソースコンテキストを再構成し、主張を監査して、モデルが報告した不明点のみを重複のないメタデータ検索クエリに変換します。返されるパス台帳、保留中のクエリ、終了理由、ループダイジェストは呼び出し元が管理し、人間によるレビュー用に保持されます。実データループでは、neurosurgery_real_data_query と同じ構造化されたレジストリ、分子、ゲノム、PubMed の各ファセットも受け付けます。正規化されたファセットセットは台帳に保持され、ループダイジェストに紐付けられるため、再開時にエビデンスの範囲が暗黙に切り替わることはありません。呼び出し元が明示的な語彙 text ファセットを指定すると、最初のパスで使用されます。以降の不明点に基づくパスでは、すべての構造化ファセットを維持したまま、その語彙セレクターのみが置き換えられます。そのため、自律的な追加作業では、ソースの境界を広げずに検索対象を変更できます。永続化される各パスには、主張ペイロードの正規ダイジェストも含まれます。主張が欠落または改変されている場合、次のローカルモデル呼び出しの前に再開が拒否されます。公開文献ループでは、構造化された public_literature_query ファセット（専門分野、出版物タイプ、MeSH 用語、包括的な日付範囲、上限）も受け付けます。後続のパスで変更されるのは語彙テキストセレクターのみで、ファセットの完全なセットは保持され、再開時にも検証されます。以前の台帳を resume_from（Python）または resumeFrom（TypeScript）として渡し、パスの合計上限を大きくすると、プロセス再起動後に保留中のクエリを続行できます。別のローカルモデル呼び出しが行われる前に、スキーマ、プロバイダー／モデル、ソースバンドル、ループダイジェストが再検証されます。プロバイダー不要の機能ルーターは、脳神経外科向けツール一式全体を、生物医学および神経科学の両方のプロファイルに対応付けるようになりました。これには、サニタイズされた FHIR／DICOM インポート、エビデンスプログラムと自律型レビューウェーブ、試験状況一覧、分子カバレッジ、公開文献の更新／リンク／整合性キュー、ワークベンチ、ポートフォリオの各ツールが含まれます。自然言語ルーティングは引き続き語彙ベースで、判断できない場合は棄権します。レビュー済みの機能を選択するだけで、プロバイダー、患者ファイルへのアクセス、臨床行為、外部への作用を承認することはありません。 grounded_research_portfolio() / groundedResearchPortfolio() は、ソースごとに分離された1つのダイジェスト内で、両方のプレーンを調整します。実際の神経膠腫集団エビデンスと専門分野別 PubMed エビデンスは、それぞれ独立したループ／監査 ID を保持しながら、件数と保留中の作業はレビュー用に集約されます。両方のスナップショットが指定されると、ポートフォリオは既存のプロバイダー不要な neurosurgery_literature_link_audit も自動的に実行します。上限付きの正確な PMID／正規化 DOI リンク、照合されなかった識別子、メタデータの不一致は、独立したレビュー担当者向け成果物として扱われ、コホートの重複、因果関係、臨床的適用可能性を示すものではありません。ポートフォリオと grounded-autopilot CLI は、任意で実際の匿名化済み case_asset_manifest と上限付きクエリも受け付けます。権威あるマニフェストの投影から得られるのは、アセット種別のカバレッジ、ダイジェスト、レビュー担当者の義務のみです。アセットのバイト列、識別子、臨床値がローカルモデルのコンテキストに入ることはありません。添付情報は専門分野に紐付けられ、集団および PMID のエビデンスとは別個の症例出所プレーンとして扱われます。 Python のプロセス境界では、同じワークフローを aurora-agent grounded-portfolio として利用できます。上限付きのチェックイン済み非合成スナップショットを読み込み、ループバック上で Ollama（または明示的なインメモリフィクスチャ）を実行し、ダイジェストに紐付いた回答／主張台帳をアトミックに永続化します。--resume では、質問、プロバイダー／モデル、ソース選択、子ループのダイジェストが検証できるストアのみ続行します。このコマンドには API キーの引数もプロンプトも存在せず、研究専用で、人間によるレビューが必須です。最新の公開エビデンスが必要な場合は、--refresh-real-data および／または --refresh-public-literature を --approve-network とともに追加します。更新処理は、許可リストに登録された認証情報不要の公開エンドポイントのみを使用して候補スナップショットを検証し、最初のモデル呼び出しの前に選択されたファイルをアトミックに置き換えます。ソースダイジェストを変更すると永続化されたループが無効になるため、更新は --resume と併用できません。取得結果は source_refresh に返され、実行は引き続き人間によるレビューが必須です。同じ取得結果はダイジェストに紐付いた出力ストアに保持され、--resume 時にはソースを再取得せずに再生されます。 --real-data-query-file query.json（grounded-autopilot でもサポート）を使用すると、上限付きの JSON ファセットオブジェクトを神経膠腫プレーンに適用できます。選択されたファセットセットは保持され、再開時にも検証されます。どちらのコマンドでも --public-literature-query-file query.json を使用すると、出版物タイプ、MeSH、日付範囲、専門分野、上限の各ファセットを PubMed プレーンに適用できます。この範囲も保持され、再開時に検証されます。フリーテキストのルーティングでは、aurora-agent grounded-autopilot はまずプロバイダー不要の6専門分野インテークを実行します。ルーティングされたスナップショットが存在しない場合は needs_evidence で停止し、その後に限り承認済みのローカルモデルを呼び出します。神経膠腫には実際の神経膠腫スナップショットが必要です。それ以外の専門分野には PubMed スナップショットが必要です。エンベロープはソースプレーンの分離と明示的な人間によるレビュー保留を維持し、合成エビデンスへのフォールバックや臨床的助言の出力は行いません。--intake-output はアトミックでダイジェストに紐付いた再起動チェックポイントです。--resume では、質問、ルート、ソースパス、プロバイダー／モデル、上限付き制御項目（拡大が許可されるのはパス上限のみ）を再検証し、検証済みの子台帳をワーカーに渡します。チェックポイントに保持されるのは呼び出し元が所有する研究上の主張のみであり、キー、患者データ、非公開のモデル状態は含まれません。サポートされているすべてのプラットフォームで PubMed プレーンを更新するには、認証情報不要の NCBI 境界を使用します。 aurora-agent refresh-public-literature --approve-network。6つの上限付き専門分野レーンを取得し、Rust 互換のソースおよびバンドルダイジェストを計算し、synthetic_data=false を検証します。すべてのレーンがリンクされ、ハッシュ検査に合格した後に限り、スナップショットをアトミックに置き換えます。API キー、プロバイダー、患者データ、合成フォールバックは受け付けません。根拠に基づくコマンドでは、--refresh-public-literature --approve-network を指定してこの更新をインラインで実行できます（神経膠腫の場合は --refresh-real-data も追加します）。インライン更新はオプトイン方式で、--resume が指定されている場合は拒否されます。取得したソースダイジェストとメタデータは source_refresh に返されるため、モデルが未報告のコーパスを対象に実行されることはありません。神経膠腫集団の完全なプレーンを取得するには、aurora-agent refresh-real-glioma --approve-network を実行します。ClinicalTrials.gov、NCI GDC、cBioPortal、NCI PDQ、PubMed から集計メタデータのみを取得します。Rust 互換のソースハッシュと、レジストリ／ゲノム／ポータル／ガイドラインの各プレーンの要件を検証し、最後に正常に取得できたスナップショットをアトミックにインストールします。患者の行、アッセイ値、画像、認証情報、合成フォールバックは取得も保持もされません。実データコンテキストは、上限付きの各レビュー担当者向け義務（タスク ID、ソース ID、根拠）もシリアライズするため、自律ワーカーが未解決のメタデータキューを問題のないコーパスと取り違えることはありません。両方の SDK における、再開可能で証拠に基づいたプロバイダー呼び出しでは、呼び出し元のコールバックを await する前に、権威あるリクエスト、ワイヤー、認証情報、プロバイダー設定、およびトランスポートの各 ID を取得するようになりました。オブザーバーと再ハイドレーターには、切り離されたプロジェクションが渡されます。認証情報とプロバイダーのグラフチェックは、コールバックの後、および呼び出し元が所有するディスパッチトランザクションの後にも繰り返されます。このトランザクションでは、トランスポートを呼び出す前に、非公開の冪等性レシートを provider_in_flight チェックポイントとともに永続的にコミットする必要があります。また、終端状態への確定前にもグラフを再度チェックします。これは同一プロセス内のガード付き境界であり、厳密に1回だけ実行されるという保証ではありません。デプロイ側では、認証済みの永続レシートストレージ、プロバイダー側の冪等性、および結果が不確かな場合の照合を引き続き担う必要があります。 Rust ワークスペースには、プロバイダーに依存しない、脳神経外科研究専用のエージェントも含まれています。 bioprism-neurosurgery は、匿名化された神経膠腫、頭蓋底、頭蓋顔面、脳瘤、二分脊椎、キアリ奇形に関するリクエストを、決定論的な読み取り専用ツールで処理し、明示的なエビデンスの不足点と再現可能なリクエストダイジェストを出力したうえで、結果を常に人間によるレビュー待ちにします。各応答には、対象分野固有の研究プロファイルが含まれ、身元、解剖、時間、エビデンスに関する質問、交絡因子、レビュアーの役割を網羅します。OpenAI API や認証情報は使用しません。詳しくは docs/NEUROSURGICAL_AGENT.md をご覧ください。合成フィクスチャはオフラインのコントラクトテスト専用であり、実データの経路では使用されません。 neurosurgery_evidence_audit ツールは、経路の実行前に、測定済み、未測定、解釈不能、矛盾あり、出所情報なしの観察クラスについて、対象分野ごとの受付カバレッジを追加します。 neurosurgery_specialty_evidence_map ツールは、この監査を各レーンの4つの明示的な次元（身元、空間／解剖、機能／介入、経時的コンテキスト）に展開します。これにより、神経膠腫、頭蓋底、頭蓋縫合早期癒合症、脳瘤、二分脊椎、キアリ奇形のレビューで、どの領域の入力が不足しているか、解釈不能か、矛盾しているか、出所情報が不完全かを隠せません。Rust CLI（--specialty-evidence-map）、MCP、Python の specialty_evidence_map()、TypeScript の specialtyEvidenceMap() から利用できます。提供されたメタデータのみを一覧化し、画像、病理、ゲノム情報、手術記録のテキストを解釈することはありません。マップはダイジェストと正規化されたソース行を自己検証します。ミッション監査では、引き渡し前に、リクエストと提供されたスナップショットに照らして、型付きの神経膠腫マップを再構築します。 neurosurgery_evidence_synthesis ツールは、各データ面をまたぐ引き渡しの役割を担います。秘匿化された症例監査を、呼び出し元のエビデンス、検証済みの実神経膠腫集団スナップショット、および／または検証済みの6対象分野の PubMed スナップショットと統合します。各データ面は分離されたままで、正確なソース識別子と URI を確認でき、任意の鮮度レポートは提供されたバンドルのダイジェストに紐付きます。バンドル間の PMID 対応はリンクとしてのみ報告され、コホートや患者に関する主張にはなりません。参照範囲／クエリ範囲、切り詰め、不足しているスナップショット、不完全な症例カバレッジは、明示的なレビュー項目になります。Rust CLI（--evidence-synthesis）、Python の evidence_synthesis()、TypeScript の evidenceSynthesis()、MCP は、同一のキー不要、ネットワーク不要、読み取り専用のコントラクトを公開します。生の症例ラベルや値は出力されません。同じレポートが、ミッションヘルパーにも自動的に含まれるようになりました。単一バンドルのミッションでは対応するエビデンスデータ面が提示され、神経膠腫の2バンドルミッションでは、両方のデータ面と正確なリンクが、単一のダイジェストに紐付いた引き渡しで提示されます。永続化された統合レポートは、データ面の分離、レーン数、鮮度の紐付け、アセット／処置の投影、プロバイダーの境界を自己検証します。ミッション監査では、構造上は有効なレポートが気付かれずに別のリクエストへ紐付け直されないよう、正確なリクエストと提供されたスナップショットに照らしてレポートを再実行します。 neurosurgery_research_plan ツールは、明示された不足点を、範囲を限定したソースリンク付きの呼び出し元への引き渡し情報に変換します。提供されたローカルの実神経膠腫スナップショット、または6対象分野の PubMed スナップショットのみを検索し、レビュアーが確認できる安定したソース ID／URI を添付します。また、集団／引用のコンテキストと患者の観察結果を分離します。データの取得、モデルの呼び出し、状態の書き込み、診断、予後、治療、トリアージ、手技の指示は行いません。すべての計画は人間によるレビュー待ちです。Rust、MCP、Python、TypeScript、オフライン CLI は、タスク／参照範囲を設定できる同一のダイジェスト紐付けコントラクトを公開します。永続化される計画にはすべて plan_digest が含まれ、タスク／ソースの投影が検証されます。ミッション監査では、引き渡し前に記録された範囲とローカルクエリを、正確なリクエストとスナップショットに照らして再実行します。 neurosurgery_research_brief ツールは、同じ検証済みスナップショットを対象に、決定論的なソースリンク付きの予備調査を追加します。完全一致する語句を対象分野別のトピックレーンに分類し、安定したレコード ID／URI を返し、抄録の有無と切り詰めを保持し、トピック間の重複と明示的な不明点を報告して、レビュアー向けのプロンプトを出力します。エビデンスの順位付け、裏付けのない主張の要約、モデル呼び出し、集団の文献を患者のエビデンスに変換することは行わず、human_review_required は引き続き true です。Rust CLI（--research-brief）、Python の research_brief()、TypeScript の researchBrief() ファサードは、このレポートと同じ機能を公開します。永続化されたブリーフには validate_integrity() と validate_for_inputs(...) があり、ミッション監査では、トピック数、切り詰め、ソースリンクの投影を含め、正確なリクエストとソーススナップショットに照らしてブリーフを再実行します。単独の neurosurgery_evidence_graph 投影も、ダイジェストとトポロジーの検証対象です。validate_for_inputs(...) による再実行で、出力されたすべてのノード／エッジが、正確なローカル神経膠腫スナップショットと永続化された範囲に由来することを確認します。共通の neurosurgery_evidence_audit には audit_digest と正確なリクエスト再実行ガードが追加されました。そのため、後続のエビデンスプログラムと研究計画では、測定済み、未測定、解釈不能、矛盾ありの状態を対象とする、改ざん検知可能な受付カバレッジの基本機能を利用できます。 neurosurgery_evidence_acquisition ツールは、次の自律的なワーカー群です。同じ明示的な不足／解釈不能／矛盾／出所情報の欠落を、範囲を限定した2データ面の作業リストに変換し、呼び出し元から提供された検証済みの実神経膠腫スナップショットおよび／または PubMed スナップショットのみを検索します。各ステップにはソースタグ、トリガー、決定論的ダイジェスト、ローカル一致／切り詰めステータス、対象分野スキャンへのフォールバックフラグ、再実行可能な参照情報が含まれます。ソースがない場合は、明示的な対応事項として残ります。Rust、MCP、Python の evidence_acquisition()、TypeScript の evidenceAcquisition()、オフライン CLI は、このプロバイダー不要の機能を公開します。ライフサイクルの各メソッド（evidence_acquisition_start、範囲を限定した evidence_acquisition_advance、evidence_acquisition_finish と、それに対応する Python／TypeScript メソッド）を使うと、呼び出し元はダイジェストに紐付いたチェックポイントを永続化し、中断後に再開できます。リクエスト、クエリ、スナップショットのバイト列が変わっている場合、再実行前に拒否されます。データの取得、API キーの使用、アセットのバイト列の読み込み、集団／引用の一致を症例所見に昇格させることはなく、human_review_required は引き続き true です。scripts/run_neurosurgical_acquisition_worker.ps1 は、呼び出し元が管理するチェックポイントループをローカルで実行し、認証情報や臨床状態を書き込みません。 -CaseAssetManifestPath と、任意の -CaseAssetManifestQueryPath および -CaseAssetReviewDispositionPath を指定できるため、同じワーカーで、実際の匿名化済みマルチモーダルレビュー投影と永続化されたレビュアー状態を、すべての処理段階で引き継げます。実際の匿名化済み case_asset_manifest が提供されている場合、取得レポートにはマニフェストのレポートダイジェストと、範囲が限定されたアセットレビューデータ（ソース、ダイジェスト、タイムスタンプの不足、解釈不能、矛盾、要求クラスに関する対応事項）が含まれます。開始／進行／終了時の各再実行でこのダイジェストを再紐付けするため、ローカルワーカーが集団または引用のクエリを再実行する際に、マルチモーダルの出所情報を気付かれずに削除することはできません。オフライン CLI は、--research-plan --autonomous-acquisition と併せて --case-asset-manifest <path> および --case-asset-manifest-query <path> を指定することで、同じ投影を受け付けます。Python と TypeScript では、各ライフサイクルメソッドが対応する任意の引数を公開します。実際の神経膠腫研究では、出所情報に紐付いた公開スナップショット data/neurosurgery/glioma_public_snapshot.json を使用し、プロバイダーのキーを使わずに scripts/refresh_glioma_public_data.ps1 で更新してください。チェックイン済みの data/neurosurgery/glioma_extended_snapshot.json には、TCGA-GBM（617件）に加えて、実際の NCI GDC TCGA-LGG プロジェクト（集計症例数516件）が含まれます。このスナップショットは、同じスクリプトに -GdcProjectIds @("TCGA-GBM","TCGA-LGG") を指定して生成されます。再実行との互換性を保つため、ベースラインは変更されません。一方、呼び出し元は、より広い神経膠腫集団を含むバンドルと、異なるソースダイジェストを選択できます。チェックイン済みの拡張バンドルでは、安定したソース ID pubmed_glioma_molecular のもとで、より幅広い実際の PubMed クエリ (glioma OR glioblastoma OR diffuse midline glioma OR oligodendroglioma OR astrocytoma) AND (molecular OR genomic OR IDH OR MGMT OR methylation) も使用しています。そのため、低悪性度および組織分子学的用語が引用データ面から気付かれずに除外されません。各拡張 GDC プロジェクトには、集計されたファイル／データ型のファセット（体細胞変異、アライン済みリード、スライド画像、転写産物融合、メチル化の有無など）も含まれます。ファイル、サンプル、アッセイ値は公開されません。エンドツーエンドの候補ワークフローでは、scripts/run_glioma_refresh_review.ps1 がベースラインを検証し、公開エンドポイントから別個の候補を更新し、中核となる更新監査を実行して、ベースラインを置き換えることなくレポートを書き出します。昇格は、明示的にレビュアーが実行します。このスクリプトは、低レベルの更新スクリプトと同じ -GdcProjectIds、-PubMedTerm、-PubMedSourceId の範囲指定オプションを受け付けるため、ベースラインを気付かれずに変更せずに、実際の神経膠腫集団をより広く対象とした候補の監査が可能です。更新スクリプトでは、PubMed の範囲を20件に制限する設定がデフォルトで使用されます。明示的にコーパスサイズを指定するには、-PubMedLimit 1..50 を使用します。-PubMedTerm と -PubMedSourceId を指定すると、クエリ／ソースの出所情報を保持したまま、実際の引用レーンを拡張できます。既存のスナップショットを置き換える処理はアトミックに行われ、昇格後に一時バックアップが削除されます。ソース ID は取得日をまたいで安定しています。タイムスタンプとコンテンツハッシュで鮮度や変更を表すため、更新のたびにすべての項目を削除して再追加する必要はありません。 neurosurgery_real_data_refresh_audit ツールは、このワークフローの再起動に安全な照合レイヤーです。独立して検証された2つのスナップショットを指定すると、構造差分、カバレッジ、鮮度（指定時）、レビュースタックの対応事項、研究ブリーフを統合して、単一のダイジェスト紐付けレポートを作成します。安定したソース／レコードの識別情報を保持し、更新レビューの理由を明示的に出力します。候補スナップショットを受理、統合、取得、順位付け、書き込みすることはありません。Rust CLI（--real-data-refresh-audit）、Python の real_data_refresh_audit()、TypeScript の realDataRefreshAudit() ファサードは、同じプロバイダー不要のコントラクトを公開します。人間によるレビューは引き続き必要です。長時間にわたる作業では、neurosurgery_session MCP ツールが、ダイジェストに紐付いた開始／進行／終了チェックポイントを提供します。これにより、隠れたサーバー状態を持たずに、呼び出し元は一度に1つの読み取り専用の対象分野ツールを再開できます。チェックポイントには、正規の対象分野ルート、セッション ID、イベントステータス、最終的な保留状態も紐付けられるため、再開後のツール実行前に、ID やルートの変更は確実に拒否されます。最終的なすべての AgentResponse には、完全なルート、ツールトレース、エビデンス不足の投影、ネストされた出所情報の要約を対象とする response_digest が含まれます。Rust の呼び出し元は、永続化されたエンベロープの検査には validate_integrity()、正確なリクエストの再実行には validate_for_request(...) を呼び出せます。セッション終了時には、いずれかの構造エンベロープの検証ゲートに失敗した応答は拒否されます。ミッションエンベロープには、範囲を限定した同じ evidence_acquisition 計画も含まれます。そのため、プロバイダー不要の単一ミッションで、対象分野のルート、ソースリンク付きの研究計画、実データ／文献のパケット、再開可能な取得作業リストを、エビデンスデータ面を統合せずにまとめて提示できます。さらに evidence_program も含まれます。各レーンに対して、プロトコルで定義された6つのレビュートラック（神経膠腫の組織分子学的な同定、画像表現型、手術／機能、反応評価項目、微小環境、試験デザインなど）が、添付された実スナップショット内の正確な ID に対応付けられます。 neurosurgery_evidence_program と、Python の evidence_program()／TypeScript の evidenceProgram() ファサードから、同じ確認事項を直接利用できます。トラックの一致は、範囲が限定された参照情報、必須の観察クラス、専門のレビュアー役割を伴う、透明性のある語句ベースの検索結果です。各トラックには、型付き受付監査からコピーされたメタデータのみの観察カバレッジ（measured、unmeasured、uninterpretable、conflicting）、不足クラス、出所情報の不足も含まれます。これは作業リストの手掛かりであり、十分性のスコアではありません。該当項目のないトラックや切り詰められたトラックは、不明のままです。このプログラムは読み取り専用で、プロバイダー不要、ネットワーク不要、合成データ不使用であり、人間によるレビューを必須とします。エビデンスの順位付け、神経膠腫の分類、治療や手術のガイダンスは行いません。永続化された case_asset_review_disposition 台帳がマニフェストとともに提供されている場合、そのダイジェストと未処理／解決済み件数は、エビデンスプログラムと取得計画の両方に引き継がれます。古い、または改ざんされたレビュアー状態は拒否されます。実際の匿名化済み case_asset_manifest が提供されている場合、各トラックでは、必須の観察クラスが、ダイジェストのみで示される画像、病理、分子、手術、機能、発達、経時的、解剖学的なカバレッジと結合されます。observed、present_not_observed、missing の各状態により、アセットのバイト列を読み取らずに、次のエクスポート／レビューで何をすべきかを明確にできます。任意の asset_coverage_complete フラグはインベントリのメタデータであり、臨床的な十分性を示すものではありません。トラックは、観察／出所情報の不足と未解決のアセットクラスを対象とする決定論的な review_worklist も出力します。これにより、所見を捏造せず、ローカルワーカーが次に確認すべきメタデータを明確にできます。エビデンスプログラムのレポートは、正規化されたトラック、カバレッジ／件数の整合性、ソース参照、鮮度の紐付け、ダイジェストを自己検証します。ミッション監査では、引き渡し前に、正確なリクエストと提供されたスナップショットに照らして再実行します。永続化された症例アセット投影には validate_integrity() と validate_for_request(...) のガードが用意されています。統合、エビデンスプログラム、取得の各結合処理は、改ざんされたレポートやリクエストが一致しないレポートが、ダイジェストに紐付いた引き渡しに入る前に拒否します。これにより、上流のアセットダイジェストがアセットの臨床的な真実性を証明するかのように装うことなく、再起動／レビューのワークフローを保護します。オフライン CLI では、--evidence-program と --real-glioma <snapshot> および／または --public-literature <snapshot> を指定して、同じ処理を実行できます。レーン、トラック、参照、抄録、鮮度の範囲を設定するには、--evidence-program-query <query.json> を追加します。 data/neurosurgery/evidence_program_query.json は、チェックイン済み PubMed スナップショット向けの6レーンすべてを対象とするクエリテンプレートです。ミッションエンベロープには最終的な mission_audit レシートも含まれます。対象分野／ステータスの識別情報、リクエストダイジェスト、実／公開スナップショットのダイジェスト、必須レポートデータ面の有無、症例アセットから統合および症例アセットからエビデンスプログラムへの紐付け、プロバイダー不要で人間によるレビューを必須とする境界を検証します。integrity_ok は組み立て／出所情報の整合性のみを示します。臨床的な準備状況やエビデンスの質を表すスコアではありません。永続化されたミッションエンベロープには、単一の再実行ゲートが備わりました。Rust の NeurosurgicalMissionResult::validate_integrity() は、入力なしで、最終応答／セッションの連鎖とネストされたすべてのレシートを検査します。一方、validate_for_inputs(...) は、正確なリクエストと呼び出し元が管理するスナップショットに照らしてミッション監査を再構築します。リクエストまたはスナップショットのバイト列が変更されている場合、ワーカーがパケットを再利用する前に確実に拒否されます。MCP の neurosurgery_mission ツールは operation: "validate" を受け付けます。Python の validate_mission()、TypeScript の validateMission()、オフライン CLI の --validate-mission <mission.json> は、同一のキー不要、読み取り専用の再実行チェックを公開します。ミッションに DICOM または FHIR のレシートが含まれている場合、正確な再実行には元のサニタイズ済みメタデータエクスポートも必要です（CLI では --mission-case-dicom または --mission-case-fhir、MCP の検証呼び出しでは対応する症例インポートオブジェクト）。これがない場合、レシートの構造的整合性だけをソースの再実行と見なすことはせず、検証は確実に失敗します。 neurosurgery_catalogue MCP ツールは、実行前にすべての対象分野プロファイルと読み取り専用のツール仕様を公開します。一方、neurosurgery_real_data_query は、検証済みの公開バンドルを検索します。安定したレコードテキスト、cBioPortal の分子プロファイルのモダリティ、試験ステータス、レジストリの正確なフェーズまたは研究種別ファセット、包含的なレジストリ更新日範囲、GDC の正確な genomic_data_type ファイルファセット、大文字／小文字を区別しない PubMed の publication_type／mesh_term インデックスファセット、包含的な PubMed の publication_date_from／publication_date_to 範囲、レコード種別／ソースのファセット、明示的な関係ファセットで検索できます。PubMed レーンの PMID／タイトル／DOI／抄録／MeSH の一致も対象です。これらのインデックスファセットは文献メタデータを絞り込むものであり、研究の質のスコアとして機能するものではありません。ゲノムプロジェクトの検索結果には、該当する場合、集計された GDC ファイル／データ型ファセットも追加で表示されます。これにより、ファイル、サンプル、分子値を返さずに、モダリティの有無をソースに紐付けて示せます。 PubMed の検索結果には、レビュアーが確認できる、範囲を限定したソーステキストの抜粋とインデックスタグが含まれます。臨床試験の検索結果では、ClinicalTrials.gov の研究種別、集計された登録目標人数、介入名、フェーズ、最終更新日を任意で保持します。ポータルの研究結果では、公開サンプル数を任意で保持し、PubMed の検索結果では出版日を保持します。PubMed の日付情報が部分的な場合（年のみ、または月のみ）、日を補って捏造せず、不明のままにします。上流の情報が不足している場合、推測せず、その項目は存在しないままにします。検索結果には、研究↔プロファイル／文献の関係も明示的に含まれるため、呼び出し元は文面からリンクを推測せずにエビデンスグラフをたどれます。分子プロファイル行が示すのは利用可能なアッセイのモダリティのみであり、変異、発現、患者レベルの値は公開しません。応答には、プロファイルのモダリティと明示的な関係の決定論的な件数も含まれます。レビュアーは、ソースに紐付いたメタデータを確認する前に、アッセイカバレッジとソース間の接続性を把握できます。 PubMed の検索結果はメタデータのみであり、実質的な用途に使う前にレビュアーによる検証が必要です。Rust の要約には、ポータルの引用と一致しないものを示す PMID クロスウォークも含まれますが、コホートの同一性は推測しません。Python SDK は、LocalNeurosurgicalAgent を通じて、範囲を限定したセッションの反復、カタログの確認、UI やワーカーとの統合に使える公開レコード検索を含む、同じプロバイダー不要のライフサイクルを公開します。永続化された実データ／PubMed の検索結果では、validate_integrity() と正確な validate_for_inputs(...) 再実行が利用可能になりました。ミッション監査ではこれらのゲートを実行するため、変更されたクエリ、検索結果一覧、件数の投影が永続化されたミッションに紛れ込むことはありません。 neurosurgery_real_data_trial_landscape は、同じ検証済みスナップショットを対象とした、ダイジェストに紐付いたプロバイダー不要の ClinicalTrials.gov メタデータ調査を追加します。対象は、範囲を限定したステータス、複数ラベルのフェーズ、研究デザイン、介入、更新日、ソース、欠損、切り詰めの投影です。試験の順位付けや、適格性、有効性、安全性、転帰、患者レベルの意味の推定は行いません。複数のフェーズを持つ行は、誤解を招く試験総数にまとめず、明示的に数えます。 neurosurgery_real_data_molecular_coverage は、補完的な cBioPortal の利用可能性台帳を追加します。正確な変更タイプ／データ型ファセット、研究ごとのプロファイル件数、解析から見えるメタデータおよび患者レベルメタデータのフラグ、説明のカバレッジ、変更タイプ／データ型の明示的な不足件数、集計された GDC プロジェクトのファイル／データ型ファセット、明示的な行／研究／ファセットの切り詰めまたはファセット不足の理由を記録します。スナップショット内にすでに存在する公開アッセイメタデータのみを一覧化します。変異／発現値やサンプル識別子は含みません。ダイジェストに紐付き、再実行可能で、プロバイダー不要、ネットワーク不要、人間によるレビューを必須とします。正規のエビデンスパケットには、この台帳が試験および比較コホートのランドスケープとともに自動的に含まれます。 neurosurgery_real_data_cohort_landscape は、自律ループが使用する、ゲノムプロジェクトの比較ビューを追加します。このビューは、新たに生成されるエビデンスパケットとミッションに自動的に含まれます。検証済みバンドルにすでに含まれている、ソースリンク付きの TCGA／GDC プロジェクトを比較し、公開済み症例の集計インベントリ、プロジェクトごとのファイル／データ型の利用可能性、明示的な切り詰めやメタデータ不足の理由を報告します。読み取り専用、プロバイダー不要、メタデータのみのビューです。行は引用参照用、件数は計画立案のための記述的コンテキストです。ファイルの読み込み、サンプルや分子値の公開、コホートの統合、臨床的主張は行いません。自然言語による入力では、neurosurgery_intake_plan と、Python の intake_plan()／TypeScript の intakePlan() ファサードが、決定論的な語句ベースで6つの固定対象分野ルートに振り分けます。範囲を限定した候補を返し、曖昧または不明瞭な表現では判断を保留し、呼び出し元が指定したエビデンススナップショットの分類、レビュアーの役割、次の研究アクションを列挙します。質問は、返される計画の中では SHA-256 ダイジェストだけで表されます。スコアはルーティング上の単位であり、確率や臨床リスクを表しません。明示的に指定された対象分野は、研究の振り分け先を上書きするためだけに使われます。これにより、モデルプロバイダー、認証情報、ネットワーク、患者ファイル、診断、手技の機能を追加せずに、自由記述の受付を活用できます。固定語彙には、病名だけでなく、専門分野のサブトピックも含まれます。神経膠腫の組織分子マーカーと治療効果関連用語、錐体斜台部／海綿静脈洞と脳神経に関するトピック、頭蓋縫合早期癒合症の縫合部および症候群関連用語、脳瘤の種類と髄液鼻漏、脊髄形成異常、脊髄係留、神経因性膀胱に関する用語、キアリ奇形の計測値、シネ MRI、髄液流に関する用語が含まれます。これらはルーティングラベルにすぎず、推定された所見に変換されることはありません。 neurosurgery_intake_mission と、intake_mission()／intakeMission() は、このプランナーを、ガード付きの研究専用ミッションと組み合わせます。質問が曖昧な場合はダイジェストのみの保留応答を返します。選択された神経膠腫ルートでは、検証済みの実神経膠腫スナップショットが必須です（PubMed は任意の補足情報です）。その他の対象分野では、検証済み PubMed スナップショットが必須です。実行結果には生の質問やリクエストのペイロードが含まれず、プロバイダー不要、ネットワーク不要、読み取り専用で、人間によるレビュー待ちのままです。呼び出し元は、観察、出所情報、エビデンスを含む、匿名化済みの任意の case_request を追加できます。バンドルのクエリが実行される前に検証され、ガード付きルートに引き継がれるため、従来の空症例へのフォールバックを使わずに実際の症例をレビューできます。症例のペイロードは受付エンベロープに出力されません。省略した場合もミッションはルートを実行しますが、観察結果の不足点が提示され、人間によるフォローアップの対象となります。任意の case_asset_manifest と case_asset_manifest_query を使うと、実際の匿名化済みマルチモーダルアセットメタデータをネストされたミッションに引き継げます。マニフェストはダイジェストに紐付けられ、アセットの状態の明示を必須とし、バイト列を読み込みません。同じ組み合わせを Rust CLI の --intake-mission と併せて使用してください。受付ミッションは、case_dicom_import と case_fhir_import も直接受け付けます（Python の intake_mission(..., case_dicom_import=..., case_fhir_import=...)、TypeScript の intakeMission(..., caseDicomImport, caseFhirImport)、MCP フィールド、または CLI の --intake-case-dicom／--intake-case-fhir）。これらのインポートは、同じ独立検証済みでダイジェストのみの経路を通り、相互に組み合わせられますが、2つ目のアセットマニフェストとは併用できません。すでに永続化されている case_asset_review_disposition 台帳も、同じ受付ミッション呼び出しで指定できます（Python の case_asset_review_disposition=...、TypeScript の caseAssetReviewDisposition、または MCP フィールド）。エビデンスの引き渡し前に、レポートダイジェストとレビュアー件数が検証され、統合、エビデンスプログラム、取得、最終監査に再紐付けされます。マニフェストを変更したり、臨床的な結論を作成したりすることはありません。実症例を FHIR でエクスポートする場合、neurosurgery_case_fhir_import（Rust の NeurosurgicalAgent::case_fhir_import、Python の case_fhir_import()、TypeScript の caseFhirImport()、または CLI の --case-fhir-import <import.json>）を使うと、呼び出し元がサニタイズした FHIR Bundle を、同じダイジェストのみのアセット境界に投影できます。インポートでは、deidentified: true、synthetic_data: false、範囲を限定した resourceType／id メタデータ、明示的なアセット種別／ステータス／出所情報のヒントが必須です。識別子、患者参照、ナラティブ、コード、計測値、生テキストは拒否されます。Bundle は決して出力も解釈もされません。分類されていないリソースはレビュアー用タスクとなり、API キーやネットワークなしで、正確なリクエスト、Bundle、ヒントに照らしてレポートを再実行できます。画像アーカイブが標準 DICOM JSON をエクスポートする場合、neurosurgery_case_dicom_import（Rust の NeurosurgicalAgent::case_dicom_import、Python の case_dicom_import()、TypeScript の caseDicomImport()、または CLI の --case-dicom-import <import.json>）は、モダリティ、撮影部位、Study／Series／SOP UID のダイジェスト、日付、説明、シリーズ番号など、範囲を限定したシリーズ単位のメタデータのみを投影します。データセット1件または配列を受け付けます（最大512データセット、メタデータは最大4 MiB）。患者を特定できるタグと PixelData は拒否され、不明なタグやプライベートタグは無視されます。DICOM のバイト列を読み込んだり、画像を解釈したりすることはありません。SeriesInstanceUID、撮影日、モダリティ、撮影部位、オブジェクトのバイト列 SHA-256 ダイジェストの欠落は、明示的なレビュー対応事項になります。ダイジェストに紐付いたレポートは再実行可能で、合成データを使わず、プロバイダー不要、ネットワーク不要で、人間によるレビューを必須とします。エンドツーエンドの単一の引き渡しには、neurosurgery_case_dicom_evidence_workflow（Rust の NeurosurgicalAgent::case_dicom_evidence_workflow、Python の case_dicom_evidence_workflow()、TypeScript の caseDicomEvidenceWorkflow()、または CLI の --case-dicom-evidence-workflow）を使用します。実際のメタデータ投影を、検証済みの実神経膠腫／PubMed レコード、エビデンス統合、6トラックのレビュー用プログラム、再開可能なローカル取得チェックポイントと組み合わせます。ネストされたすべてのレポートが、同じリクエストと DICOM マニフェストのダイジェストに紐付けられます。出力は引き続きプロバイダー不要、ネットワーク不要、読み取り専用、合成データ不使用で、人間によるレビュー待ちです。繰り返し実行できる PowerShell ラッパー scripts/run_neurosurgical_dicom_evidence_workflow.ps1 は入力を検証し、オフライン CLI を実行して、呼び出し元が指定したレポートを書き出します。データを昇格させたり、認証情報を保持したりすることはありません。ミッションレベルの神経膠腫資料を作成するには、同じ DICOM インポートを case_dicom_import として neurosurgery_mission に渡してください（Python の run_research_mission(..., case_dicom_import=...)、TypeScript の runResearchMission(..., caseDicomImport)、または --mission --real-glioma と併せた CLI の --mission-case-dicom <import.json>）。ミッションは DICOM レシートを保持し、そのマニフェストダイジェストが統合、エビデンスプログラム、取得に再紐付けされていることを検証します。この簡便な経路は実神経膠腫データのみを対象とし、サニタイズ済み FHIR インポートと組み合わせてマルチモーダルのダイジェストのみのマニフェストを作成できますが、2つ目のアセットマニフェストや処置台帳とは併用できません。このミッションレベルの経路をローカルで繰り返し実行するには、 scripts/run_neurosurgical_mission_with_dicom.ps1 を使用してください。DICOM／マニフェスト／統合の紐付けを検証し、ミッション監査がゼロ以外の結果を返した場合は、レポートを書き出す前に拒否します。同じミッションエンベロープは、サニタイズ済み FHIR メタデータのインポートも case_fhir_import として受け付けます（Python の run_research_mission(..., case_fhir_import=...)、TypeScript の runResearchMission(..., caseFhirImport)、または CLI の --mission-case-fhir <import.json>）。実神経膠腫バンドル、複数対象分野の PubMed バンドル、またはその両方と併用できます。FHIR レシートのダイジェストのみのマニフェストは、同じ統合、エビデンスプログラム、取得、ミッション監査の各データ面に再紐付けされます。FHIR リソースや臨床値は返されず、解釈もされません。FHIR と DICOM のインポートは同時に指定できます。それぞれ独立して検証されたダイジェストのみの投影を1つのマルチモーダルマニフェストに統合し、両方の子レシートを表示します。インポートに基づくミッションに、別のアセットマニフェストや処置台帳を組み合わせることはできません。受付ミッションとポートフォリオでは、呼び出し元が指定する任意のクロックに基づく freshness ポリシーも、インラインまたは CLI の --intake-freshness <query.json> フラグで受け付けます。結果となる実データ／PubMed の鮮度レポートはダイジェストに紐付けられます。指定しない場合、鮮度は主張されず、サーバーが独自の時計を参照することもありません。実行時に使用されるのは、プランナーが一致させた固定語彙の用語のみで、範囲を限定したローカル実データ／PubMed のフィルターになります。元の自由記述は、これらのレポートに出力されません。明示的に対象分野のみがヒントとして指定され、語句の一致がない場合は、そのレーンの正規コーパス用語（神経膠腫なら glioblastoma など）が使用されます。同じ受付オーケストレーションは MCP なしでも利用できます。フラットな JSON 形式の受付クエリを bioprism-neurosurgery --intake-mission または --intake-portfolio にパイプし、チェックイン済みの --real-glioma および／または --public-literature スナップショットを指定します。これらの CLI モードでは、プロバイダー、API キー、ネットワークを使わずに、同じ検証、出所情報チェック、人間によるレビュー待ちの状態を適用します。両方の公開バンドルを昇格させていない候補として更新し、その差分を監査してから、検証済みの候補を使ってポートフォリオを実行する、繰り返し実行可能なワーカーには、 scripts/run_neurosurgical_intake_portfolio.ps1 を使用してください。機械可読なワーカーエンベロープを1つ出力し、候補スナップショットを昇格させることはありません。呼び出し元が管理するソース経過時間のクロックに紐付けるには -FreshnessQueryPath を指定します。選択したレーンのポートフォリオに実際の匿名化済みマルチモーダル出所情報を引き継ぐには、-CaseAssetManifestPath と任意の -CaseAssetManifestQueryPath を指定します。永続化された case_asset_review_disposition 台帳は、マニフェストと併せて指定でき、ネストされたミッションの統合／取得監査に再実行されます。6レーンすべてのポートフォリオでは、マニフェストと台帳の両方が拒否されます。PowerShell ワーカーは、同じ台帳を -CaseAssetReviewDispositionPath で受け付けます。複数対象分野の調査には、neurosurgery_intake_portfolio と、intake_portfolio()／intakePortfolio() を使用します。フィルターを選択した1つのレーン、または明示的に指定した6レーンすべてのポートフォリオに展開します。各レーンは独立したまま、ソースに紐付けられます。神経膠腫も要求範囲に含まれるため、全レーンのポートフォリオでは PubMed スナップショットと実神経膠腫スナップショットの両方が必要です。選択したレーンのポートフォリオでは、メタデータのみの症例アセットマニフェストの組み合わせを指定できます。全レーンのポートフォリオでは、レビュアー台帳を含め、単一の対象分野に限られるアセットの添付は拒否されます。選択したレーンの呼び出しでは、ネストされたミッションを通じて case_asset_review_disposition= を指定できます。ワーカーは、エンベロープを出力する前に、選択したレーンのネストされたエビデンス統合で、アセットダイジェストとカバレッジ件数を検証します。レビュアーが明示的かつ範囲の限られた研究／プロファイル／PMID のクロスウォークを必要とする場合は、neurosurgery_evidence_graph（または evidence_graph()／evidenceGraph()）を使用してください。ソース URI、ルート探索、コンポーネント／孤立ノード数、省略項目、ダイジェストを返します。生物学的因果関係や臨床アクションを推測することはありません。補完的な neurosurgery_real_data_coverage レポートは、同じ実スナップショットを、ソース、レコード種別、試験更新日／出版日の軸、アッセイモダリティ、抄録の有無、研究／プロファイル／PMID の明示的な紐付けの不足に基づいて監査します。日付の欠落を保持し、取得メタデータを提示し、カバレッジダイジェストに紐付けます。鮮度やエビデンスの質のスコアリング、コホートの統合、臨床的な主張は行いません。カバレッジレポートには validate_integrity() と validate_for_inputs(...) があり、ミッション監査では、ローカルワーカーがカバレッジデータ面を利用する前に正確な再実行チェックを行います。 neurosurgery_real_data_reconciliation は、これに対応するソース間の識別子台帳です。1つの検証済みスナップショットを再実行し、PMID／正規化 DOI の完全一致のみを報告します。対象は、ローカル文献の範囲に含まれないポータルの PMID、複数のポータル研究で共有される PMID、複数の文献行で共有される DOI です。検出結果が切り詰められていても件数は表示され、識別子の統合や修復は行われません。検出結果が1つでもあれば requires_review が設定されます。これはメタデータのレビューワークであり、生物学的、臨床的、エビデンスの質に関する結論ではありません。プロバイダー、ネットワーク、API キーなしで、RealGliomaBundle::reconcile、LocalNeurosurgicalAgent.real_data_reconciliation()、realDataReconciliation() から利用できます。実データを扱うミッションでは、ClinicalTrials.gov の行を対象とする範囲を限定した real_data_trial_landscape インベントリと、cBioPortal のアッセイ／プロファイルメタデータを対象とする real_data_molecular_coverage インベントリも添付されます。どちらも同じ検証済みスナップショットのダイジェストに紐付けられ、切り詰めやメタデータ不足をレビュー対応事項として保持します。試験の順位付け、適格性の推定、患者レベルのアッセイ結果の公開、有効性、安全性、診断、予後、治療に関する主張は行いません。 neurosurgery_real_data_freshness は、鮮度に関する明示的な補助機能です。呼び出し元が管理する UTC as_of タイムスタンプと max_age_days ポリシーを指定すると、各ソースを current、stale、future_dated に分類します。将来の日付が付いたソースがある場合、requires_review が強制されます。経過時間をエビデンスの質、適用可能性、臨床的関連性として扱うことはありません。このレポートはダイジェストに紐付けられ、読み取り専用、プロバイダー不要です。複数対象分野の PubMed スナップショットでは、neurosurgery_public_literature_freshness として利用できます。鮮度レポートには、実神経膠腫および複数対象分野のスナップショット向けの validate_integrity() と正確な再実行メソッドが用意されています。ミッション監査では、呼び出し元が指定したクロックまたはソースバンドルから、古い、あるいは将来の日付が付いた状態が変化している場合、拒否されます。実データを扱うミッションには、順序付けされたソースリンク付きの research_plan、カバレッジ監査、範囲を限定した real_data_trial_landscape および real_data_molecular_coverage インベントリ、メタデータレビュースタック、範囲を限定したエビデンスパケット、明示的なエビデンスグラフ、ダイジェストに紐付いた real_data_autonomous_workflow、real_data_reasoning_context が、任意の範囲を限定したレコードクエリや再開可能な人間レビューのワークフローとともに自動的に含まれます。計画とスタックは、受付で明らかになった不足点を、呼び出し元が管理する次のレビュ―タスクに変換します。パケット／コンテキストは、呼び出し元が管理するローカルモデルまたはレビュアーが参照できる入力です。モデルの呼び出しや臨床的な結論ではありません。公開文献を扱うミッションには、対応する範囲を限定した PMID エビデンスパケットが含まれ、パケット／ブリーフ／コンテキストの引き渡し前に、対象レーンに限定した public_literature_integrity_audit が自動実行されます。DOI、抄録、出版種別、MeSH メタデータの不足や識別子の重複は、明示的なレビュー対応事項のままです。否定的なエビデンスとして扱われることはありません。同じミッションエンベロープには、安定したソースリンク付きのレビュアータスクを含む、範囲を限定した public_literature_review_queue も含まれます。これにより、プロバイダーのキーや臨床的解釈なしで、実際のメタデータの不足を実行可能なレビュー作業にできます。このキューには validate_integrity() と validate_for_inputs(...) があり、永続化されたタスク行を、正確な整合性監査および公開スナップショットに紐付けます。これに対応する neurosurgery_public_literature_workbench は、選択した各レーンの固定対象分野プロファイル（身元、空間、時間、エビデンスに関する質問、交絡因子、レビュアーの役割の各軸）を、スナップショットの正確なカバレッジ、抄録の有無、メタデータ不足、整合性レビュー件数と結合します。これは準備状況や品質のスコアではなく、ナビゲーション用メタデータです。レーンの順位付け、不足フィールドの補完は行わず、診断、予後、治療、トリアージ、手技に関するアクションも出力しません。標準入力から JSON クエリを渡して --public-literature-workbench <public> を使用するか、Python の public_literature_workbench()、または TypeScript の publicLiteratureWorkbench() を使用してください。公開文献を扱うミッションでは、リクエストに指定された対象分野のワークベンチが自動的に添付されます。整合性監査、ワークベンチ、マトリクス、ポートフォリオの各レポートには、ダイジェスト／正確な再実行チェックが用意されています。永続化された複数レーンのレビュー状態は、使用前に同じ公開スナップショットに照らして再実行する必要があります。 neurosurgery_public_literature_portfolio パスは、このワークベンチを1つの制約付きマルチレーン引き継ぎにまとめます。選択した各専門分野に対して、正確な字句検索結果、そのプロファイルとカバレッジレーン、安定したレビューキュー（デフォルトでは6つすべてのレーン）を提供します。検証済みの実際のPubMedスナップショットのみを使用し、ヒット数、レビュー項目数、省略数、切り捨て数を明示的に保持します。このポートフォリオはプロバイダーを使用せず（provider: none、network: false、synthetic_data: false）、エビデンスの順位付けや臨床的結論の推論は行いません。また、URLの取得、認証情報へのアクセス、永続状態への書き込みも行いません。--public-literature-portfolio <public>と標準入力上のJSONを使用するか、Pythonのpublic_literature_portfolio()またはTypeScriptのpublicLiteraturePortfolio()を使用してください。観察データには、呼び出し側が指定した UTC の observed_at 値や、匿名化された timepoint ラベルが含まれる場合もあります。neurosurgery_evidence_audit の応答（および --temporal-audit CLI モード）には、順序付けされたタイムスタンプ、同時刻の観察データ、日付のないレコード、日付がない必須専門分野クラス、呼び出し側の順序の逆転を含む、ダイジェストに紐付いた temporal_alignment レポートが追加されました。これは明示的な縦断メタデータ監査であり、進行、反応、予後、診断、治療のモデルではありません。日付が自由記述テキストから推測されることはありません。更新の監視には、neurosurgery_real_data_diff が検証済みスナップショットを 2 つ比較し、安定した識別子に基づいて、追加、削除、変更された公開レコードとソースメタデータの変更を提示します。抄録をコピーしたり、鮮度を評価したり、コホートを統合したり、臨床的な主張をしたりすることはありません。差分レポートは validate_integrity() と validate_for_inputs(...) を公開するため、更新の判断を正確な更新前後のスナップショットに対して再現できます。統合更新監査では、差分、カバレッジ、鮮度、レビューキュー、研究ブリーフの各プレーンにわたり、同じネストされた整合性チェックと正確な再生チェックを適用します。次に、neurosurgery_real_data_review_queue は、明示的なスナップショットの不足（クロスウォークの欠落、引用の未リンク、抄録の欠落または切り詰め、レジストリの日付が不明、サンプル数が不明）から、件数を制限したダイジェストアドレス指定の人手レビューキューを作成します。値を補完したり、臨床上の緊急度を割り当てたりすることはありません。 neurosurgery_real_data_review_disposition は、出力されたキュータスクに呼び出し側が管理する reviewed、unresolved、または not_applicable の状態を適用し、キューダイジェストを検証します。省略された、または未決定の義務は保留中のまま維持されます。ソースの事実を編集したり、臨床的な結論を導いたりすることはありません。 neurosurgery_real_data_evidence_packet は、検証済みサマリー、カバレッジ、明示的なクロスウォーク、ソースリンク付きの件数制限されたクエリ結果、正規化された ClinicalTrials.gov 試験の全体像、レビューキューを 1 つのパケットダイジェストにまとめ、ローカルモデルまたは人手レビュー担当者に渡します。ネストされた省略事項や不明点は、引き続き明示されます。パケットには、正規化された cBioPortal 分子データ利用可能性台帳（研究ごとのプロファイル／モダリティ、明示的な説明の不足、件数制限の状態）も含まれるため、ローカルワーカーは推論する前に、実際に存在するアッセイメタデータを確認できます。実際のグリオーマ文献パケットと複数専門分野にまたがる文献パケットは、明示的な UTC の as_of を指定する任意の freshness クエリに対応し、指定時にはダイジェストに紐付いたソースの現行／古い／未来日付の状態を返します。省略した場合、時刻を捏造したり、スナップショットが新しいと主張したりすることはありません。実際のグリオーマパケットには、正規化された PMID／DOI 照合台帳も含まれます。識別子の欠落または共有は、ローカルモデルがクロスウォークを利用する前に対応すべき、明示的な来歴レビュー義務として維持されます。 neurosurgery_real_data_reasoning_context は、このパケットを、ダイジェストに紐付いたヘッダー、ソースを参照できるレコードブロック、任意の信頼できない抄録抜粋、文字数／クエリの明示的な省略を備えた、決定論的で件数制限のあるローカルモデル用コンテキストに変換します。モデルを呼び出したり、ソーステキストから臨床的な結論を導いたりすることはありません。コンテキストエンベロープも validate_integrity() と validate_for_inputs(...) を公開します。ワーカーは、ローカルモデルまたはレビュー担当者に渡す前に、保存されたコンテキストを正確なスナップショットに照らして検証する必要があります。ミッションの構築では、証拠パケットと同じレコードおよび鮮度の範囲にコンテキストクエリを紐付けます。パケット自体も validate_integrity() と validate_for_inputs(...) を公開します。ネストされたカバレッジ、グラフ、クエリ、試験全体像、分子カバレッジ、照合、キュー、鮮度の各射影は、ローカルワーカーに渡す前に、1 つのバンドルダイジェストと正確に保存された境界条件を維持する必要があります。パケットのスキーマは bioprism-neurosurgery-real-data-evidence-packet/0.4 です。正規化された試験、分子、識別子照合の各台帳がダイジェストに紐付いた引き渡しの一部になったため、古い /0.1、/0.2、/0.3 のアーティファクトは再生成する必要があります。複数専門分野にまたがる PubMed パケットと推論コンテキストも、同じ整合性チェックおよび正確な再生メソッドを公開するため、グリオーマ以外の分野でもローカルモデルまたはレビュー担当者への引き渡し前に同等の古さ／改ざん対策が適用されます。 6 分野の文献マトリックス、ワークベンチ、ポートフォリオレポートも同様にダイジェストで検証され、指定されたスナップショットに対して再生できます。複数分野にまたがる引き渡しが、分野ごとのクエリ、レビューキュー、専門分野プロファイルから暗黙に逸脱することはありません。 neurosurgery_real_data_autonomous_workflow は、同じパケットを決定論的で再開可能な来歴 → 完全性 → コンテキストレビューの一連の処理にまとめます。ソースを参照できるメタデータタスクのみを出力します（呼び出し側が経過時間の基準時刻または小さな結果上限を指定した場合は、明示的な鮮度ポリシーチェック、古いソースの更新アクション、件数制限された射影の拡張保留も含みます）。保存済みの人手処理結果レポートを受け取って作業を再開でき、切り詰められた項目や未解決項目を明示したまま、人手による統合ゲートで終了します。max_actions によってワークフローキュー自体が上限に達した場合も、同じ保留状態が維持されるため、省略されたコンテキストアクションや人手承認ゲートが、完全な引き渡しと誤認されることはありません。ここでの「自律」とはオーケストレーションを意味し、臨床的な優先順位付けや承認を意味しません。保存済みの処理段階は validate_integrity() と validate_for_inputs(...) を公開し、別のワーカーが処理を再開する前に、パケットとの紐付け、アクションの依存関係の閉包、切り詰めの制限、未解決義務の件数、正確なスナップショットの再生を検証します。 neurosurgery_specialty_evidence_map は、グリオーマ、頭蓋底、頭蓋縫合早期癒合症、髄膜瘤、二分脊椎、Chiari に対する、分野固有の同一性／空間／機能／時間のカバレッジマップを追加します。ソース ID、タイムスタンプのカバレッジ、競合、未収集の側面を維持しながら、汎用ルートを明示的な専門分野インベントリに変換します。観察値を解釈することはありません。 neurosurgery_real_data_draft_audit は、これと対になるローカルモデルとの境界機能です。呼び出し側が管理するすべての草稿の主張について、このパケットが出力したレコードの引用を必須とし、患者症例や臨床行為を示す記述をブロックします。受け入れられた行には grounded_for_human_review のラベルを付けますが、主張のテキストを事実確認したり臨床的に解釈したりするものではありません。独立した 6 専門分野の PubMed スナップショット data/neurosurgery/neurosurgical_public_literature_snapshot.json は、グリオーマ、頭蓋底、頭蓋縫合早期癒合症、髄膜瘤、二分脊椎、Chiari を対象としています。scripts/refresh_neurosurgical_public_literature.ps1 で更新し、ローカルで検証してから、planWithPublicLiterature／plan_with_public_literature または neurosurgery_public_literature_query MCP ツールに渡してください。このルートは、指定された専門分野のレーンのみを未検証の引用メタデータとして追加し、最後は引き続き人手レビューに進みます。抄録を患者の所見や臨床行為に変換することはありません。リポジトリにチェックインされているスナップショットには、ソースハッシュ付きレコードが 145 件、抄録が 138 件含まれ、6 つのレーンを網羅しています。各 PubMed レーンは、更新後も安定したソース ID を使用するため、取得時刻と内容の変更を監査でき、実行のたびに新しいソース ID を捏造することはありません。 Python と TypeScript では、1～6 個の固定レーンを明示的に承認して取得するための ReviewedPubMedRetrievalAdapter を公開しています。副作用のない事前チェックでは、レーン／クエリのセット、パーサーの対象範囲、トランスポート設定を紐付けます。実行では、レーンごとに PubMed の ESearch → ESummary → EFetch シーケンスを正確に 1 回だけ許可し、結果として発生するリクエスト上限に加え、応答ごと、合計バイト数、ツリー、レコード、バンドルの各上限を適用します。EFetch では、解析と射影の前に許可リストにある外部 NLM DTD 宣言のみを受け入れて取り除きます。エンティティ宣言、別の doctype、不正な XML はフェイルクローズで処理されます。永続的な受領記録にはソース ID、ダイジェスト、件数が保持されますが、クエリ文字列と論文内容は含まれません。デプロイ環境では、別途登録された NCBI の tool と開発者の email をペアでのみ指定できます。両方の値はすべてのリクエストに含まれますが、永続アーティファクトに保持されるのは設定済みフラグと整合性ダイジェストのみです。単一レーン用の create_reviewed_pubmed_autonomous_evidence_registration()／createReviewedPubMedAutonomousEvidenceRegistration() ヘルパーは、レビュー済みの単一レーン計画を汎用証拠ランタイムの取得／射影コールバックに接続し、一時バンドルと受領記録を検証して、承認済みソース計画を拡張することなくダイジェストメタデータのみを射影します。これは最初のレビュー済みライブ取得アダプターであり、汎用ウェブ調査や証拠検証ではありません。より広範なソース、共有調整、不確実な呼び出しの照合、証拠品質の適用、独立した主張の整合性レビューは、デプロイ側で対応する必要があります。 Python と TypeScript では、2 つの固定公開カタログレーン（gbm_tcga、lgg_tcga）を対象とする ReviewedCBioPortalRetrievalAdapter も公開しています。ネットワークに接続しない prepare() と明示的なディスパッチ承認の後、選択した研究ごとに、研究サマリーと、最大 128 行に制限されたソート済み SUMMARY 分子プロファイルページの 2 件の GET のみを実行します。保持するのは許可リストにある研究記述子、集計サンプル数、プロファイルメタデータのみです。サンプル、患者、臨床、分子値の各ルートは計画の対象外です。計画では、エンドポイント、フィールド、ページネーション、トランスポート ID、固定された研究セットを紐付けます。受領記録では、正規化されたカタログと件数を紐付けます。自律的証拠に渡されるのはバンドル／ソースのダイジェストのみです。切り詰められている可能性があるため、プロファイルページ全体の取得は拒否され、不明な件数は不明のまま維持され、ソースメタデータは一時データとして扱われます。公開 API はベータ版として文書化されており、変更される可能性があります。このアダプターは、ID、応答、プロファイルスキーマの不整合がある場合、フェイルクローズで処理します。公式の API overview と OpenAPI reference を参照してください。このアダプターが提供するのはカタログのカバレッジであり、証拠品質の評価やグリオーマの網羅的な発見ではありません。安全な更新前後のレビューには、scripts/run_neurosurgical_public_literature_refresh_review.ps1 を使用してください。ベースラインを検証し、独立した候補を作成し、複数専門分野の更新監査を実行します。昇格の判断は明示的に人手レビュー担当者に委ねられます。 neurosurgery_literature_link_audit は、実際のグリオーマ文献インデックスと選択した公開文献レーンを、PMID と正規化 DOI の完全一致のみで結び付けます。既知のグリオーマ文献の重複 12 件、件数制限された一致なしの範囲、メタデータフィールドの相違、識別子の競合を明示します。コホートの同一性、証拠品質、生物学的特性、臨床的な意味を推測することはありません。プロバイダーを使用しない読み取り専用の人手レビューへの引き渡しには、--literature-link-audit <real> <public>、Python の literature_link_audit()、または TypeScript の literatureLinkAudit() を使用してください。 neurosurgery_public_literature_integrity_audit は、統合前のコーパスゲートです。選択したレーンについて、DOI／抄録／出版物タイプ／MeSH メタデータの欠落と、正規化 DOI の重複を監査し、ソースを参照できる問題行と明示的な切り詰め情報を返します。--public-literature-integrity-audit <public>、Python の public_literature_integrity_audit()、または TypeScript の publicLiteratureIntegrityAudit() を使用してください。報告するのは完全性に関する義務のみで、レコードを暗黙に修復、統合、評価、または臨床的に解釈することはありません。 neurosurgery_public_literature_workbench は、同じ検証済みスナップショットを対象に、すべてのレーンを網羅するレビューナビゲーションビューを提供します。レーンごとのプロファイル、ソース ID、レコード／抄録数、件数制限された完全性に関する義務を維持します。決定論的でプロバイダーを使用せず（provider: none、network: false、synthetic_data: false）、カバレッジを臨床スコアに変換することはありません。各レーンでは、メタデータから導出された、相互排他的ではない設計の層も、正確な PMID とともに報告されます（ヒトを対象としたインデックス登録済み、動物／前臨床、イン・ビトロ／細胞株、レビュー／統合、画像／診断、外科／手技、発生／遺伝、転帰／追跡、介入）。重複と分類不能の行はレビュー義務であり、証拠品質の等級や臨床的な結論ではありません。再開可能な複数専門分野にまたがる更新レビューには、neurosurgery_public_literature_refresh_audit を使用します。独立して検証された 2 つのスナップショットを比較し、件数制限されたソース／PMID 差分、6 レーンのカバレッジマトリックス、任意の呼び出し側管理の鮮度状態をまとめます。抄録テキストをコピーせずに変更されたフィールド名と安定／追加／削除された ID を報告します。候補の取得、統合、受け入れ、昇格は行いません。Rust CLI のフラグ --public-literature-refresh-audit <before> <after>、Python の public_literature_refresh_audit()、または TypeScript の publicLiteratureRefreshAudit() を使用してください。レポートはプロバイダーを使用せず（provider: none、network: false）、人手レビューへの引き渡しとして扱われます。 neurosurgery_public_literature_evidence_packet および neurosurgery_public_literature_draft_audit MCP ツール（public_literature_evidence_packet()／publicLiteratureEvidencePacket()、public_literature_draft_audit()／publicLiteratureDraftAudit() としても利用可能）は、このコーパスを件数制限されたローカルモデルへの引き渡しにします。パケットのレコードは PMID／ソースリンク付きで出力され、受け入れられる草稿のすべての主張は、それらの出力済み PMID のいずれかを引用する必要があります。結果が示すのは構造上の grounded_for_human_review 状態のみです。抄録の事実確認、研究品質の評価、臨床的な結論ではなく、OpenAI キーも不要です。 neurosurgery_public_literature_reasoning_context（public_literature_reasoning_context()／publicLiteratureReasoningContext() としても利用可能）は、このパケットを、呼び出し側が管理するローカルモデル向けの件数制限されたソース参照可能なコンテキストに変換します。抄録の抜粋は明示的に信頼できないものとして扱われ、引用／文字数の省略が報告されます。プロバイダー、ネットワーク、API キー、臨床的解釈は関与しません。公開文献ミッションには、同じ public_literature_reasoning_context エンベロープが自動的に含まれます。 neurosurgery_public_literature_matrix は、すべてのレーンを網羅する調査パスを追加します。1 つの件数制限付きクエリを選択した専門分野（または 6 分野すべて）に展開でき、各レーンは独自のパケット、PMID ID、空／切り詰め状態、ダイジェストを維持します。報告するのはコーパスの構成のみで、コホートを統合したり、専門分野をまたいだ生物学的特性を推測したりしません。両方の SDK では、型付けされたグリオーマパネルの用語も公開されているため、診断ラベルを捏造せずに、アッセイの来歴と明示的な欠損情報を送信できます。依存関係のない TypeScript SDK は、typescript/ から同じ LocalNeurosurgicalAgent ファサードをエクスポートします。マーカーレベルでの根拠付けには、neurosurgery_glioma_molecular_map（Rust の glioma_molecular_map、Python の glioma_molecular_map()、TypeScript の gliomaMolecularMap()）を使用します。要求された IDH1／IDH2、MGMT、EGFR、TERT、H3、1p／19q、メチル化などの関連マーカー用語を、検証済みの実際のグリオーマおよび PubMed スナップショット内の完全一致レコードに対応付けます。呼び出し側が指定したアッセイの欠損情報を維持し、切り詰めと結果ゼロ件のレビュー義務を報告します。文献または集団との一致を患者の結果として扱うことはありません。このマップは読み取り専用で、プロバイダーもネットワークも使用せず、人手レビューを必須とします。実際の症例の引き渡しには、neurosurgery_case_asset_manifest（Rust の NeurosurgicalAgent::case_asset_manifest、Python の case_asset_manifest()、TypeScript の caseAssetManifest()）を使用します。画像シリーズ、病理、分子アッセイ、手術記録、機能／発達評価、縦断的転帰、解剖モデルについて、呼び出し側が管理する匿名化済みマニフェストを受け付けます。各エントリは、SHA-256 コンテンツダイジェスト、ソース種別、明示的な観察状態、任意のモダリティ／身体部位、観察時点に紐付けられます。射影はアセットのバイト列を開いたり、識別子を抽出したり、プロバイダーを呼び出したり、スキャンやレポートを解釈したりすることはありません。合成マニフェスト、直接識別子、不正なダイジェスト、重複したアセット ID、専門分野の不一致を拒否し、種別ごとの決定論的なカバレッジ、欠損情報、来歴の欠落、件数制限されたレビューキューを出力します。これは実データの取り込み／来歴のための接続点であり、ピクセル／コンテンツを解析して臨床情報を抽出するものではありません。必ず人手レビューの保留状態を返します。アーカイブから標準 DICOM JSON をエクスポートできる場合は、neurosurgery_case_dicom_import（Rust の NeurosurgicalAgent::case_dicom_import、Python の case_dicom_import()、TypeScript の caseDicomImport()、または CLI の --case-dicom-import）を使用して、件数制限されたシリーズメタデータを射影します。患者を特定できるタグと PixelData を拒否し、不明なタグ／プライベートタグを無視します。DICOM のバイト列を開くことはなく、UID、日付、モダリティ、身体部位、オブジェクトのバイトダイジェストの欠落は、明示的なレビュー担当者の義務として扱います。レポートには、呼び出し側の証拠の不足と解釈不能または競合する証拠を区別し、次のレビュー段階に必要な観察データとレビュー担当者の役割を示す、順序付けされた型付き研究ワークリストも含まれるようになりました。検査を予定したり、治療を推奨したりすることはありません。 runResearchMission／run_research_mission ヘルパーは、カタログの検出、任意の実データバンドルへのクエリ、任意の症例アセットの来歴、件数制限されたセッションのライフサイクルをまとめます。グリオーマのミッションには検証済みの公開バンドルが必要で、必ず人手レビューの保留状態を返します。匿名化済みマニフェストを caseAssetManifest／case_asset_manifest（または CLI の --case-asset-manifest フラグ）で渡すと、メタデータのみのマルチモーダル来歴をミッションに含められます。evidence_synthesis.case_asset_report_digest フィールドは、その射影を同じ台帳に紐付けます。evidence_synthesis.case_asset_summary には、アセット／観察／来歴の件数、依然として不足している要求種別、レビュー項目数、切り詰め情報も表示されますが、アセットのバイト列や識別子は公開されません。存在する場合、evidence_synthesis.case_asset_review_items には、件数制限されたダイジェストのみのレビュー義務が含まれます。保存済みの case_asset_review_disposition をミッションに渡すと、レビューの進捗を引き継げます。ミッション監査は、そのマニフェスト／統合結果との紐付けを検証し、未解決または未決定の項目をワークフロー状態として明示したままにします。 neurosurgery_case_asset_review_disposition（Rust の NeurosurgicalAgent::case_asset_review_disposition、Python の case_asset_review_disposition()、TypeScript の caseAssetReviewDisposition()）は、返されたレビュー項目の連番に、呼び出し側が管理する reviewed、unresolved、または not_applicable の状態を適用します。生成される台帳はマニフェストの report_digest に紐付けられ、決定の順序が正規化され、重複または不明な連番は拒否されます。省略された、または未決定の義務は保留中のまま維持されます。ローカル ID、アセットのバイト列、シークレット、臨床的な意味、外部ワークフローの状態は保存されません。証拠統合の MCP ツールと SDK ファサードは、同じマニフェスト射影とともに、この保存済み台帳を受け付けます。ダイジェスト／件数の不一致はフェイルクローズで処理されます。統合結果に公開されるのは、処理を再開可能な人手レビューのための処理結果ダイジェストと、保留／解決済み／未解決の件数のみです。オフライン CLI では、--evidence-synthesis に加えて --case-asset-manifest と任意の --case-asset-manifest-query を指定すると、同じ直接引き渡しを実行できます。保存済みのマニフェスト射影に対しては、JSON 判定配列を --case-asset-review-disposition <report.json> にパイプで渡してください。これにより、ステートレスなレビュー担当者用台帳を出力する前にレポートダイジェストが再検証されます。ミッションの再生では、保存済みの台帳を --mission-case-asset-review-disposition <report.json> で渡してください。ミッション監査は、引き渡しの前に同じマニフェスト／統合結果との紐付けを検証します。同じ複合エンベロープは、オフライン Rust バイナリから直接、cargo run -p bioprism-neurosurgery --offline -- --mission --real-glioma <snapshot> で利用できます。件数制限された公開レコードへのクエリには、--mission-query <query.json> を追加してください。どの専門分野でも、代わりに --public-literature <snapshot> を渡すと、ソースハッシュ付き PubMed コーパスを使って同じミッションまたは再開可能なセッションを実行できます。チェックポイントにはバンドルダイジェストが記録され、証拠の不整合は拒否されます。どちらのミッションでも、件数制限された研究計画が含まれます。また、MCP のセッション／ミッションツールと SDK ファサードでも、公開文献に基づく同じセッションメソッドを利用できます。公開文献のミッションに --mission-portfolio-query <portfolio.json> を追加すると、同じ件数制限された複数レーンのポートフォリオ（正確なクエリ、カバレッジワークベンチ、レーンごとのレビュアーキュー）を、終了時のミッションエンベロープに付加できます。グリオーマの証拠統合ミッションでは、--real-glioma <snapshot> と --public-literature <snapshot> の両方を渡してください。実際のレジストリ／ゲノミクスバンドルは引き続きこのルートの集団レベルの証拠であり、PubMed バンドルは独立した引用コンテキストです。ミッションはコホートを統合したり臨床的な主張を捏造したりせず、PMID／DOI の完全一致に基づく literature_link_audit を返します。 PubMed 側で異なる件数制限付きテキスト、レーン、日付、出版物タイプ、または MeSH フィルターが必要な場合は、--mission-query と合わせて --mission-public-literature-query <query.json> を使用してください。両方のスナップショットを先に更新する、キー不要で再現可能な実行には、scripts/run_neurosurgical_autonomous_mission.ps1 -RequestPath <request.json> を使用します。このランナーは、デフォルトで拡張版 TCGA-GBM ＋ TCGA-LGG 集団と、幅広いグリオーマ分子 PubMed レーンを使用します。検証済みの直近のスナップショットをオフラインで再生するには、-SkipRefresh を追加してください。ランナーはミッションを work/neurosurgical-mission.json に保存し（-MissionOutputPath で変更可能）、正確なリクエストとスナップショットに対してそのファイルの再生検証を行います。両方の更新スクリプトが候補を検証した後、機械可読なミッションエンベロープのみを出力します。GBM のみの簡潔なベースラインを維持するには、-RealDataPath data/neurosurgery/glioma_public_snapshot.json -GdcProjectIds @("TCGA-GBM") -PubMedTerm "glioblastoma AND (molecular OR genomic)" -PubMedSourceId pubmed_glioblastoma を渡してください。プロバイダーを呼び出す準備ができたら、呼び出し元が所有する MCP サーバーとともに run を使用します。キーは非表示のプロンプト、または明示的に指定された環境変数を通じてのみ受け付けられます。コマンドライン引数、MCP 引数、プラン、永続化される状態として渡すことはできません。モデルの検出、永続的なインベントリの更新、モデル選択、承認、認証情報のライフサイクルについては、自律型ブレインのガイドをご覧ください。

実行後の操作では、両方の SDK が analyze_autonomous_run_trace() / analyzeAutonomousRunTrace() と、対応するエージェントファサードメソッドを通じて、ダイジェストに紐付けられたメタデータのみのトレース分析を提供します。レポートでは、測定値と未測定の領域を分け、プロバイダー／モデルの失敗やレイテンシに関する観測結果を集計し、保守的な閾値アラートを出力します。コスト、タスクの正確性、プロバイダーの健全性、領域の真偽を推測することはありません。長期運用環境では、ダイジェストを検証して復元し、必要に応じて CAS 永続化できる、有界の AutonomousRunAnalyticsLedger を通じて検証済みレポートを保持できます。TypeScript と Python のアプリケーションファサードには、読み取り前に復元する分析コントローラーも用意されています。これらは検証済みトレースを分析し、受け入れたレポートを永続化し、重複や競合を分類して、全領域を対象とする安全な集計結果を提供します。分析のセクションをご覧ください。 TypeScript ファサードと Python エージェントには、実行オブザーバビリティコントローラーも用意されています。このコントローラーは両方のプロジェクションを復元してフラッシュし、単一のソーススナップショットから公開と分析を調整するため、追記競合が発生してもレジストリと分析のダイジェストがずれることはありません。部分的な永続化は明示的に報告され、実行が再トリガーされることはありません。設定されている場合、呼び出し元が所有するアラートシンクには、決定論的でダイジェストをキーとする閾値メタデータのみが送られます。配信失敗が分析や実行結果に影響することはありません。

両方の SDK には、テナント単位の AutonomousAuthorizationLedger と、アクセスをデフォルトで拒否する AutonomousAuthorizationGate も用意されています。呼び出し元が発行する許可では、12 個の領域のうち 1 つまたはすべてを対象にし、テナント、アクター、セッション、機能、リスククラス、有効期限、使用回数の上限に基づいて、計画、プロバイダー呼び出し、エビデンス、コネクター、ツール、エフェクト、評価、学習、メモリ、トレース、分析の範囲を明示的に指定できます。台帳は再起動後も安全に使用でき、CAS による永続化が可能です。また、ハッシュチェーンで連結されたメタデータイベントと、リクエストダイジェストによるリプレイ保護を備えています。タスクテキスト、プロンプト、認証情報、ヘッダー、プロバイダーペイロード、ツール引数、結果は受け付けません。認証、許可の発行、暗号化ストレージ、分散リース、外部エフェクトの照合は、引き続きデプロイ環境の責任です。テナント単位の認可仕様をご覧ください。

ライブモデル呼び出しでは、呼び出し元の許可から作成した AutonomousAuthorizationContext を LLMRuntime.invoke()、invokeStream()、collectStream()、または invokeToolLoop()（および高レベルの自律実行オプション）にバインドします。ランタイムは、プロバイダーへの各試行とツールループの各ターンの直前に、メタデータのみを含む新しいリクエストを作成し、認証情報の解決、クォータの予約、オブザーバー、エフェクトのジャーナリング、トランスポートより先にこれをチェックします。そのため、領域が拒否された場合や許可の使用上限に達した場合にプロバイダーへ接続されることはありません。また、フェイルオーバーとストリーミングでも、同じテナント／セッションの境界が維持されます。このコンテキストにキー、プロンプト、メッセージ、応答、ツールの結果が含まれることはありません。認証情報は、呼び出し元が渡す不透明なハンドルとして保持されます。目標台帳は、アトミックな CAS による正規形式の JSON 永続化をサポートします。共有ストアでは、TypeScript の AuthenticatedTransactionalJsonAutonomousGoalPersistence と Python の AuthenticatedTransactionalJsonAutonomousGoalSnapshotPersistence も、デプロイメントが所有するローテーション可能な HMAC キーリングでスナップショットを認証します。HMAC は改ざんや信頼できない出所を検出しますが、スナップショットを暗号化したり、古い有効なスナップショットへのロールバックを検出したりはしません。ストアの認可、暗号化、および信頼できる単調増加型のロールバック防止アンカーは、引き続きデプロイメントが管理します。

目標ワーカーのオプションの persist_dispatch_intent フックは、dispatch_started を記録した後、エグゼキューターが実行される前に呼び出されます。このフックをデプロイメントのジャーナル／目標永続化トランザクションにバインドしてください。コミットが拒否されると、ディスパッチは停止し、ジャーナルは慎重なリカバリーのため保留状態になります。

同じコンテキストを AutonomousEvidenceRuntime.execute() またはレビュー済みエビデンス実行コントローラーに渡すこともできます。これにより、各ソースアダプターの直前に evidence_acquisition を、各評価コールバックの直前に evaluation を認可し、生の値ではなくリクエストまたはレシートのダイジェストに判断をバインドします。ジャーナルのリプレイでは、取得グラントを再取得したり消費したりしません。reevaluatePending では、新しい評価リビジョンを別途認可します。拒否された場合、コールバックの前に型付き認可エラーが発生し、誤解を招く失敗エビデンスレシートは作成されません。Python の高水準 acquire_evidence() ファサードは同じオプションを転送するため、直接実行、レビュー済み実行、再開可能な実行、ファサード経由の実行で、最小権限の動作が保たれます。

同じ最小権限のプロセスは、残る永続化境界にも適用されるようになりました。プロバイダーの計画ではプランナーの呼び出し前に plan を認可し、エピソード記憶の想起と記録では memory_retrieval と memory_write を認可します。評価器からバンディットへの決済では learning を認可し、メタデータのみのトレース追記／完了と長期分析データの取り込みでは trace_write と analytics_write を認可します。これらのチェックで使用するのはドメインとダイジェストのメタデータのみです。チェックはドメイン横断ヘルパーにも伝播され、型付き認可拒否はプロバイダー、メモリー、または永続化の失敗に変換されず、そのまま再スローされます。そのため、アプリケーションは完全な実行に対して 12 ドメインのグラントを 1 つ発行することも、各ワーカー境界に対して個別のグラントを発行することもできます。

この境界は、プリミティブなブレインメソッドだけでなく、高水準の学習機能でも強制されます。ワークフローとミッションの学習、遅延軌跡の決済、ドメイン横断のファンアウトと統合、自動意思決定サイクル、再計画、統合済み教訓の想起では、最終的なメモリー操作が呼び出し元の所有するストアに到達する直前に認可されます。入れ子になった実行でも、各正確なドメインに認可コンテキストが転送されるため、利便性を高めるファサードが、許可されたプロバイダー呼び出しを、スコープ外のメモリー読み取りや評価書き込みに暗黙のうちに変えることはありません。

ステータス

88 crates、1,358,874 行、CI で clippy の -D warnings を適用しています。 CPython リファレンスランタイムとのバイト単位の同等性はテストで検証され、CPython、Rust の eager パス、Rust のインデックス付きストアの 3 つの実装すべてで維持されています。

以下の表は自動生成されています。crate、ツール、Rust の行数は Cargo メタデータと埋め込み MCP カタログから同期され、CI は公開ドキュメントが最新の状態であることを確認します。いずれかのソースを変更した後は、python tools/sync_repository_facts.py --write を実行してください。表とテスト数は次のコマンドで再生成できます。

tools/status.sh --tests

Blueprint 列は宣言ではなく導出されるものです。各 crate 自身のソースで実際に参照されているモジュール ID のセクションを、tools/coverage.sh が実行するトークン規則を使って一覧表示します。ある crate がセクションへの参照をやめると、誰かが行の編集を覚えていなくても、ここから自動的に削除されます。ブループリントのどの程度がカバーされていて、残りに何があるかについては、 docs/COVERAGE.md と docs/BACKLOG.md をご覧ください。カバーされていない各モジュールには、何も実装されていない理由を説明する型付きの判定が crates/residue に記載されています。

Crate	Blueprint	機能
`bioprism-adapter`	04,28,40,43	意味損失の報告を必須とするデータアダプターの契約
`bioprism-adaptive`	08,43	適応型評価：能力の事後分布、情報利得に基づくスイート選択、親を考慮した不確実性
`bioprism-api`	11	Prism MCP カーネル向けの制限付き HTTP API、イベントストリーム、署名付き Webhook アウトボックス
`bioprism-atlas`	03,33,43	BioCapability アトラスとメトリクス：能力オントロジー、カバレッジ、失敗アトラス
`bioprism-atlashub`	09,27,34	BioAtlas の機能：ワールドカード、コネクターレジストリ、実験価値、連合評価、研究 CI
`bioprism-atlasx`	34	能力アトラスとパブリックハブの残りの機能：派生クレームとしてのカバレッジ負債、失敗アトラスの閲覧機能
`bioprism-autopilot`	40	グラントでゲートされた自律ミッションドライバー：計画、ディスパッチ、分類、修復。すべての試行についてミッションレポートと照合レシートを生成
`bioprism-backends`	32,43	物理バックエンドのポートフォリオ：変数消去、最悪ケース最適結合、構造推定、誠実なフォールバック
`bioprism-baseline`	43	エンジニアリング条件をそろえたコンテキストベースライン：フルコンテキスト、k-hop incidence、連結成分、語彙 top-k、埋め込み top-k、有向依存ウォーク、クエリーグラフ、構造ファミリーの網羅的評価
`bioprism-benchcompiler`	06,35	ベンチマークコンパイラー：軌跡から判定セルへの変換、最初の因果的分岐点、最小化、オラクル合成
`bioprism-bioethics`	13,30,36	セクション36の残りの機能：ポリシーと安全性を超える生物学的セキュリティ、プライバシー、倫理、ガバナンス
`bioprism-bioeval`	26,31,43	生物学的評価エンジン：スコアリング面、部分点、生物学的エラー分類
`bioprism-bioevalx`	07,26	生物学的評価エンジンの残りの機能：スコアリング面、評価者モデル、裁定、評価契約
`bioprism-bioir`	25,39	生物学的 IR：BioWorld、検体の系譜、AssayLens、コホートと分割、不確実性と参照標準
`bioprism-biolang`	25,28,39,43	生物学的 IR ファミリーと BioQL：型付きワールド、状態、介入、ワールドライン、オラクル、変異、バンドルの表現
`bioprism-bioworlds`	30,38,43	参照用 BioWorld と垂直スライス：未解決のプラットフォーム上の主張を検証可能にするために構築されたワールド
`bioprism-brain`	09,11	プロバイダー中立の自律ブレインカーネル：モデルルーティング、プロンプト構築、制限付き計画、オンラインバンディット状態
`bioprism-bundle`	10,12,13,34,43	署名付き結果バンドルと再現：アテステーション、リプレイ、対称認証では保証できないこと
`bioprism-choreography`	23	マルチパーティ・コレオグラフィー：射影を伴うセッション型、制限付きプロトコルモデル検査、裁定、検証済みの独立性を伴うクォーラム、誠実な補償を伴うサガ
`bioprism-cli`	40,43	bioprism のコマンドラインインターフェース
`bioprism-conformance`	14,40,43	適合性スイート、テストピラミッド、リリース品質ゲート
`bioprism-cookbook`	03,11,13,14,19,21,38,39,40,41,43	参照例：各レシピが実証する主張と、読者が確認できる特性を示す実例
`bioprism-dataops`	12	セクション12の残りの機能：ストレージトポロジー、リレーショナルカタログ、SLO、コンピュート配置、連合デプロイ。それぞれの回答に、その根拠となった知識の出所を付与
`bioprism-devplat`	11,19	開発者プラットフォームの残りの機能と参照例：このリポジトリで保持できる成果物と、その成果物に対する述語
`bioprism-devx`	11,23,38,39,40,41,43	開発者プラットフォーム：機械処理可能な診断、コンパイル時のイントロスペクション、ローカルループの無効化契約、23.32 デバッガー機能モデル
`bioprism-docgraph`	39,41,43	ドキュメントグラフ：モジュールレジストリ、エッジ語彙、コンテキストカード、タスクルート、バンドルコンパイラー、変更の影響
`bioprism-domain`	43	ドメインパック：FIBER パイプラインを生物学以外の意思決定の問いにも適用する、宣言型ルールオラクルとスコープ語彙
`bioprism-epistemic`	43	残りの FIBER 計算体系：カバレッジを考慮した選択、セパレータープロトコル、レート歪み、情報価値
`bioprism-evalengine`	06,07,43	評価エンジン：決定性優先のスコアリング段階と因果コンポーネントの帰属
`bioprism-examples`	13,19,34,38,39,40,43	参照用 BioWorld と実行可能な垂直スライス
`bioprism-fabric`	23,43	マイクロカーネル上の Interweave ファブリック：合成代数、効果と情報のフロー、文脈的な評判、共通基盤、意味的ライフサイクル
`bioprism-factory`	40	冪等性を考慮した再試行を伴う、ジョブ、ワーカー、リース、復旧のライフサイクル
`bioprism-fiber`	39,40,43	FIBER クエリーコンパイラー：保護された閉包、依存関係のスライス、時間的カット、証明書の出力
`bioprism-foundation`	24,40	BioPRISM の基盤オブジェクト：実行可能な生物学というテーゼを型付きで表現
`bioprism-governance`	14,25,40,43	スキーマのバージョン管理、移行、非推奨化、互換性ゲート
`bioprism-graph`	40,41,42,43	コンパイル済み意思決定領域に対する、生成されたグラフ、ハイパーグラフ、タイムライン、テーブルの各プロジェクション
`bioprism-hub`	34,36,43	BioAtlas パブリックハブ：投稿、モデレーション、来歴、エコシステムの契約
`bioprism-hubapi`	10	レジストリとハブの機能：検出、解決、ミラーリング、オフライン運用、信頼の伝播
`bioprism-ids`	11,40,43	AURORA BioPRISM 向けの正規シリアライズ、コンテンツハッシュ、型付き識別子
`bioprism-influence`	43	健全な数値的影響境界：参照スライサーが欠いていると制限事項で述べている形式的影響境界
`bioprism-infra`	12,40	データインフラストラクチャ：証明可能なキャッシュヒット、完全性を報告する無効化、品質ゲート、階層化、ライフサイクル、ストレージクォータ
`bioprism-interweave`	23	セクション23の残りの機能：interweave モジュール weave、fabric、choreography、weavelang が主張していなかった機能
`bioprism-lab`	05,09,39	Inference Lab：仮説の分離、アーキテクチャ探索、パレートフロント、進化カード、ホールドアウト、ロールバックポリシー
`bioprism-ledger`	12,40	有効時刻、記録時刻、公開時刻、プロジェクション、チェックポイントを備えた追記専用イベント台帳
`bioprism-lens`	03,33,42,43	グラフレンズ文法：評価ハブを支える型付きレンズカタログと、非視覚的な契約
`bioprism-mcp`	11,43	FIBER コンテキストコンパイラーをエージェントに公開する Model Context Protocol サーバー
`bioprism-megafactory`	35	セクション35の残りの機能：百万規模のファクトリーモジュールがスケールする機能と、factory が主張していなかった機能
`bioprism-metrics`	03,33,43	BioCapability メトリクス：集計ルール、スコアの比較可能性、能力値が主張してはならないこと
`bioprism-modalities`	28,30,43	モダリティデータ標準：各アッセイファミリーが測定するもの、測定できないもの、2つのモダリティを比較できる条件
`bioprism-mutation`	03,40	実行可能な事後条件、系譜、重複排除、有効多様性の計算を伴うメタモルフィック変異
`bioprism-obligation`	39	意思決定義務グラフ、BioContext カプセル、トークン予算コントローラー
`bioprism-onco`	30,43	OncoWorld：神経腫瘍学のドメインモデル、縦断的な腫瘍ワールドライン、奏効基準、分子分類
`bioprism-oncoworlds`	30	OncoWorld のドメインの深さ：アイデンティティの基軸、クローン進化、メチル化クラス、モダリティ間およびシステム間の転送、時代と施設によるシフト
`bioprism-ops`	40	ブループリント§40の運用契約：設定と機能フラグ、可観測性と監査、容量モデル、強化、アルファ版の受け入れ基準を述語として表現
`bioprism-oracle`	11,31,40	オラクルメッシュ：プロバイダー SDK、決定論的評価から評価者による評価へと続く証拠段階、集合値の組み合わせ、不一致の裁定
`bioprism-oraclex`	31,32	測定プロセスに関する主張としての参照標準、および変換したケースをリリース可能か判断する変異検証プログラム
`bioprism-packs`	03,15,29	ベンチマークパックの分類体系とポートフォリオ定義
`bioprism-policy`	13,36,39,43	ポリシー、プライバシー、情報フローのファイバー：同意、目的、データの保管場所、ロールごとの可視性、編集
`bioprism-prism`	03,40,43	Decision Cell、条件を一致させた反実仮想フォーク、状態の最小化、証明付き結果バンドル
`bioprism-project`	40	プロジェクトモデリング：すべてのスキャン損失を宣言したうえで、封印されたアダプター契約を通じてソフトウェアプロジェクトツリーを FIBER ワールドにコンパイル
`bioprism-registry`	10,27,40,43	ベンチマークパック、昇格、信頼ティア、CI リリースゲート
`bioprism-repair`	—	スキャン済みプロジェクトワールドに対する課題修復計画と三値の受け入れ検証：計画とチェックを行いますが、編集も実行もしません
`bioprism-residue`	—	説明付きの残余：クレートが実装していないブループリントモジュールと、その理由をすべて示します
`bioprism-routing`	09,43	評価結果に基づく推論ルーティング：過去の証拠からコンテキストアーキテクチャを選択
`bioprism-runtime`	05	実行ランタイム：実行オーケストレーター、エグゼキュータープロバイダー、WorldTape、フォーク／リプレイ、仮想化、効果ブローカー、予算コントローラー
`bioprism-safety`	05,13,40	プラットフォームのセキュリティと安全性：脅威モデル、信頼境界、プロンプトインジェクション、ポイズニング、サプライチェーン、脆弱性開示
`bioprism-scale`	35,40	百万規模のファクトリー：有効サイズ、隠れたファミリーの分割、将来向けエスクロー、コスト計算、コンテンツアドレス指定ストレージ
`bioprism-scope`	43	型付きスコープの基盤：アイデンティティ、領域、検体、時間、座標、オントロジー、ポリシーの妥当性コンテキスト
`bioprism-sdk`	11,23,40,43	プラグインおよび拡張 SDK：登録、能力宣言、バージョンネゴシエーション
`bioprism-section`	39,43	Decision Section IR と Context Certificate：モデル向けコンテキスト ABI と省略レシート
`bioprism-services`	10,40	ビルド対応のサービス契約：リクエスト／レスポンス形式、エラー分類、バージョン管理、プロセスグラフ
`bioprism-standards`	25,28,39,43	生物学データ標準：オントロジーのバインディング、単位、座標系、参照ビルド
`bioprism-stewardship`	14,43	ガバナンスと品質：セクション14の検証可能な部分、およびプロセスであってコードではないモジュールの誠実な説明
`bioprism-store`	43	コンテンツアドレス指定のインデックス付きワールドストレージ：コーパスサイズに左右されないポイント検索
`bioprism-stress`	30,32,38	生物学的ストレスプログラム：有病率シフト、バッチ効果と施設効果、アッセイの不確実性
`bioprism-sweep`	03,04,05,08,10,13,39,43	小規模な残りの機能：コア仕様、取り込み、実行ランタイム、適応型機能、レジストリ、安全性の補足
`bioprism-tokens`	39	トークン効率の高い生物学的推論：ゴールデンコンテキストフィクスチャ、陳腐化と再計算、アブレーション設計、マルチエージェントプロジェクション、要約契約
`bioprism-trace`	03,04,39	軌跡の取り込み、意思決定の分割、最初の分岐点の特定、Decision Cell のコンパイル
`bioprism-weave`	23	Weave マイクロカーネル：型付きアクト、コミットメント台帳と認識論的台帳、権限の減衰、アフィン予算、コンテキストカプセル、継続
`bioprism-weavelang`	23	WeaveLang と WeaveIR：表層構文、正規 IR スキーマ、コンパイラーパイプライン、操作的意味論
`bioprism-world`	40,43	FIBER ワールドモデル：局所証拠セクション、型付き因子、因果イベント構造
`bioprism-worldfactory`	03,10,27,34,35	親となるバイオワールドのオーサリングと biomutator：観測型、半合成型、機構型のワールド、アッセイ故障プログラム、矛盾プログラム
`bioprism-worldgen`	38,43	合成構造ベンチマークファミリー：トポロジー、深さ、タグの情報量がそれぞれ独立して変化するワールド

言語間の同等性

証明書のハッシュは正規化されたバイト列に対して計算されるため、Rust と Python は完全に一致する必要があります。一致しないと、一方が生成した証明書を他方で再現できません。Decision Section と Certificate はどちらも reference/fiber_runtime/fiber_compile.py とバイト単位で同一です。

certificate_sha256      c0da17ffc80465258345c8a538171bfd868100cd883e9a20780a0dc5477e7ea4
decision_section_sha256 7439b2262c52c1c794b59be86d922b723a2ea5646362d529f57fb11b5f7e93ce
world_sha256            b3809731cf93040fcd8aef43deb2a552492064b49154e07ea58caa724c10cbb5

これを実現するには、素朴な移植で間違えやすい 2 つの点について、CPython と動作を一致させる必要がありました。repr による浮動小数点数の書式設定（CPython は Rust とは異なるしきい値で指数表記に切り替え、指数部をゼロ埋めします）と、参照実装が漏えいの証拠を構築する際に依存している JSON オブジェクトの反復順序です。

クイックスタート

cargo build --release --offline

./target/release/bioprism context explain --world fixtures/fiber-v0.1/radiogenomic_world.json --query fixtures/fiber-v0.1/leakage_query.json

これにより、データベース形式の説明プランが出力されます。実行されたパスとそれぞれが保持した内容、バックエンド、選択比率、影響クラスごとに分類された除外項目、証拠とともに示されるオラクルの判定、そして重要な点として、実行されなかったパスとその理由が確認できます。

./target/release/bioprism --json context compile --world fixtures/fiber-v0.1/radiogenomic_world.json --query fixtures/fiber-v0.1/leakage_query.json --certificate-out cert.json

./target/release/bioprism context verify --certificate cert.json

スケール

JSON ドキュメントからコンパイルすると、クエリごとにワールド全体を解析します。代わりに、一度だけインデックスを作成します。

./target/release/bioprism world index --world big-world.json --store big-world.bpw

その後、--world はドキュメントを指定できる場所ならどこでもストアディレクトリを受け付け、証明書も同一になります。100 万件の事実を含むワールドでは、クエリ時間が **26.5 秒から 41.6 ミリ秒（638 倍）**になり、コンパイルコストはコーパスサイズに対して線形ではなく、ほぼ対数になります。推論の詳細と全測定結果については、ADR-001をご覧ください。

終了コード

終了コードは 10 種類あり、失敗を示すコードにはそれぞれ必ず 1 つの再試行判断が対応するため、プロセスの終了ステータスだけを受け取った呼び出し元でも、再送するかどうかを判断できます。bioprism --help で表が表示されます。--json を指定すると、同じ判断が error.retryability としてエンベロープに含まれます。

コード		判断	コード		判断
0	`ok`	—	5	`io`	`retryable_as_is`
1	`assertion_failed`	—	6	`conflict`	`terminal`
2	`usage`	`terminal`	7	`policy_denied`	`retryable_after_change`
3	`invalid_input`	`terminal`	8	`indeterminate`	`retryable_after_change`
4	`compile_failed`	`retryable_after_change`	9	`stale`	`retryable_as_is`

コード 0 と 1 は失敗ではなく判定を示します。チェック対象のプロパティが成立したか、成立しなかったかを示すものであり、すべての利用側で特別扱いが必要な第 3 の状態を設けるのではなく、再試行判断は出力しません。

**これは後方互換性のない変更です。**以前のレジストリにはコードが 6 種類しかなく、6～9 はすべて 4 compile_failed でした。この分割が必要になった理由の 1 つは、終了コード 4 を読み取るスクリプトでは、ポリシーによる拒否、オラクルの判定保留、スナップショットの変化を区別できなかったことです。また、stale は再試行不可とされていましたが、同一のリクエストを再読み込みして再送すれば解消できる状態です。bioprism-devx の終了コード監査では、blueprint 40.36 に対してこの両方が見つかりましたが、現在はいずれも報告されません。監査で既知の陽性入力として見つかったレジストリは、その blueprint に保持されています。

インストール（Claude の各環境）

Claude Desktop：aurora-agent.mcpb（Windows 専用のビルド済みファイル）を最新リリースからダウンロードして、ダブルクリックします（または「設定」→「拡張機能」を開きます）。リファレンス用のフィクスチャが含まれています。「AURORA data root」設定では、完全なチェックアウトを指定できます。
Claude Code：このリポジトリはプラグインマーケットプレイスです。 claude plugin marketplace add AURORA-NEURO/aurora-agent を実行してから、 claude plugin install aurora-agent@aurora を実行します（plugins/README.md を参照）。
VS Code：v0.1.3 リリースから aurora-agent-0.1.3.vsix をサイドロードします（code --install-extension aurora-agent-0.1.3.vsix）。この拡張機能は VS Code（1.101+）に MCP サーバーを登録するため、Copilot のエージェントモードから、解決済みのバックエンドにあるツールを呼び出せます。このソースリビジョンからビルドしたバックエンドでは、983 個のツールを利用できます。この拡張機能では、ワークフロー／オートパイロット／パイプラインのビューも追加されます（editors/vscode を参照）。
MCP レジストリ：registry.modelcontextprotocol.io に io.github.MurariAmbati/aurora-agent として登録されています。
プライバシー：ローカルファーストで、テレメトリーやバックグラウンドのネットワーク通信はありません。ソースへの送信 HTTP 通信はデフォルトで拒否され、オペレーターとプランの両方によるオプトインが必要です — PRIVACY.md。

ドキュメント

プロジェクトサイト：aurora-neuro.github.io/aurora-agent。全リファレンスはドキュメントマップをご覧ください。貢献のワークフローについては CONTRIBUTING.md をご覧ください。

証跡付きの自律ワークフロー

bioprism autopilot は、明示的な AutonomyGrant のもとで、インスタンス化されたワークフローのミッションを自律的に実行します。AutonomyGrant だけが権限の根拠であり、デフォルトの許可はありません。ドライバーはミッションをプロセス内でディスパッチし、失敗した各ステップを宣言済みの 40.36 再試行クラス（terminal、retryable_after_change、retryable_as_is、または不明）に分類します。そして、許可された内容だけを、バインディングを再マテリアライズした修復対象のサブセットとして再ディスパッチします。終了済みおよびキャンセル済みのステップは再ディスパッチされません。また、許可によって明示的にオプトインされていない限り、unknown の失敗は再試行されません。

成功を推測することはありません。すべてのステップが網羅され、ミッションレポートが成功を示し、さらにデフォルトでは、整合性が有効な完全なワークフロー照合が完了している必要があります。実行のたびに、許可のダイジェスト、すべてのミッションとレポートのダイジェスト、すべての照合ダイジェストを連鎖させたダイジェスト封印付き自動操縦レポートが出力されます。bioprism autopilot verify はこれを再計算し、1 バイトでも改ざんされていれば検出します。--dry-run では試行 1 のみを計画します。ディスパッチは行わず、書き込みもゼロです。

bioprism workflow instantiate --workflow decision_context --mission-id demo --goal "compile and verify" --steps steps.json
bioprism autopilot grant-template --json > grant.json
bioprism autopilot run --instantiation instantiation.json --grant grant.json --report-out report.json --recovery-dir autopilot-state
bioprism autopilot resume --instantiation instantiation.json --grant grant.json --recovery-dir autopilot-state
bioprism autopilot verify --report report.json

MCP サーバーはこれを autopilot_drive と autopilot_verify として公開します。デフォルトはプレビューで、実行にはリクエストごとの許可が必要です。また、返されるすべての実行レポートには整合性チェックが含まれます。max_dispatches_this_call を使うと、長時間の実行を一時停止し、送信可能な継続リクエストを呼び出し元が所有する形で返せます。再開時には、ディスパッチの前にダイジェストのみのチェックポイントを非公開の試行履歴と照合して再検証します。MCP サーバー自体は、復旧状態、再発設定、または実時間の期限を保持しません。許可では、決定論的な論理ティックによる再試行バックオフを許可できます。MCP のレスポンスは要求されたティックを仮想クロックイベントとして記録し、スリープは行いません。実際の待機と期限の適用は、引き続き呼び出し元が担います。CLI の任意指定である --recovery-dir は、ダイジェストのみのチェックポイントを非公開の再ハイドレーションファイルと分離して保持し、ツールの呼び出し前にディスパッチ保留マーカーを書き込みます。これにより、中断したミッションが無条件に再実行されることを防ぎます。これらの非公開ファイルの保護は、オペレーターが担います。

Rust カーネルは、複数のミッションにわたる、呼び出し元が制御する範囲付きの継続実行を可能にする drive_goal も公開しています。これは集約されたディスパッチ上限を適用し、明示的な評価者の完了アサーションを必要とします。安全な停止状態は、呼び出し元が所有するゴールチェックポイントコーディネーターを通じて永続化できます。CLI と MCP の各インターフェースでは、引き続き一度に 1 つのミッションを実行します。自動操縦リファレンスを参照してください。リファレンス全文： docs/AUTOPILOT.md。

自律型リサーチ

bioprism research は、合成意思決定ワールドに対して固定プロトコルを実行します。生成、コンパイルと認定、同等のエンジニアリング条件によるベースラインパネル、続いて任意の構造スイープ、メタモルフィック変異、最小化を行い、ダイジェストで封印された調査記録、レンダリング済みレポート、図を出力します。調査結果は固定された公開ルールから導出され、レベル observation に固定されています。これは単一バリアントの列挙型であり、これより強いレベルは表現できません。各調査結果には、導出元となったすべてのアーティファクトの sha256 が記載され、各図のフッターには、レンダリングされた正確な値の sha256 が記載されます。research verify は封印を再計算して、1 バイトの改ざんを検出します。--dry-run は計画を表示し、何も書き込みません。

bioprism --json research template > request.json
  # edit request.json: research_id, question, family, distractor_points, seed
bioprism research run --request request.json --out-dir out
bioprism research verify --dossier out/dossier.json

コミット済みの実行例は docs/research-example/ にあります。これは、ディストラクターポイント 50/250/750 における discriminating ファミリーを 12 ステップ、約 4 秒で実行したもので、**9 件の調査結果（うち 7 件は否定的）**と 7 枚の図を含みます。その主な結論は、このリポジトリ自体のコンパイラーに関する否定的なものです。FIBER は、宣言されたすべてのディストラクターレベルで directed-walk-full と同点（どちらも許容可能な事実数は 11）であり、スイープの 36 セルすべてで差が確認されませんでした。この実行は決定論的です。独立した再実行でも、9 個すべてのファイルがバイト単位で一致しました。

すべての調査記録にそのまま記載される制約事項：測定対象は合成意思決定ワールドのみであること、生物学、文献や先行研究の網羅性、外部世界についての主張を含まないこと、オラクルレビューには人による確認が必要なこと、スイープでは意思決定を定義するノブを意図的に変更しないこと、否定的な調査結果も正式な結果として扱うこと。詳細はリファレンス docs/RESEARCH.md を参照してください。

bioprism-research-campaign クレートは、合成リサーチおよび脳プランニングのカーネルにまたがる、依存関係が検証済みの固定ステージを組み合わせます。その際、否定的な調査結果、人によるレビューの一時停止、入力の欠落、枯渇、拒否、完了状態不明をそれぞれ異なる状態として保持します。線形のアクション認可は、呼び出し元が所有するコーディネーターが、処理中のチェックポイントと信頼済みヘッドをアトミックに保存した後にのみ発行されます。そのため、確認応答が失われた場合は reconciliation_required に復元され、自動で再ディスパッチされることはありません。ネイティブな成功アーティファクトは、自己ダイジェスト付きの JSON ドキュメントから受け入れるのではなく、ソースカーネルによって再構築または再生されます。

パスのみを扱う MCP サーフェス research_campaign_run_offline を使うと、リサーチ目標、ソース資料、生成されたアーティファクトをツール監査エンベロープに含めずに、この限定された構成を利用できます。confirm: false は、認可や書き込みを行わずに完全な事前チェックを実行します。確認済みの実行でサポートされるのは synthetic_research と brain_plan のみで、追記専用のファイルシステムコーディネーターを使用し、型付きのステータス、ダイジェスト、件数、呼び出し元が所有するアーティファクトロケーターのみを返します。これはオフラインのキャンペーン実行ツールであり、外部文献を網羅的に調査するものではありません。プロバイダーによる取得、認証済み実行ジャーナル、モデル呼び出し、独立した科学的検証は、今後の開発またはデプロイメント時の明示的な課題として残されています。

既存の出力ディレクトリに対して、同一の確認済みリクエストを繰り返した場合、実行ツールは検証のみを行います。追記専用の認可チェーン、チェックポイントと信頼済みヘッドの同一性、アーティファクトファイルのダイジェスト、ネイティブな決定論的リサーチ／脳プランの再生を再確認し、作業を再ディスパッチしたり、ファイルを作成したりしません。中断されたディレクトリは reconciliation_required として報告され、むやみに再開されることはありません。既存の出力先を指定した未確認のリクエストは、新たな追記専用の保存先を保証できなくなるため拒否されます。

エージェントからの使用方法

./target/release/bioprism-mcp --root .

改行区切りの stdio で JSON-RPC 2.0 を使用します。セッションは MCP のライフサイクルに従います。クライアントは initialize を呼び出し、notifications/initialized の確認応答を待ってから、ツールまたはリソースを呼び出します。fiber_compile は、目標、判定、省略された内容、十分性の主張が成立するかどうかを含む L0 の判断契約に加え、バージョン管理されたコンテンツアドレス指定の詳細化ハンドルを返します。証拠は返しません。エージェントは、判断契約だけでは行動に不十分な場合に限り、そのハンドルを fiber_refine に渡します。サーバーは再コンパイルを行い、要求されたレイヤーを開示する前に証明書のダイジェストを検証します。参照ワールドでは、L0 は約 204 トークンと推定され、セクション全体の約 1,900 トークンと比べて少量です。

MCP サーバーは、デフォルトで送信元への HTTP アクセスを拒否します。有効にするには、起動時に --allow-http-origin <host[:port]> オプションを 1 つ以上追加します。また、保持される各ソースプランでは retrieval_policy.network を enabled に設定し、要求されたホストを allowed_hosts に含める必要があります。コネクターはプレーン HTTP のみを使用し、HTTPS とリダイレクトは拒否します。

これを安全にする不変条件は、省略された内容がすべてのレイヤーで報告されることです。そのため、L0 で止めたエージェントも、何を持っていないかを把握できます。レイヤー化によって隠されるのは情報量だけで、省略の事実が隠されることはありません。パスは --root 配下に限定され、絶対パス、..、シンボリックリンクによる範囲外へのアクセスは拒否されます。提供されている研究契約の JSON スキーマ（評価、リリース、計測器の事前チェック、マルチモーダルの調整と複製、分析の適格性確認、プロトコルマトリックスの受領記録を含む）と機能カタログは、読み取り専用の MCP リソースから利用できます。そのため、クライアントは任意のファイルを読み込まずに、有効なドキュメントを作成し、作業を振り分けられます。world_index は、confirm: true を指定して呼び出されない限り、書き込み内容をプレビューします。このリポジトリには、依存関係のない Python クライアントも python/ に含まれています。このクライアントは、同期および asyncio による MCP セッションをサポートし、initialize/initialized のライフサイクルを徹底し、トランスポート／プロトコル／リモート拒否の各エラーを区別し、JSON-RPC フレームのサイズを制限します。また、developer_delivery_audit、developer_workbench、developer_workbench_verify、developer_workbench_import、developer_workbench_query、developer_workbench_get、ci_provider_normalize、ci_execution_evidence_audit、agent_mission、capability_discover、mission_evaluator_discover、mission_evaluator_review、mission_evaluator_replay、capability_audit、capability_dashboard、capability_route、adapter_plan、tabular_ingest、conformance_run、release_audit、operations_catalog、ops_acceptance、safety_release_gate、medical_boundary_check、biocapability_evidence_audit、bioql_compile、world_claim_check、observed_world_declare、lineage_audit、preanalytic_apply、contradiction_review、lab_plan、onco_boundary_check、onco_response_assess、onco_worldline_view、onco_classification_check、oncoworlds_identity_join、onco_outcome_analyze、oracle_combine、oracle_reference_panel、oracle_missingness、bioeval_reference_audit、evaluation_worldline_audit、evaluation_reproduction_check、evaluation_trajectory_check、routing_decide、repository_catalog、repository_bundle、repository_impact、telemetry_project、bioatlas_publication_audit、および完全な fiber_compile → fiber_refine／fiber_explain／fiber_verify → projection_bundle のライフサイクルに対応する薄いヘルパーを提供します。型付きの評価器候補の検出、レビュー済みのバインディング、リプレイ、監査、ダッシュボード、デリバリー、エビデンス、公開、アダプタープラン、表形式データの取り込み、適合性、リリース監査、運用、安全性、リネージ、前分析、矛盾、推論ラボ、オラクル／評価、およびオンコロジー境界の各プロジェクションは、ドメイン横断メタデータ、スキーマ品質のエビデンス、パリティのギャップ、準備状況ゲート、明示的なブロッカー、クレームの前提条件、省略の計上、公開ゲート、候補の拒否理由、セマンティック損失の境界、適合性チェック、フィクスチャのドリフト、委任された拒否状態、助言のみの観測、ストレージの約束のパリティ、サービスコントラクトの乖離、メトリクスの負債、3 者間の受け入れ判定、リスクゲートの判断要因、未評価の次元、構造化された臨床上の拒否、部分的な集約リリース、プライバシー上の除外、階層型エビデンス台帳、時間的リークの証拠、再現性の乖離、およびオペレーターと SDK 呼び出し元向けの厳密なリリース条件のエビデンスを保持します。これは Rust カーネルの上位に位置する統合基盤であり、Python のデータアダプター、ベンチマーク統計、生物学的フォーマットのエコシステム全体が完成していることを意味するものではありません。オーサリングレイヤーでは、ダイジェストに紐づくパック、判断セル、決定論的な変更計画、バージョン管理されたオラクル判定、リファレンスパネルリクエスト、評価リクエスト、および FHIR JSON/NDJSON、FASTA、FASTQ、SAM、GFF3、PDB、SDF/MOL、mzML、DICOM、NIfTI、AnnData、VCF、BAM、OME-Zarr の範囲を制限したプロジェクション監査に加え、異種プロジェクションの範囲を制限したバッチも構築できるようになりました。一方、最終的なヘルス判定とオラクル判定は Rust に委ねられます。prism_sdk.ApiClient と AsyncApiClient は、docs/HTTP_API.md に記載された範囲制限付き HTTP ゲートウェイにも対応しています。

Python クライアントでは、capability_route_plan も利用できます。この機能は、呼び出し元が選択したルート候補と、MCP および REST をまたぐ権威あるミッションの事前チェックを組み合わせます。dispatch: "not_started" を明示したダイジェストに紐づくミッションと plan_digest を返し、ルートレビューと事前チェックのブロッカーは構造化された状態で保持されます。また、ネストされたドメインツールはディスパッチされません。さらに、保持されたプランをディスパッチなしで再チェックする capability_route_plan_verify も利用できます。元のルートと選択内容を渡すと、ルートレビューの完全なリプレイが可能です。一方、形状のみのチェックの場合は verified_without_route_replay と明示されます。すべての現在および将来の MCP ドメインで、Python レイヤーはスキーマ対応のフォールバックも提供します。tool_catalogue() はライブ定義のスナップショットを作成し、plan_tool() は範囲を制限したトランスポート形式の事前チェックを実施し、tool_checked() はそのレビュー後にのみ実行します。これはドメイン上の妥当性を保証するものでも、拒否を抑制するものでもありません。未対応のスキーマ機能は警告として表示されます。ミッションリクエストではさらに mission_preflight() を通じて、Rust ミッション実行エンジンが呼び出される前に、ダイジェストに紐づくグラフ、ウェーブ、バインディング、認可、ステップごとのスキーマレビューを実施できます。実行エンジンはデフォルトで逐次実行します。明示的な execution_mode: "parallel_waves" ポリシーを指定すると、ウェーブ内の独立したメンバーを、幅と予約済み出力予算を制限したうえで並行してディスパッチします。実行済みのミッションは、ライフサイクル、ウェーブ、ステップ、拒否、ブロック、ダイジェスト、バイト計上の遷移を記録した、決定論的でクロックに依存しないトレースも返します。ミッションリクエストでは、呼び出し元が作成した範囲制限付きの claim_requests を追加で指定できます。その場合、最終レポートには、各主張を明示的なステップ結果、保持された出力のダイジェスト、省略状態、永続的な非主張に対応付ける、非意味論的な claim_lineage 投影が含まれます。HTTP ゲートウェイでは、同じ投影を /v1/missions/{mission_id}/claims で公開し、Python／TypeScript クライアントでも型付きヘルパーを提供しています。claimable が示すのは、保持された証拠の状態だけです。主張が真実であることや、リリース可能であることを意味するものではありません。主張では、ソースステップの出力ポインターへの明示的な evaluator／adapter バインディングも宣言できます。カバレッジとポインター／拒否／省略の状態は個別に報告されるため、オーケストレーションレイヤーに意味論上の権限を与えることなく、すべてのドメインで名前付き evaluator を利用できます。保持された evaluator 出力が複数ある場合は、正規ダイジェストの一致／不一致も明示的な証跡として示されます。自動的な裁定は行いません。保持された結果では、拒否、ブロック、キャンセル、出力省略、ポインター欠落、成功した evaluator の各行も区別されます。また、出力元／型／サイズとダイジェストグループも含まれます。準備済みの mission_evaluator_review は evaluator_review として渡し直せます。agent_mission はネストされた呼び出しの前にカタログダイジェストと正確なバインディング行を再確認し、その後、レビューの来歴をレポートとクレーム系譜に保持します。 Rust 実行エンジンは、ライブの tools/list 定義に対する、範囲を制限した権威的な JSON Schema 事前チェックも実施します。ミッションの受け入れまたは計画の前に静的引数を検証し、上流ペイロードの展開後、逐次または並行のネストされたディスパッチを行う前に、バインド済み引数を再検証します。拒否にはスキーマダイジェストと範囲を制限した JSON Pointer 診断が含まれるため、不正な呼び出しがドメインレベルの拒否や成功と誤認されることはありません。 HTTP ゲートウェイでは、型付きのステータスポーリングと、ネストされた呼び出しまたは並行バッチ間での協調的なキャンセルに対応した、範囲を制限した非同期ミッションジョブも提供します。キャンセルレポートには、完了した処理と、ディスパッチされなかった処理が記録されます。強制終了やロールバックが行われたかのように示すことはありません。 POST /v1/missions/preflight は、対応する同期ハンドオフを提供します。元の実行ポリシーと静的スキーマを検証し、権威的なダイジェスト紐付け済みの計画を返して、ディスパッチを強制的に not_started に設定します。ジョブを作成することも、ドメインツールを呼び出すこともありません。 GET /v1/missions は、ステータスフィルタリング、ライフサイクルリンク、ステップ／拒否／バイトの概要を含む、範囲を制限した決定論的な一覧を提供します。範囲に制限のない最終レポートは返しません。ブラウザーおよび Node の利用者向けに、typescript/ では対応する依存関係不要の Fetch クライアントを提供しています。リクエスト／レスポンスの上限、タイムアウトと中止のセマンティクス、型付き API エラー、SSE カーソルの解析、Webhook outbox のライフサイクルに加え、エビデンス、BioAtlas、OTLP、ランタイム、バイオエシックス、開発者向けデリバリーの各ワークフローに対応した型付きファサードを提供します。互換性、ワークベンチ、ミッション、シークレットの取り扱い、スキーマを認識する完全なカタログの呼び出し規約については、docs/TYPESCRIPT_SDK.md をご覧ください。toolCatalogue() と planTool() を使うと、任意のドメイン呼び出しを toolChecked() で実行する前にレビューできます。missionPreflight() は、agentMission() を送信する前に、依存関係グラフ、バインディング、実行ポリシーにまでそのレビューを拡張します。リモートからの拒否は成功として扱われず、そのまま表示されます。missionFromRoute() は候補の選択と引数を明示したまま、汎用の機能カタログをこのレビューに接続します。

ネットワーク境界が必要なデプロイメント向けに、リポジトリでは bioprism-api を提供しています。匿名での利用は、数値形式のループバックアドレスへのバインドに限られます。ワイルドカード、LAN、ホスト名へのバインドにはベアラートークンが必要です。シークレットをシェル履歴やプロセス引数に残さないよう、AURORA_API_TOKEN を設定してください。

export AURORA_API_TOKEN="<random-token>"
cargo run -p bioprism-api -- --root . --bind 127.0.0.1:8787 \
  --mission-state .local/mission-state.json --mission-queue-state .local/mission-queue.json \
  --event-state .local/event-state.json \
  --reconciliation-state .local/reconciliation-state.json

正確な MCP ツールカタログを REST と JSON-RPC 経由で公開し、上限付きのヘルス／機能ルート、カーソルで指定可能なイベントページ／SSE スナップショット、レシートと相関付けられたイベントクエリ、署名付き Webhook アウトボックスの登録、再試行、確認応答を提供します。--mission-state を指定すると、ミッションのステータス、進捗、トレース、サイズ制限付きの結果メタデータ用に、任意の上限付きアトミックチェックポイントを追加します。中断されたキュー内または実行中のミッションは、再起動後に誤って再開されるのではなく、失敗としてマークされます。ミッションチェックポイントは、コンテンツの SHA-256 state_digest を含むスキーマ 2 を出力します。スキーマ 1 のスナップショットは移行用に受け入れられ、起動後に書き換えられます。一方、改ざんされたスキーマ 2 の状態は拒否されます。永続化ステータスには、ダイジェストと、観測時点の integrity_verified 状態の両方が報告されます。 --mission-queue-state を指定すると、ミッションリース、冪等性クラス、試行回数、ステージ済み／コミット済み出力の境界、明示的な起動時リカバリー用に、独立したコンテンツアドレス方式のファクトリチェックポイントを追加します。--mission-queue-max-jobs と --mission-queue-max-active-leases を指定すると、ローカルキューに明示的なバックプレッシャーを追加します。キューステータスには、リソースクラスごとの公平な共有上限と、観測されたリース使用状況が報告されます。各リース試行はフェンシングトークンでもあり、リカバリー後に古い試行がコミットするのを防ぎます。キューチェックポイントは、実行権限を示すエンベロープになりました。キュー状態と、上限付きのハッシュチェーン遷移ジャーナルは、まとめてアトミックに置き換えられます。また、同じローカルファイルシステムを共有する連携 API プロセスは、上限付きロックを介して更新を直列化します。ステータスには、キューダイジェストと実行権限ダイジェスト、リビジョン、イベント数、ロック状態、整合性の結果が報告されます。POST /v1/missions/queue/authority/release-lock は、所有者が不在だと確認されたロックに対する、実行者を記録する監査対象のオペレーター上書きです。これはローカルの共有ファイルによる調整であり、テナント分離、複数ホスト間のコンセンサス、ネットワーク分断への耐性は提供しません。 GET /v1/missions/queue は、元のミッション仕様を返さずに、このキューの投影を公開します。有効期限切れの冪等な作業は再キューイングされ、結果が曖昧な非冪等の作業は隔離されますが、リカバリーされたジョブが自動的にディスパッチされることはありません。実行権限はローカルのリカバリーと監査の境界であり、複数ホスト間のスケジューリング、プロバイダー認証、外部処理の完了証明ではありません。 --event-state は、保持されたイベント、サブスクリプションメタデータ、署名付きの保留中アウトボックス行をチェックポイントに保存しますが、Webhook シークレットは決して永続化しません。現在のスキーマ 5 チェックポイントは SHA-256 state_digest によるコンテンツアドレス方式で、起動時には行を復元する前に改ざんを拒否します。また、エンキュー、送信、再試行、再生、確認応答、シークレットの再バインドの結果を記録する、上限付きでカーソル指定可能な配信試行ジャーナルも保持します。ただし、ワーカーによる明示的な確認応答を超えて受信側の状態を主張することはありません。レシートを含む試行では、正確な結合のため、検証済みレシート ID とコンテンツダイジェストも保持されます。スキーマ 1 からスキーマ 4 のチェックポイントは移行用に引き続き読み取り可能で、次のフラッシュ時にアップグレードされます。復元されたサブスクリプションは、明示的なインメモリの /rebind 呼び出しが行われるまで一時停止します。HTTP リスナーから推測するのではなく、gRPC、TLS 終端、分散スケジューリング、外部配信を明示的に不在として報告します。 GET /v1/recovery と Python／TypeScript の recovery_matrix／recoveryMatrix ヘルパーは、ミッションの復元、イベント行、サブスクリプションメタデータ、保留中アウトボックスの証跡、配信試行の来歴、シークレット、外部処理を分けて扱う、単一のオペレーターマトリクスを提供します。 GET /v1/operations/snapshot?after=N&limit=M ルートと対応する型付き SDK ヘルパーは、このマトリクスを、上限付きのイベントページ 1 件、イベントメトリクス、ミッションステータス件数、永続化ダイジェスト、機能のトランスポートフラグ、正確なドメイングループ／ツールの網羅状況、実行可能なオペレーター向けフォローアップと組み合わせます。同じスナップショットには reconciliation_summary と照合チェックポイントのステータスも含まれます。保存済みレポートの件数は、完了ステータス、構造上の準備が整った行、明示的なレビュー要件、整合性が無効な行、証拠が無効な行に分けられます。これらは監査用の導出カウンターにすぎず、実行を許可したり、ドメイン、科学、臨床、安全性、リリースに関する主張の確度を高めたりするものではありません。また、このサマリーにはワークフローごとのステータスマトリクスと、重複を除いたワークフロー数が含まれるため、ドメイン横断ビューで、観測されていない、または失敗した機能グループがひとつの集計値に隠れることはありません。ドメインの投影では、信頼できるワークスペースの機能グループと公開されたツールカタログを比較し、意味上の準備状況を推測することなく、欠落している名前と省略数を保持します。ダッシュボードの初期化と引き継ぎ用のインターフェースとして設計されており、上限のないミッションレポートは返さず、ツールを実行せず、ローカルでの観測を科学的妥当性、受信側の受け入れ、自動リカバリーの主張に置き換えることもありません。イベントカーソルは引き続き信頼できる情報源となるため、コンシューマーは recent_events.next_after を永続化し、連続性を宣言する前に gap を確認してください。 POST /v1/operations/handoff は、呼び出し側が選択したドメインまたは機能グループを、コンテンツアドレス方式で実行されない capability_route リクエストに変換します。未解決のセレクター、カタログの不足、グループ全体の省略、明示的な次のステップを、機能レビューとミッションの事前チェックを通じて保持します。生成されたルートをディスパッチしたり、実行を許可したりすることはありません。 GET /v1/operations/domains?after=N&limit=M は、機能グループごとの上限付きのローカルアクティビティ観測を追加します。これにより、オペレーターは、カタログにあるものの未観測のツールと、要求されたカーソルページで実際にイベントを出力したツールを区別できます。これはアクティビティの証拠にすぎず、ランタイム、科学、安全性、リリースの準備状況を示すものではありません。 GET /v1/operations/gates?after=N&limit=M は、同じ上限付きページをもとに、すべての機能グループについて、カタログ、アクティビティ、トランスポート完了、プール評価、ドメイン評価、安全性、リリースの各証拠ゲートを分けて提示します。ドメイン評価の証拠は、正確な名前またはワークスペースカタログで完了済みの評価ツールに結び付けられますが、科学的妥当性、評価器の校正、独立性を主張するものではありません。完了したローカル呼び出しが準備状況の判定に格上げされることはありません。グループは catalogue_blocked、insufficient_evidence、または review_required のままであり、readiness_claimed: false となります。各グループには gates.reconciliation_evidence も含まれ、上限付きのダイジェスト検証済み照合レジストリに対して、正確な機能グループ workflow_id のみで結合されます。missing は、保持された一致レポートがないことを意味し、推測によって合格となることはありません。保持された状態が incomplete または invalid の場合、insufficient_evidence が強制されます。structurally_ready は引き続きレビューが必要な証拠であり、リリース、安全性、臨床、科学のいずれの認可にもなりません。サマリーには groups_reconciliation_blocked が公開されます。また、同じ状態は Python と TypeScript の SDK で型付けされるため、現在公開されているすべてのワークスペースグループに同じフェイルクローズの結合契約が適用されます。同じゲート応答には、各グループの助言的な gates.artifact_evidence 状態も含まれるようになりました。カウント対象となるのは、すでにダイジェスト検証済みアーティファクトレジストリに登録され、大文字小文字を正規化した後の明示的な登録ドメイン、またはアーティファクト本文の明示的な group_id に一致するレコードのみです。サブジェクト、種類の名前、フリーテキストから所属を推測することはありません。この状態には、アーティファクトのファミリー、検証状態、親リンクされたレコード、一致の根拠、レジストリの世代／サイズが報告されます。アーティファクト証拠がない場合も可視のままですが、必須ゲートではなく、gate_state を変更したり準備状況を作り出したりすることはありません。Python は明示的なレガシー応答フォールバックを備えた型付き OperationsArtifactEvidencePosture を公開し、TypeScript は対応するグループ／サマリーの状態フィールドを公開します。ハンドオフには operations_gate_acceptance 実行前提条件が含まれるようになりました。事前チェックでは、ミッションの正確なツールを一致する機能グループと現在の gate_digest に結び付けます。すべてのグループで必要なすべてのゲートをオペレーターが承認するまで、実行可能な HTTP ミッションは拒否されます。オペレーターは POST /v1/operations/gate-reviews でその承認を永続化し、コンテンツアドレス方式の review_id で再生できます。実行可能なミッションでは、保持されたレビュー記録が同じイベントチェックポイントに存続し、引き続き現在の証拠と一致している必要があります。承認済みの実行可能ミッションは、ミッションステータス、インベントリ、/v1/missions/{mission_id}/provenance に bioprism-mission-execution-provenance/0.1 の投影を保持します。これはレビュー、ゲートダイジェスト、ドメイン評価の証拠、上限付き事前チェック投影、承認済みディスパッチイベントを相関付けます。mission_state_path が設定されている場合、ミッションチェックポイントにも保持されます。これは監査と再生の境界であり、準備状況や科学的妥当性を主張するものではありません。 GET /v1/webhooks/subscriptions/{id}/attempts ルートと対応する SDK ヘルパーは、明示的な保持期間のギャップと行のドロップ数を伴う来歴カーソルを公開します。レシートを含む行は /v1/delivery-receipts/{receipt_id}/attempts でも利用でき、外部の受信側の状態を主張することなく、サブスクリプションをまたいで同じ証拠を結合できます。組み込み Rust コンシューマーは、エグレス制御された DeliverySender を ApiRouter::deliver_once(...) に接続して、署名付き Webhook の送信成功を確認し、上限付きの再試行可能／恒久的な失敗を分類できます。その際、ゲートウェイに任意のネットワークアクセスを与える必要はありません。配信ページには、保留中、再試行可能、失敗、再試行上限到達、secret_rebind_required の状態と、最後に発生したトランスポートエラーが表示されます。POST .../{id}/replay は、配信 ID を保持し、試行予算をリセットして再署名する、明示的なオペレーターリセットです。配信されたと主張するものではありません。サービングパスでは、接続スレッド間で不変の共有ルーターを使用し、リクエスト ID をアトミックに割り当て、準備済みの MCP ディスパッチセッションをリクエストごとに複製します。ミッション、イベント、サブスクリプション、配信の各状態は、それぞれ独立して上限付きで同期されるため、無関係なドメイン呼び出しがグローバルルーターのミューテックス待ちで直列化されることはありません。同じサーバーは、より広範なワークスペースも公開します。world_validate はコンパイル前にワールドを検証し、 context_compare は同等のエンジニアリングを前提としたベースラインパネルを実行し、bioworlds_catalog は参照用の垂直スライスを実行し、modality_catalog はアッセイの解像度と失敗モードの契約を公開し、 modality_support_check は17のモダリティファミリー全体で、型付きクレームの適格性と分析単位の独立性を評価します。 modality_transport_check は損失と忠実度を報告し、modality_comparability_check はモダリティを優先した拒否を維持します。また、literature_bind_check は、引用の裏付けと生物学的測定の裏付けを分けたまま、出典のクレームを型付きの母集団および歴史的な対象期間に結び付けます。レビューが一次エビデンスに見せかけられることはなく、明示されていない母集団は拒否され、フラグが付いた出典には記録済みの根拠が必要です。 mutation_family は有効な多様性を用いて変異的ファミリーを検証し、prism_minimize は診断用ワールドを縮小して再チェックし、registry_gate は証明済みベンチマークパックをフェイルクローズで処理し、 registry_lifecycle_simulate は継続状態、追記専用イベント、置換、撤回、昇格、降格、整合性検証を伴う、ローカルのコンテンツアドレス可能な公開ライフサイクルを再生します。 operations_catalog は、未定義のメトリクスを明示したまま、ローカル／チームのトポロジー整合性とサービス契約の監査を実行します。 capability_rank は、欠損やトレードオフをまとめて潰すことなく、シリアライズされたメトリクスベクトルを比較し、感度エビデンスを伴う宣言済みの重み付けを適用できます。一方、research_ci_check は、クレーム、分割、図、回帰、環境、エグレス、非クレーム、来歴の各述語を実行します。 metrics_profile_audit は、スカラーのスコアを捏造せずに公開カードを構成するため、能力ごとのリーダー、測定済みの母集団、欠損システム、競合のないリードに関する警告を出力します。 biocapability_evidence_audit は、グラウンディング、情報取得、リソース効率、時間的妥当性、マルチモーダルの一致、因果識別、再現性、翻訳成熟度、マルチエージェント協調にわたり、明示的なエビデンス状態を含むメトリクスプロファイルを統合します。裏付けフィールドを検証し、未来のエビデンスと未知の次元をブロックし、宣言済みエビデンスを測定済みとして数えずに可視化します。また、必要な次元が適格である、明示的に要求されたクレームのみを公開します。任意の情報価値、参照分布、ワールドライン、再実行のサブ監査は、生物学的真実や臨床的推論ではなく、範囲を限定した投影として扱われます。 cache_invalidation_simulate は、型付きキャッシュキーを再構築し、依存関係を考慮した無効化、部分的な未知領域、フェイルクローズの検索ミス、明示的な再証明を再生します。一方、storage_lifecycle_simulate は、ピンを考慮したホット／ウォーム／コールド階層化と、コピー不可のクォータ委譲を、予約領域で保護された会計処理とともに計画します。 policy_screen は、選択前に呼び出し元が指定したポリシールールを適用し、型付きの拒否を維持します。 safety_posture は、実行時の適用を主張せずにセクション13の脅威母集団を報告し、safety_release_gate は、未評価の次元も引き続きブロック要因とする、完全なデュアルユースリスクゲートを適用します。hub_search は、型付きの権限、階層、ダイジェスト、鮮度、ニアミスの来歴を伴う、範囲を限定したフェデレーション方式の完全一致ファセット検索を実行します。measurement_compare は、単位やオントロジーを暗黙に変換せずに規格の宣言をチェックし、型付きの変換レシートと最初のブロック理由を返します。governance_schema_check は同梱されたスキーマ契約を確認し、medical_boundary_check は研究用途のユースケースを受け入れて臨床出力を構造的に拒否し、 tabular_ingest は独立した適合性検証と損失会計を備えた実際のCSV／TSVアダプターを実行します。 observed_world_declare はピン留めされた観測済みワールドの宣言を封印し、world_claim_check は来歴クレームの段階を適用し、hub_resolve はダイジェストと鮮度の来歴を伴ってフェデレーション方式のパック要求を解決し、 hub_lock は来歴を保持した推移的な依存関係ロックを構築し、safety_posture は残存する脅威母集団を報告します。 security_redteam_simulate は、確認済みの発見事項に対する回帰セル、段階的な脆弱性開示、評価者／成果物の信頼境界、試行間フィードバック経路、インシデントの影響範囲封じ込めゲート、フォレンジックのタイムライン、ハッシュ連鎖監査記録、観測済みと主張済みの証明を対象に、セクション13の安全性ループを再生します。各結果のそばに、重要な非クレームを必ず保持します。これは範囲を限定した契約シミュレーションであり、ファザー、実行時サンドボックス、検出器、認証情報の失効ツール、インシデントチャネル、封じ込め実行ツール、通知サービス、永続的な監査ストアではありません。weave_protocol_catalog は、型付きのエージェントアクト先行条件を公開します。 bioatlas_publication_audit は、アトラスのカバレッジ、任意のエビデンス条件付きクレーム準備状況、モデレーション／カード描画、リーダーボード順位付けを統合し、明示的な公開ターゲットにまとめます。アトラスの欠落、非公開スコア、順位未確定の項目、エビデンスの欠落を可視状態に保ちます。数値の公開スコアには、開示ゲートを通過したカード結果とエビデンス監査の両方が必要であり、明示的なターゲット要求がなければ公開クレームは出力されません。これはインメモリの契約ワークフローであり、ウェブパブリッシャー、IDサービス、アッセイランナー、リーク検出器、科学的真実のオラクル、臨床承認ではありません。 bioethics_action_review は、研究計画と物理的な行為を切り分け、必要な人間による承認が両方そろった場合にのみ外部照会を作成します。bioethics_human_subject_screen は、機関審査、同意、結果返却のチェックを分離して維持し、 bioethics_dual_use_review は、セクション13の公開ゲートの前段に明示的な悪用可能性の評価を追加し、 bioethics_validation_check はエビデンスの完全性と独立した再現を監査します。bioethics_representation_audit は、未測定の層や小標本抑制された層を維持し、リソースコンテキストが一致しない場合の帰属を拒否します。 influence_analyze は、宣言済みの因子領域について呼び出し元のスコープ内で数値的な影響範囲を計算し、デフォルトで構造のみの分析を行い、未知の前提条件と自明な境界を区別します。 PythonおよびTypeScriptのSDKは、ハードバジェット、試行した手法の来歴、厳密または保守的な妥当性、型付きの未知理由を含め、同じ因子領域リクエストとレポート境界を公開します。計算できない影響を無限大や捏造した数値境界に変換することはありません。 routing_decide は、明示的に承認されたアーキテクチャパネルの中からのみ選択し、カバレッジやマージンが弱い場合は判断を保留し、タスクIDが指定されている場合はホールドアウトエビデンスの漏洩を拒否します。Pythonおよび TypeScriptのSDKは、選択されたアーキテクチャ、構造化された保留理由、検討対象のパネル、近傍エビデンス、信頼度スコア、ホールドアウトチェックを保持し、安全なデフォルトによる保留をルーティングの成功とは扱いません。 token_context_plan は、必須トークンの網羅性、ドライラン時の制限付きデータのプライバシー、ポリシーのみの比較をチェックし、推定器の来歴を保持します。bioql_compile は、クエリを実行せずに、単位、フレーム、ビルド、クロック、ラベル、来歴、コスト上限に関する明示的な生物学的スキーマを型チェックします。weavelang_compile はソースを決定論的なWeaveIRにコンパイルし、そのローカルな意味を検査または再生できます。再生がデフォルトであり、ワールドを変更する遷移は拒否されます。 projection_bundle は、同じコンパイル済みセクションと証明書からグラフ、ハイパーグラフ、タイムライン、テーブルの各ビューを導出し、来歴、忠実度、未解決の障害範囲を保持します。ビューの本文はオプトインであり、証明として扱われることはありません。 lens_catalogue は、実行前に、実装済みのセクション42の質問、エビデンス要件、スコープの前提条件、宣言済みの拒否を公開します。lens_leakage_check は、封印された非視覚的な証人行、明示的な決定不能性、分割の修復なしで、型付きコホートリークレンズを実行します。 choreography_check は、シリアライズされたマルチパーティプロトコルをチェックしてすべての役割を投影し、範囲が限定された結果や結論不能なモデル検査結果を保持します。conformance_run は、FIBERスイートの実行前に同梱フィクスチャのダイジェストを検証し、非補償型の公開判断を返します。 provider_capability_gate は、正確性とセキュリティのエビデンスを通過した場合にのみ、実行時／プロバイダーのクレームをゲートします。性能値は捏造したしきい値を設けず測定値として保持し、どちらかのプロバイダーが未テストであれば、プロバイダー間の比較を不確定とします。 PythonおよびTypeScriptのSDKは、型付きクレーム状態、ゲート結果、実行証跡、測定数、差分ドリフトを含む、同じエビデンス境界を公開します。ゲートを通過しても、実行時の実行が行われたことや、未測定の能力が安全であることを意味しません。 scale_family_split_verify は、インポートしたベンチマーク階層を系譜ルートに照らして検証し、ファミリーが分割をまたぐ場合は拒否します。stewardship_review_check は、必須の次元、コーパスの裏付け、独立性が満たされた場合にのみ評価者レビューを完了し、未レビューの次元を明示的に保ちます。 quality_gate_run は、合格、証跡付きの不合格、実行不能というデータ品質の結果を維持します。Python SDKは型付き証跡、実行不能の理由、チェック単位の結果、不合格と障害の判定セットの分離を公開します。一方、 TypeScriptはシリアライズされたゲート／チェックのユニオンとレポート形状を維持し、不確定な実行を合格に変換しません。 ledger_ingest は、隔離、冪等性、因果的な公開、ハッシュチェーン、クロック異常、時間的カット、ダイジェストのみの投影状態を公開しながら、双時間イベントを追記します。PythonおよびTypeScriptのSDKは、永続ストレージや実際のクロックを意味することなく、これらの受け入れ、公開、投影の証跡を保持します。 fabric_synthesize は、ハードな効果、プライバシー、予算、保証、終端状態の制約に照らして、型付きのエージェント構成候補を評価し、重み付きの勝者を捏造せずに、却下マップとパレートフロンティアを返します。 interweave_workflow_catalogue は6つの参照ワークフローを公開し、型付きカタログから不足している54の成果物を導出します。仕様の一覧と成果物の利用可能性は分けて保持されます。 epistemic_voi は、総リスク削減量、宣言済みコスト、純価値、アクションの変更、補完性、網羅的探索の限界を可視状態に保ちながら、明示的なエビデンス取得アクションと非適応型バンドルに価値を付けます。Pythonおよび TypeScriptのSDKは、型付きの問題、信念、取得、価値、バンドル、アクションID、フェイルクローズの拒否投影を含む、同じ境界を公開します。 epistemic_adaptive_acquisition は、厳密な有限ホライズンのポリシーツリーでこの境界を拡張します。各結果では、停止するか、未使用の別の取得を選択できます。一方、期待される終端リスク、期待されるスカラー化コスト、事後確率の分岐、状態上限、条件付き独立性の仮定、フェイルクローズの拒否は可視状態に保たれます。計画のみを行い、取得を実行することも、因果、臨床、生物学、予測に関する真実を主張することもありません。次を参照してください。 docs/EPISTEMIC_ADAPTIVE_ACQUISITION.md。 epistemic_adaptive_execute は明示的な次の境界です。計画にスコープを限定したプロバイダー許可を要求し、一度に 1つずつ、選択された分岐に対するプロバイダーの結果を検証し、部分的および拒否されたプレフィックスを保持します。ライブフォールバックなしでレシート専用の実行ツールを通じて再生します。組み込みのMCPアダプターはシミュレーション専用で、行に simulated とラベル付けします。PythonおよびTypeScriptは型付きのレシート／来歴投影を公開します。次を参照してください。 docs/EPISTEMIC_ADAPTIVE_EXECUTION.md。 epistemic_adaptive_costed は、トークン／計算量／レイテンシ／金額／プライバシー／検体／専門家の各予算と、明示的なスカラー重みを用いる、同じ厳密な有限ホライズンプランナーを公開します。PythonおよびTypeScriptは、正規の7次元リクエスト／結果契約を保持します。次を参照してください。 docs/EPISTEMIC_COST_VECTORS.md。バージョン管理された fiber-query/0.5 契約は、未実行取得の同じ意味論をFIBERコンパイラーに引き継ぎ、 execution: "not_started" と authorization: "not_granted" を持つ証明書に紐付いた名前付きポリシーツリーを返します。 PythonおよびTypeScriptのSDKは、この境界を型付きの再生安全な投影として公開します。 interweaveカタログには、型付きのワークフロー実行バインディングが追加されました。これにより、汎用的な公開権限を主張することなく、6つすべての参照ワークフローIDにわたり、ワークフローID、能力、効果の禁止事項、計画ダイジェスト、明示的な許可、レシート専用の再生を引き継ぎます。interweave_workflow_execute MCPルートとPython／TypeScript ファサードは、決定論的なシミュレーション、構造化された許可なしの拒否、同一バインディングのレシート再生を公開します。次を参照してください。 docs/WORKFLOW_EXECUTION_BINDING.md。ワークフローのレシートは、interweave_workflow_execution_evidence を使って、ポータブルでダイジェスト検証済みのエビデンスに変換できます。その後、ワークフローを再実行せずにインポート、クエリ、取得できます。エビデンスは呼び出し元が管理するドメイン／対象ラベルを保持し、観測済み、シミュレーション済み、再生済みの来歴を分離します。レジストリに存在することはレビューエビデンスのままであり、公開権限にはなりません。 benchmark_trace_analyze は、より詳細なベンチマークコンパイラーの因果、エピソード、境界、反復分析を追加します。 PythonおよびTypeScriptのSDKは、型付きトレースイベント、因果スコアの構成要素、分岐／判定のバリアント、境界、エピソード、反復、フェイルクローズの拒否を公開します。また、pack_catalogue は宣言を測定済みスコアに変換せずに、エージェントおよび生物学的パックのポートフォリオを公開します。 pack_health_assess は、観測済みの較正、単純なベースライン、汚染、オラクルの姿勢、実体化に対する型付きパック健全性ゲートを実行し、すべての所見をパックダイジェストに結び付け、報告不能なリビジョンの数値スコアを拒否します。 pack_catalogue は、型付きの軸、オラクルの上限、公開の順序付け、重複署名のレビュー候補を含む、対応する範囲を限定した宣言一覧を公開します。ポートフォリオの宣言を観測済みの性能に変換することはありません。 foundation_contract_check は、反証可能な契約の適格性、安全な精緻化、クレームの適用可能性、ワールドクラス全体での反実仮想の強さ、開示ポリシー、遷移プレーンの一貫性を、それぞれ別のゲートとして検証します。 PythonおよびTypeScriptのSDKは、これらのゲートを型付きサブレポートとして公開し、トランスポートの成功応答と、受理された契約または許可された生物学的クレームを区別します。 world_generate は、範囲を限定した WorldSpec から決定論的な合成ワールド／クエリのペアを生成し、型付きランタイムを通して両方を解析して、正確なダイジェストと構造検証を返します。hub_submission_review は公開投稿契約をチェックし、独立した検証証明を用いて追記専用のモデレーションを再生できます。 telemetry_project は、型付きの編集処理と意味損失レポートを適用し、観測済みと主張済みの運用メトリクスを任意で評価します。これら3つのサーフェスはローカル契約ワークフローのみです。ネットワークへの公開、IDの認証、ハブ台帳の永続化、OTLPのエクスポート、モデルの実行、臨床クレームは行いません。 factory_lifecycle_simulate は、決定論的なリース、有効期限、冪等性、補償、隔離、アトミックコミットの再生を追加します。factory_authority_verify は、作業をディスパッチせずに、永続的なキューエンベロープと範囲を限定した遷移チェーンを監査します。hub_disclosure_review、hub_card_render、hub_leaderboard_render artifact_registry_audit は、能力サーフェス全体にわたる、ミッション、評価者、照合、ドメインの各アーティファクトを、完全一致コンテンツで索引化します。検証の姿勢、宣言済みの親エッジ、親の欠落、範囲を限定した系譜探索を保持する一方、ダイジェストやレジストリの存在から因果的な来歴、科学的妥当性、臨床的安全性、公開権限、外部効果の完了を推論することは明示的に拒否します。信頼された境界は、ミッションレポート、評価者の再生、検証済みエビデンスバンドルのインポート、ダイジェストが有効なワークフロー照合も自動的にこの共有インデックスへ投影します。各応答には、正確なレジストリダイジェストまたは明示的な索引化失敗を含む artifact_registry 投影が付属します。呼び出し元が意図的に登録しない限り、汎用ドメインツールの出力は索引化されません。 operation: "domain_evidence_lineage" を指定した artifact_registry_audit は、同じインデックスに対する取り込み固有の読み取りモデルです。29の能力グループのいずれかを、コンテンツ、リクエスト、応答、取り込み、ソース計画、対象、ソースツール、結果、ドメインの完全一致でフィルターできます。返される各行には、復元可能なリクエスト／応答ダイジェスト、直接宣言された親の状態、ソース計画の plan_digest と索引化されたコンテンツダイジェストのバインディング、逆向きの直接子リンクが保持されます。MCP操作、GET /v1/domain-evidence/lineage、 bioprism evidence domain-lineage、同期／非同期のPythonおよびTypeScriptファサードはすべて、カーソルの境界と、親の欠落、保持された親、単に宣言されただけのダイジェストの違いを維持します。これは構造上の系譜ビューのみです。ダイジェスト、親エッジ、子エッジ、取り込み結果のいずれも、実行、因果的な来歴、科学、臨床、プロバイダー、公開、準備状況の権限にはなりません。 domain_decision_readiness_audit は、次のクロスドメインポリシーゲートです。呼び出し元が提供する同一対象の正規レポートと明示的なリンク役割を受け取り、必要なグループ／ドメイン、裏付けおよび適格性の下限、矛盾／拒否ポリシー、レビューの姿勢、レポートのリンク、任意の系譜親要件を評価します。その blocked、incomplete、 review_required、ready_for_human_review の状態は構造上の処理状態であり、科学、臨床、公開、実行、真実に関するクレームではありません。readiness_claimed は引き続きfalseで、実行は not_started のままです。このMCPツールは現在のすべてのドメイングループで利用でき、汎用RESTディスパッチャーと同期／非同期の PythonおよびTypeScriptクライアントは、同じダイジェストに紐付いた監査と索引化済みアーティファクトを保持します。 domain_decision_readiness_query と GET /v1/domain-decision-readiness は、完全一致の対象／状態／ポリシーフィルター、カーソルページネーション、オプトインの監査本文を備えた、範囲を限定したダイジェスト順の保持読み取りモデルを提供します。readiness query はローカルのアーティファクトチェックポイントに対して同じクエリを公開します。ワークフローのポートフォリオと照合には、検証済みの readiness_audit サマリーを含め、 policy.require_readiness をオプトインできます。このゲートはミッションの事前チェックや完了とは別のままで、実行許可ではなく、構造上の意思決定の姿勢を記録します。開示のラチェット、フェイルクローズのスコア公開、比較可能性の条件、型付きの順位未確定項目を、エージェントから呼び出せる公開ハブ投影に引き継ぎます。release_audit は、必須のレジストリ、バンドル、品質、適合性、 research-CI、運用、パック健全性の各ゲートを統合しつつ、リポジトリへの影響と開発者プラットフォームの診断を助言的エビデンスとして保持します。これらのサーフェスは範囲が限定されたローカル機能のままです。永続キュー、 IDプロバイダー、ウェブUI、CI実行、デプロイ、ネットワーク公開は作成しません。バンドル層には、決定論的なオフラインEd25519検証と、ロール、委譲、ローテーション、失効、プロデューサーのバインディング、有効性を扱う、呼び出し元指定の明示的な鍵レジストリポリシー層が追加されました。レジストリは範囲を限定したローカルスナップショットであり、外部ID、透明性、タイムスタンプ、公開許可のサービスではありません。 PythonおよびTypeScriptのSDKは、ファクトリーの結果を順序付きの型付きトレースとして公開します。正常に取得されたリース、復旧のバリアント、ステージ済み出力の不可視性、コミット済み結果のスナップショット、隔離済みジョブとデッドレター化されたジョブ、フェイルクローズのアクション拒否を、同期、非同期、MCP、HTTPの各ファサードを通じて個別に検査できます。 storage_lifecycle_simulate は対応する型付きストレージ境界を追加します。呼び出し元のエポックに基づくホット／ウォーム／コールド計画、ピン留めされたオブジェクトの保護、階層スキップの証跡、明示的なドライラン／適用の会計、予約を考慮したクォータの課金、解放、コピー不可の委譲／吸収、再構成可能な生のクラス帰属を、バイトの移動やスケジューラーの作成なしで検査できます。 registry_lifecycle_simulate は同じエビデンス規律をベンチマーク公開に適用します。証明済みパックの事前チェック、シリアライズされたインデックスの整合性、公開／昇格／再評価／置換／撤回、検索／履歴／リビジョン／検証の各アクション、追記専用ログ状態、継続インデックスが型付けされ、無効なパックと失敗した操作は独立したフェイルクローズ行として保持されます。 cache_invalidation_simulate は対応する再現性の境界を追加します。コンポーネントが完全なキーのスキーマ、ビルド間ポリシー、宣言済みと不透明な依存関係グラフ、完全または部分的な無効化、明示的なドライラン／適用状態、理由付きの無効化前後の検索ミス、未証明のエントリー、帰属が追跡できる再証明を型付きで扱い、最新性を証明できないエントリーを提供しません。 hub_disclosure_review は公開ハブの開示境界を追加します。変更不可のダイジェストキー付きラチェット、汚染の証跡、分割整合性判定の統合、見出しの但し書き、スコア非公開の拒否を、個別に再生可能な状態で維持します。分割判定がクリーンでも秘密保持の主張にはならず、ベンチマークが公開されていても、明示的な了承なしに単独の見出し数値へ変換することはできません。 hub_card_render はレンダラーの境界を追加します。カードには、モデレーションから導出した公開状態、アクセス、検証、来歴、制限、非クレーム、公開済み／非公開のタグ付きスコアが含まれます。開示ゲートまたは公開ゲートに失敗した場合もカードは保持されますが、数値スコアはnullのままです。 hub_leaderboard_render と bioatlas_publication_audit は統合された公開サーフェスを完成させます。順位付きと順位未確定の項目は型付きの理由とスコープ付きの非クレームを保持します。一方、アトラスのカバレッジ、エビデンス条件付きクレーム、カードへのスコア添付、明示的な公開ターゲットは、フェイルクローズのブロッカーを持つ別々のゲートとして維持されます。 hub_submission_review は、受け入れとモデレーションの前段の状態機械を、追記専用イベント、理由、検証証明、撤回の墓標とともに公開します。拒否の段階は明示され、エンドポイントは依然として認証や外部公開を行いません。 runtime_execution_simulate は、決定論的なインプロセスワールドに対して範囲を限定したシリアライズ済みの効果プログラムを実行し、ポリシーと予算のエビデンスを返し、完全な再生を証明できます。また、観測可能な状態と分岐比較を伴うフォーク済みサフィックスを開くこともできます。PythonおよびTypeScriptのSDKは、型付きのランタイム効果、テープ、シミュレーションの各投影と、完全な生命倫理レビュー群を公開します。MCPおよびHTTPを通じて、ホスト実行や機関の承認を主張することなく、許可／拒否、シミュレーション済みの来歴、部分再生、物理的な照会、機関審査、デュアルユース評価、検証成熟度、表現上の欠落を保持します。megafactory_twin_audit は、符号の不安定性がある場合にオラクルの地位を保留しつつ、機構的な反実仮想を代替モデルに照らして評価します。 megafactory_placement_audit は、ワーカー能力、証明、オラクルの独立性、局所性の転送、フェンシング、重複効果のクラスをチェックします。これらはローカルの契約ワークフローのままです。コンテナー、外部状態の復元、実際のワーカー、永続的なフェンシング、生物学的較正、分散スケジューリングは提供しません。 trace_analyze は、インポート時の損失を明示してネイティブのJSONL軌跡を取り込みます。一方、 trace_otel_ingest は、範囲を限定したOTLP JSONスパンをソース保持、親解決、意味損失の会計とともに同じEvent IRにマッピングします。PythonおよびTypeScriptのSDKは、正規化されたイベントプレビュー、マッピング数、損失カテゴリ、コンパイル準備状況の境界を保持します。軌跡ツールは因果順序を検証し、意思決定に関わるレビュー候補の順位を付け、損失のない合格トレースについて最初の差異を比較します。レビューゲート付きの CellProposal プレビューを返します。ツールの再生、状態の最小化、 OTLPのエクスポート、Decision Cellの公開は行いません。 lineage_audit は、検体の祖先関係、質量、時間、材料、アーティファクト、IDのエビデンスをチェックします。 preanalytic_apply は、測定前の変化に関する実際の事後条件、ファミリーのヌル対照、応答の利用可能性、任意の呼び出し元しきい値に基づく検出可能性を実行します。 contradiction_review は、マルチモーダルな測定値を提示し、適格な説明を絞り込み、回答の手掛かりを検出し、識別力のあるエビデンスに順位を付け、解決済み、未検討、解決不能の状態を区別したまま、正しいモダリティは選択しません。 lab_plan は宣言済みエビデンスを順序付けます。obligation_gate_check は重大な後悔を招くゲートを適用します。 atlas_report は、能力カバレッジの負債、失敗の不整合、測定済みと未測定の欠落、任意のゲート付き複合値を保持します。 PythonおよびTypeScriptのSDKは、未測定の能力をゼロとして描画せずに、欠落の省略、エビデンスの深度、ファミリーの暗さ、複合値の拒否を可視状態に保ちます。 atlas_surface_audit はatlasxの公開サーフェスを追加します。分母を含むCapabilityGridカバレッジ、名前付きの負債解消、非公開の失敗項目の閲覧、明示的な率の分母、宣言の健全性を扱います。SDKは同じ層とフェイルクローズのポリシー段階を保持します。次を参照してください。 docs/ATLAS_SURFACE_AUDIT.md。 ops_acceptance は、検証不可能な基準を合格に変えることなく、型付きの運用受け入れ所見を報告します。 ops_capacity は、適格な作業と需要を投影し、上限のない作業や暗黙の性能劣化を拒否します。bundle_verify は、持ち込まれた結果バンドルのコンテンツを再計算し、参照済み、未再計算、来歴に制限のある項目を明示的に保ちます。また、明示的なEd25519のPubliclyAttestedBundleと検証鍵も受け入れ、目的、鍵ID、署名時刻、呼び出し元が宣言した鍵の有効性をチェックします。レジストリを基盤としたIDや、外部のクローズ取得は主張しません。完全なワイヤーフォーマット、脅威モデルの境界、SDK／MCPのマッピングは次に記載されています。 docs/BUNDLE_SIGNATURES.md。 oracle_reference_panel は、独立した読み取り呼び出し、少数派のエビデンス、裁定時のブラインド化、未解決の分裂を保持します。oracle_missingness は、明示的な呼び出し元ポリシーの下で、欠損の情報性、完全ケースの適格性、小標本のエグレスをチェックします。 adaptive_panel は、クラスター化された評価エビデンスを監査し、次の範囲を限定した候補バッチを選択し、カバレッジまたは停止基準を下回る報告可能な推定値を拒否します。PythonおよびTypeScriptのSDKは、監査総数、カバレッジ不足、非公開の推定値、クラスター化区間と単純区間、選択記録、比較拒否を保持します。 posterior_gate は、能力レベルの事後確率ベクトルを、根拠を伴う公開スカラー、カバレッジの下限、拒否条件、感度から分離して保ちます。PythonおよびTypeScriptのSDKは、これらの層と型付きのフェイルクローズ拒否を保持します。 oracle_combine は多数決を行わずに階層化された判断を統合し、決定不能性、抑制された覆し、不適格なエビデンス、不一致の証跡を保持します。PythonおよびTypeScriptのSDK投影は、ネストされたオラクルID、適格性、決着経路、解決状態を保持するようになりました。次を参照してください。 docs/ORACLE_COMBINE.md。 bioeval_reference_audit は、参照質量の正規化を検証し、分散した真実、モーダル信頼度、エントロピー、分散の帰属、未解決のスコープ、評価不能なスコープを報告します。省略された状態をゼロとして扱ったり、参照を単一ラベルにまとめたりすることはありません。SDKは、型付きの参照、解決、分散の各層を保持します。次を参照してください。 docs/BIOEVAL_REFERENCE_AUDIT.md。 evaluation_worldline_audit は未来情報の漏洩と参照先のないコンテキスト参照を分離します。 evaluation_reproduction_check は生物学的妥当性を再現性へ格上げせずに再実行結果を証明し、 evaluation_trajectory_check は範囲を限定した直後／下流サフィックスを使って宣言済みの経路特性を評価します。 SDKは、型付きのアクセシビリティクロックのリーク証跡、参照先のないペア、順序付きの再現判定、照合済みの差異／欠落数、フェイルクローズの妥当性拒否、ステップ／特性／結果の台帳、復旧遷移、範囲を限定したサフィックスの完全性を保持します。次を参照してください。 docs/EVALUATION_WORLDLINE_AUDIT.md および docs/EVALUATION_REPRODUCTION_CHECK.md および docs/EVALUATION_TRAJECTORY_CHECK.md。 runtime_effect_check は、効果を実行せずに明示的なデフォルト拒否ポリシーの下で効果を許可します。一方、 runtime_tape_verify は、ハッシュ連鎖されたワールドテープ、型付きチェックポイントの復元とアーティファクト台帳、シミュレーション済みの来歴、最初の差異を検証します。次を参照してください。 docs/RUNTIME_TAPE_VERIFY.md。 runtime_execution_simulate は、決定論的なインプロセスワールドで範囲を限定したプログラムを実行し、型付きの記録／再生、ポリシージャーナル、予算、フォークのエビデンスを保持します。次を参照してください。 docs/RUNTIME_EXECUTION_SIMULATE.md。 onco_boundary_check は、研究出力と個別の臨床利用を分離し、部分公開数、エスカレーション経路、フェイルクローズの識別子拒否を保持します。次を参照してください。 docs/ONCO_BOUNDARY_CHECK.md。onco_response_assess は、治療後の進行、しきい値感度、識別不能な変化状態を明示します。バージョン管理された投影は、コール種別、未確認の読影、治療期間のメタデータ、基準の差異、感度の反転、仮説の識別可能性を分離します。次を参照してください。 docs/ONCO_RESPONSE_ASSESS.md。 onco_worldline_view は、取得、記録、公開、エージェントからの可視性を示す各クロックを区別し、索引化された生物学的順序と記録上の順序を報告し、呼び出し元が指定したカットオフでバージョン管理された可視性の区分を公開します。型付きSDK投影は、偽造されたクロックのコピー、順序インデックス、漏洩区分を拒否します。次を参照してください。 docs/ONCO_WORLDLINE_VIEW.md。 onco_classification_check は、未収集のアッセイを陰性と扱わずに統合分子基準表を実行し、型付き投影は5つすべての解決状態、義務、充足したエビデンス、パネル状態の会計を保持します。次を参照してください。 docs/ONCO_CLASSIFICATION_CHECK.md。 oncoworlds_identity_join は、参加者、病変、検体、疾患エポック、関係、許容される用途の境界をチェックし、マルチモーダルの不一致を暗黙に破棄するのではなく、型付きの結合拒否、エビデンス数、ブリッジ根拠を含むバージョン管理された判定記録を返します。次を参照してください。 docs/ONCOWORLDS_IDENTITY_JOIN.md。 oncoworlds_model_transport は、モデルシステムの結果が、患者に向けて宣言された損失を伴う研究クレームを運べるかどうかをチェックし、モデルID、継代固有の忠実度、樹立時の選択、技術的／生物学的反復、移送の仮定、型付きのフェイルクローズ拒否種別を投影するバージョン管理された結果を返します。次を参照してください。 docs/ONCOWORLDS_MODEL_TRANSPORT.md。 oncoworlds_methylation_classify はQCによる保留、しきい値、較正、腫瘍含有量の但し書きを保持し、 oncoworlds_methylation_compare は分類器バージョンに条件付けてバージョン間の不一致を維持します。どちらも、バージョン管理された結果／差異、しきい値、スコアカバレッジ、分類器変更の各投影を公開します。次を参照してください。 docs/ONCOWORLDS_METHYLATION.md。oncoworlds_radiogenomic_check は、マルチモーダルクレームを受け入れる前に、参加者を保護する分割、訓練データのみでの特徴量フィッティング、検体と腫瘍のターゲット範囲、機序の層、宣言済みの移送仮定をチェックします。裏付けが拒否された場合でも、バージョン管理された投影はブロックされた文、設計サマリー、必須／宣言済みの移送仮定、拒否の分類体系を保持します。次を参照してください。 docs/ONCOWORLDS_RADIOGENOMIC_CHECK.md。 onco_outcome_analyze は、1人の対象の追跡結果を解釈する前に明示的な推定対象を要求し、追跡不能と競合する死亡を打ち切りの違いとして保持し、遅延エントリーによるバイアスを報告します。バージョン管理された型付き投影は、エンドポイント戦略、イベント／打ち切りタグ、遅延エントリーの曝露、完全バイアスと情報性バイアスのフラグをバインドします。次を参照してください。 docs/ONCO_OUTCOME_ANALYZE.md。 oncoworlds_clonal_history_check は、細胞分画に照らして候補履歴を監査し、複数の適合する履歴を1つに選択せず、型付きの曖昧性として保持します。バージョン管理された投影は、候補ごとの拒否種別と候補の会計を保持します（docs/ONCOWORLDS_CLONAL_HISTORY_CHECK.mdを参照）。 oncoworlds_clonal_evidence_check は、この境界を検体の昇格、再発／耐性の説明集合、アッセイ感度、宣言済みのコピー数変換、治療への帰属に拡張します。単一の系統樹や治療機序を捏造せずに、サンプリングされた領域の範囲と、時間的因果関係の拒否を保持します。次を参照してください。 docs/ONCOWORLDS_CLONAL_EVIDENCE.md。 oncoworlds_entity_world_check は、来歴に基づく選択、変化の機序、希少クラスのベンチマーク、病変クラスタリング、競合イベントへの保護策を統合します。要求されたセクションは個別の適格性と拒否エビデンスを保持し、トップレベルのレポートは要求されたセクションのみを照合します。次を参照してください。 docs/ONCOWORLDS_ENTITY_WORLDS.md。 literature_bind_check は、MCPと両方のSDKを通じて、同じフェイルクローズの文献境界を公開します。出典をスコープに結び付けても、それを測定値として使う許可にはなりません。結び付けに成功したクレームを引用可能な形で示せるのは、published_claim_support としてのみです。次を参照してください。 docs/LITERATURE_BIND_CHECK.md。モダリティの裏付け境界は次に記載されています。 docs/MODALITY_SUPPORT_CHECK.md。モダリティの移送境界は、SDK契約とともに次に記載されています。 docs/MODALITY_TRANSPORT_CHECK.md。 PythonおよびTypeScriptのSDKは、OncoWorldsワークフローを型付きのMCPおよびHTTP投影として公開し、臨床分類や患者レベルの真実を主張することなく、ドメイン固有の拒否、QCによる保留、バージョン条件付きの不一致、移送の仮定、クローンの曖昧さ、時代／施設の比較可能性、リソースの欠如、記述子の境界、サブグループ区間を保持します。次を参照してください。 docs/ONCOWORLDS_SHIFT_EQUITY.md。 stress_profile と stress_report は、生物学的ストレスファミリーを走査し、堅牢性を単一スコアにまとめずに、破綻点、生成器の欠陥、交絡、有効サンプルサイズ、未解決の測定値を報告します。 PythonおよびTypeScriptのSDKは、範囲を限定したシリアライズ済みリクエスト型と、強度の段階、識別可能性、必須／調査済みの関係、保護された最悪ファミリー比較に対する型付き投影を用いて、両方のストレスワークフローを公開します。欠陥があるファミリーや識別不能なファミリーは、エビデンスであるかのように順位付けせず、比較から除外されます。 developer_platform_status は、クックブック、ウォークスルーの状態、診断、終了コードの監査、宣言済みの変更影響サーフェスを検証し、外部SDK／CIアーティファクトを明示的に保ちます。 PythonおよびTypeScriptのSDKは、照合済みのウォークスルー状態、モジュール分類数、クックブックの省略会計、診断行と終了コード行、宣言済みの契約サーフェス、外部アーティファクトの姿勢、任意の詳細なエビデンスを含む投影を公開します。ローカルチェックに合格しても、外部SDK、CI、gRPC、ライブデバッガーのサーフェスが実行されたことにはなりません。 sdk_registry_check は、シリアライズされたプラグインマニフェストを検証し、全体／コアのダイジェストを計算し、帰属が追跡できる信頼エビデンスを報告し、明示的なホストポリシーの下で決定論的なレジストリ登録を試みます。無効な宣言や能力の競合がある場合、部分的な解決結果は返しません。 PythonおよびTypeScriptのSDKは、拒否の両段階と、成功時のダイジェスト／信頼／登録投影を公開しますが、動的ロード、署名、分離、プラグイン実行を意味するものではありません。 developer_delivery_audit は、これらのローカルプラットフォームおよびリポジトリ契約を、任意の影響、SDK登録、適合性、プロバイダー、ガバナンス文書、公開エビデンスと統合します。明示的な準備状況ターゲットを要求し、欠けている外部SDK／CIアーティファクトを可視状態に保ち、部分的な成功や保護されていないウォークスルークレームを公開に変換することはありません。 workspace_capabilities は、主要なすべての生物学、評価、変異、安全性、オーケストレーション、運用、ドキュメントのサーフェスと、それらが実際に使用するトランスポートを報告します。一方、repository_catalog／repository_bundle は、ドキュメントグラフへの範囲を限定したルート対応アクセスを提供します。ドキュメントバンドルは、保護されたクローズ、ルートの欠陥、探索の完全性、省略による影響を保持します。レンダリング済みMarkdownの要求は明示的なものであり、呼び出し元が指定した上限を超えて切り詰めるのではなく、失敗します。repository_impact は、変更されたモジュールについて、保守的な被依存関係の到達範囲と型付きの伝播停止点を計算します。影響を受けるタスクルートは、意味上の差分であるとの主張ではなく、明示的な無効化エビデンスとして保持されます。クロスドメインの capability_route 応答はさらに、必要項目ごとの候補ドメインと集約された route_coverage 台帳を報告します。これにより、エージェントは明示的なミッションを構築する前に、提案したルートが対象のドメインを網羅しているか確認できます。Python SDKは、CapabilityRouteReport.from_wire(...) と同期／非同期の capability_route_report(...) ヘルパーを通じて同じエビデンスを公開します。監査用に生のルートを保持しながら、必要項目ごとの数、候補台帳、範囲を限定した推奨事項のオーバーフローを照合します。次に、 capability_route_review がクロスドメインの引き継ぎチェックポイントを提供します。呼び出し元が選択した候補と依存関係のウェーブをチェックし、ブロックまたは準備完了の診断を出力して、ミッションの事前チェックと実行を明確に分離します。任意の validate_schemas モードは、権威ある選択済みツールのスキーマダイジェストと問題のパスを報告しますが、スキーマ適合性をドメインの準備状況に変えることはありません。すべてのレビューには、ルートの来歴、呼び出し元の選択、検証モードから導出された決定論的なコンテンツアドレス付きの review_id も含まれ、同じ引き継ぎをトランスポート間やイベント記録間で一貫して対応付けられます。最新のルート応答にはさらに、選択された候補グループのアーティファクト、ワークフロー照合の姿勢、レジストリの世代、範囲を限定した件数を対象とする、独立した evidence_digest が付加されます。各必要項目は candidate_group_evidence 行を保持するため、発見時点で欠落または観測済みの保持エビデンスを示せます。これは助言的な時点観測であり、実行、準備状況、許可、科学的妥当性、公開に関するクレームではありません。また、カタログに紐付いた route_id には意図的に含まれません。 capability_route_review は、このダイジェスト／スコープを evidence_binding、レビューID、生成されたミッション草案にわたって検証し、引き継ぐようになりました。明示的な carried_forward_not_recomputed の姿勢により、保持された発見時の観測が黙って破棄されたり、実行／準備状況のクレームへ格上げされたりすることを防ぎます。レガシールートでは present: false と報告されます。 capability_route_plan は、完全なルートレビューと権威あるミッション事前チェック境界を組み合わせて、公開上の引き継ぎの継ぎ目を閉じます。呼び出し元が選択した候補と明示的な引数のみを受け入れ、任意のクレーム／評価者／ワークフローのバインディングを引き継ぎ、生成されたミッションと plan_digest を返します。ルートレビューまたは事前チェックがブロックされた場合は、dispatch: "not_started" としてフェイルクローズします。ネストされたツールのディスパッチや、ルーティングエビデンスの許可への変換は行いません。呼び出し元は agent_mission を呼び出す前に事前チェックを確認する必要があります。 capability_route_plan_verify は対応する非実行の再生境界を提供します。ミッションの事前チェックを再実行し、任意で呼び出し元が指定した入力からルートレビューを再計算して、ダイジェストとIDの不一致を公開します。再生入力の欠落を、現在のメンバーシップの証明として扱うことはありません。レビュー済みの引き継ぎは、agent_mission または /v1/missions/preflight の route_review として直接指定できるようになりました。ミッション境界は、準備完了のレビューが、送信されたゴールと正確にシリアライズされたステップに一致することを要求し、そのレビュー／ルート／カタログのIDを計画ダイジェストにバインドし、許可や準備状況を付与せずにコンパクトなエビデンスの姿勢を保持します。草案の変更、古くなった所見、改ざんされたエビデンスバインディングはディスパッチ前に拒否されます。エビデンスのないレガシーレビューも、バインディングが明示的に存在しない状態で、構造上は引き続きサポートされます。同じレビュー済みの引き継ぎは、domain_workflow_instantiate を介してワークフローテンプレートの境界を越えることもできます。正規化されたステップの構築後、生成されたミッションは正確なルートレビューを保持します。永続キューはその spec_digest とコンパクトな来歴のみを公開し、ミッションチェックポイントは再起動後もその投影を保持します。評価者の再生はそれを absent、valid、invalid のいずれかとして示し、ワークフロー照合はそれを実体化されたワークフローと比較します。これらの結合は整合性エビデンスを追加しますが、ルートレビューを許可、実行、ドメイン上の結論に変えることはありません。 domain_workflow_catalogue は、発見から計画までの次の隔たりを埋めます。29の能力グループそれぞれについて、利用可能／欠落のツール定義、ツールごとのスキーマ／エビデンス契約、助言的な語彙上の段階を含む、決定論的でダイジェストに紐付いたワークフローテンプレートを1つずつ生成します。すべてのテンプレートには、スコープレビュー、ツールの利用可能性、引数の事前チェック、実行ポリシー、エビデンス保持、拒否／省略の会計、完了レビューを、ドメインの意味を捏造せず明示するドメイン契約も含まれます。domain_workflow_instantiate は、ワークフロー、ミッション、ゴール、ステップリストの明示的な指定を要求します。そのグループが宣言したスコープ外のツールや権威ある tools/list に存在しないツールを拒否し、スコープ外のポリシー許可リストを却下し、ミッションDAGを検証し、要求された実行に最小スコープの許可リストを導出し、ステップレベルのエビデンス計画を出力し、権威あるディスパッチなしのMCPスキーマ事前チェックを添付します。MCP、REST、CLI、Python、TypeScriptはすべて同じカーネルを公開します。有効なワークフローは計画であり、許可、科学的エビデンス、臨床指針、デプロイ準備状況、実行ではありません。 domain_workflow_scaffold は、同じ29グループを対象とする範囲を限定した計画の簡易手段です。デフォルトでは各助言的段階について、利用可能なライブツールを1つ選択します。または、明示的なツールリストとツールごとの引数マップを受け取り、決定論的な domain_workflow_instantiate ペイロードを生成します。カタログの各ツール契約には、範囲を限定した引数スキーマの情報が含まれます。スキャフォールドは返却前に権威あるMCP事前チェックを実行します。必須引数の不足はブロックされた事前チェック結果として明示され、無難なデフォルト値で置き換えられることはありません。応答は常に execution: "not_started"、dispatch: "not_started"、readiness_claimed: false を保持するため、この簡便なサーフェスが暗黙に実行ツールや準備状況の認証情報へ変わることはありません。MCP、 REST、Python、TypeScriptは同じスキャフォールド契約を公開します。実体化されたミッションには、ワークフロー、カタログ、ドメイン契約、エビデンス計画のダイジェストと、ディスパッチ後にその正確なスコープを再構築するための契約スナップショットを含む、範囲を限定した workflow_binding も付属します。このバインディングは構造と来歴として検証されます。許可トークン、準備状況のクレーム、ドメイン上の結論ではありません。 domain_workflow_portfolio は、マルチドメイン計画用に、明示的に指定された最大64件のワークフロー実体化を統合します。各グループを個別に実行し、権威あるディスパッチなしの事前チェックを追加し、項目ごとの拒否診断を保持し、カタログ全体と部分的なスコープの違いを明示します。ポートフォリオ全体を確認しても、呼び出し元による補完がまだ必要なドメイン固有の引数が隠されることはありません。portfolio_ready が実行やドメイン上の妥当性を許可することもありません。 CLIは同じ境界を bioprism workflow portfolio --requests <path> として公開します。JSONリクエスト配列、または requests と任意の policy を含むオブジェクトを受け付けます。--allow-partial と --require-complete-catalogue により、シェルオートメーションで最も重要な2つのスコープ判断を明示できます。ブロックされたポートフォリオは、--json モードで項目ごとの完全な診断を返し、準備が整っていない場合は assertion-failed判定を使用します。その間も dispatch と execution は not_started のままです。 domain_workflow_portfolio_verify は保持されたマルチドメイン監査の継続機能です。ポートフォリオのダイジェストとカバレッジを再計算し、保持されたすべての項目を個別に検証し、任意で元のリクエストのインデックス順配列を再生して、項目ごとのダイジェスト、ID、再生、ミッション事前チェックの不一致を保持します。CLIはこれを workflow portfolio-verify --portfolio <path> [--replay-requests <path>] [--require-replay] として公開します。REST、MCP、Python、TypeScriptも同じ範囲を限定した契約を公開します。検証はレビューエビデンスのままであり、ディスパッチ、再試行、再開、準備状況の付与、ドメイン上の妥当性の確立は行いません。 domain_workflow_verify は再レビュー前の保持された引き継ぎゲートです。現在のカタログと契約のIDを検証し、ワークフローバインディングとミッション投影をチェックし、権威あるミッション事前チェックを再実行し、任意で元の範囲を限定した実体化リクエストを再生します。コンパクトなダイジェスト証跡を伴う正確な不一致コードを報告し、完全再生と verified_without_replay を区別します。厳密に非実行で、dispatch と execution は両方とも not_started のままです。 developer_workbench_verify は、オーサリング／ノートブックの引き継ぎに対して同様の監査を提供します。現在のセッション監査を再計算し、保持されたダッシュボードクエリを再生し、任意で元のCIリクエストを再生してレポートと監査のダイジェストを比較します。MCP、POST /v1/developer-workbench/verify、CLI（bioprism workbench verify）、 Python、TypeScriptは、同じ不一致証跡とポリシー制御を公開します。セルの実行、YAMLの書き込み、GitHubへの接続、 CIの実行、公開権限やドメイン権限の付与は行いません。保持されたワークベンチレジストリは、ワークベンチデータベースを装うことなく、監査を永続化します。 developer_workbench_import、developer_workbench_query、developer_workbench_get は、構造上有効でダイジェストが正規化されたレポートのみを受け入れ、決定論的なダイジェスト順のフィルター／カーソルを提供し、明示的に要求された場合にのみ完全なレポートを返します。同じ契約は POST/GET /v1/developer-workbench/reports および GET /v1/developer-workbench/reports/{workbench_report_digest} でも利用でき、 --workbench-state によるアトミックで再起動に安全なチェックポイントと、明示的な永続化状態／フラッシュルートを備えます。CLIは workbench import、workbench query、workbench get を提供します。Pythonおよび TypeScriptは型付きのMCP／RESTファサードを公開します。レジストリは512レポート、32 MiBのスナップショットに制限され、インポート／復元時に各レポートとスナップショットのダイジェストを検証します。保持されたワークベンチ出力を実行、再評価、許可することはありません。 domain_workflow_reconcile は対応する実行後監査です。保持された agent_mission レポートまたは検証済みエビデンスバンドルを実体化に結び付け、計画／結果／トレースの一貫性をチェックし、拒否と省略を保持して、ツールの再試行やディスパッチなしに構造上の完了準備状況を明示します。その complete 状態はエビデンスの姿勢のみであり、ドメインクレームの前にレビューが必要です。照合レジストリの継続機能により、この監査は永続化され、検索可能になります。ダイジェストが有効なレポートを POST /v1/domain-workflows/reconciliations からインポートし、ミッション／ワークフロー／計画／状態のコンパクトなインデックス行を範囲を限定したカーソルでクエリし、reconciliation_digest で1件のレコードを取得できます。--reconciliation-state <file> を指定すると、アトミックで再起動に安全なチェックポイントが有効になります。起動時にスナップショットとすべてのレポートダイジェストを検証し、明示的な永続化状態／フラッシュルートでチェックポイントの姿勢を公開します。MCPは同じインポート／クエリ／取得ツールを公開し、 CLIは workflow reconciliation-import と workflow reconciliation-query を提供します。 Python／TypeScript SDKは型付きのREST／MCPヘルパーを公開します。レジストリに存在することは監査検索のみを意味します。ミッションの再開、再試行、再評価は行わず、来歴や科学、臨床、安全性、公開クレームを認証しません。実行可能なミッションに有効な workflow_binding が含まれている場合、権威あるMCP実行ツールは終端実行後にこの構造的照合を自動的に実行し、完全なダイジェスト検証済みレコードを共有REST／MCPレジストリにインポートします。ミッション応答が公開するのは、コンパクトな workflow_reconciliation リンク、完了／エビデンス／整合性の姿勢、冪等なインポート結果のみです。完全なレコードは照合検索ルートから引き続き取得できます。照合に失敗した場合は明示的な fail_closed 応答として保持され、ミッションの成功が準備状況へ格上げされることはありません。照合の永続化が設定されている場合、API同期呼び出しは返却前にこの共有レジストリをチェックポイントに保存します。非同期ミッションワーカーは、終端ジョブ状態を公開する前にチェックポイントへ保存します。これにより、ゲートの通過が自動化されることなく、同じディスパッチ後監査を運用ゲートと再起動後の復旧で確認できます。 --artifact-state が設定されている場合、同期REST／MCPディスパッチと非同期ミッションワーカーも同じアーティファクトインデックスをチェックポイントに保存します。自動索引化は監査投影のみです。来歴、科学的妥当性、許可、公開準備状況を追加するものではありません。 mission_evaluator_discover は、ワークスペースのすべての能力グループについて、明示的な評価者候補のダイジェストに紐付いたカタログを提供し、ツールルーティングを補完します。意図、グループ、ドメイン、ミッションレベル、アダプターIDでフィルターし、目的、候補エビデンスツール、RFC 6901ポインターの例を返します。すべての行には candidate_only と表示されます。発見機能は評価者を実行したり、ドメインの意味を検証したり、クレームを裁定したりしません。PythonおよびTypeScriptのSDKは同じ型付き投影を公開するため、呼び出し元は agent_mission に明示的な evaluator_bindings 行を追加する前にアダプターを選択できます。 mission_evaluator_review は、発見後の非実行チェックポイントです。呼び出し元が選択したクレームIDを、ダイジェストが最新の候補アダプターにバインドし、候補メンバーシップ、ドメインのサポート、選択IDの一意性、クレームごとの上限、RFC 6901出力ポインターを検証した後、準備済みのバインディングスキャフォールドまたは範囲を限定した修正所見を返します。レビューが準備完了でも、agent_mission による検証が必要です。このチェックポイントは評価者やドメインツールを実行しません。 mission_evaluator_replay はミッション完了後の非実行監査です。保持されたアダプター／ドメイン行、出力ダイジェストの形状、結果数、不一致の姿勢、拒否／省略の状態、29すべての評価者グループに対する構造的カバレッジを再チェックします。各アダプターについて意味的ではない4つのフィクスチャバリアントを出力できますが、 execution: "not_started" は保持されます。再生は監査とカバレッジの手段であり、評価者の実行や科学／臨床／公開の判定ではありません。永続HTTPルート /v1/missions/{mission_id}/evaluator-replay は、再起動を考慮した範囲を限定するクエリを追加します。retention.mode: "full" は保持された再生を公開し、"summary_only" は大きなレポート本文が切り詰められた後も、ダイジェスト、件数、カバレッジ、所見、省略のエビデンスを公開します。Pythonおよび TypeScriptクライアントは、型付きクエリヘルパーでこの違いを保持します。どちらのモードも生の出力を再構築したり、評価者をディスパッチしたりしません。隣接する /evaluator-replay/compare ルートは、カタログダイジェストのドリフトを検出し、参照されたアダプターが現在のカタログでもバインドされているかをチェックします。ダイジェストレベルの比較と、厳密な履歴行の差分との境界を意図的に報告します。レビューは現在、29件すべてのアダプター行の範囲を限定したコンテンツアドレス付きスナップショットを保持するため、有効なスナップショットからは、追加／削除／変更／変更なしのIDと変更フィールドの一覧を正確に取得できます。レガシーのダイジェストのみのチェックポイントでは、行差分の制限が明示されます。永続化された /evidence-bundle ルートは、ミッション状態、保持と省略の証明、任意の生の結果／トレース、再生、カタログのドリフト、実行の来歴、ナビゲーション可能なリンク、決定論的なバンドルダイジェストを、1つの範囲を限定したアーティファクトとしてエクスポートします。 POST /v1/evidence-bundles/verify とMCPの mission_evidence_bundle_verify ツールは、ドメインツールや評価者ツールを実行せずに、そのアーティファクトの正規ダイジェストと保持済み結果のダイジェストを再計算します。どちらのルートも構造的かつ非実行であり、Python／TypeScript SDKは同じ比較、エクスポート、検証の契約を公開します。レジストリの継続機能には、独立した検証を伴う冪等インポート用の POST /v1/evidence-bundles、ダイジェスト順のミッション／ドメイン検索、コンテンツハッシュ検索、--evidence-state <file> で有効になるアトミックで再起動に安全なチェックポイントが追加されています。MCPは同じインポート／クエリ／取得カーネルを公開し、CLIは evidence import と evidence query を提供します。復元されたバンドルは再検証されますが、実行を再開したり、来歴、科学、臨床、公開のクレームになることはありません。 capability_dashboard は、これらのルートを支える範囲を限定した運用者ビューを提供します。ライブカタログを権威あるMCPスキーマにバインドし、呼び出し可能／部分的／宣言のみのグループを報告し、crate／CLI／Python／ MCPのサーフェス数を分け、宣言済みのサーフェスが実行されたと装うことなく欠けているトランスポートにラベルを付けます。その dashboard_digest、フィルター、切り詰め警告により、呼び出し元はミッション用にツールを選択する前にインベントリを再現できます。次を参照してください。 docs/CAPABILITY_DASHBOARD.md。ミッション／委譲チェックの引き継ぎも、ダイジェストに紐付いた同じ形式で利用できます。 docs/EXECUTION_PROVENANCE.mdを参照してください。 ci_execution_evidence_audit は、作成時の次の境界を閉じます。正規のワークベンチCI計画を再生成し、呼び出し元が提供する実行エビデンスをそのダイジェストと正確なチェックセットにバインドし、チェックごとの結果ダイジェストを要求して、プロバイダー／呼び出し元の来歴と構造的検証を分離します。完全な合格エビデンスから範囲を限定した ci_evidence_ready 引き継ぎシグナルを作成できますが、GitHubへの接続、ログ取得、署名検証、デプロイ／科学的妥当性の確立を主張することはありません。 ci_provider_normalize は、範囲を限定したGitHub Actions形式、GitLab CI形式、または汎用プロバイダーペイロードを受け入れ、この監査が消費する正確な CiRunEvidence エンベロープに投影します。プロバイダーの結果ダイジェストが欠けている場合は、指定されたチェックオブジェクトから導出してラベルを付けます。未知および不合格の状態は可視状態に保たれます。正規化がプロバイダーに接続したり、署名を検証したり、ログを取得したり、呼び出し元が指定したデータを認証済みの実行上の真実に変換したりすることはありません。 GitHubユーザー向けに、リポジトリには依存関係のない複合アクション github-actions-evidence も用意されています。手動の範囲を限定したチェックファイルと、GitHub APIを通じて1つの実行とそのジョブを取得する認証済みの検出モードの両方をサポートします。collect-evidence: true を指定すると、検出機能は最大128件のアーティファクトメタデータ行も取得し、ジョブ応答から範囲を限定したジョブログロケーターを導出します。デフォルトでは、どちらのロケーターも追跡されません。明示的に download-evidence: true を指定すると、これらのHTTPSロケーター（または手動のアーティファクト／ログURI）を追跡し、1応答あたり16 MiB、1コレクションあたり256 MiBの範囲内で取得した後、ローカル取得済み応答バイトのSHA-256で行ダイジェストを置き換えます。行は明示的なダイジェストスコープ（provider_metadata、caller_declared、local_response_bytes）を保持し、任意の証明 subject_digest 値は名前付きの行または実行ダイジェストと照合されます。リダイレクトはHTTPSのみで、GitHubトークンは決して付与されません。アーカイブは展開されず、ログは解釈されず、証明の署名も検証されません。どちらのモードも同じ正規プロバイダーペイロードとダイジェストを生成します。コレクションモードではさらに、独立したエンベロープ／ダイジェスト、行数、安定したダウンロードモード／件数／バイト出力が生成されます。上限超過または一部のみのジョブ、アーティファクト、ロケーター一覧は拒否され、トークンが出力にコピーされることはありません。呼び出し元が明示的な ci 計画と evidence-output も指定した場合、このアクションはRustのプロバイダーエビデンス監査／レジストリが受け付ける正確な CiProviderEvidenceRequest を出力します。これは引き続き取り込みの引き継ぎです。メタデータやローカルバイトのダイジェストは認証済みのプロバイダー真実ではなく、チェックは実行されず、公開は承認されません。次を参照してください。 docs/CI_EVIDENCE.md。 ci_provider_evidence_audit は、範囲を限定したアーティファクト、ログ、証明の行を用いて同じ引き継ぎを拡張します。一意なID、コンテンツダイジェストの構文、プロバイダー／実行／チェックのバインディング、証明の対象を検証し、元の行を保持したうえで、決定論的な個別レコードダイジェストを出力します。その conformance_ready シグナルは構造のみを示します。このルートはリモートバイトの取得、チェックの実行、プロバイダーの認証、証明文の暗号学的検証を行いません。保持されたプロバイダーエビデンスレジストリにより、この引き継ぎは永続化され、結合可能になります。インポート時に正規監査を再実行し、失敗した実行や未知のプロバイダー実行も明示的なエビデンスとして保持します。また、 MCP、REST、CLI、Python、TypeScriptを通じて、決定論的なプロバイダー／実行／計画クエリと正確なダイジェスト検索を公開します。応答はアーティファクト／ログ／証明の件数とレコードファミリーのダイジェストを個別に含む一方、プロバイダーのロケーターは取得済みバイトではなく、指定されたダイジェストは検証済み署名ではないという境界を維持します。--ci-provider-evidence-state により、512レコード、32 MiBのスナップショット、256行のクエリ上限を持つ、アトミックで再起動に安全な永続化が有効になります。復元時にスナップショットと各レコードのダイジェストをチェックします。インポートのサマリーとコンパクトなクエリ行は、ローカルバイトのハッシュと証明対象ダイジェストのバインディング数も保持します。また、クエリでは完全な監査を読み込まずに、それらの数の最低しきい値を要求できます。これにより、プロバイダー認証とは区別したまま、来歴の姿勢をクエリ可能にします。レジストリは引き続き監査インデックスです。GitHub／GitLabへの接続、CIの実行、公開権限の付与は行いません。 developer_delivery_audit は、明示的な ci_provider 引数を通じてこの正規化を直接統合できます。正規化されたプロバイダー投影と下流の ci_evidence 監査の両方を返し、ci_provider と正規の ci_evidence 入力の同時指定は拒否します。より詳細な ci_provider_evidence 引数は、アーティファクト、ログ、証明の適合性を独立したデリバリーターゲットに統合します。developer_delivery_receipt はその完全な投影ダイジェストを保持し、 developer_delivery_receipt_verify は保持されたエビデンス行の改ざんを検出します。3つのプロバイダーエビデンス経路は、相互に排他的で構造のみのままです。デリバリーの判断でこのシグナルが必要な場合、developer_delivery_audit は正確な ci_evidence ペイロードを受け入れ、独立した ci_execution_evidence ターゲットを公開します。エビデンスが欠けているとこのターゲットはブロックされますが、他のデリバリーターゲットの意味は変わりません。同じデリバリー監査は任意の execution_provenance ペイロードも受け入れ、独立した execution_provenance ターゲットを公開します。そのため、呼び出し元は構造的エビデンスと実行権限を混同せずに、ミッショントレースの引き継ぎ、CIエビデンス、またはその両方を要求できます。 execution_provenance_audit は、隣接するミッション引き継ぎを完了します。返された計画、終端結果、決定論的なトレース、委譲されたチェックのダイジェストを照合し、1つの構造アーティファクトにまとめます。エビデンスの欠落、重複、ID不一致を報告しますが、ミッションを再生したり、呼び出し元／プロバイダーのエビデンスを実行権限へ格上げしたりすることはありません。 developer_delivery_receipt は、結果となるデリバリー監査を、正規のターゲット／エビデンス行と結合可能なダイジェストを備えた、決定論的でコンテンツアドレス付きの構造的な引き継ぎに変換します。チェックの実行、プロバイダーへの接続、公開承認は引き続き行いません。 developer_delivery_receipt_verify は、完了済みのデリバリー監査に照らしてこの引き継ぎを再計算し、次元ごとに改ざんを明らかにします。これにより、下流の利用者はプロバイダー認証や公開権限と誤認することなく、レコードの一貫性を検証できます。型付きの発見投影は、ドメイン、Rust crate、CLIエントリーポイント、Pythonアーティファクト、順位付けされたフィールド、一致したツール、カタログダイジェスト、任意の権威あるツールスキーマなど、一致したグループの完全なコンテキストを保持するようになりました。これにより、クロスドメインルーティングは、検証されていないネストJSONに頼らずにカバレッジを確認できます。 HTTP境界は、イベントページでの正確な review_id フィルターと、範囲を限定した /v1/route-reviews/{review_id}/evidence 検索を通じてこのエビデンスを公開します。PythonおよびTypeScriptのSDKは型付きヘルパーを提供し、保持期間の欠落と、空の結果が明示的に意味する「保持期間内に見つからない」を保持します。デリバリーレシートにも、対応する /v1/delivery-receipts/{receipt_id}/events の結合と receipt_id イベントフィルターがあります。大きすぎるツール応答では、範囲を限定したレシート投影のみが保持され、未検証の公開クレームは保持されません。

コンテキストポリシーの評価

./target/release/bioprism prism fork --world w.json --query q.json --bundle-out bundle.json

フルコンテキストの判定から Decision Cell を固定し、すべてのアーキテクチャを同一の状態から実行します。これにより、差異の原因はコンテキストポリシーだけになります。差を判別できるワールドでは、次の結果になります。

アーキテクチャ	事実	判定	クロージャ	セル
fiber	11	invalid	100%	pass
full-context	762	invalid	100%	pass
graph-5-hop	750	valid	0%	fail
lexical-top-11	11	invalid	91%	fail

いずれかのアーキテクチャが失敗すると終了コード 1 を返すため、CI のゲートとして機能します。受け入れ判定は集合値（03.07）で、失敗モードも明示します。graph-5-hop は判定で、lexical-top-11 はクロージャで失敗します。

./target/release/bioprism prism minimize --world w.json

オラクルのシグネチャを維持する 1-最小集合までワールドを縮小し、その後、再検証します。参照ワールドでは、762 回のオラクル評価で 761 個の事実 → 6 個 になります。

この 6 という数を、FIBER の 11 と比較して慎重に読み取る価値があります。判定に 因果的に 必要なのは 6 個の事実だけです。残りの 5 個は保護対象のクロージャに含まれる事実であり、どの証拠にも関与しません。FIBER は意図的に最小化されていません。43.13 では、今回の判定に影響するかどうかにかかわらず、アイデンティティ、ポリシー、否定的証拠のクロージャが必須となります。最小化が測定するのは判定の根拠であり、クロージャが決めるのは、それとは関係なく必ず含めるべきものです。

エージェントの連携

bioprism-weave は §23 のマイクロカーネルです。信頼できない参加者に委任できない処理を適用する、意図的に小さくした信頼基盤であり、それ以外の処理は一切行いません。23.49 にあるとおり、「科学的真実を判断したり、パッチを書いたり、タスクを計画したり、証拠を要約したり、モデルを選んだりしてはならない」。実際そのとおりで、行為のペイロードを意味の面から調べることはありません。

各項目に対応する適合性テストを備え、次のことを適用します。

型付きの行為 — 提案されていないものを受諾したり、主張されていないものに異議を唱えたり、受諾されていないものを履行したりすることはできません。また、コミットメントを二度履行することもできません。
拒否された行為は台帳に記録されない — 権限のない操作や資金のない操作によって、履歴を書き換えられてはなりません。
権限の減衰 — 委任によって権限を狭めることはできますが、広げることはできません。取り消しはサブツリー全体に推移的に適用されます。
アフィン予算 — Budget は Clone を実装していないため、許容量の複製は実行時チェックではなくコンパイルエラーになります。分割は値を移動させます。
ハッシュチェーン台帳 — 主張と、それに対する異議の両方が残ります。矛盾は維持され、スコアにまとめて解消されることはありません。
継続 — 古い台帳ヘッドに結び付けられたハンドルは、暗黙にリベースされるのではなく拒否されます。すでに置き換えられた地点からフォークすることが、サポートされている操作です。

Weave と FIBER の接点となるのが Context Capsule です。カプセルはコンパイル済みの Decision Section を受取人ごとに投影したものであり、証明書を引き継ぎます。つまり参加者には、コンパイラー がワールドから省いたものと、別途、投影が参加者に見せなかったものが分かります。フィルタリングされたカプセルは、コンパイラー自身の判定にかかわらず supports_sufficiency_claim: false を報告します。不完全なビューをもとに推論する参加者は、確認していない完全性を保証できません。

ベンチマークファミリーの生成

./target/release/bioprism mutate family --world w.json --out-dir family/

それぞれオラクルがどう動作すべきかを宣言する、8 つのメタモルフィック関係を適用します。4 つは不変性（名前の変更、順序の変更、無関係な項目の追加、タグの偽装）で、残りは各漏洩メカニズムに対する修復です。ミューテーションが自分で自分を採点することはできません。事後条件はオラクルを実行して検証し、宣言した関係が成り立たないミューテーションはリリースせず、却下します。

見出しに掲げる数値は、意図的にインスタンス数ではありません。

8 validated instances from 1 audited parent across 8 mutation families,
providing 8 independent equivalence classes (inflation ×1.00).
Instance count is not benchmark count.

同値クラスとは、異なる（親、ミューテーションファミリー、オラクルシグネチャ）の三つ組です。これはモデル化された量ではなく、数えられる量です。同じ世界を並べ替えて 20 個生成すると、インスタンスは 20 個、同値クラスは1 個となり、インフレーション比は ×20 です。このファミリーはベンチマークではなく、堅牢性チェックとして報告されます。これは、エグゼクティブサマリーの制約を運用可能にしたものです。言い換えが 100 万個あっても、ベンチマークが 100 万個あるわけではありません。

重複排除では意味内容（事実、因子、イベント）をハッシュ化し、意図的に world_id は含めません。これにより、ジェネレーターが名前を変更して重複排除を回避することを防ぎます。

意図的に実装していないもの

ブループリントは、ここに存在するものよりはるかに多くを記述しています。その差分は文章の中に埋もれさせず、ソフトウェアによって報告されます。コンパイルのたびに deferred_passes が返され、bioprism context explain で確認できます。

パス	実行できない理由
貼り合わせと障害テスト（43.06）	宣言済みの被覆が必要ですが、`fiber-world/0.1` には含まれていません
抽象解釈（43.11）	ワイヤースキーマに存在しない抽象領域レジストリが必要です
決定同値商の FIBER ワイヤー統合（43.10）	`fiber-query/0.3` には、境界付きの明示的な損失／効用行列と許可されたアクションの境界が含まれるようになり、FIBER は厳密な商を実行します。0.1／0.2 は引き続き保留です
レート歪み最適化の FIBER ワイヤー統合（43.12）	`fiber-query/0.4` には、正規化済みの事前分布、順序付けられた観測済み証拠プール、適合性の下限、許容誤差が含まれるようになりました。FIBER は識別、全探索によるフロンティアの算出、最小十分性を実行します。16 項目の上限と呼び出し元が宣言するモデル入力は、明示的なままです
適応的取得の FIBER ワイヤー統合（43.15）	`fiber-query/0.5` には、正規化済みの事前分布、完全な結果尤度の分割、スカラー化された経路予算、有限のホライズンが含まれるようになりました。FIBER は 16／16／65,536 の上限の下で厳密なポリシーを実行し、証明書に紐づいた計画の来歴を返します。取得のスケジュール設定、許可、実行、受領記録は行いません

43.19–43.24 のバックエンドポートフォリオ（FAQ／InsideOut、最悪ケース最適結合、テンソルネットワーク、決定図、増分ビュー保守）は構築されていません。Backend では、どのバックエンドが実行されたかをプラン記述子が正直に示せるよう、これらを列挙しています。現時点で存在するのは backward_factor_slice_reference のみです。

43.43 に従い、ここではシーブ、因子グラフ、半環、テンソルネットワーク、抽象解釈、レート歪み理論、データベースクエリ最適化を発明したとは主張しません。

知っておく価値のある、正直さを保つための 2 つの仕組み

影響がゼロであることは、影響が不明であることとは異なります。 省略マニフェストでは、省略された各グループを zero、bounded、inaccessible_by_policy、deferred_acquisition、unknown のいずれかに分類します。十分性を主張できるのは zero と bounded のみです。unknown のグループが 1 つでもあると、その主張は無効になります。参照 v0.1 証明書では、すべての省略に対して classification の文字列が 1 つしかなく、これを表現できません。そのため --profile extended が存在します。

影響ゼロの主張では、前提条件を明示します。 後方依存パスのない事実は、宣言された因子グラフが完全であることを条件として zero に分類されます。理由の文字列にはその旨が記されています。因子グラフが不完全だと、影響ゼロの主張は影響不明の主張になるためです。

v0.6 ディストリビューションで見つかった不具合

machine/module_registry.jsonl が古く、FIBER がまったく含まれていません。 935 行あり、セクション 43 の項目はゼロですが、context_cards.jsonl と doc_graph.json には FIBER モジュールがすべて 51 個含まれており、それぞれ 994 行あります。machine/README.md にはモジュールごとに 1 行と記載されています。このレジストリを参照するエージェントは、正規のランタイムを見つけられません。
CPython の参照ランタイムは、あらゆる Decision Section に放射ゲノム関連の目標文字列をハードコードしています。 Rust コンパイラーでは、バイト単位の同等性契約を維持するため、この置換を従来の 2 つのクエリバージョンに限って維持しています。後続のクエリバージョンでは、目標がないことが明示的に報告されます。CPython の時間オラクルも、タイムスタンプ文字列を辞書順で比較します。一方、Rust のオラクルは日単位の精度で暦日を比較し、タイムゾーン付きのタイムスタンプは絶対時刻として解析します。日付と時刻が混在する比較は安全側に倒して失敗します。オフセットが異なるタイムスタンプが混在するケースでは意図的に参照実装と異なりますが、正規のフィクスチャは変更されません。qir.rs の REFERENCE_GOAL と、oracle.rs の temporal_witnesses を参照してください。

登録済みモジュール 935 個のうち、Build-Ready Specification とマークされているのは 131 個だけで、400 個は Planned です。03_CORE_SPECIFICATIONS、23_AGENT_INTERWEAVE_FABRIC の全 50 ファイル、25_BIOLOGICAL_IR_AND_LANGUAGE の全 24 ファイルを含むセクション 01～19 と 23～29 は、ビルド準備が整った状態ではありません。実装前に必要なのはコーディングだけでなく、設計作業です。

リポジトリの構成

crates/           the workspace, bottom of the dependency DAG first
  ids/            canonical serialization + hashing + typed ids  (no internal deps)
  scope/          typed scope base                               (ids)
  world/          FIBER world model                              (ids, scope)
  section/        Decision Section + Context Certificate         (ids)
  fiber/          the query compiler                             (ids, scope, world, section)
  baseline/       equal-engineering comparators                  (ids, world, section, fiber)
  worldgen/       synthetic structural benchmark families        (world)
  store/          content-addressed indexed storage              (ids, scope, world)
  mcp/            Model Context Protocol server                  (fiber, section, store, world)
  prism/          decision-state evaluation                      (baseline, fiber, section, world)
  weave/          the multi-agent microkernel                    (ids, section)
  mutation/       metamorphic instance generation                (fiber, section, world)
  cli/            the bioprism binary                            (all)
docs/             topic-grouped reference; start at docs/README.md
fixtures/         golden worlds, queries and reference artifacts
reference/        the CPython reference runtime, vendored as the parity oracle
schemas/          fiber-world / fiber-query / fiber-context-certificate JSON Schemas
tools/            golden regeneration and ground-truth generation

section は意図的に world にも fiber にも依存しません。クライアント（MCP クライアント、評価ツール、CI ゲートなど）は、コンパイル済みコンテキストを生成したエンジンにリンクせずに読み取り、検証できる必要があります。

開発

cargo test --workspace --offline

cargo clippy --workspace --all-targets --offline

python tools/regenerate_golden.py

最後のコマンドは、CPython の参照実装からゴールデンアーティファクトを再生成します。ここで差分が生じる場合、ワイヤ形式の変更にあたるため、スキーマのバージョンを上げる必要があります。

ビルドはデフォルトでオフラインモード（.cargo/config.toml）になっており、固定された依存関係のバージョンを使用します。

境界

研究および開発者向けのインフラストラクチャです。個人の診断、治療の推奨、ケアのトリアージ、参加者の自動登録は行わず、医療機器としての機能を主張するものでもありません。圧縮や抽象化によって、データ利用、同意、プライバシー、臨床上の境界を越えることが許可されることはありません。

エンジニアリングマニフェストの監査

engineering_manifest_audit ルートは、ビルド準備が整ったエンジニアリングアーティファクトの対象範囲を追加します。具体的には、技術ベースライン、パッケージの依存関係トポロジー、チケットとパッケージの契約および準備状況、ADR の置き換え、RACI による責任分担、独立レビューの分離、正規ダイジェスト、明示的な警告・ブロッキング問題の意味付けが含まれます。宣言された整合性のみを検証するものであり、チェックアウトの検査、CI の実行、GitHub への問い合わせ、リリース権限の付与は行いません。docs/ENGINEERING_MANIFEST_AUDIT.md を参照してください。

engineering_execution_plan ルートは、チケットの状態、依存関係を考慮した作業ウェーブ、クリティカルパス、切り詰めポリシー、明示的なスケジュールゲートを含む、決定論的で範囲の限定された実装スケジュールをこのアーティファクトに基づいて作成します。引き続き、トラッカーの変更、CI の実行、チェックアウトの検査、納品の承認は行いません。docs/ENGINEERING_EXECUTION_PLAN.md を参照してください。

リリースパイプラインの監査

release_pipeline_audit ルートは、ステージ DAG、アーティファクトのダイジェストと来歴、プロベナンス／署名のバインディング、環境保護、承認の最低要件、昇格順序、明示的なロールバック先に関する、範囲の限定されたデリバリー契約を追加します。release_ready はブロッキング問題から導出されるものであり、CI が実行された証拠でも、デプロイが成功した証拠でもありません。このルートがコマンドを実行したり、CI やレジストリに接続したり、暗号署名を検証したり、デプロイ状態を変更したりすることはありません。docs/RELEASE_PIPELINE_AUDIT.md を参照してください。

運用準備状況の監査

operational_readiness_audit ルートは、宣言された目標、ダイジェストに紐付いた証拠を伴う観測指標、依存関係の障害時フォールバック、レビュー済みランブック、インシデントのタイムライン／事後分析、オンコール／オブザーバビリティ／バックアップ／アクセス制御について、範囲を限定したサービス運用性の契約を追加します。 operationally_ready はブロッキング問題の行から導出されます。テレメトリが照会されたこと、オペレーターにページが送られたこと、フォールバックや復元が実行されたこと、インシデントシステムが更新されたこと、またはデプロイが承認されたことを意味するものではありません。docs/OPERATIONAL_READINESS_AUDIT.md を参照してください。

セキュリティ／プライバシーガバナンス監査

security_privacy_audit ルートは、データ資産の分類、目的／保持／所在／削除、認可されたフロー、ID の強化、高リスク脅威への対処、独立レビューの証拠、必須のセキュリティ／プライバシー制御について、アーティファクトレベルのガバナンス契約を追加します。 security_privacy_ready は、名前付きのブロッキング問題から導出されます。法令遵守、実稼働中のセキュリティスキャン、認証または暗号化の証明、実施済みのレッドチームの証拠、またはデータ消去の主張ではありません。docs/SECURITY_PRIVACY_AUDIT.md を参照してください。

サンドボックス受け入れ監査

sandbox_admission_audit ルートは、信頼されていないコードと研究アーティファクトについて、範囲を限定した受け入れ契約を追加します。内容アドレス指定されたアーティファクトの識別情報と来歴、rootless／読み取り専用／権限昇格なしのプロファイル、ネットワークとマウントの境界、危険な機能の厳密な指定、有限のリソース上限、隔離、レビュー済み出力のリリースが含まれます。sandbox_ready は、6 つの独立した行ファミリーとブロッキング問題の行から導出されます。コードが安全に実行されたことや、外部ランタイムが宣言を適用したことの証明ではありません。このルートはコードの実行、パスのマウント、ソケットのオープン、シークレットの読み取り、隔離状態の変更を行いません。docs/SANDBOX_ADMISSION_AUDIT.md を参照してください。

サンドボックスランタイムシミュレーション

sandbox_runtime_simulate ルートは、受け入れのプロセス側における決定論的な補完機能です。受け入れ済みプロファイルを選択し、厳密な機能対象とリソース上限に照らして、順序付きの範囲を限定したリクエストトレースを評価し、累積使用量を計上して、simulated、refused、not_run の各行とトレースダイジェストを保持します。sandbox_runtime_ready には、有効な受け入れと、完全にシミュレーションされたトレースが必要です。拒否されたリクエストは決して計上されず、デフォルトでは残りのリクエストを停止します。これはあくまで意思決定のシミュレーションです。プロセスの起動、コードの実行、ホストパスの解決、ソケットのオープン、シークレットの読み取り、名前空間、システムコール、cgroups、認証情報、ネットワークポリシーの適用は行いません。docs/SANDBOX_RUNTIME_SIMULATION.md を参照してください。

セキュリティ、安全性、レッドチームプログラムの監査

security_program_audit ルートは、レッドチーム活動を取り巻くプログラムを監査します。認可された範囲、独立したキャンペーンレビュー、改変不可能な証拠、検出事項から修正完了までの追跡、インシデントの封じ込め／完了、段階的な開示、一般公開時の安全性レビュー、リグレッション検証、明示的なプログラム制御が含まれます。security_program_ready は、7 つの独立した行ファミリーとブロッキング問題から導出されます。スキャナーが実行されたこと、インシデントが封じ込められたこと、開示が送信されたこと、または制御が稼働中であることの証明ではありません。docs/SECURITY_PROGRAM_AUDIT.md を参照してください。

プライバシーポリシー

MCP サーバーと CLI はローカルファーストです。テレメトリやバックグラウンドのネットワーク通信はありません。明示的なソース HTTP 取得はデフォルトで拒否され、オペレーターによる起動時の許可リストと、それをオプトインする呼び出し元のプランが必要です。リクエストは選択されたロケーターのパスとクエリを、暗号化されていない HTTP でそのホストに送信します。ローカルファイルへのアクセスは、設定されたデータルート内に制限されます。ポリシー全文： PRIVACY.md。

ライセンス

Apache-2.0

Markdown 対応

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基本情報

作者: MurariAmbati
言語: node
バージョン: 0.1.4
トランスポート: stdio
掲載日: 2026年8月24日
最終更新: 4 週間前
公式 Registry: io.github.MurariAmbati/aurora-agent

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