pubcrawl

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✨ PubCrawl とは？

PubCrawl は、AI アシスタント（Claude Desktop、Cursor、または MCP 対応のクライアント）を、臨床医や研究者が実際に利用する一次情報源に直接接続します。これにより、平易な英語で質問すると、PubMed、Europe PMC、FDA/UK の医薬品ラベル、ClinicalTrials.gov に基づく回答を得られます。回答には、検証可能な実際の PMID、NCT ID、DOI が含まれます。

各ツールは、公式 API を薄くラップした決定論的なものです。情報を捏造することはなく、すべての結果に情報源が明記されます。

他のどの MCP サーバーにもない機能

**「セマグルチドの米国と英国のラベルを比較して」**と尋ねると、PubCrawl は両方の最新ラベルを取得し、対応するセクションを対応付けます。たとえば、米国の Indications and Usage と英国の 4.1 Therapeutic indications などを比較できるため、違いを推測するのではなく、実際に確認できます。

	米国の処方情報	英国の SmPC
適応症	血糖コントロール · 既存の CVD を有する T2D 患者の MACE リスク低減 · CKD を有する T2D 患者の 持続的な eGFR 低下、ESKD、CV 死亡リスクの低減	血糖コントロールのみ — CV および腎アウトカムは §4.4/4.5/5.1 への相互参照として記載されているが、適応症としては記載されていない
禁忌	MTC または MEN 2 の本人または家族歴 · 過敏症	過敏症のみ

米国ではラベルに記載された心血管に関する主張が、英国では承認されていない適応症を推奨することになります。両市場向けに医療関連の文章を作成、レビュー、確認する場合、この差を把握することが肝心です。そして、この差を明らかにする MCP ツールは compare_labels だけです。

その他すべて

• 🔬 文献、医薬品ラベリング、臨床試験にわたる 14 個のツール
• 🧾 検証可能な設計 — 結果から DailyMed、eMC、PubMed、ClinicalTrials.gov にアクセスできます
• 📰 Europe PMC 経由の プレプリント — 正式公開前の研究を見つけられます
• 🆓 API キーは不要（任意の無料 NCBI キーを設定すると、PubMed のレート制限が緩和されます）
• 🧪 完全に 型付けされ、テスト済みで、CI によるチェック済み — 文献検索は OpenGATE、ラベリングと臨床試験はリポジトリ内の 忠実度ベンチマーク によって、リリースごとに検証されます

PharmaTools.AI が開発しています。

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🚀 クイックスタート（60 秒）

1. クライアントの設定に PubCrawl を追加します — インストールは不要です。初回実行時に npx が取得します。

Claude Desktop の場合は、claude_desktop_config.json を編集します。

• macOS： ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Windows： %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

{
  "mcpServers": {
    "pubcrawl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pharmatools/pubcrawl"]
    }
  }
}

2. クライアントを再起動します。 PubCrawl が + → コネクター に表示されます。

3. 質問してみましょう：

「アトルバスタチンの米国と英国のラベリングを比較し、最近の第 3 相試験を探してください。」

これで完了です。→ その他の例 · API キーとその他のオプション

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🧰 ツール

📚 文献

ツール	機能
search_pubmed	日付範囲、論文の種類、並べ替え順で絞り込んで PubMed を検索します。PMID、タイトル、著者、ジャーナル、DOI を返します。
search_europepmc	PubMed より広範なコーパスを持つ Europe PMC を検索します。プレプリント（bioRxiv、medRxiv）や特許も収録されています。各結果には、抄録の抜粋、被引用数、オープンアクセスの状況、プレプリントかどうかが含まれます。プレプリントのみ、またはオープンアクセスのみで絞り込めます。
get_abstract	論文の構造化抄録全文を取得します。背景、方法、結果、結論などのラベル付きセクションに分割され、キーワードと MeSH 用語も含まれます。
get_full_text	PubMed Central のオープンアクセス論文の全文を取得します。解析済みのセクション、図表のキャプション、参考文献数が含まれます。
find_related	PubMed の類似文献検索アルゴリズムを使用して、関連する論文を関連度スコア順に検索します。
format_citation	APA、Vancouver、Harvard、BibTeX 形式の引用を生成します。
trending_papers	トピックに関する最近の論文を検索します。必要に応じて、影響力の高いジャーナル（Nature、Science、Cell、NEJM、Lancet、JAMA など）に絞り込めます。

💊 医薬品ラベリング

ツール	機能
resolve_drug_name	医薬品のブランド名を一般名に（または一般名を米国でのブランド名に）変換し、薬効分類と一般的な適応症も提示します。RxNorm/openFDA を使用する決定論的な処理で、AI は使用しません。
get_uspi	openFDA 経由で米国の処方情報の各セクションを取得します（出典は DailyMed）。適応症、用法・用量、警告、禁忌などが含まれます。
get_smpc	eMC から英国の製品特性概要を取得します。番号付きの SmPC セクションを含む、米国の処方情報に相当する英国の情報です。
compare_labels	同じ医薬品の米国（USPI）と英国（SmPC）のラベリングを並べて比較し、対応するセクションを組み合わせます（米国の適応症 ↔ 英国の 4.1 など）。片方の情報がない場合は必ずその理由を説明し、途中で切り詰められたセクションには truncated のフラグを付けます。また、us_drug / uk_drug で市場ごとに異なる名称（Farxiga / Forxiga）を指定できます。
search_by_indication	医学的状態に対して承認された医薬品を検索します。openFDA 経由で FDA のラベリングを検索し、eMC で英国での入手可能性を照合します。

🧫 臨床試験

ツール	機能
search_trials	ClinicalTrials.gov で臨床試験を検索します。病状、介入、募集状況、フェーズで絞り込めます。NCT ID、スポンサー、登録者数、リンクを返します。
get_trial	NCT ID を指定して、臨床試験の詳細を取得します。参加資格基準、試験デザイン、群、主要・副次評価項目、実施施設、関連する PubMed ID が含まれます。

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💬 例

接続したら、自然な言葉で質問するだけです。

文献

• 「セマグルチドに関する最近の臨床試験をPubMedで検索してください。」
• 「GLP-1受容体作動薬に関するプレプリントをEurope PMCで検索し、被引用数の多い順に並べてください。」
• 「PMID 38127654の抄録を取得してから、関連論文を探し、すべてバンクーバー方式で引用してください。」
• 「今月、CRISPR遺伝子治療に関する注目の論文は何ですか？ 影響力の大きいジャーナルに限ってください。」
• 「そのPMC論文の全文を取得して、方法のセクションを要約してください。」

医薬品のラベル情報

• 「メトホルミンのFDA処方情報から、適応症と警告だけを取得してください。」
• 「アトルバスタチンの英国SmPCを取得してください。」
• 「リシノプリルの米国と英国のラベル情報を比較して、違いを強調してください。」
• 「Ozempicの一般名と薬効分類は何ですか？」
• 「米国と英国の両方で2型糖尿病に承認されている薬は何ですか？」

臨床試験

• 「乳がんに対するペムブロリズマブの、参加者を募集している第3相試験を探してください。」
• 「NCT03086486の適格基準と主要評価項目を取得してください。」

複数の情報源を横断（PubCrawlの得意分野）

• 「セマグルチドについて、米国のラベルに記載された心血管系の適応症を要約し、続いて主要な試験とそのNEJM掲載論文を探してください。」

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🏗 アーキテクチャ

3つのレイヤーで構成されています。ツールがMCPインターフェースを登録し、libクライアントが各外部APIと通信し、共有のキャッシュとパーサーが高速かつ一貫した処理を実現します。

各ツールファイルは、zodスキーマと非同期ハンドラーを備えたregister*Tool(server)関数をエクスポートします。すべてのネットワーク呼び出しには、レート制限、キャッシュ、時間制限が適用されます。アーキテクチャの詳細についてはCLAUDE.mdを、ツールの追加方法についてはCONTRIBUTING.mdを参照してください。

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🔧 設定

インストール方法

# Zero-install (recommended): npx fetches it on demand — see Quick start above.

# Or install globally:
npm install -g @pharmatools/pubcrawl

# Config for a global install:
#   { "mcpServers": { "pubcrawl": { "command": "pubcrawl" } } }

NCBI APIキー（任意）

キーがない場合、PubMedへのリクエストは1秒あたり3件に制限されます。無料のキーを使うと、1秒あたり10件まで増やせます。

1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/で無料のNCBIアカウントを作成します
2. Account Settings → API Key Management → create a keyを選択します
3. キーを設定に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "pubcrawl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pharmatools/pubcrawl"],
      "env": { "NCBI_API_KEY": "your_key_here" }
    }
  }
}

HTTPトランスポート

PubCrawlには、ブラウザベースおよびホスト型のクライアント向けに、ステートレスなStreamable HTTPトランスポートも付属しています。

npm run start:http   # serves POST /mcp and GET /health on PORT (default 3000)

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🗺 ロードマップ

今後の予定の概要です。全項目についてはROADMAP.mdを参照してください。

• get_europepmc_fulltext — search_europepmcで見つかったプレプリントとOA論文を読む
• get_adverse_events — openFDA FAERSの有害事象を検索する
• 米国と英国のcompare_labelsを補完するEMA / EPARのラベル情報
• PubMed検索の精度を高めるMeSHクエリーヘルパー
• 一般的なレビューのワークフロー向けMCP リソースとプロンプト

アイデアを歓迎します。課題を作成してください。

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🛠 開発

git clone https://github.com/nickjlamb/pubcrawl.git
cd pubcrawl
npm install

npm run dev      # TypeScript watch mode
npm run build    # compile to dist/
npm start        # run the stdio server
npm test         # Vitest unit suite
npm run lint     # ESLint

ユニットテストはtests/にあり、フィクスチャのペイロードを使って、解析、キャッシュ、引用、フォーマット、ラベルのペアリングのロジックを検証します（ネットワーク呼び出しはありません）。CIでは、プッシュやプルリクエストのたびにlint → test → buildを実行します。コードベースに初めて取り組む方は、まずCONTRIBUTING.mdをご覧ください。

忠実性の測定

npm run bench            # labelling + trials fidelity benchmark against the live sources
npm run bench -- --ci    # what the release gate runs: exit 1 if a verified case fails

各リリース時と毎週、2つのゲートを実行します。OpenGATE の検索スコアラーは、PubMed と Europe PMC のレコードを人手で検証したアンカーと照合します。リポジトリ内の 忠実性ベンチマーク では、医薬品のラベル表示と臨床試験について同様の検証を行います。compare_labels は、米国／英国のアンカーのゴールドセット（ある側にはフレーズが含まれ、もう一方には含まれてはならないため、実際の相違がならされることなく明らかになります）に加え、openFDA の生レコードと eMC のページを再取得し、返された各文がソースの部分文字列であることを確認する逐語チェックに照らして評価されます。どちらのゲートでも、LLM による判定は一切使用しません。

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📦 リリースと変更履歴

バージョンにはセマンティックバージョニングを採用しています。全履歴は変更履歴、リリースノートとアセットはリリースをご覧ください。

🤝 貢献

バグ報告、新しいデータソース、新しいツールなどの貢献を歓迎します。まず貢献ガイドをお読みいただき、イシューまたはプルリクエストを作成してください。

📚 引用

PubCrawl が公開する研究に役立った場合は、引用をお願いします。詳しくはCITATION.cffをご覧ください。または、次の形式で引用してください。

@software{lamb_pubcrawl,
  author    = {Lamb, Nick},
  title     = {PubCrawl: verifiable biomedical literature, drug labelling and clinical trials for AI assistants},
  year      = {2026},
  publisher = {Zenodo},
  doi       = {10.5281/zenodo.22101559},
  url       = {https://doi.org/10.5281/zenodo.22101559}
}

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📄 ライセンス

MIT © PharmaTools.AI