opentargets

Open Targets MCP サーバー

Open Targets Platformを通じて、ターゲット、疾患、薬剤、遺伝的エビデンスを調べるための読み取り専用 MCP サーバーです。名前または ID を使って、裏付けとなるエビデンスを取得し、ドラッグリポジショニング候補を調べられます。Open Targets の API キーは不要です。

インストール

uvが必要です。

Claude Code

claude mcp add opentargets -- uvx opentargets-mcp

Claude Desktop および Cursor：claude_desktop_config.json（Settings → Developer → Edit Config）または ~/.cursor/mcp.jsonに追加し、再起動してください：

{
  "mcpServers": {
    "opentargets": {
      "command": "uvx",
      "args": ["opentargets-mcp"]
    }
  }
}

VS Code

code --add-mcp '{"name":"opentargets","command":"uvx","args":["opentargets-mcp"]}'

Codex

codex mcp add opentargets -- uvx opentargets-mcp

その他の stdio MCP クライアントでも同様に動作します。コマンドは uvx、引数は opentargets-mcp です。

ヒント：

• クライアントで spawn uvx ENOENT と表示される場合は、which uvxで確認できるフルパスを使用してください。
• 新しいリリースを取得するには、引数として opentargets-mcp@latest を使用してください。
• Apple Silicon で cryptography のビルドエラーが発生する場合、uv が Intel（Rosetta）版の Python を選択している可能性があります。uv python findで手がかりを確認できますが、キャッシュ済みのツール環境やデスクトップクライアントでは、別のインタープリターが使われる場合があります。

できること

• 「EGFRを標的とする薬剤と、その開発段階を教えてください」
• 「喘息との関連が最も強い遺伝子はどれですか？」
• 「BRAFとメラノーマを結びつけるエビデンスを示してください」
• 「2型糖尿病のドラッグリポジショニング候補を提案してください」

遺伝子シンボル、疾患名や薬剤名、rsID、Ensembl、MONDO、ChEMBL の ID など、名前または ID を使用できます。名前に一致するエンティティが複数ある場合、ツールが候補を一覧表示するので、そこから選択できます。

ツール

68 個のツールがあります。全リストを表示するには uvx opentargets-mcp --list-tools を実行してください。

分野	例
ターゲット	get_target_info、get_target_known_drugs
疾患	get_disease_info、get_disease_associated_targets
薬剤	get_drug_info、get_drug_adverse_events
エビデンス	get_target_disease_evidence
バリアントと研究	get_variant_info、get_credible_sets
検索と照会	search_entities、map_ids
ワークフロー	get_drug_repurposing_candidates
生の GraphQL	graphql_query、graphql_schema

多くのツールは fields（["target.approvedSymbol"]のようなドット区切りのパス）を受け付け、必要な項目だけを返します。用意されたツールで対応できない場合は、graphql_queryを使用してください。

エビデンスの結果には、利用可能な場合、データソース ID と PubMed の文献参照が含まれます。分析で使用した Open Targets API とデータのリリースを記録するには、get_api_metadataを使用してください。clinicalReportCountが数えるのは報告レコードであり、固有の試験数ではありません。すべての報告を取得するには graphql_queryを使用してください。

仕組み

flowchart LR
    A(["AI agent<br/>Claude · Codex · VS Code · Cursor"])

    subgraph S["opentargets-mcp"]
        direction TB
        S1["1. Resolve names to IDs"]
        S2["2. Run read-only queries"]
        S3["3. Return structured JSON"]
        S1 --> S2 --> S3
    end

    subgraph O["Open Targets Platform"]
        direction TB
        API["GraphQL API"]
        DB[("ChEMBL · GWAS Catalog<br/>ClinVar · Europe PMC · more")]
        API --- DB
    end

    A <-->|MCP| S
    S <-->|GraphQL| O

    classDef client fill:#e8f0fe,stroke:#4285f4,color:#1f2328
    classDef step fill:#ffffff,stroke:#34a853,color:#1f2328
    classDef data fill:#ffffff,stroke:#f9ab00,color:#1f2328
    class A client
    class S1,S2,S3 step
    class API,DB data
    style S fill:#e6f4ea,stroke:#34a853,color:#1f2328
    style O fill:#fef7e0,stroke:#f9ab00,color:#1f2328

自然な言葉で質問すると、サーバーが名前を Open Targets の ID に変換し、読み取り専用のクエリを実行して、構造化された結果を返します。API キーは不要です。

設定

デフォルト設定はローカルでの使用に適しています。変更するには、環境変数を設定するか、フラグを渡してください（uvx opentargets-mcp --help）。

変数	フラグ	デフォルト
MCP_TRANSPORT	--transport	stdio（http、sseも指定できます）
FASTMCP_SERVER_HOST	--host	0.0.0.0
FASTMCP_SERVER_PORT	--port	8000
OPEN_TARGETS_API_URL	--api	https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql
OPEN_TARGETS_RATE_LIMIT_RPS	--rate-limit-rps	0（無効）。受信するMCPリクエストを制限します
OPEN_TARGETS_RATE_LIMIT_BURST	--rate-limit-burst	20

プロキシの設定はHTTPS_PROXY、HTTP_PROXY、NO_PROXYから読み込まれます。

セルフホスト

ソースから：

git clone https://github.com/nickzren/opentargets-mcp
cd opentargets-mcp
uv run opentargets-mcp

Dockerを使用する場合（ポート8000でHTTP）、クローンしたリポジトリから：

docker compose up -d --build

MCP クライアントをhttp://localhost:8000/mcpに接続します。

開発

uv sync --extra dev
uv run ruff check src tests
uv run pytest -m "not live"   # offline
uv run pytest -m live         # calls the Open Targets API

サンプルスクリプトはexamples/にあります。

ライセンス

MIT