Nullary - Negative Results Intelligence For Drug Discovery

Nullary MCP Server

創薬におけるネガティブ結果のインテリジェンス — Model Context Protocolを介して利用できます。

Nullary は、AI エージェントが創薬における測定済みのネガティブ結果を検索できるホスト型 MCP サーバーです。活性のない化合物、選択性パネルの失敗、中止された臨床試験、失敗した CRISPR スクリーン、抗体の開発適性に関する失敗などを検索できます。各結果には完全な出典情報（ソースデータベース、DOI/PMID、ライセンス）が付いています。

このリポジトリでは、公開 MCP インターフェースについて説明します。サーバーはホストされており、データパイプラインとアプリケーションコードは別途管理されています。

接続

Nullary はリモート MCP サーバー（ストリーミング HTTP）です。インストールも API キーも必要ありません。

https://mcp.nullary.ai/mcp

Claude Code / 汎用 MCP クライアント

{
  "mcpServers": {
    "nullary": {
      "url": "https://mcp.nullary.ai/mcp"
    }
  }
}

Cursor

Settings → MCP → Add new MCP server → 上記の URL を貼り付けます（トランスポート：ストリーミング HTTP）。

Claude Desktop

Settings → Connectors → Add custom connector → URL https://mcp.nullary.ai/mcp を入力します。

質問できる内容

• 「EGFR に対して何が失敗しましたか？」 — モダリティを横断して、ターゲットに対する失敗化合物、試験、スクリーンを検索します
• 「ChEMBL で活性がなかったキナーゼ阻害剤はどれですか？」
• 「中止された腫瘍学の第 2 相臨床試験と、中止理由を表示してください」
• 「TP53 に対する失敗した CRISPR ノックアウトを教えてください」

ツールはモダリティ別（低分子、CRISPR、抗体、ペプチド、PROTAC、臨床試験など）に整理されています。すべての応答には出典が記載されています。

ツール

サーバーは35 個のツールを公開しており、MCP の tools/list メソッドを通じてリアルタイムで提供されます。各ツールの入力を含む完全な JSON スキーマは tools.json にあります。ツールは 7 つのモダリティに加え、モダリティ横断の履歴、複合・来歴検索、Layer-1 モデルレジストリに対応しています。

ツール	説明
search_inactive_compounds	不活性な低分子化合物と標的のペア。
search_failed_selectivity	選択性試験に失敗した低分子化合物。
search_admet_failures	ADMET 試験に失敗した低分子化合物。
search_failed_guides	失敗した／有効性のなかった CRISPR ガイド。
search_failed_essentiality_screens	非依存性／失敗した必須性スクリーニング。
search_ancestry_specific_failures	特定の祖先集団で失敗した CRISPR 試験。
search_developability_failures	開発可能性に問題のある抗体。
search_failed_clinical_antibodies	開発中止／終了となった臨床段階の抗体。
search_failed_peptide_therapeutics	失敗したペプチド治療薬。
search_peptide_stability_issues	安定性／半減期に問題のあるペプチド。
search_failed_protacs	分解誘導／三者複合体形成／膜透過性で失敗した PROTAC。
search_protac_e3_issues	PROTAC の E3 リガーゼ動員／三者複合体形成の失敗。
search_failed_oligonucleotides	標的への作用／開発可能性で失敗した ASO／siRNA。
search_oligo_delivery_failures	オリゴヌクレオチドの送達失敗。
search_failed_vaccines	失敗／開発中止となったワクチン（病原体／適応症別）。
search_vaccine_immunogenicity_failures	免疫原設計に失敗したワクチン。
search_failed_adcs	いずれかの段階で失敗した ADC。
search_adc_linker_failures	リンカーの化学的性質に起因する ADC の失敗。
search_failed_bispecifics	いずれかの段階で失敗した二重特異性抗体。
search_bispecific_format_failures	二重特異性抗体のフォーマット／エンジニアリングの失敗。
search_admet_failures_all_modalities	すべてのモダリティにわたる ADMET の失敗。
search_drug_drug_interaction_failures	薬物間相互作用の失敗。
search_mechanism_failures	特定のメカニズムに対して失敗したアプローチ（標的別）。
search_failed_replications	再現に失敗した知見。
search_safety_failures	モダリティ横断の臨床／前臨床における安全性の失敗。
search_target_history	あらゆるモダリティで、ある標的に対して失敗したすべてのアプローチ。
search_indication_history	あらゆるモダリティで、ある適応症に対して失敗したすべてのアプローチ。
search_pathogen_history	ある病原体に対するワクチン、抗菌薬、抗体の失敗。
get_compound	化合物と、モダリティ／ソースを横断した完全なネガティブプロファイル。
get_finding_provenance	ID で指定した単一の知見の完全な来歴と詳細。
get_target_landscape	標的の「墓場」／枯渇度インデックス。モダリティと結果別に、標的がどれほど調査し尽くされているかを示します。
list_top_targets	記録されたネガティブな知見の数で順位付けした、最も多く研究された標的。
list_models	Layer-1 不活性スコアリングモデルレジストリの概要。
get_model_card	標的別の Layer-1 モデルカード。学習データ数と、ホールドアウトしたスキャフォールド分割での指標を示します。
get_coverage	モダリティ別およびソース別のカバレッジ統計。

リンク

• ウェブサイト： https://nullary.ai
• ドキュメント： https://nullary.ai/docs
• カバレッジ： https://nullary.ai/coverage
• 研究： https://nullary.ai/research
• MCP レジストリ： ai.nullary/nullary として掲載
• Smithery： https://smithery.ai/badge/nullary/drug-discovery

ライセンス

このドキュメントリポジトリは MIT ライセンスです。基盤となるデータには各ソースのライセンスが適用されます。詳細はカバレッジページをご覧ください。