omophub-mcp

OMOPHub MCP Server

AI エージェント向けの医療用語集。
1,100 万件以上の OMOP コンセプトを検索、マッピング、閲覧できます。SNOMED CT、ICD-10、RxNorm、LOINC などに対応しています。Claude、Cursor、VS Code、その他の MCP 対応クライアントから直接利用できます。

クイックスタート · ツール · 使用例 · ドキュメント · ウェブサイト

OMOPHub MCP を選ぶ理由

現在、医療用語集を扱うには、数ギガバイトの CSV ファイルをダウンロードし、ローカルデータベースに読み込んで、必要な情報を見つけるための SQL を毎回書かなければなりません。

OMOPHub MCP Server を使えば、AI アシスタントから OHDSI ATHENA の用語集全体にすぐにアクセスできます。データベースのセットアップも、CSV の操作も、作業の切り替えも不要です。質問するだけです。

You: "Map ICD-10 code E11.9 to SNOMED"

Claude: Found it - E11.9 (Type 2 diabetes mellitus without complications)
        maps to SNOMED concept 201826 (Type 2 diabetes mellitus)
        via standard 'Maps to' relationship.

使用例：

• コンセプト検索 - 臨床用語に対応する OMOP コンセプト ID を数秒で検索します
• 用語集間のマッピング - ICD-10、SNOMED、RxNorm、LOINC、その他 120 以上の用語集間でマッピングします
• 階層の閲覧 - 表現型の定義に必要な上位概念と下位概念を調べます
• コンセプトセットの作成 - コホート定義用のコンセプトセット一式を AI エージェントに作成させます
• コードの検証 - 医療コードを検証し、標準マッピングを確認します

クイックスタート

1. API キーを取得する

omophub.com で登録し、ダッシュボードで API キーを作成します。

2. AI クライアントに追加する

{
  "mcpServers": {
    "omophub": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@omophub/omophub-mcp"],
      "env": {
        "OMOPHUB_API_KEY": "oh_your_key_here"
      }
    }
  }
}

claude mcp add omophub -- npx -y @omophub/omophub-mcp
# Then set OMOPHUB_API_KEY in your environment

{
  "mcpServers": {
    "omophub": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@omophub/omophub-mcp"],
      "env": {
        "OMOPHUB_API_KEY": "oh_your_key_here"
      }
    }
  }
}

{
  "servers": {
    "omophub": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@omophub/omophub-mcp"],
      "env": {
        "OMOPHUB_API_KEY": "oh_your_key_here"
      }
    }
  }
}

# Start HTTP server on port 3100
npx -y @omophub/omophub-mcp --transport=http --port=3100 --api-key=oh_your_key_here

# MCP endpoint: http://localhost:3100/mcp
# Health check:  http://localhost:3100/health

claude mcp add omophub --transport http \
  -H "Authorization: Bearer oh_your_key_here" \
  https://mcp.omophub.com

{
  "servers": {
    "omophub": {
      "type": "http",
      "url": "https://mcp.omophub.com",
      "headers": { "Authorization": "Bearer oh_your_key_here" }
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "omophub": {
      "url": "https://mcp.omophub.com",
      "headers": { "Authorization": "Bearer oh_your_key_here" }
    }
  }
}

# HTTP mode (default in Docker) - serves MCP on port 3100
docker run -e OMOPHUB_API_KEY=oh_your_key_here -p 3100:3100 omophub/omophub-mcp

# Stdio mode (for piping)
docker run -i -e OMOPHUB_API_KEY=oh_your_key_here omophub/omophub-mcp --transport=stdio

3. 質問を始める

「2 型糖尿病の OMOP コンセプト ID は何ですか？」

「ICD-10 コード E11.9 を SNOMED にマッピングしてください」

「SNOMED で Diabetes mellitus のすべての子孫を表示してください」

利用可能なツール

リソース

プロンプト

プロンプトの例

概念を検索 → search_concepts

「RxNormでmetforminを検索してください」

語彙間のマッピング → map_concept

「SNOMEDの概念201826があります。ICD-10コードは何ですか？」

概念セットを作成 → search_concepts → get_hierarchy → map_concept

「すべての子孫概念を含む、2型糖尿病の概念セットの作成を手伝ってください」

ここでは漏れがないことが重要です。 map_concept は一度に1ページを返します （page_size は1～200、デフォルトは100）。広く使われている医薬品の成分には、 1,000を超えるNDCマッピングがある場合があるため、1回の呼び出しで得られるのはサンプルであり、完全な結果ではありません。 レスポンスの has_more を確認し、false になるまで page の値を増やしてください。 そうしないと、コードがひそかに欠落しているのに、概念セットが完全に見えてしまいます。

これには find_similar_concepts ではなく、探索に使用してください。埋め込みの類似度で順位付けされるため、 セットのメンバーシップという概念がなく、page_size をどれだけ大きくしても網羅的な結果にはなりません。

コードを検証 → get_concept_by_code → map_concept

「ICD-10コードE11.9は有効ですか？SNOMEDでは何にマッピングされますか？」

セマンティック検索 → semantic_search

「『heart attack』に関連する概念を見つけてください」

概念を調査 → explore_concept

「SNOMEDの概念201826について、すべて教えてください」

FHIRからOMOPへの解決 → fhir_resolve

「FHIRのSNOMEDコード44054006をOMOPに解決してください。どのテーブルに入りますか？」

CodeableConcept → fhir_resolve_codeable_concept

「このCodeableConceptにはSNOMED 44054006とICD-10 E11.9の両方があります。OMOPにはどちらを使うべきですか？」

類似概念を検索 → find_similar_concepts

「『Type 2 diabetes mellitus』に類似する概念は何ですか？」

設定

環境変数

CLI引数

# Stdio mode (default)
npx @omophub/omophub-mcp --api-key=oh_your_key --base-url=https://custom.api.com/v1

# HTTP mode
npx @omophub/omophub-mcp --transport=http --port=3100 --api-key=oh_your_key

# Stdio mode with standalone health endpoint
npx @omophub/omophub-mcp --api-key=oh_your_key --health-port=8080

ヘルスエンドポイント（Docker / Kubernetes）

HTTPモードでは、MCPエンドポイントと同じポートの /health でヘルスエンドポイントを利用できます。

npx @omophub/omophub-mcp --transport=http --port=3100 --api-key=oh_your_key
curl http://localhost:3100/health
# → {"status":"ok","version":"1.5.0","uptime_seconds":42}

stdioモードでは、スタンドアロンのヘルスエンドポイントに --health-port を使用してください。

HEALTH_PORT=8080 OMOPHUB_API_KEY=oh_your_key npx @omophub/omophub-mcp
curl http://localhost:8080/health

Dockerイメージは、ヘルスチェックが組み込まれたポート3100のHTTPモードをデフォルトで使用します。

開発

git clone https://github.com/OMOPHub/omophub-mcp.git
cd omophub-mcp
npm install
npm run build
npm test

ローカルで実行する場合：

OMOPHUB_API_KEY=oh_your_key npx tsx src/index.ts

トラブルシューティング

リンク

• ドキュメント
• APIキーを取得
• Python SDK
• コミュニティとサポート

ライセンス

MIT - LICENSEを参照