Cbioportal

mcp-cbioportal

cBioPortal MCP — がんゲノミクスのポータルです。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1875 以上の稼働中のデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の連携機能であり、上流プロバイダーとは提携しておらず、承認や公開も受けていません。

ツール

ツール	説明
search_studies	cBioPortal の公開がんゲノミクス研究（TCGA、CPTAC、MSK など）をキーワードで検索します。研究名、研究 ID、またはがん種 ID に一致します（大文字と小文字を区別しません）。研究 ID、名称、がん種、サンプル数を返します。認証情報不要のオープンデータです。
get_study	cBioPortal のがん研究について、研究 ID（例：「brca_tcga_pub」、「glioma_mskcc_2019」）を指定して詳細情報を取得します。説明、がん種、サンプル数、PMID、引用情報が含まれます。
get_gene	cBioPortal を通じて遺伝子を Entrez 遺伝子 ID と標準情報に対応付けます。HUGO シンボル（例：「TP53」、「BRCA1」）または Entrez 遺伝子 ID を指定できます。entrez_gene_id、シンボル、種類を返します。
list_cancer_types	cBioPortal で定義されているがん種（ID、表示名、親の種類）を一覧表示します。研究で使用されているがん種 ID の特定に役立ちます。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "cbioportal": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/cbioportal/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/cbioportal/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使えるツール群）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールとともに、およそ 30 個の共有ツールが一覧表示されます。接続の initialize 応答には正確な対象範囲が示され、その日の状況を確認するための確実な情報源となります。

これは意図的な仕様であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、パックの対象外の質問にも、カタログ全体を横断してルーティングする ask_pipeworx を通じて回答できます。そのため、2 つ目の MCP サーバーを追加する必要はありません。現時点では、メタツールを含めずにパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利便性を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

または、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと 1875 以上のデータソースに接続します。唯一の違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/cbioportal_search_studies \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"breast"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。ツールの詳細を確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/cbioportal_search_studies を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても動作します。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "cbioportal": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-cbioportal"]
    }
  }
}

または、起動を確認するために直接実行します。

npx -y @pipeworx/mcp-cbioportal

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Cbioportal data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT