Chembl

@pipeworx/chembl

ChEMBL MCP — EBI の創薬データベースです。生理活性分子、創薬標的、作用機序、臨床試験フェーズを扱います。キーは不要です。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1875 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとの提携、承認、公開を受けたものではありません。

ツール

• search(query, type?, limit?) — 分子／標的／アッセイ／ドキュメントを検索します
• molecule(chembl_id) — 分子の完全なレコード
• target(chembl_id) — 標的（タンパク質）のレコード
• mechanism(chembl_id) — 正確な分子 ID 1 つに対応する作用機序の生データ行
• chembl_mechanism(drug | molecule_chembl_id, candidates?, limit?) — 薬剤の 名前 から作用機序を取得します。名前に一致したすべての分子形態（塩基体と塩）を 1 回の作用機序クエリで検索するため、薬理情報が塩の形態で登録されている薬剤も解決できます。たとえば、メトホルミンの 2 つの作用機序は CHEMBL1703（METFORMIN HYDROCHLORIDE）に登録されていますが、名前が最もよく一致する CHEMBL1431（METFORMIN）にはありません。作用機序の種類、機序の説明、名称付き標的と生物種、各作用機序が記録された形態、PubMed 参照を返します。
• activities(molecule_chembl_id?, target_chembl_id?, limit?) — 活性レコード
• drug_indications(molecule_chembl_id?, mesh_id?, limit?) — 疾患適応

データソース

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "chembl": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/chembl/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/chembl/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使えるツール一式）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。単一パックのエンドポイントでも、現在はパック固有のツールと合わせて、共有ツールが約 30 個一覧表示されます。接続の initialize 応答に正確な範囲が記載されており、その日の時点での正式な情報となります。

これは意図的な仕様であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックで対応していない質問にも、カタログ全体を検索する ask_pipeworx を介して回答できます。そのため、MCP サーバーをもう 1 つ追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマがもたらすコンテキストコストがルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

または、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1875 以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが 直接 一覧表示されるかだけです。どちらからも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/chembl_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"aspirin"}'

最初の呼び出しではアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/chembl_search を使います。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を呼び出します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても動作します。Pipeworx アカウントもゲートウェイ経由の往復通信も必要ありません。

{
  "mcpServers": {
    "chembl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-chembl"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-chembl

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパックのツールだけを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じデータソースとツールを使いますが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Chembl data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT