Civic

@pipeworx/civic

CIViC による、専門家が厳選したがんバリアントの臨床的解釈です。どの体細胞変異が、どの疾患に対して、どの治療で臨床的に有用なのか、また各主張の根拠となる、グレード付きの公開済みエビデンスを確認できます。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1875 以上の稼働中データソースにつなぐ MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の連携であり、上流のプロバイダーとは提携しておらず、承認や公開も受けていません。

ツール

• civic_search_genes(query, limit?) — 名前からがん遺伝子と融合遺伝子を検索します。バリアント／エビデンス／アサーションの件数と、CIViC の feature ID を取得できます。
• civic_gene_variants(gene, variant_name?, limit?) — 遺伝子のキュレーション済みバリアントと、関連する疾患および治療法を取得します。
• civic_variant_evidence(molecular_profile | variant_id, evidence_type?, disease?, therapy?, limit?) — 種類、レベル A～E、方向性、有意性、1～5 つ星の評価、PubMed／ASCO の出典を含む個別のエビデンス項目を取得します。
• civic_assertions(molecular_profile? | disease? | therapy?, limit?) — AMP／ASCO／CAP のレベル別にまとめられた情報と、FDA コンパニオン検査および規制当局の承認フラグ、ACMG コード、NCCN ガイドラインを取得します。

認証

キーは不要です。公開 GraphQL エンドポイントを使用します。CIViC のコンテンツは CC0 です。

データソース

• https://civicdb.org/api/graphql — POST、{query, variables}。

知らないと午後いっぱいを費やしかねない注意点：

• 明示的に null を指定した変数は、フィルターなしではなくフィルターとして扱われます。また、HTTP 200 が返されます。 2026-09-17 に計測した結果、evidenceItems(molecularProfileName: "BRAF V600E") は 249 件に一致しますが、variantId: null を追加すると 0 件、diseaseName: null では 245 件、therapyName: null では 313 件になります。未設定のフィルターは、変数マップから完全に省略する必要があります。src/index.ts の omitNulls() はまさにこのために存在し、これを削除すると、気付かないまま結果が 0 件になります。
• browseVariants.totalCount と browseFeatures.totalCount は、それぞれのフィルター引数を無視します。 browseVariants(featureName: "BRAF") もフィルターなしの browseVariants も、カタログ全体の 5029 件を返します。evidenceItems と assertions の totalCount はフィルターを適用します。このパックでは、正しい件数を返す 2 つのものについてのみ件数を報告します。
• BrowseFeature 型の description は、クエリ全体で 500 エラーを引き起こします。 スキーマには存在しますが、呼び出すことはできません。遺伝子の概要は Gene 型にあるため、civic_search_genes は 2 回目の呼び出しを行います。
• genes が受け取るのは name ではなく、entrezSymbols／entrezIds です。 遺伝子のフリーテキスト検索には、browseFeatures(featureName:)（部分一致、ランキングなし。このパックでは完全一致を先に並べ替えます）または featureTypeahead(queryTerm:) を使います。
• エビデンスとアサーションの status には ACCEPTED だけでなく SUBMITTED も指定できます。提出済みの項目は、まだ CIViC のレビューを受けていません。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "civic": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/civic/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/civic/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、Pipeworx 共通のメタツールである ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式も返します。そのため、表示されるツール数はこの表の数より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック固有のツールに加えて、共通ツールが約 30 個表示されます。接続の initialize レスポンスには正確な範囲が示されており、その日の状況を確認する際の信頼できる情報源です。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使えば、このパックでは対応できない質問にも、カタログ全体を横断する ask_pipeworx 経由で回答できます。MCP サーバーを 2 つ目に追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマが、ルーティングの利点を上回るコンテキストを消費する場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も同じゲートウェイと同じ 1875 以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントをお持ちでない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/civic_search_genes \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"BRAF","limit":5}'

最初の呼び出しではアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/civic_search_genes を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "civic": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-civic"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-civic

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパック固有のツールのみについて initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Civic data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT