Gdc

mcp-gdc

NCI Genomic Data Commons（GDC）MCP。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1879以上の稼働中のデータソースに接続するMCPゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとの提携、承認、公開を受けたものではありません。

ツール

ツール	説明
list_projects	NCI Genomic Data Commons のがんゲノミクスプロジェクト（TCGA、TARGET、CPTAC など）を、症例数の多い順に一覧表示します。project_id、名前、プログラム、主要部位、疾患タイプを返します。キー不要で、オープンアクセスのメタデータです。
get_project	project_id（例：「TCGA-BRCA」）で NCI GDC のプロジェクトを1件検索し、詳細と概要件数（case_count、file_count）を取得します。キー不要で、オープンアクセスのメタデータです。
search_cases	主要部位やプロジェクトで NCI GDC のがん症例（患者／サンプル）を検索します。case_id、submitter_id、主要部位、疾患タイプ、project_id を返します。キー不要で、オープンアクセスのメタデータです。
search_files	プロジェクトやデータカテゴリ（例：「Transcriptome Profiling」「Simple Nucleotide Variation」「DNA Methylation」）で NCI GDC のゲノムデータファイルを検索します。file_id、file_name、データカテゴリ／タイプ／形式、アクセスレベル、ファイルサイズを返します。キー不要で、オープンアクセスのメタデータです。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "gdc": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/gdc/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/gdc/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、Pipeworx 共通のメタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール群）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールとともに、共通ツールが約30個一覧表示されます。接続時の initialize レスポンスに正確な範囲が記載されており、その日の時点での確定情報となります。

これは意図的な設計であり、偶然に多重化されたものではありません。メタツールを使えば、このパックの対象外の質問にも、カタログ全体を横断して振り分ける ask_pipeworx を通じて回答できます。そのため、MCP サーバーをもう1つ追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマがもたらすコンテキストコストが振り分け機能の利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL でも、同じゲートウェイと同じ1879以上のデータソースにアクセスできます。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合は、HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/gdc_list_projects \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"size":20}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/gdc_list_projects を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントもゲートウェイへの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "gdc": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-gdc"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動することを確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-gdc

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、initialize／tools/list／tools/call に応答するのは、このパックのツールだけです。上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールは含まれません。同じソース、同じツールを使えますが、ask_pipeworx による振り分けはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントとフルゲートウェイのどちらでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Gdc data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT