Hpo Api

@pipeworx/hpo-api

Human Phenotype Ontology (HPO) MCP — 臨床表現型用語と遺伝子／疾患の注釈。キー不要です。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1881 以上のライブデータソースにつなぐ MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携関係になく、承認も受けておらず、公開もされていません。

ツール

• term(id) — HP ID による HPO 用語（例：HP:0001250）
• search(query, limit?, page?) — HPO 用語のテキスト検索
• term_children(id) — 用語の直接の子
• term_parents(id) — 用語の直接の親
• term_descendants(id) — 子孫の完全なサブツリー（ページネーション対応）
• gene_diseases(id) — 遺伝子 ID（NCBIGene）に関連付けられた疾患
• disease_phenotypes(id) — 疾患（OMIM/ORPHA/MONDO ID）に注釈された HPO 用語

データソース

https://ontology.jax.org/api/hp/（新しい HPO REST API）。利用できない場合は https://hpo.jax.org/api/hpo/ にフォールバックします。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "hpo-api": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/hpo-api/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/hpo-api/mcp の tools/list は、上記の表にあるツールに加え、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式）を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、パック固有のツールとともに共有ツールが約 30 個表示されます。接続の initialize 応答には正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認するための信頼できる情報源です。

これは意図的な仕様であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックでは対応していない質問にも、カタログ全体を検索する ask_pipeworx 経由で回答できるため、MCP サーバーをもう 1 つ追加する必要はありません。現在、これらを含めずにパックのエンドポイントを接続する方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費が、ルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールを直接一覧表示できます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと 1881 以上の同じデータソースに接続します。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも ask_pipeworx を使って、すべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/term \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"id":"HP:0000118"}'

最初の呼び出しにはアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/term を実行します。ツールを探すには、POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs に {"query":"..."} を指定します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイとの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "hpo-api": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-hpo-api"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-hpo-api

stdin/stdout を介して MCP 通信を行い、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。データソースとツールは同じですが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。これは、フルゲートウェイだけでなく、上記のパックエンドポイントでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Hpo Api data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細情報

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT