Monarch Initiative

@pipeworx/monarch-initiative

Monarch Initiative MCP — 種をまたいで疾患、表現型、遺伝子、バリアントを結び付ける生物医学ナレッジグラフです。キーは不要です。

Pipeworx の一部です — AI エージェントを1683以上のライブデータソースに接続するMCPゲートウェイです。

ツール

• search(query, category?, limit?, offset?) — ノードの全文検索
• entity(id) — CURIEで指定した単一ノード（例：MONDO:0007947）
• associations(entity_id, category?, predicate?, direction?, limit?) — エンティティに関係するアソシエーション
• phenotype_to_gene(phenotype_id) — 表現型に対する遺伝子候補（HP:…）
• gene_to_disease(gene_id) — 遺伝子に関連する疾患

データソース

https://api.monarchinitiative.org/v3/api/

クイックスタート

MCPクライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurfなど）に追加します：

{
  "mcpServers": {
    "monarch-initiative": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/monarch-initiative/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/monarch-initiative/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有Pipeworxメタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recallなど、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールに加えて、共有ツールがおよそ30個表示されます。接続の initialize 応答には正確な範囲が示されており、その日の状況を確認するうえで信頼できる情報です。

これは意図的な仕様であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックが対応していない質問にも、カタログ全体を横断してルーティングする ask_pipeworx を介して回答できます。そのため、MCPサーバーをもう1つ追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、Pipeworxのフルゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも、同じゲートウェイと1683以上の同じデータソースに接続します。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。ask_pipeworx を使えば、どちらからでもすべてのツールを利用できます。

MCPクライアントがない場合：HTTPで呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/monarch_initiative_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"cystic fibrosis","category":"biolink:Disease","limit":20}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。ツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/monarch_initiative_search を実行します。ツールを見つけるには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルのstdio MCPサーバーとしても実行できます。Pipeworxアカウントも、ゲートウェイ経由の通信も不要です：

{
  "mcpServers": {
    "monarch-initiative": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-monarch-initiative"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動することを確認できます：

npx -y @pipeworx/mcp-monarch-initiative

stdin/stdout経由でMCPを使用し、initialize／tools/list／tools/call に対して、このパックのツールのみを返します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。データソースとツールは同じですが、ask_pipeworxによるルーティングはありません。

ask_pipeworxを使う

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントでもフルゲートウェイでも利用できます：

ask_pipeworx({ question: "your question about Monarch Initiative data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細情報

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT