Ncbi Eutils

@pipeworx/ncbi-eutils

NCBI E-utilities MCP — PubMed、Gene、Nucleotide、Protein、Taxonomy、ClinVar、dbSNP、OMIM、BioProject、BioSample、SRA など、すべての NCBI Entrez データベースを横断して検索・取得できます。API キー不要（キーなしで毎秒 3 リクエスト）。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1745 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携、承認、公開のいずれの関係もありません。

ツール

• einfo(db?) — データベース情報／フィールド一覧
• esearch(db, term, retmax?, retstart?, sort?) — 検索 → UID リスト
• esummary(db, ids, retstart?) — UID によるサマリーレコード
• efetch(db, ids, rettype?, retmode?) — 全レコード
• elink(dbfrom, dbto, ids, linkname?) — データベース間のリンク
• egquery(term) — すべてのデータベースを対象にしたグローバルクエリ
• geo_series(accession) — GSE アクセッションによる GEO（Gene Expression Omnibus）シリーズ：タイトル、生物種、サンプル数と GSM ID、プラットフォーム ID と名前、実験タイプ、公開日、概要、PubMed ID、BioProject、SRA study
• geo_search(query, organism?, type?, limit?) — キーワード、生物種、実験タイプで GEO 発現シリーズを検索

データソース

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します：

{
  "mcpServers": {
    "ncbi-eutils": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/ncbi-eutils/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/ncbi-eutils/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、Pipeworx 共通のメタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で共通のツール群）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。単一パックのエンドポイントには現在、そのパック固有のツールに加えて、共通ツールがおよそ 30 個表示されます。接続の initialize レスポンスに正確な範囲が記載されており、その日の時点での正式な情報源となります。

これは意図的な仕様であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、ask_pipeworx 経由でカタログ全体を横断してルーティングできるため、このパックが対象としていない質問にも、MCP サーバーを追加せずに回答できます。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加スキーマのコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

または、Pipeworx フルゲートウェイに接続すると、このパックだけではなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も同じゲートウェイと同じ 1745 以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/einfo \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"db":"pubmed"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。ツールの詳細を確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/einfo を呼び出します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を呼び出します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントは不要で、ゲートウェイを経由する必要もありません：

{
  "mcpServers": {
    "ncbi-eutils": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-ncbi-eutils"]
    }
  }
}

または、起動することを直接確認するには、次を実行します：

npx -y @pipeworx/mcp-ncbi-eutils

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、initialize／tools/list／tools/call に応答します。対象はこのパックのツールのみで、上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます：

ask_pipeworx({ question: "your question about Ncbi Eutils data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT