Opentargets

@pipeworx/opentargets

Open Targets MCP — 遺伝学、ゲノミクス、トランスクリプトミクス、化学のエビデンスを統合した、疾患／ターゲット／医薬品のナレッジグラフです。キー不要の GraphQL パブリックエンドポイントです。

Pipeworx の一部です — AI エージェントを1683以上の稼働中データソースに接続する MCP ゲートウェイです。

ツール

• target(ensembl_id) — ターゲット（遺伝子）のプロファイル
• disease(efo_id) — 疾患プロファイル
• drug(chembl_id) — 医薬品プロファイル
• search(query, entity?, size?) — プラットフォーム検索
• target_associations(ensembl_id, size?) — ターゲットに関連する上位疾患
• disease_associations(efo_id, size?) — 疾患に関連する上位ターゲット
• target_known_drugs(ensembl_id, size?) — ターゲットについて臨床試験が行われた医薬品

データソース

https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します：

{
  "mcpServers": {
    "opentargets": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/opentargets/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/opentargets/mcp の tools/list は、上記の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツールである ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で共通のツールセットも返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、パック独自のツールに加えて約30個の共有ツールが一覧表示されます。接続の initialize 応答には正確な範囲が示されており、その日の状況を確認する際の正式な情報源となります。

これは意図的なもので、偶然の多重化ではありません。メタツールを使えば、このパックが対象としていない質問にも、カタログ全体を横断してルーティングする ask_pipeworx 経由で回答できます。そのために2つ目の MCP サーバーを追加する必要はありません。現在、これらを使わずにパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマがもたらすコンテキストのコストがルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントに接続するのではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ1683以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。ask_pipeworx を使えば、どちらからでもすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントをお持ちでない場合：HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/opentargets_target \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"ensembl_id":"ENSG00000141510"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/opentargets_target を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントもゲートウェイへの往復通信も不要です：

{
  "mcpServers": {
    "opentargets": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-opentargets"]
    }
  }
}

または、起動を確認するために直接実行します：

npx -y @pipeworx/mcp-opentargets

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパックのツールのみについて initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じデータソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます：

ask_pipeworx({ question: "your question about Opentargets data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT