Pubmed

PubMed — 生物医学文献

米国国立医学図書館の PubMed です。1781年までさかのぼる約3,700万件の生物医学・ライフサイエンス分野の文献情報を収録しています。生物医学文献の標準データベースであり、臨床医、研究者、研究助成の審査担当者に幅広く利用されています。MeSH（医学件名標目）によるタグ付けにより、体系的で強力な検索が可能です。無料で、認証も不要です。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1745以上の稼働中のデータソースにつなぐ MCP ゲートウェイです。独立した非公式のインテグレーションであり、上流プロバイダーとは提携しておらず、承認や公開も受けていません。

AI エージェントにとっての重要性

生物医学研究、医薬品の有効性に関する質問、臨床ガイドライン、またはシステマティックレビューでは、PubMed が最初に確認すべき標準的な情報源です。Semantic Scholar はより幅広い一方でキュレーションが限定的ですが、PubMed は生物医学に特化しており、MeSH の構造によって精密なクエリを作成できます。

一般的な利用例：

• トピック検索。 「心血管アウトカムに対する GLP-1 受容体作動薬についての最近の論文」→ MeSH 用語またはキーワードで検索します。
• 特定の論文。 PMID で検索 → 全レコード（タイトル、抄録、著者、MeSH タグ）。
• 著者の所属先／連絡先。 get_summary の authors[] は、これまでどおり名前の文字列のみです。これとは別に、authors[] とインデックスが対応する author_details[] 配列に {name, affiliations[], emails[]} が追加されます。affiliations は efetch XML レコードの <AffiliationInfo><Affiliation> のテキストをそのまま使用し、emails はそのテキスト内で通常の正規表現により検出されたメールアドレスです。レコードにメールアドレスが含まれない場合は空の配列となり、NCBI がインデックス化した情報を超える推測や補足は行いません。search_pubmed が返すのは引き続き著者名の文字列のみで、author_details は含まれません。所属先や連絡先の詳細を確認するには、返された PMID に対して get_summary を呼び出してください。
• 「過去 N 年間」の検索には from_year／to_year が必要で、正確な語句には引用符が必要です（fleet #2418）。 search_pubmed には日付を指定する機能がなく、「過去2年間の X に関する論文」という質問には、絞り込みではなく関連度順の検索結果でしか答えられませんでした。from_year／to_year（4桁の西暦。pubmed_evidence_landscape／pubmed_publication_trend がすでに使用しているものと同じ [pdat] の仕組み）を渡して期間を指定します。また、複数語からなる技術用語（遺伝子名、アッセイ名、バイオマーカー名など）を引用符で囲まずに検索すると、PubMed の自動用語マッピングにより、無関係な MeSH／補足概念の類義語まで予告なく検索対象が広がることがあります。たとえば cell-free RNA を引用符で囲まずに検索すると、「cell free nucleic acids」を介して ctDNA に関する論文まで含まれました。正確な語句を検索するには、二重引用符で囲んでください（必要に応じて [tiab] タグも指定します。例："cell-free RNA"[tiab]）。ライブでの検証では、("cell-free RNA"[tiab]) AND 2024:2026[pdat] は関連する結果を182件返し、query_translation には類義語の展開が表示されませんでした。一方、引用符なしの語句では ctDNA／「cell free nucleic acids」に一致する結果も含まれました。
• 著者プロフィール。 特定の著者による論文を検索します（著者の特定には曖昧さが伴う場合があります）。
• 引用の追跡。 Crossref と照合して DOI や引用ネットワークを確認します。
• エビデンスの全体像。 pubmed_evidence_landscape を使うと、1つのクエリについて臨床試験、ランダム化試験、システマティックレビュー、メタアナリシス、観察研究、症例報告の件数を確認できます。
• 出版動向。 pubmed_publication_trend を使うと、指定期間における PubMed の年間件数を正確に確認できます。
• 文献の信頼性確認。 1つの PMID を根拠として利用する前に pubmed_integrity_check を使い、NLM がインデックス化した撤回、懸念表明、正誤表、更新情報、関連通知を確認します。

認証

不要です。NCBI E-utilities（PubMed の API）は無料です。API キーがない場合、呼び出しは毎秒3回に制限されます。無料の NCBI API キー（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/）がある場合は毎秒10回まで利用できます。`_apiKey` で渡してください。

MeSH 用語

PubMed の隠れた強みは MeSH（Medical Subject Headings）です。NLM の司書が各論文に付与する統制語彙です。これにより、正確な検索ができます。

• [mh] MeSH 見出しとの完全一致
• [majr] 主要見出し（論文がこれについて扱っていることを示します）
• [ti] タイトル
• [au] 著者

例：glucagon-like peptide-1[mh] AND cardiovascular diseases[majr] AND 2023:2024[dp] を使うと、2023～2024 年に発表された、GLP-1 作動薬の心血管アウトカムを主題とする論文が見つかります。

よくある落とし穴

• MeSH の反映には時間がかかります。 論文が MeSH インデックスに登録されるまで、出版後数週間から数か月かかります。新しい論文にはまだ MeSH が付与されていないことがあるため、最新の文献を調べる場合はキーワード検索に切り替えてください。
• 著者の識別。 「J Smith」では何千もの論文が見つかります。新しい論文では ORCID で解決できますが、古い文献では完全に識別することはできません。PubMed の「[full author]」検索が役立ちます。
• プレプリントと出版論文。 PubMed にインデックス登録されるのは（ほとんどの場合）査読済みの出版論文のみです。bioRxiv／medRxiv のプレプリントは、正式に出版されるまで PubMed に登録されません。最先端の研究を調べる場合は、Semantic Scholar も併用してください。
• 捕食出版誌。 NLM が基準を厳格化する前に、一部のオープンアクセスの捕食出版誌が PubMed に入り込んでいました。PubMed への収載は品質の指標ではありません。ジャーナルの評判を確認してください。
• オープンアクセスの状況。 「Free PMC article」は、PubMed Central の全文へのリンクです。多くの論文は抄録のみなので、「論文にはこう書かれています」と伝える際は、その点に注意してください。
• 臨床試験登録との相互参照。 臨床試験は ClinicalTrials.gov に別途登録されます。同じ研究に PubMed のエントリが複数ある場合があります（プロトコル、主要結果、二次解析）。抄録に記載された NCT ID がリンク付けに役立ちます。
• 件数は検索の手掛かりです。 出版物の種類は重複することがあり、当年のデータは未完成の場合があります。また、出版数の多さは、エビデンスの質、有効性、独立性、商業的な実証を示すものではありません。
• 整合性フラグには限界があります。 pubmed_integrity_check が報告するのは、NLM がインデックス登録した関係性です。フラグがない引用も、それだけで独立した検証を受けたことにはなりません。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/pubmed/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/pubmed/mcp の tools/list は、上記の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式）を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、パック固有のツールとともに、共有ツールが約 30 個表示されます。接続の initialize レスポンスに正確な対象範囲が記載されており、その日の状況を確認する際の正式な情報源となります。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うことで、パックの対象範囲外の質問にも、カタログ全体を横断してルーティングする ask_pipeworx を通じて回答できます。MCP サーバーを 2 つ目に追加する必要はありません。現時点では、メタツールを含めずにパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキストのコストがルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに 1 回接続してください。

または、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1745 以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらから接続しても、ask_pipeworx ですべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合は、HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_pubmed \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"\"cell-free RNA\"[tiab]","from_year":2024,"to_year":2026}'

最初の呼び出しにはアカウントは不要です。ツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_pubmed を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイとの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-pubmed"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-pubmed

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、initialize／tools/list／tools/call に応答します。対象はこのパックのツールのみで、上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使用する

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントだけでなく、フルゲートウェイでも機能します。

ask_pipeworx({ question: "your question about Pubmed data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に入力します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT