Symmap

@pipeworx/symmap

SymMap v2（symmap.org、北京中医薬大学）は、698 種の生薬、約 2.6 万種の成分、約 2.1 万件のタンパク質標的、TCM 症状、TCM 症候、現代医学の症状、約 1.4 万件の疾患を、キュレーション済みおよび予測された関連で結び付けた、伝統中国医学の関連グラフです。すべての関係ペイロードには、明示的な evidence_tier（traditional_use | human_clinical | laboratory | computational_prediction）と、根拠を説明する evidence_basis 文が含まれます。SymMap が記録するのは関連であり、有効性ではないため、収録内容は生薬に治療効果があることを示す臨床的証拠ではありません。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1683 以上の稼働中データソースに接続する MCP ゲートウェイです。

ツール

• symmap_search(query, entity) — 中国語、ピンイン、ラテン語、英語、遺伝子記号、疾患名のいずれかの名称を解決し、7 つのエンティティクラス全体から SymMap ID を検索します。
• symmap_herb(herb) — TCM の性質、経絡、薬物クラス、使用部位、すべての名称形式を含む、生薬の完全なバイリンガル記録です。
• symmap_herb_ingredients(herb) — 生薬から特定された分子と、PubChem CID、CAS、経口バイオアベイラビリティスコアを返します。
• symmap_herb_symptoms(herb) — 生薬の伝統的な適応を返します。TCM 症状（SMTS）と TCM 症候（SMSY）は、現代医学の語彙とは分けて扱われます。
• symmap_symptom_herbs(symptom, system) — 症状に対応する生薬を返します。system:"tcm" は直接検索し、system:"modern" は SymMap のキュレーション済み現代医学→TCM 症状対応表を経由し、両方の段階を明示します。
• symmap_ingredient(ingredient) — 成分のタンパク質標的（PubMed の引用があるエッジのティアは laboratory、引用がないものは computational_prediction）と、その成分を含む生薬を返します。
• symmap_target_diseases(target) — 遺伝子に関連する疾患を返します。OMIM／Orphanet に基づくエッジのティアは human_clinical、それ以外は computational_prediction です。

認証

キーは不要です。

データソース

• http://www.symmap.org/related_components/ — form POST で JSON を返します。1 つのエンティティの関連エッジ（rrid、table_name、filter）を取得します。
• http://www.symmap.org/search/ — form POST で JSON を返します。名称でエンティティを検索します（table_name、key）。
• src/herbs.ts — 生薬のエンティティテーブルです。SymMap のダウンロードページにある SMHB ファイルから scripts/bake-herbs.py で生成されるため、生薬の検索で上流サーバーに依存することはありません。

次の担当者が苦労して再発見することになる情報：

• サイトは通常の HTTP でのみ利用できます — https://www.symmap.org は応答しません。
• ダウンロード可能な「key files」は関係エッジではありません。 同じエンティティテーブルを、（id、Field_name、Field_context）のロング形式で出力したデータです。実際のグラフエッジは /related_components/ からのみ提供されます。
• バックエンドの仕様により、一部の結合方向では 502 が返されます：herb→Gene、herb→Disease、herb→MM_symptom、MM_symptom→Herb は毎回 502 を返します。一方、herb→Mol、herb→TCM_symptom、herb→Syndrome、Mol→Gene、Mol→Herb、TCM_symptom↔MM_symptom、TCM_symptom→Herb、Syndrome→Herb、Gene→Disease、Disease→Gene は安定して応答します。ツールは信頼できる方向のみを組み合わせます。生薬の標的には、生薬→成分→標的と、1 ホップずつたどって到達します。
• rrid は SMHB1 と SMHB00001 のどちらの形式も受け付けます。
• v2.0 では、SMTS は TCM 症状、SMSY は TCM 症候（v2 で追加）、SMMS は現代医学の症状です。v1 のダウンロードでは SMTS の意味が異なるため、バージョンを混在させないでください。
• 成分→標的の文献エビデンスは、同じ文が短縮版と長文版で 2 回記載され、折りたたみボタンも付いた HTML スニペットとして提供されます。このパックは長文版と PMID を抽出します。

ライセンス／帰属表示

SymMap は無料で利用できる学術データベースです。サイトには、ダウンロードファイルは無料でダウンロードでき、その他の再利用条件はないと記載されています。研究結果を公開する際は、次の論文を引用してください：Wu et al., SymMap: symptom mapping により強化された伝統中国医学の統合データベース, Nucleic Acids Research 2019, doi:10.1093/nar/gky1021.

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します：

{
  "mcpServers": {
    "symmap": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/symmap/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/symmap/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有の Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使えるツール群）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールに加えて、およそ 30 個の共有ツールが表示されます。接続の initialize 応答に正確な範囲が記載されており、その日の状態を確認するうえで最も信頼できる情報源です。

これは意図的な設計であり、偶発的な多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックが対応していない質問にも、カタログ全体を横断する ask_pipeworx 経由で回答できるため、2 つ目の MCP サーバーを追加する必要がありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、完全なゲートウェイに一度接続してください。

または、完全な Pipeworx ゲートウェイに接続して、このパックだけでなく、すべてのパックのツールを直接一覧表示できます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も同じゲートウェイと同じ 1683 以上のデータソースに接続します。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/symmap_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"insomnia","entity":"mm_symptom"}'

最初の呼び出しにアカウントは必要ありません。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/symmap_search を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへの往復通信も必要ありません。

{
  "mcpServers": {
    "symmap": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-symmap"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-symmap

stdin/stdout 経由で MCP を通信し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールはありません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、完全なゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Symmap data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に入力します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT