PrimeKG to Neo4j について
PrimeKG to Neo4j は、Precision Medicine Knowledge Graph を Neo4j に取り込み、生物医学データの探索と分析に使うプロジェクトです。生物医学グラフデータを扱うユーザー向けに、データ処理、データベースへの取り込み、クエリツールを備えます。
主な機能
- 01PrimeKG データの取得と処理
- 02データの Neo4j への取り込み
- 03クエリと分析ツールの提供
活用シーン
- 01Neo4j で生物医学的な関係を探索
- 02取り込んだ PrimeKG データを分析
MCP 対応
MCP サーバーとして記載されていますが、MCP クライアントに公開する機能は README に記載されていません。
設定
ローカルサーバーの設定はどのクライアントでも共通です。コピーしてクライアントの MCP 設定ファイルに貼り付けてください。
このサーバーのパッケージやリモートエンドポイントはまだ取得できていません。プロジェクトの README の手順に従ってください。
ツール
ローカルサーバーのツールはマシン上で起動して初めて取得できます。メンテナーはまだツール一覧を提供していません。
詳細
PrimeKG から Neo4j へ
このプロジェクトは、データ分析と探索のために、Precision Medicine Knowledge Graph(PrimeKG)を Neo4j データベースにインポートします。
概要
PrimeKG は、20 の高品質な生物医学リソースを統合し、10 の主要な生物学的スケールにわたる 4 百万以上の関係性を通じて 17,080 の疾患を記述する、包括的な生物医学ナレッジグラフです。
このプロジェクトでは、以下を行います。
- PrimeKG データをダウンロードして処理します
- データを Neo4j グラフデータベースにインポートします
- データのクエリと分析に使用するツールを提供します
プロジェクト構成
primekg-mcp/
├── config/ # Configuration files
├── data/ # Data files (PrimeKG data will be stored here)
├── docs/ # Documentation
├── scripts/ # Utility scripts for data processing
├── src/ # Source code
│ ├── db/ # Database connection and queries
│ ├── etl/ # Data extraction, transformation, loading
│ └── utils/ # Utility functions
└── tests/ # Test files
セットアップ手順
(プロジェクトの進行に合わせてセットアップ手順を追加します)
使用方法
(プロジェクトの進行に合わせて使用方法を追加します)
ライセンス
(ライセンス情報を追加します)
コメント
AI アプリケーションが外部のツールやデータソースに統一的な方法で接続するためのオープンなプロトコルです。クライアントはモデルとの対話を担い、MCP サーバーはツール・リソース・プロンプトテンプレートを提供します。標準メッセージでやり取りするため、1 つのサーバーを複数のクライアントで再利用できます。