PubMed MCP Server

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概要

PubMed、PubMed Central、Europe PMC の生物医学文献を扱います。文献を検索し、メタデータと全文を取得し、識別子や部分的な引用情報を解決し、参考文献の形式を整え、MeSH の語彙に基づいてクエリを絞り込めます。stdio プロセス、ローカルの Streamable HTTP サーバー、または上記の公開ホスト型エンドポイントとして動作します。

ツール

ツール	説明
pubmed_search_articles	完全なクエリ構文、構造化フィルター、日付範囲、任意の要約を使って PubMed を検索します
pubmed_fetch_articles	PMID で論文のメタデータを取得します。抄録、著者、ジャーナル、MeSH 用語、助成金、リクエストに応じた集団著者の研究者、リンクされた撤回および訂正のお知らせが含まれます
pubmed_fetch_fulltext	PMID、PMCID、または DOI で全文を取得します。PMC、Europe PMC、Unpaywall の順にフォールバックします
pubmed_europepmc_search	PubMed に収録されていないプレプリント、特許、Agricola、オープンアクセス記録を Europe PMC で検索します
pubmed_europepmc_fetch	切り詰められていない抄録を含む Europe PMC の完全な記録を、records: [{ source, epmcId }] として取得します
pubmed_format_citations	APA 7th、MLA 9th、BibTeX、RIS、または Vancouver（ICMJE/NLM）形式で引用を整形します。リンクされた撤回および訂正のお知らせも含まれます
pubmed_find_related	PMID に関連する類似論文、引用論文、または参考文献を検索します
pubmed_spell_check	NCBI ESpell を使って、誤記のある PubMed クエリを修正します
pubmed_lookup_mesh	MeSH 見出しを、ツリー番号、適用範囲の注記、エントリー用語とともに検索します
pubmed_lookup_citation	ECitMatch を使って、不完全な文献情報を一度に最大 25 件まで PMID に照合します
pubmed_convert_ids	PMC ID Converter を使って DOI、PMID、PMCID の間で変換します

リソース

リソース	説明
pubmed://database/info	EInfo を使った PubMed データベースのメタデータ（フィールド一覧、レコード数、最終更新日時）

プロンプト

プロンプト	説明
research_plan	生物医学研究の構造化された 4 フェーズ計画を生成します

機能リファレンス

pubmed_search_articles _ツール

• 完全な PubMed クエリ構文に加え、フィルター（著者、ジャーナル、MeSH、出版物の種類、言語、種、抄録、無料全文）および出版日／更新日／Entrez 日付の範囲を指定できます
• 1 ページあたり最大 1,000 件の結果を取得でき、オフセットは最大 9,998 まで指定できます。また、maxResults: 0 を指定すると一致件数のみを取得できます。summaryCount を指定すると、最大 50 件のヒットについて概要が追加されます
• totalCount、PubMed が実行した effectiveQuery、適用された appliedFilters を報告します
• PubMed の呼び出し前に、空のフィルター値、無効な日付、逆順の日付範囲を拒否します

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pubmed_fetch_articles _ツール

• 1 回の呼び出しで最大 200 件の PMID を指定できます。見つからなかったものは unavailablePmids に一覧表示されます
• 抄録、著者、ジャーナル、DOI、出版物の種類、リンクされた撤回／正誤表／コメントのお知らせ、リンクを取得します。MeSH 用語はデフォルトで有効です。includeGrants で助成金を、includeInvestigators で集団著者のメンバー（その InvestigatorList。一部のコンソーシアム試験では数千人）を取得できます
• 撤回、訂正、または問題が指摘された論文には、タイトルの直下に pubmed_format_citations と同じお知らせブロックが表示されます
• recordType でジャーナル論文と Bookshelf の章および書籍を区別します。任意の maxResponseCharacters を指定すると、上限を超えた分は deferred.ids に回されます

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pubmed_fetch_fulltext _ツール

• pmcids、pmids、dois を任意に組み合わせて、1 回の呼び出しで重複しない識別子を最大 50 件まで指定できます。先頭の 10 件を取得し、残りは後続の呼び出し用に overLimit として返します。それぞれ PMC、Europe PMC、Unpaywall（UNPAYWALL_EMAIL が必要）の順に検索します。複数の識別子が同じ論文を指す場合、その論文は一度だけ取得して返し、応答元の階層を viaSource に示します
• source: "pmc" はセクション（本文に続いて、謝辞、宣言、付録などの本文末尾の情報）、表、図を返します。source: "unpaywall" は、最善を尽くして取得した HTML または PDF の本文テキストを返します
• 見つからなかった項目には、型付きの reason と triedTiers が含まれます。sections、maxCharacters、overflowMode、maxResponseCharacters で応答を制限でき、切り詰められた内容は truncation に報告されます

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pubmed_europepmc_search _tool

• MED と PMC に、プレプリント（PPR）、特許（PAT）、Agricola（AGR）を追加します。デフォルトは MED、PMC、PPR です
• cursorMark / nextCursorMark によるカーソルページネーションに対応し、1ページあたり最大100件です。抄録は400文字の抜粋として返されます
• カンマ区切りの <field> asc|desc キーで任意の sort を指定できます。デフォルトの順序は relevance です。Europe PMC が使用できないソートを指定すると、europepmc_invalid_input エラーになります
• EUROPEPMC_ENABLED=false の場合は登録されません

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pubmed_europepmc_fetch _tool

• 1回の呼び出しで最大25件のレコードを取得します。records: [{ source, epmcId }] として指定し、各ペアは検索結果からコピーします。完全な抄録が返されます。解決できなかったIDは notFound に含まれます。maxResponseCharacters を指定すると、上限を超えた分は deferred.records に繰り越されます
• EUROPEPMC_ENABLED=false の場合は登録されません

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pubmed_format_citations _tool

• 1回の呼び出しで最大50件のPMIDを処理できます。apa、mla、bibtex、ris、vancouver を任意に組み合わせて指定できます
• Bookshelf のレコードは編集書として引用され、各章には個別の最終改訂日または寄稿日が使用されます。取得できないPMIDは利用不可として報告されます
• NCBI が論文にリンクしている撤回、正誤表、懸念表明は notices として返され、引用より前に表示されます。Vancouver 形式では Retraction in: / Erratum in: の注記が追加され、APA 形式では撤回に関する括弧書きが追加されます

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pubmed_find_related _tool

• similar、cited_by、references に対応し、オフセットページネーションで1ページあたり最大50件を取得します
• Europe PMC、次に OpenAlex にフォールバックし、応答したプロバイダーを示します。どのプロバイダーからも結果を得られない場合は all_providers_failed エラーになります

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pubmed_spell_check _tool

• original、corrected、hasSuggestion を返します。修正は該当箇所に適用されるため、フィールドタグ、演算子、スペース、遺伝子記号は入力どおりに保たれます
• 検索結果が0件または少ない場合に実行し、corrected を使って pubmed_search_articles を再試行してください

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pubmed_lookup_mesh _tool

• 名称またはフリーテキストの用語でディスクリプターを検索します。完全一致する見出し（薬物クラスの見出しの場合はディスクリプター）が最初に表示されます。1ページあたり最大50件で、nextOffset を使って続きの結果を取得できます
• レコードにはEntrez UIDに加えて、MeSHの一意のID（meshId、例：D000072657）が含まれます。includeDetails（デフォルトで有効）を指定すると、ツリー番号、スコープノート、エントリータームが追加されます

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pubmed_lookup_citation _tool

• 1回の呼び出しで最大25件の部分的な引用を処理します。ジャーナル名または4桁の年が必須で、巻、最初のページ、著者を指定すると照合精度が高まります
• それぞれを個別に照合し、復旧に役立つ詳細とともに matched、not_found、ambiguous のいずれかを返します

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pubmed_convert_ids _tool

• 1回の呼び出しで最大50件のIDを処理できます。すべて同じ idType（doi、pmid、pmcid）を指定する必要があります。PMCに索引付けされた論文のみ解決されます
• 各IDについて、入力順に成功またはエラーの行を返すため、一部の処理に失敗してもバッチ全体は失敗しません

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pubmed://database/info _resource

• pubmed データベースに対するライブのEInfo呼び出しで、application/json として返されます
• count、lastUpdate、および fields[] が含まれます。fields[] の名前は pubmed_search_articles が受け付ける検索タグです

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research_plan _prompt

• 引数：title、goal、keywords は必須です。organism と includeAgentPrompts は任意です
• 4段階の研究計画を返します。includeAgentPrompts: "true" を指定すると、9つのサブステップそれぞれにエージェント向けガイダンスブロックが追加されます。そのうち2つはツールを示します。文献レビューでは pubmed_search_articles と pubmed_lookup_mesh が、解釈ステップでは pubmed_search_articles が示されます

機能

@cyanheads/mcp-ts-core を基盤としており、stdio および Streamable HTTP のトランスポート、差し替え可能な認証（none / jwt / oauth）、切り替え可能なストレージ（in-memory、filesystem、Supabase、Cloudflare KV/R2/D1）、任意で OpenTelemetry トレーシングを利用できる構造化ログを備えています。

PubMed 固有の機能：

• NCBI E-utilities（ESearch、EFetch、ESummary、ELink、ESpell、EInfo、ECitMatch）と PMC ID Converter を利用し、不足部分は Europe PMC、OpenAlex、Unpaywall で補います
• NCBI へのリクエストキューを共有し、リクエスト開始間隔の調整、同時実行数の上限設定、NCBI から 429 が返された後にすべての呼び出しを保留するクールダウン、キューの待機時間と再試行時間を含む共通の期限を提供します
• PubMed の不整合なレコードに対応した XML 解析：構造化抄録、欠落フィールド、さまざまな日付形式
• 柔軟な識別子処理：先頭をゼロ埋めした PMID は、いずれのツールでも記載どおりの PMID として解決されます。pubmed_fetch_fulltext は、大文字と小文字を区別しない DOI と、PMC プレフィックスの有無を問わない PMC ID にも対応します
• 依存関係を使わず、手書きの引用形式出力機能（APA、MLA、BibTeX、RIS、Vancouver）を提供します

エージェント向けの出力：

• すべてのレスポンスに出典情報を付与：出典ラベル、ライセンスフィールド、Unpaywall の結果に関する可能な範囲での警告、検索時の有効なクエリのエコーにより、エージェントが信頼できる情報を判断できます
• 部分的な失敗を適切に処理：バッチツールはリクエスト全体を失敗させず、項目ごとの成功／エラー行を返し、構造化ステータスコードと次に取るべき具体的な手順を示すテキストを含みます
• 識別可能な出力コントラクト：source: "pmc" | "unpaywall"、型付きの unavailable 理由、viaSource および triedTiers フィールドにより、呼び出し元は文字列解析ではなくデータに基づいて分岐できます

はじめに

公開ホストインスタンス

https://pubmed.caseyjhand.com/mcp で公開インスタンスを利用できます。インストールは不要です。Streamable HTTP 経由で任意の MCP クライアントを接続してください。

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-mcp-server": {
      "type": "streamable-http",
      "url": "https://pubmed.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

セルフホスト／ローカル

以下を MCP クライアントの設定ファイルに追加してください。

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-mcp-server": {
      "type": "stdio",
      "command": "bunx",
      "args": ["@cyanheads/pubmed-mcp-server@latest"],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio",
        "MCP_LOG_LEVEL": "info",
        "NCBI_API_KEY": "your-key-here"
      }
    }
  }
}

または、npx を使用します（Bun は不要です）。

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-mcp-server": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@cyanheads/pubmed-mcp-server@latest"],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio",
        "MCP_LOG_LEVEL": "info",
        "NCBI_API_KEY": "your-key-here"
      }
    }
  }
}

または、Docker を使用します。

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-mcp-server": {
      "type": "stdio",
      "command": "docker",
      "args": ["run", "-i", "--rm", "-e", "MCP_TRANSPORT_TYPE=stdio", "ghcr.io/cyanheads/pubmed-mcp-server:latest"]
    }
  }
}

Streamable HTTP の場合は、トランスポートを設定してサーバーを起動します。

MCP_TRANSPORT_TYPE=http MCP_HTTP_PORT=3010 bun run start:http
# Server listens at http://localhost:3010/mcp

前提条件

• Bun v1.4.0 以降（または Node.js v24+）。
• 任意：NCBI API key を使用すると、レート制限が毎秒 3 リクエストから 10 リクエストに引き上げられます。

インストール

1. リポジトリをクローンします：

git clone https://github.com/cyanheads/pubmed-mcp-server.git

2. ディレクトリに移動します：

cd pubmed-mcp-server

3. 依存関係をインストールします：

bun install

4. 環境を設定します：

cp .env.example .env
# edit .env and set NCBI_API_KEY, NCBI_ADMIN_EMAIL, and UNPAYWALL_EMAIL as needed

Configuration

変数	説明	デフォルト
NCBI_API_KEY	NCBI API キーです。レート制限が 3 req/s から 10 req/s に引き上げられます。	なし
NCBI_ADMIN_EMAIL	NCBI の推奨に従い、NCBI リクエストとともに送信する連絡先メールアドレスです。	なし
NCBI_REQUEST_DELAY_MS	NCBI リクエストの開始間に設ける最小間隔（ミリ秒）です。	400（キーがある場合は 100）
NCBI_MAX_CONCURRENT	同時に実行中にできる NCBI リクエストの最大数です。	8
NCBI_MAX_RETRIES	失敗した NCBI リクエストの再試行回数です。	6
NCBI_TIMEOUT_MS	リクエストごとの HTTP タイムアウト（ミリ秒）です。	30000
NCBI_TOTAL_DEADLINE_MS	キューの待機、再試行、バックオフを含む、1 回の NCBI 呼び出しの期限（ミリ秒）です。期限内に開始できない呼び出しは直ちに拒否されます。	60000
UNPAYWALL_EMAIL	Unpaywall の連絡先メールアドレスです。設定すると、PMC 以外の DOI に対して pubmed_fetch_fulltext の Unpaywall 階層が有効になります。	なし
UNPAYWALL_TIMEOUT_MS	Unpaywall の検索とコンテンツ取得のリクエストごとのタイムアウト（ミリ秒）です。	20000
EUROPEPMC_ENABLED	false に設定すると、すべての Europe PMC 呼び出しが無効になります。Europe PMC の両方のツールが登録解除され、pubmed_fetch_fulltext はその階層をスキップし、pubmed_find_related はそのフォールバックをスキップします。	true
EUROPEPMC_EMAIL	Europe PMC リクエストとともに送信する任意の連絡先メールアドレスです。	なし
EUROPEPMC_REQUEST_DELAY_MS	Europe PMC リクエストの開始間に設ける最小間隔（ミリ秒）です。	200
EUROPEPMC_MAX_RETRIES	失敗した Europe PMC リクエストの再試行回数です。	3
EUROPEPMC_TIMEOUT_MS	Europe PMC 呼び出しのリクエストごとのタイムアウト（ミリ秒）です。	20000
MCP_TRANSPORT_TYPE	トランスポートです。stdio または http を指定します。	stdio
MCP_HTTP_PORT	HTTP サーバーのポートです。	3010
MCP_SESSION_MODE	HTTP セッションモードです。stateless、stateful、または auto を指定します。	stateless
MCP_AUTH_MODE	認証方式です。none、jwt、または oauth を指定します。	none
MCP_LOG_LEVEL	ログレベルです（debug、info、warning、error など）。	info
LOGS_DIR	ログファイルのディレクトリです（Node.js のみ）。	<app-root>/logs
STORAGE_PROVIDER_TYPE	ストレージバックエンドです。in-memory、filesystem、supabase、cloudflare-kv/r2/d1 を指定します。	in-memory
OTEL_ENABLED	OpenTelemetry を有効にします。	false

すべてのサーバー設定と共通フレームワークのオーバーライドについては、.env.example を参照してください。

サーバーの実行

ローカル開発

• 本番版をビルドして実行する：

  # One-time build
  bun run rebuild
  
  # Run the built server
  bun run start:http
  # or
  bun run start:stdio
  

• チェックとテストを実行する：

  bun run devcheck  # Lints, formats, type-checks, and more
  bun run test      # Runs the test suite
  

プロジェクト構成

ディレクトリ	目的
src/mcp-server/tools	ツール定義（*.tool.ts）。PubMed、PMC、Europe PMC にまたがる 11 個のツールです。
src/mcp-server/resources	リソース定義。データベース情報リソースです。
src/mcp-server/prompts	プロンプト定義。研究計画プロンプトです。
src/services/ncbi	NCBI E-utilities サービス層 — API クライアント、キュー、パーサー、フォーマッターです。
src/services/europe-pmc	Europe PMC サービス — 検索と fullTextXML JATS の取得です。NCBI JATS パーサーを再利用します。
src/services/unpaywall	Unpaywall サービス — DOI から OA の掲載場所を解決し、コンテンツを取得します（HTML/PDF）。
src/services/openalex	OpenAlex サービス — pubmed_find_related の最終手段となるプロバイダーです。
src/config	Zod による、サーバー固有の環境変数の解析と検証です。
tests/	src/ の構成を反映したユニットテストと統合テストです。

開発ガイド

開発ガイドラインとアーキテクチャ上のルールについては、CLAUDE.md を参照してください。要点は次のとおりです。

• ハンドラーは例外をスローし、フレームワークが捕捉します — ツールのロジック内で try/catch を使用しないでください
• ログには ctx.log を、ストレージには ctx.state を使用します
• 新しいツールとリソースは、src/index.ts の createApp() 配列に登録します
• 外部 API 呼び出しはラップします。生データを検証し、ドメイン型に正規化してから出力スキーマを返します。不足しているフィールドを捏造しないでください

コントリビューション

Issue を歓迎します。提出前にチェックとテストを実行してください。

bun run devcheck
bun run test

ライセンス

このプロジェクトは Apache 2.0 License の下でライセンスされています。詳細については、LICENSE ファイルをご覧ください。