PubMed MCP Server

PubMed MCP サーバー

このリポジトリには、BioPython の Entrez モジュールを使用して PubMed から論文の抄録を検索する MCP サーバーが含まれています。FastMCP フレームワークを活用し、PubMed の非同期検索機能を提供します。

機能

• PubMed の検索： 検索語に基づいて論文を検索します。
• 抄録の取得： PubMed から取得した論文の抄録を取得します。
• 非同期処理： 非同期実行（asyncio.to_thread 経由）を使用し、サーバーの処理をブロックしないようにします。

前提条件

• Python 3.8 以降
• mcp[cli]
• BioPython

セットアップ

1. リポジトリのクローン：

   git clone PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server
   

2. 依存関係のインストール：

   uv を使用して必要なパッケージをインストールできます。

   uv add -r requirements.txt
   

3. Entrez のメールアドレスの設定：

   コード（main.py 内）に有効なメールアドレスを設定してください。

   Entrez.email = "give an email address"
   

サーバーの実行

次のコマンドを実行して PubMed MCP サーバーを起動します。

uv run main.py

このコマンドは、uv コマンドラインツールを使用してサーバーを起動します（設定で指定されているとおりです）。

MCP クライアントの設定

MCP クライアントから PubMed MCP サーバーに接続できるようにするには、次のように config.json ファイルを作成または更新します。

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:/Users/codingaslu/.local/bin/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "C:/Users/codingaslu/OneDrive/Desktop/pubmed-mcp-server",
        "run",
        "main.py"
      ]
    }
  }
}

設定の説明

• command：
  MCP サーバーの実行に使用するコマンドラインツール（この場合は uv）のフルパスです。

• args：

  • --directory：サーバーが配置されている作業ディレクトリを指定します。
  • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server"：サーバーのルートディレクトリへのパスです。
  • "run" と "main.py"：PubMed MCP サーバーを起動するコマンドとエントリーポイントです。

使い方

サーバーを起動し、MCP クライアントを設定すると、次のツールを使用できます。

• ツール： search_pubmed
• パラメーター：
  • query：PubMed の検索語です（デフォルトは "endocarditis" です）。
  • max_results：取得する論文の最大数です（デフォルトは 10 です）。

使用例：

search_pubmed(query="endocarditis", max_results=10)

論文の抄録を改行で区切った文字列が返されます。

ライセンス

このプロジェクトは MIT License の下でライセンスされています。

必要に応じて、使用する環境に合わせてパスや詳細を調整できます。