PubMed MCP Server

PubMed MCP サーバー

🔍 シンプルな MCP インターフェースを通じて、AI アシスタントが PubMed の論文を検索、閲覧、分析できるようにします。

PubMed MCP サーバーは、Model Context Protocol（MCP）を通じて、AI アシスタントと生物医学文献の膨大なリポジトリである PubMed をつなぎます。AI モデルは科学論文を検索し、そのメタデータにアクセスして、プログラムから詳細な分析を実行できます。

🤝 貢献 • 📝 バグを報告

✨ 主な機能

• 🔎 論文検索：キーワードまたは高度な検索で PubMed の論文を検索できます ✅
• 🚀 効率的な取得：論文のメタデータにすばやくアクセスできます ✅
• 📊 メタデータへのアクセス：特定の論文の詳細なメタデータを取得できます ✅
• 📊 研究支援：生物医学研究と分析を支援します ✅
• 📄 論文へのアクセス：全文 PDF のダウンロードを試みます ✅
• 🧠 詳細分析：論文の包括的な分析を実行します ✅
• 📝 研究用プロンプト：論文分析に特化した一連のプロンプトを提供します ✅

🚀 クイックスタート

前提条件

• Python 3.10+
• FastMCP ライブラリ

インストール

Smithery 経由でインストール

Smithery 経由で pubmed-mcp-server を Claude Desktop に自動インストールするには：

claude

npx -y @smithery/cli install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client claude

Cursor

以下を Settings → Cursor Settings → MCP → Add new server に貼り付けます：

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cline --config "{}"

1. リポジトリをクローンします：

   git clone https://github.com/JackKuo666/PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server
   

2. 必要な依存関係をインストールします：

   pip install -r requirements.txt
   

📊 使用方法

MCP サーバーを起動します：

python pubmed_server.py

Claude Desktop での使用方法

この設定を claude_desktop_config.json に追加します：

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubmed-mcp-server"]
      }
  }
}

（Windows 版）：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubMed-MCP-Server\\pubmed_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Cline での使用方法

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubmed/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubmed-mcp-server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

🛠 MCP ツール

PubMed MCP サーバーは次のツールを提供します：

1. search_pubmed_key_words：キーワードを使用して PubMed の論文を検索します。
2. search_pubmed_advanced：複数のパラメーターを使って PubMed の論文を高度な方法で検索します。
3. get_pubmed_article_metadata：PMID を使用して PubMed 論文のメタデータを取得します。
4. download_pubmed_pdf：PubMed 論文の全文 PDF のダウンロードを試みます。
5. deep_paper_analysis：PubMed 論文の包括的な分析を実行します。

論文の検索

次のようなクエリを使って、AI アシスタントに論文の検索を依頼できます：

Can you search PubMed for recent papers about CRISPR?

論文の詳細情報を取得

PMID がわかったら、詳細情報を依頼できます：

Can you show me the metadata for the paper with PMID 12345678?

論文の分析

論文の詳細な分析を依頼できます：

Can you perform a deep analysis of the paper with PMID 12345678?

📁 プロジェクト構成

• pubmed_server.py：FastMCP を使用した MCP サーバーのメイン実装
• pubmed_web_search.py：PubMed の検索と論文情報の取得に関するロジック

🔧 依存関係

• Python 3.10+
• FastMCP
• asyncio
• logging
• requests
• beautifulsoup4

🤝 貢献

貢献を歓迎します！お気軽にプルリクエストを送信してください。

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT License の下でライセンスされています。

⚠️ 免責事項

このツールは研究目的に限って使用してください。PubMed の利用規約を遵守し、責任を持ってこのツールを使用してください。