Universal Source Management System

Universal Source Management System

ローカルの SQLite データベースで、文献、メモ、エンティティリンク、読書リストのリソースを管理する軽量な FastMCP サーバーです。

現在の対象範囲

このリポジトリでは、以下を提供します。

• ローカルの SQLite を基盤とする文献管理
• 文献に紐づくメモ
• 文献と名前付き概念の間のエンティティリンク
• 読み取り専用のデータベース検査ツール
• 文献検索と読書リスト用の MCP リソース
• 移行期間中の JSON キャッシュを併用した正規化識別子の保存

MCP Memory Server や外部のメモリーグラフとの連携には対応していません。

クイックスタート

1. 現在のスキーマからデータベースを作成します。

sqlite3 sources.db < create_sources_db.sql

2. データベースのパスを指定して FastMCP サーバーをインストールします。

fastmcp install sqlite-paper-fastmcp-server.py --name "Source Manager" -e SQLITE_DB_PATH=/path/to/sources.db

3. 任意：チェックイン済みのデモ用フィクスチャ examples/sources.db を使用します。

Docker

このサーバーは、コンテナ化された stdio MCP サーバーとしてパッケージ化できます。

イメージをビルドします。

docker build -t sqlite-lit-mcp .

永続的な SQLite ボリュームを使用して実行します。

mkdir -p data
docker run --rm -i \
  -e SQLITE_DB_PATH=/data/sources.db \
  -v "$(pwd)/data:/data" \
  sqlite-lit-mcp

注意：

• イメージでは、SQLITE_DB_PATH のデフォルト値が /data/sources.db に設定されています。
• データベースファイルが存在しない場合、コンテナは create_sources_db.sql からデータベースを初期化します。
• 古いデータベースをマウントする場合は、サーバーを起動する前に migrations/ にある必要なマイグレーションを適用してください。
• このリポジトリは stdio MCP サーバーとして動作するため、デフォルトでは公開する HTTP ポートはありません。

Docker Compose を使用する場合：

docker compose run --rm sqlite-lit-mcp

現在のツール一覧

実装済みのツール：

• read_query
• list_tables
• describe_table
• get_table_stats
• get_database_info
• vacuum_database
• add_sources
• add_notes
• update_status
• add_identifiers
• link_to_entities
• get_source_entities
• update_entity_links
• remove_entity_links
• get_entity_sources

実装済みのリソース：

• source://<id>
• source://by-identifier/<type>/<value>
• reading-list://unread
• reading-list://reading
• entity://<entity_name>

スキーマに関する注意

現在のスキーマは、次の4つのテーブルを中心に構成されています。

• sources
• source_identifiers
• source_notes
• source_entity_links

sources.identifiers は移行期間中の JSON キャッシュとして引き続き保持されますが、識別子の検索には source_identifiers を使用するようになりました。

対応している識別子の種類：

• semantic_scholar
• doi
• arxiv
• openalex
• pmid
• isbn
• url

対応しているエンティティ関係の種類：

• discusses
• introduces
• extends
• evaluates
• applies
• critiques
• supports
• contradicts
• refutes

軽量な出所情報のフィールドは sources にあります。

• provider
• discovered_via
• discovered_at

スキーマでは現在、PRAGMA user_version = 3 を使用しています。

マイグレーション

バージョン0またはバージョン1のデータベースがある場合は、次を適用してください。

sqlite3 /path/to/sources.db < migrations/2026-03-09__normalize-identifiers.sql
sqlite3 /path/to/sources.db < migrations/2026-03-09__expand-entity-relation-types.sql

すでにバージョン2にマイグレーション済みの場合は、次を適用してください。

sqlite3 /path/to/sources.db < migrations/2026-03-09__expand-entity-relation-types.sql

これらのマイグレーションでは、以下を行います。

• source_identifiers を追加します
• 従来の JSON 列から識別子の行をバックフィルします
• 出所情報のフィールドを追加します
• source_entity_links.relation_type に supports、contradicts、refutes を追加します
• PRAGMA user_version を 3 に更新します

サーバーは接続時に PRAGMA user_version を確認し、マイグレーションされるまで古いデータベースを拒否します。

パッケージ構成

実装は sqlite_lit_server/ 以下に整理されています。

• app.py は FastMCP インスタンスを作成し、ツールとリソースを登録します
• db.py は接続のセットアップとスキーマバージョンの確認を担当します
• repository.py は SQL を多用する検索ロジックをデータレイヤーの近くに配置します
• tools_admin.py、tools_sources.py、tools_entities.py は MCP ツールを格納します
• resources.py は MCP リソースを定義します

sqlite-paper-fastmcp-server.py は、薄い互換性シムとして残されています。

ソースの一括インポート

add_sources は、新しいソースを一括インポートするためのエントリーポイントです。sources という名前の引数を 1 つ受け取り、各項目は次の形式です。

[title, source_type, identifier_type, identifier_value, initial_note]

initial_note は null、または title と content の両方を含むオブジェクトである必要があります。

サポートされている source_type の値：

• paper
• webpage
• book
• video
• blog

サポートされている identifier_type の値：

• semantic_scholar
• doi
• arxiv
• openalex
• pmid
• isbn
• url

重複の処理：

• 識別子が完全に一致する場合は、既存のソースのペイロードとともに Source already exists を返します。
• タイトルに基づくあいまい一致の場合は、Potential duplicates found. Please verify or use add_identifiers if these are the same source. を返します。
• 一括書き込みが成功すると、リクエストと同じ順序で、入力項目ごとに 1 つの結果を返します。

MCP/JSON ペイロードの例：

{
  "sources": [
    [
      "Attention Is All You Need",
      "paper",
      "arxiv",
      "1706.03762",
      {
        "title": "Initial thoughts",
        "content": "Transformers start here."
      }
    ],
    [
      "OpenAlex Import",
      "paper",
      "openalex",
      "W1234567890",
      null
    ]
  ]
}

Python 呼び出しの例：

add_sources([
    (
        "Attention Is All You Need",
        "paper",
        "arxiv",
        "1706.03762",
        {
            "title": "Initial thoughts",
            "content": "Transformers start here.",
        },
    ),
    (
        "OpenAlex Import",
        "paper",
        "openalex",
        "W1234567890",
        None,
    ),
])

サーバーをローカルで起動する場合も、Docker で docker compose run --rm sqlite-lit-mcp を使って起動する場合も、同じツールのペイロードを使用できます。

一括書き込みの規約

複数形の書き込みツールはリストを受け取り、入力と同じ順序で入力項目ごとの結果リストを返します。関連する一括処理ツールは次のとおりです。

• add_notes
• add_identifiers
• update_status
• link_to_entities

使用例

別の識別子を追加する：

add_identifiers([
    (
        "Attention Is All You Need",
        "paper",
        "arxiv",
        "1706.03762",
        "semantic_scholar",
        "204e3073870fae3d05bcbc2f6a8e263d9b72e776",
    ),
])

ソースのリソースを読み取る：

source://by-identifier/arxiv/1706.03762