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adaptyv

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github.com/davila7その他33.0k242 回インストール今日更新
リポジトリ

adaptyv について

Adaptyv は、タンパク質配列をクラウドラボに送って実験的に検証するスキルです。API またはウェブインターフェースで配列を提出したいタンパク質設計者向けです。

主な機能

  1. 01タンパク質配列の提出
  2. 02結合アッセイ
  3. 03発現量の測定
  4. 04熱安定性の試験
  5. 05酵素活性の評価

活用シーン

  1. 01タンパク質と標的の相互作用の検証
  2. 02タンパク質発現量の測定
  3. 03熱安定性の評価
  4. 04酵素機能の評価

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/davila7/claude-code-templates --skill adaptyv

インストール後、Claude Code で/adaptyvを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイル

SKILL.md と一緒にインストールされる参考資料やスクリプト。

reference/
api_reference.md
examples.md
experiments.md
protein_optimization.md

詳細

Adaptyv

Adaptyv は、自動化されたタンパク質テストおよび検証サービスを提供するクラウドラボプラットフォームです。API または Web インターフェースからタンパク質配列を送信すると、約 21 日で実験結果を受け取れます。

クイックスタート

認証の設定

Adaptyv では API 認証が必要です。認証情報を次のように設定してください。

  1. [email protected] に連絡して API アクセスをリクエストしてください（プラットフォームはアルファ版／ベータ版です）
  2. API アクセストークンを受け取ります
  3. 環境変数を設定します:
export ADAPTYV_API_KEY="your_api_key_here"

または .env ファイルを作成します:

ADAPTYV_API_KEY=your_api_key_here
インストール

uv を使用して必要なパッケージをインストールします:

uv pip install requests python-dotenv
基本的な使い方

タンパク質配列を送信してテストを依頼します:

import os
import requests
from dotenv import load_dotenv

load_dotenv()

api_key = os.getenv("ADAPTYV_API_KEY")
base_url = "https://kq5jp7qj7wdqklhsxmovkzn4l40obksv.lambda-url.eu-central-1.on.aws"

headers = {
    "Authorization": f"Bearer {api_key}",
    "Content-Type": "application/json"
}

# Submit experiment
response = requests.post(
    f"{base_url}/experiments",
    headers=headers,
    json={
        "sequences": ">protein1\nMKVLWALLGLLGAA...",
        "experiment_type": "binding",
        "webhook_url": "https://your-webhook.com/callback"
    }
)

experiment_id = response.json()["experiment_id"]

利用可能な実験の種類

Adaptyv は複数のアッセイタイプをサポートしています:

  • 結合アッセイ - バイオレイヤー干渉法を用いてタンパク質と標的の相互作用を検査
  • 発現試験 - タンパク質の発現量を測定
  • 熱安定性 - タンパク質の熱安定性を評価
  • 酵素活性 - 酵素の機能を評価

各実験の種類とワークフローの詳細については、reference/experiments.md を参照してください。

タンパク質配列の最適化

配列を送信する前に、発現と安定性を向上させるために最適化してください。

対処すべき一般的な問題:

  • 不要なジスルフィド結合を形成する対になっていないシステイン
  • 凝集を引き起こす過剰な疎水性領域
  • 低い溶解性の予測

推奨ツール:

  • NetSolP / SoluProt - 初期の溶解性フィルタリング
  • SolubleMPNN - 溶解性を改善するための配列再設計
  • ESM - 配列の尤度スコアリング
  • ipTM - 界面の安定性評価
  • pSAE - 疎水性露出の定量化

詳細な最適化ワークフローとツールの使い方については、reference/protein_optimization.md を参照してください。

API リファレンス

すべてのエンドポイント、リクエスト／レスポンスの形式、認証の詳細を含む完全な API ドキュメントについては、reference/api_reference.md を参照してください。

例

実験の送信、ステータスの追跡、結果の取得、バッチ処理など、一般的なユースケースの具体的なコード例については、reference/examples.md を参照してください。

重要な注意事項

  • プラットフォームは現在アルファ版／ベータ版の段階にあり、機能は変更される可能性があります
  • すべてのプラットフォーム機能がまだ API から利用できるわけではありません
  • 結果は通常約 21 日で提供されます
  • アクセスのリクエストや質問については [email protected] に連絡してください
  • AI 主導の大量のタンパク質設計ワークフローに適しています

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