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adaptyv

adaptyv

github.com/leonchaoxその他99070 回インストール15 週間前に更新
リポジトリ

adaptyv について

Adaptyvは、設計したタンパク質を検証する研究者やチーム向けのクラウドラボです。APIまたはウェブインターフェースから配列を提出して実験測定を依頼でき、結果は通常約21日で届きます。

主な機能

  1. 01APIまたはウェブからタンパク質配列を提出
  2. 02バイオレイヤー干渉法による結合アッセイ
  3. 03タンパク質発現の測定
  4. 04熱安定性の評価
  5. 05酵素活性の評価

活用シーン

  1. 01タンパク質と標的の結合試験
  2. 02タンパク質発現量の測定
  3. 03熱安定性の評価
  4. 04酵素機能の評価

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/leonchaox/qinyan-academic-skills --skill adaptyv

インストール後、Claude Code で/adaptyvを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイル

SKILL.md と一緒にインストールされる参考資料やスクリプト。

reference/
api_reference.md
examples.md
experiments.md
protein_optimization.md

詳細

Adaptyv

Adaptyv は、タンパク質の自動試験および検証サービスを提供するクラウドラボプラットフォームです。API または Web インターフェースからタンパク質配列を送信すると、約 21 日で実験結果を受け取れます。

クイックスタート

認証の設定

Adaptyv では API 認証が必要です。認証情報を設定します。

  1. API アクセスを申請するには、[email protected] に連絡してください（プラットフォームはアルファ／ベータ段階です）
  2. API アクセストークンを受け取ります
  3. 環境変数を設定します。
export ADAPTYV_API_KEY="your_api_key_here"

または、.env ファイルを作成します。

ADAPTYV_API_KEY=your_api_key_here
インストール

uv を使用して必要なパッケージをインストールします。

uv pip install requests python-dotenv
基本的な使い方

試験するタンパク質配列を送信します。

import os
import requests
from dotenv import load_dotenv

load_dotenv()

api_key = os.getenv("ADAPTYV_API_KEY")
base_url = "https://kq5jp7qj7wdqklhsxmovkzn4l40obksv.lambda-url.eu-central-1.on.aws"

headers = {
    "Authorization": f"Bearer {api_key}",
    "Content-Type": "application/json"
}

# Submit experiment
response = requests.post(
    f"{base_url}/experiments",
    headers=headers,
    json={
        "sequences": ">protein1\nMKVLWALLGLLGAA...",
        "experiment_type": "binding",
        "webhook_url": "https://your-webhook.com/callback"
    }
)

experiment_id = response.json()["experiment_id"]

利用可能な実験タイプ

Adaptyv は複数のアッセイタイプに対応しています。

  • 結合アッセイ - バイオレイヤー干渉法を使用して、タンパク質と標的の相互作用を試験します
  • 発現試験 - タンパク質の発現量を測定します
  • 熱安定性 - タンパク質の熱安定性を特性評価します
  • 酵素活性 - 酵素機能を評価します

各実験タイプとワークフローの詳細については、reference/experiments.md を参照してください。

タンパク質配列の最適化

配列を送信する前に、発現と安定性を高めるために最適化してください。

対処すべき一般的な問題：

  • 不要なジスルフィド結合を形成する、対になっていないシステイン
  • 凝集を引き起こす、過剰な疎水性領域
  • 溶解性の予測値が低いこと

推奨ツール：

  • NetSolP / SoluProt - 初期の溶解性フィルタリング
  • SolubleMPNN - 溶解性を高めるための配列再設計
  • ESM - 配列尤度スコアリング
  • ipTM - インターフェース安定性の評価
  • pSAE - 疎水性領域の露出度の定量化

最適化ワークフローとツールの使用方法について詳しくは、reference/protein_optimization.md を参照してください。

API リファレンス

すべてのエンドポイント、リクエスト／レスポンス形式、認証の詳細を含む完全な API ドキュメントについては、reference/api_reference.md を参照してください。

例

実験の送信、ステータスの追跡、結果の取得、バッチ処理など、一般的なユースケースを扱う具体的なコード例については、reference/examples.md を参照してください。

重要な注意事項

  • プラットフォームは現在アルファ／ベータ段階であり、機能は変更される場合があります
  • プラットフォームのすべての機能が API から利用できるわけではありません
  • 結果は通常、約 21 日で届きます
  • アクセス申請や質問については、[email protected] にお問い合わせください
  • ハイスループットな AI 駆動型タンパク質設計ワークフローに適しています

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