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alterlab-clinical-reports

alterlab-clinical-reports

github.com/alterlab-ieuドキュメント7870 回インストール5 週間前に更新
リポジトリ

alterlab-clinical-reports について

臨床医、研究者、メディカルライター向けの臨床報告書作成スキルです。症例報告、診断報告、試験報告、患者記録を扱い、正確性、プライバシー、規制確認を重視します。

主な機能

  1. 01CARE に沿った症例報告
  2. 02放射線・病理・検査報告
  3. 03SAE・臨床試験報告
  4. 04SOAP・H&P・退院記録
  5. 05プライバシー対応と品質確認

活用シーン

  1. 01CARE に沿った投稿用症例報告の準備
  2. 02構造化診断報告の整理
  3. 03SAE または臨床試験報告書の作成
  4. 04患者記録の完全性と匿名化の確認

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/alterlab-ieu/alterlab-academic-skills --skill alterlab-clinical-reports

インストール後、Claude Code で/alterlab-clinical-reportsを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイル

SKILL.md と一緒にインストールされる参考資料やスクリプト。

assets/
case_report_template.md
clinical_trial_csr_template.md
clinical_trial_sae_template.md
consult_note_template.md
discharge_summary_template.md
hipaa_compliance_checklist.md
history_physical_template.md
lab_report_template.md
pathology_report_template.md
quality_checklist.md
radiology_report_template.md
soap_note_template.md
evals/
evals.json
references/
care_report_sections.md
case_report_guidelines.md
clinical_trial_report_structures.md
clinical_trial_reporting.md
data_presentation.md
diagnostic_report_templates.md
diagnostic_reports_standards.md
medical_terminology.md
patient_documentation.md
patient_record_formats.md
peer_review_standards.md
README.md
regulatory_compliance.md
scripts/
check_deidentification.py
compliance_checker.py
extract_clinical_data.py
format_adverse_events.py

詳細

臨床報告書の作成

概要

医療情報を正確かつ精密に、規制要件に準拠して記録します。 このスキルでは、4種類の報告書を扱います。学術誌への投稿用の症例報告書、 臨床診療用の診断報告書(放射線、病理、検査)、規制当局への提出用の臨床試験報告書 (SAE、CSR)、そして医療記録用の患者記録(SOAP、H&P、退院時記録)です。

臨床報告書は、患者ケア、規制上の意思決定、公開記録に影響するため、正確で、 完全かつ客観的であり、適用される規制(HIPAA、FDA、ICH-GCP)に準拠している必要があります。 ユーザーが提供した臨床データのみを使用してください。テンプレートを埋めるために所見、 検査値、日付、引用文献を決して捏造せず、不明な項目は臨床医が記入できるよう プレースホルダーとして示してください。草案は、責任を負う臨床医または治験責任医師による レビューと承認を前提としています。

このスキルを使用する場面

次の場合に使用します:

  • 学術誌への投稿用の臨床症例報告書を作成する(CARE ガイドライン)
  • 診断報告書を作成する(放射線、病理、検査)
  • 臨床試験データ、SAE の叙述、または CSR を記録する(ICH-E3)
  • SOAP ノート、H&P、退院時要約、または診療相談記録を作成する
  • HIPAA 準拠と適切な匿名化を確保する
  • 臨床記録の完全性と正確性を検証する
該当しないケース
ケース代わりに使用
集団レベルのコホート分析、または GRADE で評価した治療推奨alterlab-clinical-decision
1 人の患者を対象とする、SMART 目標を含む将来のケア計画alterlab-treatment-plans
CRF/REDCap の調査票の設計、または試験データの CDISC SDTM へのマッピングalterlab-redcap-cdisc
症例報告書や CSR ではなく、IMRaD 形式の研究論文(例:RCT の結果論文)alterlab-scientific-writing
IRB 申請書およびインフォームド・コンセントフォームalterlab-research-ethics

基本ワークフロー

  1. 報告書の種類を選び、対応する詳細リファレンスを読み込みます(以下の索引を参照)。
  2. その種類の報告書用の assets/ 内のテンプレートから草案を作成します。
  3. 規制上の管理策を適用します。匿名化し、同意を記録し、期限を守ります。
  4. 承認前に、対応する scripts/ のバリデーターで検証します。
  5. このファイル末尾のチェックリストに照らして最終 QAを行います。
1. 学術誌への投稿用の症例報告書

CARE(CAse REport)チェックリストに従います。タイトル、キーワード、構造化抄録、 序論、患者情報、臨床所見、経過、診断評価、治療介入、追跡調査/転帰、考察、 患者の視点、インフォームド・コンセントを含めます。学術誌ごとの制限(語数、 図、参考文献の形式)に留意し、投稿前に匿名化してください。 → 各項目の詳細、学術誌の要件、HIPAA の 18 項目の識別子: references/care_report_sections.md。概要チェックリスト:references/case_report_guidelines.md。

2. 診断報告書(放射線、病理、検査)

各報告書では、標準化されたセクション構成を使用します(放射線では患者属性 → 適応 → 手技 → 比較 → 所見 → 結論、病理では肉眼所見/顕微鏡所見/診断、検査では基準範囲と 重大値の報告を含む結果)。該当する場合は、構造化報告書テンプレート(BI-RADS、Lung-RADS、CAP synoptic)を使用します。 → セクションテンプレート一式:references/diagnostic_report_templates.md。 標準および用語体系(ACR、CAP、LOINC):references/diagnostic_reports_standards.md。

3. 臨床試験報告書(SAE、CSR、逸脱)

SAE 報告書には、因果関係と予測可能性を含む重篤な有害事象を、厳格な規制上の期限(7/15 日)に従って記録します。CSR は、規制当局への申請において ICH-E3 のセクション構成に従います。治験実施計画書からの逸脱は、軽微/重大/違反に分類し、CAPA の記録を作成します。ランダム化試験の学術誌向け報告書は CONSORT 2025(30 項目のチェックリスト、2025 年 4 月。CONSORT 2010 に代わるもの)に従い、治験実施計画書は SPIRIT 2025 に従います。 → コンポーネントごとの構成:references/clinical_trial_report_structures.md。 規制上の枠組み(ICH-E3、CONSORT、期限):references/clinical_trial_reporting.md。

4. 患者文書(SOAP、H&P、退院)

経過記録には SOAP ノート、入院/初診時には H&P、外来医療提供者への引き継ぎには退院サマリーを使用します。標準的な略語を使い、署名と日付を記載し、請求のための医療上の必要性を文書化します。 → 書式の構成:references/patient_record_formats.md。 コーディングと文書作成のガイダンス:references/patient_documentation.md。

規制遵守とプライバシー

  • HIPAA:必要最小限の情報を開示します。セーフハーバー(18 項目の識別子を削除)または専門家による判定で匿名化し、第三者とは業務提携契約を締結します。
  • FDA:21 CFR Part 11(電子記録/署名)、Part 50(同意)、Part 56(IRB)、Part 312(IND)。
  • ICH-GCP:E6(R3)(ICH ステップ 4、2025 年 1 月 6 日。EU では 2025 年 7 月 23 日から発効)— 治験実施計画書の遵守、同意の記録、原資料の要件、監査証跡、治験責任医師の責務。各試験の実施時に適用されていた改訂版を確認してください。

⚠️ 注意 — 自動匿名化は規制遵守を保証するものではありません。 同梱の scripts/check_deidentification.py は、純粋な正規表現によるスキャンです。パターンマッチングには、既知の重大な偽陰性率があります。一般的でない氏名の表記、自由記述の日付、文章中の住所、まれな識別子、固定パターンに該当しない情報は検出できません。これは大まかな一次スクリーニングにすぎず、有資格者による行ごとの手動レビューの代わりにはなりません。また、検証済みの匿名化ツール(Microsoft Presidio、Philter、認定済みの専門家による判定など)でもありません。このスクリプトを通過しても HIPAA のセーフハーバー要件への準拠が立証されるわけではなく、プライバシーを保証するものとして決して頼ってはなりません。開示や公開の前には、必ず手動でレビューしてください。

詳細なガイダンス:references/regulatory_compliance.md。

医学用語と標準

標準化された用語体系を使用します。SNOMED CT(臨床用語)、LOINC(検査/臨床観察)、ICD-10-CM(診断コーディング)、CPT(処置コーディング)。Joint Commission の「使用禁止」略語リストを遵守してください(例:「U」ではなく「unit」と記載し、必ず先頭にゼロを付け、末尾のゼロは使用しない)。 標準の詳細:references/medical_terminology.md。

データの提示

人口統計、有害事象、経時的な検査値、有効性の評価項目には表を、Kaplan-Meier 曲線、フォレストプロット、CONSORT フロー図、症例報告のタイムラインには図を使用します。画像は 300 dpi 以上とし、匿名化したうえで、患者を識別できる場合は同意を得てください。詳細:references/data_presentation.md。

品質保証

文書は完全、正確、適時、明瞭で、規制に準拠している必要があります。種類ごとの検証チェックリスト(CARE、診断情報の完全性、SAE の規制遵守、請求要件)と scripts/ のバリデーターを使用してください。

レポートの種類別ワークフロー

  • 症例報告:症例の特定と同意の取得 → 文献レビュー → 草稿の作成(CARE) → 内部 レビュー → 投稿先ジャーナルの選定・投稿 → 修正。
  • 診断レポート:適応と過去の画像・検査を確認 → 解釈 → 構造化レポートの口述 → ピアレビュー(複雑な症例) → 確定 → 重要値の通知。至急は1時間未満、 通常は24~48時間。
  • SAE レポート:特定 → 評価・記録 → 因果関係と予測可能性の評価 → レビュー → スポンサー/IRB/FDA への提出 → 解決までフォローアップ(24時間~15日)。
  • CSR:データベースのロック → SAP に沿った解析 → メディカルライターによる草稿作成 → 生物統計・臨床レビュー → QC → 承認・提出(完了後6~12か月)。

同梱リソースの一覧

リファレンス(references/)
  • care_report_sections.md — CARE の各要素、ジャーナルの要件、HIPAA の18の識別子
  • case_report_guidelines.md — CARE ガイドライン、ジャーナルの要件、執筆のヒント
  • diagnostic_report_templates.md — 放射線科/病理学/検査の各セクションテンプレート
  • diagnostic_reports_standards.md — ACR、CAP、検査レポートの基準
  • clinical_trial_report_structures.md — SAE/CSR/逸脱の構成要素
  • clinical_trial_reporting.md — ICH-E3、CONSORT、SAE 報告、CSR の構成
  • patient_record_formats.md — SOAP/H&P/退院時の各セクション形式
  • patient_documentation.md — SOAP、H&P、退院時の記録、コーディング
  • regulatory_compliance.md — HIPAA、21 CFR Part 11、ICH-GCP、FDA
  • medical_terminology.md — SNOMED、LOINC、ICD-10、略語
  • data_presentation.md — 表、図、安全性データ、CONSORT 図
  • peer_review_standards.md — 臨床原稿のレビュー基準
テンプレートアセット(assets/)

case_report_template.md、radiology_report_template.md、pathology_report_template.md、 lab_report_template.md、clinical_trial_sae_template.md、clinical_trial_csr_template.md、 soap_note_template.md、history_physical_template.md、discharge_summary_template.md、 consult_note_template.md、quality_checklist.md、hipaa_compliance_checklist.md。

自動化スクリプト(scripts/)

validate_case_report.py、validate_trial_report.py、check_deidentification.py、 format_adverse_events.py、generate_report_template.py、extract_clinical_data.py、 compliance_checker.py、terminology_validator.py。

他のスキルとの連携

alterlab-scientific-writing(明確な医学的文章)、alterlab-peer-review (品質評価)、alterlab-citation-mgmt(文献参照)、 alterlab-research-grants(プロトコルの作成)、alterlab-literature-review (背景セクション)と組み合わせて使用します。

よくある落とし穴

  • 症例報告:プライバシー侵害、新規性の欠如、詳細不足、文献レビューの弱さ、 単一症例からの過度な一般化。
  • 診断レポート:曖昧な表現、比較の不備、臨床的な相関の欠落、重要値の通知の遅れ。
  • 臨床試験レポート:SAE 報告の遅れ、因果関係の評価不足、データの不整合、 逸脱の未報告、選択的な報告。
  • 患者記録:コピー・フォワードによる誤り、請求に影響する詳細の不足、 医学的必要性の記載漏れ、署名・日付のない記録。

最終チェックリスト

臨床レポートを確定する前に、以下を確認してください。

  • 必須セクションがすべて完成している
  • 患者のプライバシーが保護されている(HIPAA に準拠)
  • インフォームド・コンセントを取得している(該当する場合)
  • 臨床データが正確で、検証済みである
  • 適切な医学用語とコーディングを使用している
  • 明確で専門的な表現になっている
  • ガイドラインに従って適切に書式設定されている
  • 参考文献が適切に引用されている
  • 図表に正しくラベルが付けられている
  • スペルチェックと校正が完了している
  • 規制要件を満たしている
  • 機関のポリシーに従っている
  • 署名と日付が記載されている
  • 品質保証レビューが完了している

臨床レポートの品質は患者の安全、医療提供、医学文献に直接影響するため、文章の洗練よりも正確性とプライバシーを優先してください。

AlterLab Academic Skills スイートの一部です。

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