alterlab-ginkgo-cloud について
alterlab-ginkgo-cloudは、Ginkgo Cloud Labのリモート自動化ラボサービスを利用するための研究スキルです。掲載プロトコルや入力データの準備を案内し、カスタムワークフローの実現可能性と価格をEstiMateで評価する方法も説明します。
主な機能
- 01掲載プロトコルと要件の確認
- 02配列またはピクセルアート入力の準備
- 03成果物と注文手順の把握
- 04EstiMateによるカスタムワークフローの評価
- 05リモートロボットラボ設備の利用
活用シーン
- 01DNA配列の無細胞タンパク質発現スクリーニング
- 02無細胞発現条件の最適化
- 03蛍光細菌ピクセルアートの注文
- 04カスタムプロトコルの実現可能性と価格の評価
インストール
コマンドをコピーしてターミナルで実行します。
npx skills add https:/インストール後、Claude Code で/alterlab-ginkgo-cloudを入力して読み込まれたか確認します。
同梱ファイル
SKILL.md と一緒にインストールされる参考資料やスクリプト。
evals/evals.jsonreferences/cell-free-protein-expression-optimization.mdcell-free-protein-expression-validation.mdfluorescent-pixel-art-generation.md詳細
Ginkgo Cloud Lab
概要
Ginkgo Cloud Lab（https://cloud.ginkgo.bio）は、Ginkgo Bioworks の自律型ラボインフラへのリモートアクセスを提供します。プロトコルは Reconfigurable Automation Carts（RAC）で実行されます。RAC は、ロボットアーム、磁気浮上式サンプル輸送、70 台以上の機器に対応する産業グレードのソフトウェアを備えたモジュール式ユニットです。
このプラットフォームには、カスタムワークフロー向けに、プロトコルの説明を自然言語で受け取り、実現可能性の評価と料金を提示する AI エージェント EstiMate も含まれています。対象となるワークフローは、掲載済みのプロトコル以外のものです。
このスキルを使用する場面
- 掲載済みの Cloud Lab プロトコル（無細胞発現の検証または最適化、蛍光ピクセルアート、および以下の新しいカタログ項目）を選択して注文するとき
- 入力データ（DNA 配列ファイル、ピクセルアートのデザイン）を準備し、出力、料金、納期を確認するとき
- EstiMate を通じて、カスタムプロトコルの実現可能性と料金の評価を受けるとき
以下の場合は使用しないでください
| シナリオ | 代わりに使用 |
|---|---|
| 設計したタンパク質を Adaptyv Bio Foundry に提出し、結合／発現／安定性アッセイを実施する | alterlab-adaptyv |
| 自分の Opentrons OT-2/Flex ロボット用のプロトコルを作成する | alterlab-opentrons |
| 複数ベンダーの液体ハンドラー（Hamilton、Tecan）を自分でスクリプト化する | alterlab-pylabrobot |
| DOI 付きの書面化されたプロトコルを公開または検索する | alterlab-protocolsio |
利用可能なプロトコル
以下の料金と納期は、2026-09-23 時点で cloud.ginkgo.bio に掲載されていたものです。変更されるため、提示する前にプロトコルページで確認してください。
1. 無細胞タンパク質発現の検証
再構成 E. coli CFPS を使用した迅速な発現スクリーニングで、次の段階へ進めるかを判定します。直鎖 DNA 配列（最大 1800 bp。ファイル形式は .fasta、.csv、.xlsx、.txt、.pdf、.zip）を提出すると、発現の確認、ベースライン力価（mg/L）、初期純度、および仮想ゲル画像を受け取れます。
- 料金： $39/sample | 納期： 最大 10 日 | ステータス： 認定済み
- 詳細： references/cell-free-protein-expression-validation.md を参照してください
2. 無細胞タンパク質発現の最適化
タンパク質ごとに最大 24 条件（ライセート、温度、シャペロン、ジスルフィド結合促進剤、補因子）を対象とする DoE ベースの最適化です。発現が困難なタンパク質や膜タンパク質向けに設計されています。
- 料金： $199/sample | 納期： 最大 11 日 | ステータス： 認定済み
- 詳細： references/cell-free-protein-expression-optimization.md を参照してください
3. 蛍光ピクセルアートの生成
Design Tool で作成したデザイン（画像のアップロード、またはフリーハンドでの描画）を、蛍光細菌アートに変換します。色は 7 株の蛍光 E. coli パレットに対応付けられ、Echo 1536 レイアウト（32×48 ドット）に音響分注で印刷されます（6144 レイアウトは近日公開予定として告知されています）。高解像度の UV 写真（TIFF/JPEG）で納品されます。
- 料金： $25/plate | 納期： 最大 7 日 | ステータス： ベータ
- 詳細： references/fluorescent-pixel-art-generation.md を参照してください
新しいカタログ項目
カタログは上記の 3 つのプロトコル以外にも拡大しています。2026-09-23 時点の表示では、IVT mRNA/circRNA qPCR、His-/Strep-tag 精製と A280 または LabChip による読み出しを伴う無細胞および E. coli 発現（minibinder のバリエーションを含む）、HiBiT 発光による発現読み出し、Pichia 発現（LabChip）、無細胞サーマルシフト、Echo-MS、SPR キネティクス（ベータ）、プレートリーダー方式のオンボーディングも掲載されていました。各プロトコルページを開き、入力、料金、納期を確認してください。これらのプロトコルについて、このスキルにはまだ詳細なリファレンスがありません。
一般的な注文ワークフロー
- https://cloud.ginkgo.bio/protocols でプロトコルを選択します
- パラメーターを設定します（サンプル／タンパク質の数、反復数、プレート数）
- 入力ファイルをアップロードします（タンパク質プロトコルの場合は配列ファイル、ピクセルアートの場合は Design Tool）
- Additional Details フィールドに特別な要件があれば追加します
- 送信すると、実現可能性レポートと見積もりが届きます
上記に記載のないプロトコルについては、EstiMate チャットでカスタムプロトコルを平易な言葉で説明すると、互換性の評価と料金を確認できます。
配列を送信する前に、未発表または管理対象の配列を外部プロバイダーと共有することに関する所属機関の規則を確認し、対象となる構築物のバイオセーフティ審査要件に従ってください。
認証
https://cloud.ginkgo.bio で Ginkgo Cloud Lab にアクセスします。アカウントの作成または機関経由のアクセスが必要な場合があります。アクセスに関するご質問は、[email protected] まで Ginkgo にお問い合わせください。
主なインフラストラクチャ
- RAC（再構成可能なオートメーションカート）： 高精度アームと磁気浮上式搬送機構を備えたモジュール式ロボットユニット
- Catalyst Software： プロトコルのオーケストレーション、スケジューリング、パラメーター設定、リアルタイム監視
- 70+ 統合機器： サンプル調製、液体ハンドリング、分析測定、保管、インキュベーション
- Nebula： マサチューセッツ州ボストンにある Ginkgo の自律型ラボ施設
AlterLab Academic Skills スイートの一部です。