alterlab-scientific-writing

科学論文の執筆

概要

科学論文の執筆では、研究を正確かつ明瞭に伝えます。IMRAD構成、引用（APA／AMA／Vancouver）、図表、報告ガイドライン（CONSORT／STROBE／PRISMA）を用いて原稿を作成します。研究論文や学術誌への投稿にこのスキルを使用してください。主張の根拠には、alterlab-research-lookup スキルで収集した文献を用い、引用はすべて原典と照合して確認してください。

基本原則：最終原稿は、箇条書きではなく、流れのある文章を段落で記述します。査読者や編集者は箇条書きを未完成の思考として受け取ります。また、箇条書きでは省かれがちな知見間の論理的なつながりは、文章の移行部分に表れます。2段階の手順で進めてください。まず alterlab-research-lookup を使用して各セクションの要点をまとめたアウトラインを作成し、その後、アウトラインを完全な段落に書き直します。

このスキルを使用する場面

以下の場合にこのスキルを使用してください。

• 科学論文のあらゆるセクション（抄録、序論、方法、結果、考察）を執筆または改訂する
• IMRADやその他の標準的な形式を用いて研究論文を構成する
• 特定のスタイル（APA、AMA、Vancouver、Chicago、IEEE）に合わせて引用と参考文献を整える
• 図、表、データの可視化を作成、整形、改善する
• 研究別の報告ガイドライン（臨床試験のCONSORT、観察研究のSTROBE、レビューのPRISMA）を適用する
• 学術誌の要件に合う抄録（構造化または非構造化）を作成する
• 特定の学術誌への投稿に向けて原稿を準備する
• 文章の明瞭さ、簡潔さ、正確さを高める
• 分野固有の用語や命名法を適切に使用する
• 査読者のコメントに対応し、原稿を改訂する

該当しない場合

場面	代わりに使用
マルチエージェントパイプラインによる論文の一貫した制作（APA 7形式のLaTeX／DOCX／PDF出力、二言語の抄録、査読コメントをもとにした改訂ロードマップ全体など）	alterlab-paper-writer
特定の学術誌や学会のLaTeXテンプレート、ページ制限、投稿規定	alterlab-venue-templates
BibTeX参考文献リストそのものの作成や整理	alterlab-citation-mgmt
指導教員のようなワークフローによる修士論文・博士論文の章の執筆	alterlab-thesis-supervisor
トルコの学術誌に投稿する原稿（TR Dizinの規則、トルコ語版APA 7、二言語のöz）	alterlab-tr-academic-style

図と視覚要素（任意）

グラフィカルアブストラクト、方法のフローチャート、概念図など、適切に選ばれた図は原稿を充実させます。ただし、図は必須ではなく、明瞭さを実際に高める場合に限って追加してください。図解や図が理解の助けになる場合は、alterlab-scientific-schematics スキル（図解／模式図）または alterlab-generate-image スキル（画像）を呼び出してください。

---

主な機能

1. 原稿の構成と整理

IMRAD形式：多くの科学分野で用いられる標準的な「序論、方法、結果、考察」の構成に沿って論文を作成します。内容は以下のとおりです。

• 序論：研究の背景を示し、研究上のギャップを特定し、目的を述べます
• 方法：研究デザイン、対象集団、手順、分析方法を詳しく記述します
• 結果：解釈を加えず、知見を客観的に提示します
• 考察：結果を解釈し、限界を認め、今後の研究の方向性を提案します

IMRAD構成の詳しいガイダンスについては、references/imrad_structure.md を参照してください。

その他の構成：分野固有の以下の形式にも対応します。

• レビュー論文（ナラティブ、システマティック、スコーピング）
• 症例報告および症例集積
• メタ分析および統合解析
• 理論・モデリング論文
• 方法論に関する論文およびプロトコル

2. セクション別の執筆ガイドライン

抄録の構成：論文の目的、方法、結果、結論をまとめた、簡潔で独立して読める要約（100～250語）を作成します。ラベル付きのセクションで構成する形式と、1段落で構成する形式の両方に対応します。

序論の作成：説得力のある序論を構成するために、次の点を満たします。

• 研究課題の重要性を示す
• 関連文献を体系的に概観する
• 知識のギャップや議論のある点を明らかにする
• 明確な研究課題または仮説を述べる
• 研究の新規性と意義を説明する

方法の記述：次の点を盛り込み、再現性を確保します。

• 参加者／サンプルの詳細な説明
• 手順の明確な記録
• 妥当性を示した統計手法
• 機器および材料の仕様
• 倫理審査の承認と同意に関する記述

結果の提示：次の点に留意して結果を示します。

• 主要評価項目から副次評価項目へと論理的に展開する
• 図表を適切に組み合わせる
• 効果量とともに統計的有意性を示す
• 解釈を交えず、客観的に報告する

考察の構成：次の点を通じて結果を統合します。

• 結果を研究課題と関連付ける
• 既存文献と比較する
• 限界を率直に認める
• メカニズムに関する説明を提案する
• 実践的な示唆と今後の研究を提案する

3. 引用と参考文献の管理

分野に応じて引用スタイルを正しく適用します。包括的なスタイルガイドについては、references/citation_styles.mdを参照してください。

主な引用スタイル：

• AMA（American Medical Association）：上付きの番号付き引用。医学分野で一般的です
• Vancouver：角括弧内の番号付き引用。生物医学分野の標準です
• APA（American Psychological Association）：本文中で著者名と出版年を示す引用。社会科学で一般的です
• Chicago：注・参考文献方式または著者・出版年方式。人文科学および科学分野で用いられます
• IEEE：角括弧内の番号付き引用。工学およびコンピューターサイエンスで用いられます

ベストプラクティス：

• 可能な場合は一次資料を引用する
• 最新の文献を含める（活動の盛んな分野では過去5～10年の文献）
• 序論と考察に引用をバランスよく配分する
• すべての引用を原典と照合する
• 参考文献管理ソフトウェア（Zotero、Mendeley、EndNote）を使用する

4. 図表

理解を深める効果的なデータ可視化を作成します。詳しいベストプラクティスについては、references/figures_tables.mdを参照してください。

表と図の使い分け：

• 表：正確な数値データ、複雑なデータセット、正確な値が必要な複数の変数
• 図：視覚的に把握しやすい傾向、パターン、関係性、比較

設計原則：

• 完全なキャプションを付け、各表／図だけで内容が分かるようにする
• すべての図表で書式と用語を統一する
• すべての軸、列、行に単位を付けて示す
• サンプルサイズ（n）と統計的注記を含める
• 「1,000語につき表または図を1つ」のガイドラインに従う
• 本文、表、図の間で情報が重複しないようにする

一般的な図の種類：

• 棒グラフ：離散カテゴリの比較
• 折れ線グラフ：時間の経過に伴う傾向の表示
• 散布図：相関関係の表示
• 箱ひげ図：分布と外れ値の表示
• ヒートマップ：行列とパターンの可視化

5. 研究タイプ別の報告ガイドライン

確立された報告基準に従い、完全性と透明性を確保してください。ガイドラインの詳細については、references/reporting_guidelines.md を参照してください。

主なガイドライン（2026-09 時点の最新版。拡張版については equator-network.org を確認してください）：

• CONSORT 2025：ランダム化比較試験（30 項目、新たにオープンサイエンスのセクションを追加）
• STROBE：観察研究（コホート、症例対照、横断研究）
• PRISMA 2020：システマティックレビューおよびメタアナリシス
• STARD 2015：診断精度研究
• TRIPOD+AI (2024)：回帰分析または機械学習を用いる予測モデル研究（TRIPOD 2015 に取って代わるもの）
• ARRIVE 2.0：動物研究
• CARE：症例報告
• SQUIRE 2.0：質改善研究
• SPIRIT 2025：臨床試験の研究プロトコル（34 項目）
• CHEERS 2022：経済評価

各ガイドラインには、重要な方法論的要素をすべて報告するためのチェックリストが含まれています。

6. 執筆の原則とスタイル

科学的執筆の基本原則を適用してください。詳細については、references/writing_principles.md を参照してください。

明確さ：

• 正確で曖昧さのない表現を使用する
• 専門用語や略語は、初出時に定義する
• 段落内および段落間の論理的な流れを保つ
• 明確さを保つため、適切な場合は能動態を使用する

簡潔さ：

• 冗長な単語や表現を取り除く
• 短めの文を心がける（平均 15～20 語）
• 不要な限定表現を削除する
• 語数制限を厳守する

正確さ：

• 適切な精度で正確な値を報告する
• 全体を通して一貫した用語を使用する
• 観察結果と解釈を区別する
• 不確実性を適切に認める

客観性：

• 偏りなく結果を提示する
• 知見やその示唆を誇張しない
• 相反するエビデンスがある場合はそれを認める
• 専門的で中立的な語調を保つ

7. 執筆プロセス：アウトラインから完全な段落へ

すべてのセクションを、同じ 2 段階のプロセスで完全な段落として執筆してください。

1. アウトライン（計画のみ） — research-lookup を使って文献を収集し、主な論点、引用する重要な研究、含めるデータを箇条書きで書き留めます。これらは下書きの骨組みであり、原稿そのものではありません。
2. 文章化 — 各箇条書きを、自然なつなぎの表現と本文中に組み込んだ引用を含む完全な文に展開し、文構造に変化をつけながら論理的な流れを確保します。

リストを使用できるのは、方法（選択基準／除外基準、材料）および補足資料に限られます。抄録、序論、結果、考察、結論では使用しないでください。抄録は流れるような段落として記述し、ジャーナルが構造化形式を明示的に求めている場合を除き、見出し付きのセクションにはしません。

作業例（アウトライン → 文章化）の全体、アウトラインと最終稿の比較表、避けるべき間違いの完全なリスト、research-lookup の統合については、references/outline_to_prose.md を参照してください。

8. 専門的なレポートの書式設定（ジャーナル論文以外の文書）

研究レポート、技術レポート、ホワイトペーパー、助成金／進捗レポート、その他の専門文書で、ジャーナル論文ではないものには、scientific_report.sty LaTeX スタイルパッケージを使用してください（Helvetica 書体、色付きボックス環境、専門的な表、p 値／効果量／CI の科学表記コマンドを備えています）。ジャーナル論文および学会論文には、代わりに alterlab-venue-templates を使用し、学位論文には所属機関のテンプレートを使用してください。

ボックス環境、表の書式設定、表記コマンド、導入用プリアンブル、XeLaTeX／LuaLaTeX によるコンパイルについては、references/professional_report_quickref.md に記載されています。完全版ガイドは references/professional_report_formatting.md に、パッケージ本体とテンプレートは assets/ にあります。

9. ジャーナル固有の書式

原稿をジャーナルの要件に合わせます。

• 構成、長さ、形式に関する投稿規定に従います
• ジャーナル固有の引用スタイルを適用します
• 図表の仕様（解像度、ファイル形式、寸法）を満たします
• 必須の声明（研究資金、利益相反、データの利用可能性、倫理審査の承認、原稿の作成における生成 AI の支援についての開示）を記載します。ICMJE とほとんどの出版社はこれを求めており、AI ツールを著者として記載することはできません
• 各セクションの語数制限を守ります
• テンプレートが提供されている場合は、その要件に従って書式を整えます

10. 分野固有の言葉遣いと用語

特定の科学分野に合わせて、言葉遣い、用語、慣習を調整します。各分野には、専門性を示し、対象読者に明確に伝えるための確立された語彙、好まれる表現、分野固有の慣習があります。対象ジャーナルに掲載された最近の影響力の大きい論文を確認し、分野固有の略語、単位、表記法、好まれる用語（例：「participants」と「subjects」）に注目して、慣習を把握します。

一般原則はどの分野にも当てはまります。読者の専門性に合わせて用語を選びます（Nature／Science のような幅広い読者を対象とするジャーナルでは、より多くの用語を定義します）。略語は初出時に定義します。用語と命名法を一貫して使用します。分野の混同による誤り（マウスを「患者」と呼ぶなど）を避けます。また、分野のスタイルガイド、オントロジー（Gene Ontology、MeSH）、最近の論文に照らして用法を確認します。

分野ごとの慣習（生物医学／臨床、分子生物学と遺伝学、化学、生態学、物理学／工学、神経科学、社会科学と行動科学）および一般原則の全項目については、references/field_terminology.md を参照してください。

11. 避けるべきよくある落とし穴

主な却下理由：

1. 統計解析が不適切、不完全、または説明不足
2. 結果を過度に解釈している、または結論に根拠がない
3. 再現性に影響する方法の説明不足
4. サンプル数が少ない、偏りがある、または不適切
5. 文章の質が低い、または内容を追いにくい
6. 文献レビューや背景説明が不十分
7. 図表が不明瞭、または設計が不適切
8. 報告ガイドラインに従っていない

文章の質に関する問題：

• 時制の不適切な混在（方法と結果には過去形、確立された事実には現在形を使います）
• 専門用語の多用や、略語の定義不足
• 論理の流れを妨げる段落分け
• セクション間のつなぎが不足
• 表記法や用語に一貫性がない

原稿作成のワークフロー

ステージ 1：計画

1. 対象とするジャーナルを特定し、著者向けガイドラインを確認します
2. 該当する報告ガイドライン（CONSORT、STROBE など）を確認します
3. 原稿の構成（通常は IMRAD）を概説します
4. 論文の骨子となる図表を計画します

ステージ 2：執筆（各セクションで 2 段階の執筆プロセスを使用します）

1. 図表から始めます（データのストーリーの核となる部分です）
2. 以下の各セクションで、2 段階のプロセスに従います：
   • 第 1 段階：research-lookup を使い、箇条書きでアウトラインを作成します
   • 第 2 段階：箇条書きを、流れのある文章で段落にまとめます
3. 方法を執筆します（多くの場合、最初に書くのが最も簡単です）
4. 結果を下書きします（図表を客観的に説明します）
5. 考察をまとめます（知見を解釈します）
6. 序論を執筆します（研究課題を提示します）
7. 要旨を作成します（研究全体のストーリーを要約します）
8. タイトルを作成します（簡潔で内容が伝わるものにします）

箇条書きは計画のための足場にすぎません。下書きが手元を離れる前に、必ず段落にまとめてください。

ステージ 3：改訂

1. 全体を通して論理の流れと「一貫した筋道」を確認します
2. 用語と表記の一貫性を確認します
3. 図表だけで内容が理解できることを確認します
4. 報告ガイドラインに準拠していることを確認します
5. すべての引用が正確で、適切な書式になっていることを確認します
6. 各セクションの語数を確認します
7. 文法、スペル、明瞭さを校正します

ステージ 4：最終準備

1. ジャーナルの要件に従って書式を整えます
2. 補足資料を準備します
3. 研究の重要性を強調したカバーレターを作成します
4. 投稿チェックリストを完成させます
5. 必要な声明と書類をすべて用意します

他の科学系スキルとの連携

科学的な文章作成の一般的な技術（IMRAD、明瞭さ、文章表現、本文中の引用スタイル）には、このスキルを使用してください。作業内容に応じて、関連する別のスキルに引き継ぎます：

• alterlab-research-lookup — ステージ 1 のアウトラインを充実させ、主張の根拠を得るための文献検索。
• alterlab-venue-templates — 特定の投稿先の LaTeX テンプレート、ページ数・書式規則、ジャーナル固有の文体（Nature/Science、Cell Press、医学系ジャーナル、ML/CS カンファレンス）。まずこのスキルの原則を適用し、その後、投稿先に合わせて調整します。
• alterlab-citation-mgmt — BibTeX 参考文献リストの作成・検証と、参考文献メタデータの取得（このスキルでは本文中の引用スタイルを扱いますが、参考文献ライブラリは作成しません）。
• alterlab-scientific-schematics / alterlab-generate-image — 図によって明瞭さが向上する場合の、ダイアグラム、模式図、画像の作成。

書式の使い分け：ジャーナル原稿とカンファレンス論文には alterlab-venue-templates を使用します。研究報告書、白書、技術報告書、助成金・進捗報告書には scientific_report.sty（このスキル、§8）を使用します。学位論文には各機関のテンプレートを使用します。

参考資料

このスキルには、科学的な文章作成の各分野を扱った包括的な参考ファイルが含まれています：

• references/imrad_structure.md：IMRAD 形式と各セクションに記載する内容の詳細ガイド
• references/citation_styles.md：引用スタイルの完全ガイド（APA、AMA、Vancouver、Chicago、IEEE）
• references/figures_tables.md：効果的なデータ可視化を作成するためのベストプラクティス
• references/reporting_guidelines.md：研究ごとの報告基準とチェックリスト
• references/writing_principles.md：効果的な科学コミュニケーションの基本原則
• references/outline_to_prose.md：アウトラインから段落にまとめる 2 段階のプロセス。詳しい作業例と避けるべき間違いも掲載
• references/field_terminology.md：分野ごとの言葉遣いの規則と一般的な用語の原則
• references/professional_report_quickref.md：scientific_report.sty のボックス環境、表の書式、表記コマンド、開始用プリアンブル
• references/professional_report_formatting.md：scientific_report.sty を使ったプロフェッショナルな報告書のスタイル設定に関する包括的なガイド

アセット

このスキルには、プロフェッショナルなレポートの書式設定に使う LaTeX スタイルパッケージとテンプレートが含まれています。

• assets/scientific_report.sty：Helvetica フォント、色付きボックス、見やすい表を備えたプロフェッショナルな LaTeX スタイルパッケージ
• assets/scientific_report_template.tex：スタイルのすべての機能を示す、完全なレポートテンプレート
• assets/REPORT_FORMATTING_GUIDE.md：スタイルパッケージのクイックリファレンスガイド

scientific_report.styの主な機能：

• モダンでプロフェッショナルな外観を実現するHelveticaフォントファミリー
• プロフェッショナルな配色（ブルー、グリーン、オレンジ、パープル）
• ボックス環境：keyfindings、methodology、resultsbox、recommendations、limitations、criticalnotice、definition、executivesummary、hypothesis
• 行ごとに色を交互に変え、プロフェッショナルなヘッダーを備えた表
• p値、効果量、信頼区間のための科学的記数法コマンド
• プロフェッショナルなヘッダーとフッター

科学論文の執筆で特定の要素に取り組む際は、必要に応じてこれらのリファレンスを読み込んでください。

AlterLab Academic Skills スイートの一部です。