cancer-research-figure-guide

Cancer Research（AACR）向け図の作成ガイド

概要

このガイドでは、Cancer Research および AACR（米国癌学会）のその他のジャーナルへの投稿に用いる図の作成仕様をすべて説明します。Cancer Research では、独自の階層型パネルラベルシステム（Ai、Aii、Bi、Bii）と、表示項目の総数に関する厳格な上限が定められています。

公式リファレンス: https://aacrjournals.org/pages/article-style-and-format

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解像度の要件

画像の種類	最低解像度
線画	1,200 DPI
ハーフトーン／カラー画像	300 DPI
複合図版	600-900 DPI

from PIL import Image

def check_cancer_res_resolution(image_path, image_type='halftone'):
    """Check if image meets Cancer Research resolution requirements.

    Args:
        image_type: 'lineart' (1200), 'halftone' (300), or 'combination' (600)
    """
    min_dpi = {'lineart': 1200, 'halftone': 300, 'combination': 600}
    required = min_dpi.get(image_type, 300)

    img = Image.open(image_path)
    dpi = img.info.get('dpi', (72, 72))

    print(f"Type: {image_type} | Required: {required} DPI | Actual: {dpi[0]} DPI")
    passed = dpi[0] >= required
    print("PASS" if passed else f"FAIL: Need {required} DPI minimum")

    return passed

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ファイル形式

形式	受け付け可
EPS	はい
TIFF	はい
AI（Adobe Illustrator）	はい
PSD（Photoshop）	はい
PNG	はい
PS（PostScript）	はい

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図のサイズと寸法

表示項目の上限

論文の種類	表示項目の最大数
研究論文	図と表を合わせて 7 点
レター	表示項目の合計 2 点

• 各図は印刷ページ1ページに収める必要があります
• 図は凡例の隣に、順番どおりに配置してください

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カラーモード

• 公開されているガイドラインでは、CMYK／RGBに関する厳格な指定はありません
• オンライン表示にはRGBを推奨します
• 色覚への配慮に関する一般的なベストプラクティスに従ってください

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フォントの要件

要素	フォント	サイズ
原稿本文	Arial、Helvetica、または Times New Roman	12 pt
図中のテキスト	同じフォント	8-12 pt

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ラベルの規則

階層型パネルラベルシステム（AACR独自）

Cancer Research では、独自の3段階の階層型ラベルシステムを採用しています。

1. レベル1：大文字 — A、B、C、D
2. レベル2：ローマ数字 — i、ii、iii、iv
3. レベル3：小文字 — a、b、c、d

推奨形式：Ai, Aii, Bi, Bii（Aa, Ab, Ba, Bbではありません）

ラベルの規則

• パネルラベルを囲む枠線は付けません
• パネルラベルの後にピリオドは付けません
• 複数のパネルにはそれぞれラベルを付け、凡例で説明してください

凡例の要件

• 図の凡例には、技術的反復および生物学的反復の数を記載する必要があります
• これは Cancer Research の必須要件です

def generate_cancer_res_labels(n_main_panels, sub_panels_per_main=None):
    """Generate Cancer Research hierarchical panel labels.

    Args:
        n_main_panels: Number of main panels (A, B, C, ...)
        sub_panels_per_main: List of sub-panel counts per main panel,
                             or None for no sub-panels

    Returns:
        List of label strings

    Example:
        generate_cancer_res_labels(3, [2, 3, 1])
        # Returns: ['Ai', 'Aii', 'Bi', 'Bii', 'Biii', 'C']
    """
    import string

    labels = []
    roman = ['i', 'ii', 'iii', 'iv', 'v', 'vi', 'vii', 'viii']

    for i in range(n_main_panels):
        main_label = string.ascii_uppercase[i]

        if sub_panels_per_main and sub_panels_per_main[i] > 1:
            for j in range(sub_panels_per_main[i]):
                labels.append(f"{main_label}{roman[j]}")
        else:
            labels.append(main_label)

    return labels

使用例

# 3 main panels: A has 2 sub-panels, B has 3, C has 1
labels = generate_cancer_res_labels(3, [2, 3, 1])
print(labels)
# Output: ['Ai', 'Aii', 'Bi', 'Bii', 'Biii', 'C']

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画像の完全性と加工に関するポリシー

Cancer Research は、画像の完全性に関する AACR の一般的な編集ポリシーに従っています。

• すべての画像調整は、画像全体に均一に適用してください
• 特定の特徴だけを選択的に強調してはいけません
• 未処理の元データは、要求に応じて提出できるようにしてください
• 加工の詳細は「方法」に記載してください

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Python クイックスタート：完全な検証

from PIL import Image
import os

def validate_cancer_res_figure(image_path, image_type='halftone'):
    """Full validation of a figure against Cancer Research requirements."""
    img = Image.open(image_path)
    issues = []

    # 1. Resolution check
    min_dpi = {'lineart': 1200, 'halftone': 300, 'combination': 600}
    required = min_dpi.get(image_type, 300)
    dpi = img.info.get('dpi', (72, 72))
    if dpi[0] < required:
        issues.append(f"Resolution {dpi[0]} DPI below {required} DPI for {image_type}")

    # 2. Color mode check
    if img.mode not in ('RGB', 'RGBA'):
        issues.append(f"Color mode is {img.mode}; RGB recommended")

    # 3. Format check
    fmt = img.format
    accepted = ['TIFF', 'EPS', 'PNG', 'JPEG', 'PDF']
    if fmt and fmt.upper() not in accepted:
        issues.append(f"Format '{fmt}' not in standard list")

    # Report
    print(f"=== Cancer Research Figure Validation ===")
    print(f"Dimensions: {img.size[0]} x {img.size[1]} px")
    print(f"DPI: {dpi[0]} x {dpi[1]}")
    print(f"Color mode: {img.mode}")
    print(f"Format: {fmt}")

    if issues:
        print(f"\nISSUES FOUND ({len(issues)}):")
        for issue in issues:
            print(f"  - {issue}")
    else:
        print("\nAll checks PASSED")

    print("\nREMINDER: Cancer Research limits Research Articles to 7 figures+tables total")
    print("REMINDER: Legends must include number of technical AND biological replicates")

    return len(issues) == 0

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主な概念

階層型パネルラベル

Cancer Research では、独自の3段階のラベルシステムを採用しています。レベル1には大文字（A、B、C）、レベル2にはローマ数字（i、ii、iii）、レベル3には小文字（a、b、c）を使用します。推奨形式は Ai、Aii、Bi、Bii であり、Aa、Ab、Ba、Bb ではありません。パネルラベルを枠線やピリオドで囲んではいけません。

表示項目の上限

Cancer Research では、表示項目（図と表の合計数）が厳しく制限されています。研究論文では表示項目は最大7点、レターでは最大2点です。この上限内で情報密度を最大化できるよう、図の構成を計画することが重要です。

凡例における反復数の記載

Cancer Research 独自の要件として、図の凡例には、図示した各実験の技術的反復と生物学的反復の両方の数を記載する必要があります。この透明性基準は再現性を支え、編集審査時に確認されます。

判断の枠組み

What type of image are you preparing?
├── Line art (diagram, schematic) → 1,200 DPI
├── Halftone (photo, micrograph) → 300 DPI
├── Combination (mixed text + image) → 600-900 DPI
└── Multi-panel figure
    ├── Simple panels (A, B, C) → Standard uppercase labels
    └── Sub-panels needed → Hierarchical: Ai, Aii, Bi, Bii

シナリオ	形式	解像度	ラベル付け
定量を伴うウエスタンブロット	TIFF + EPS	300 DPI（ブロット）+ 1,200 DPI（グラフ）	Ai（ブロット）、Aii（定量）
腫瘍増殖曲線	EPS または AI	ベクターまたは 1,200 DPI	A、B、C（シンプルなパネル）
免疫組織化学パネル	TIFF	300 DPI	Ai、Aii、Bi、Bii（条件 × 倍率）
フローサイトメトリーのドットプロット	TIFF または PDF	300 DPI	条件ごとに階層化
Kaplan-Meier 生存曲線	EPS または PDF	ベクター	シンプルな A、B のラベル

ベストプラクティス

1. 表示項目は早い段階で計画します：Research Article の表示項目の上限は 7 項目です。原稿の執筆前に、どの結果を図、表、補足資料にするか計画してください
2. 複雑なパネルには階層ラベルを使用します：メインパネルにサブコンポーネント（例：画像 + 定量）がある場合は、図の文字を個別に割り当てず、Ai/Aii 方式を使用します
3. すべての凡例に反復数を記載します：各パネルについて、技術反復数と生物学的反復数の両方を記載してください。これは任意ではなく、必須要件です
4. ラベルに枠やピリオドを付けないでください：Cancer Research では、パネルラベルの周囲に装飾要素を付けることを明確に禁止しています。枠のないシンプルな大文字を使用してください
5. 図が 1 ページに収まるようにサイズを調整します：各図は印刷時に 1 ページに収める必要があります。内容が収まらない場合は、2 つの図に分割するか、データを補足資料に移すことを検討してください
6. 図を順番どおりに掲載します：図は本文中で引用される順に、対応する凡例の隣に配置してください

よくある落とし穴

1. 表示項目の上限を超える：Research Article で図 + 表を 7 項目より多く投稿すると、直ちに修正を求められます
   • 回避方法：投稿前にすべての表示項目を数え、関連するパネルを階層ラベルでまとめます
2. 階層ラベルの形式を誤る：Ai/Aii の代わりに Aa/Ab と記載するのは、よくある間違いです
   • 回避方法：レベル 2 には小文字ではなく、ローマ数字（i、ii、iii）を使用します
3. 凡例から反復情報が抜ける：反復数が記載されていないと査読が遅れ、修正が必要になる場合があります
   • 回避方法：すべての凡例に次のテンプレート文を追加します：「データは、生物学的反復数 N=X、各反復の技術反復数 Y を示しています」
4. パネルラベルに枠やピリオドを付ける：ラベルの周囲に装飾要素を付けると、Cancer Research の書式規則に違反します
   • 回避方法：周囲に装飾を付けず、プレーンな大文字を使用します
5. 線画に 300 DPI を使用する：線画には最高区分の 1,200 DPI が必要です。300 DPI のグラフは印刷時にギザギザに見えます
   • 回避方法：ベクター画像を EPS/AI として書き出すか、最低 1,200 DPI でラスタライズします

投稿前チェックリスト

Cancer Research に図を投稿する前に、以下を確認してください。

• 線画が 1,200 DPI 以上である
• ハーフトーン／カラー画像が 300 DPI 以上である
• 複合画像が 600～900 DPI である
• ファイル形式が EPS、TIFF、AI、PSD、PNG のいずれかである
• Research Article：図 + 表の合計が最大 7 項目である
• Letters：表示項目が最大 2 項目である
• 各図が印刷時に 1 ページに収まる
• パネルラベルが階層形式（Ai、Aii、Bi、Bii）である
• パネルラベルの周囲に枠がない
• パネルラベルの後にピリオドがない
• フォントが Arial、Helvetica、Times New Roman のいずれかである
• 凡例に技術反復数と生物学的反復数が記載されている
• 画像の調整がすべての画像に均一に適用されている
• 要求に応じて元データを提供できる

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参考資料

• AACR の記事スタイルと書式：https://aacrjournals.org/pages/article-style-and-format
• AACR の編集方針：https://aacrjournals.org/pages/editorial-policies
• Cancer Research の著者向けガイドライン：https://aacrjournals.org/cancerresearch/pages/prep