cell-figure-guide

Cell 図の作成ガイド

概要

このガイドでは、Cell およびその他の Cell Press 誌（例：Cell Stem Cell、Cell Reports、Molecular Cell）への投稿用図を作成するための仕様を詳しく説明します。Cell Press には厳格な図の要件と、厳密な画像の完全性に関する方針があります。

公式リファレンス：https://www.cell.com/information-for-authors/figure-guidelines

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解像度の要件

画像の種類	最低解像度	備考
カラー／グレースケール写真	300 DPI	希望する印刷サイズで
白黒画像	500 DPI	希望する印刷サイズで
線画（グラフ、図）	1,000 DPI	希望する印刷サイズで

重要：解像度はすべて、ページ全体のサイズではなく、希望する印刷サイズでの値です。

解像度の確認

from PIL import Image

def check_cell_resolution(image_path, image_type='color'):
    """Check if image meets Cell journal resolution requirements.

    Args:
        image_path: Path to the image file
        image_type: 'color' (300 DPI), 'bw' (500 DPI), or 'lineart' (1000 DPI)
    """
    min_dpi = {'color': 300, 'bw': 500, 'lineart': 1000}
    required = min_dpi.get(image_type, 300)

    img = Image.open(image_path)
    dpi = img.info.get('dpi', (72, 72))

    print(f"Image type: {image_type}")
    print(f"Required DPI: {required}")
    print(f"Actual DPI: {dpi[0]} x {dpi[1]}")

    if dpi[0] >= required:
        print("PASS: Resolution meets Cell requirements")
    else:
        print(f"FAIL: Need at least {required} DPI, got {dpi[0]}")

    return dpi[0] >= required

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ファイル形式

推奨形式

形式	最適な用途	備考
TIFF	ビットマップ、グレースケール、カラー画像	ファイルサイズを抑えるには LZW 圧縮を使用してください
PDF	あらゆる種類の図	あらゆる環境で受け入れられます
EPS	ベクター画像（グラフ、図）	拡大・縮小可能な状態を保持します

受け入れ可能な形式

• JPEG、CDX ファイル

ファイルサイズ

• 個別ファイル：最大 20 MB

投稿時の注意

• 初回投稿：図は原稿に埋め込むか、個別にアップロードできます
• 最終制作：高解像度の個別ファイルが必要です

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図のサイズと寸法

2 カラム形式のジャーナル（Cell、Molecular Cell など）

レイアウト	幅
1 カラム	85 mm (3.35 in)
1.5 カラム	114 mm (4.49 in)
全幅	174 mm (6.85 in)

3 カラム形式のジャーナル

レイアウト	幅
1 カラム	55 mm (2.17 in)
2 カラム	114 mm (4.49 in)
全幅	174 mm (6.85 in)

その他の Cell Press 誌（Chem、Joule、Matter など）

レイアウト	幅
1 カラム	112 mm (4.41 in)
全幅	172 mm (6.77 in)

すべての図は、8.5" x 11" の 1 ページに収める必要があります。

Python：Cell 用図の寸法設定

import matplotlib.pyplot as plt

# Cell Press figure widths in inches
CELL_WIDTHS = {
    '2col_single':   85 / 25.4,   # 3.35 in
    '2col_1.5':      114 / 25.4,  # 4.49 in
    '2col_full':     174 / 25.4,  # 6.85 in
    '3col_single':   55 / 25.4,   # 2.17 in
    '3col_double':   114 / 25.4,  # 4.49 in
    '3col_full':     174 / 25.4,  # 6.85 in
}

def create_cell_figure(layout='2col_single', aspect_ratio=0.75):
    """Create a Matplotlib figure sized for Cell Press journals."""
    width = CELL_WIDTHS[layout]
    height = width * aspect_ratio

    fig, ax = plt.subplots(figsize=(width, height))
    fig.set_dpi(300)

    return fig, ax

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カラーモード

• RGB カラースペースで投稿してください
• ジャーナル側で印刷用に CMYK に変換されます
• RGB はオンライン表示でより鮮やかな色を保ちます

from PIL import Image

def convert_to_rgb_for_cell(image_path, output_path):
    """Convert image to RGB for Cell Press submission."""
    img = Image.open(image_path)
    if img.mode == 'CMYK':
        img = img.convert('RGB')
        print("Converted from CMYK to RGB")
    elif img.mode != 'RGB':
        img = img.convert('RGB')
        print(f"Converted from {img.mode} to RGB")
    img.save(output_path)
    return output_path

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フォントの要件

要素	フォント	サイズ
基本フォント	Avenir（推奨）、Arial、Helvetica	—
図中のテキスト	—	印刷サイズで約 7 pt
パネルラベル	—	太字、大文字

重要なルール

• Adobe Illustrator ファイルでは、すべてのフォントを埋め込む必要があります
• 第一候補として Avenir を使用し、代替フォントとして Arial または Helvetica を使用してください
• すべての図パネルでフォントを統一してください

import matplotlib.pyplot as plt

def set_cell_fonts():
    """Configure Matplotlib for Cell Press figure fonts."""
    plt.rcParams.update({
        'font.family': 'sans-serif',
        'font.sans-serif': ['Avenir', 'Arial', 'Helvetica'],
        'font.size': 7,
        'axes.labelsize': 7,
        'axes.titlesize': 7,
        'xtick.labelsize': 6,
        'ytick.labelsize': 6,
        'legend.fontsize': 6,
    })

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ラベルの表記規則

パネルラベル

• 大文字：A、B、C、D、…
• 太字
• 配置：各パネルの左上隅

タイトル

• 図の中にタイトルを配置しないでください — 図のキャプションに記載してください
• 図の理解に不可欠でないラベルは削除し、キャプションで説明してください

import matplotlib.pyplot as plt
import string

def add_cell_panel_labels(fig, axes):
    """Add Cell-style uppercase bold panel labels."""
    if not hasattr(axes, '__iter__'):
        axes = [axes]

    for i, ax in enumerate(axes):
        label = string.ascii_uppercase[i]
        ax.text(-0.1, 1.1, label,
                transform=ax.transAxes,
                fontsize=8,
                fontweight='bold',
                va='top',
                ha='right',
                fontfamily='Arial')

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画像の完全性と改変に関する方針

厳禁事項

• 科学画像に対する Photoshop のコピースタンプ／修復ブラシツールの使用
• 画像の一部に対する選択的な補正または改変
• 明確な表示なしに、異なる実験の画像をつなぎ合わせること
• データを隠したり改変したりするためのゲル／ブロット画像の修正

許可事項（全面的な開示が必要）

• 画像全体に均一に適用する明るさ、コントラスト、色の調整
• 顕微鏡画像の最小限の画像処理（方法を Methods に記載する必要があります）

必須事項

• 単一カラーチャンネルの変更は、凡例と Methods の両方で説明する必要があります
• ゲル画像：削除したレーンには明確な印を付け、変更内容を凡例に記載する必要があります
• 未処理の元データは、編集者または査読者の要請に応じて提供できる状態にしておく必要があります
• すべての処理手順を透明性をもって記載する必要があります

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Python クイックスタート：完全な検証

from PIL import Image
import os

def validate_cell_figure(image_path, image_type='color', layout='2col_single'):
    """Full validation of a figure against Cell Press requirements."""
    img = Image.open(image_path)
    issues = []

    # 1. Resolution check
    min_dpi = {'color': 300, 'bw': 500, 'lineart': 1000}
    required_dpi = min_dpi.get(image_type, 300)
    dpi = img.info.get('dpi', (72, 72))
    if dpi[0] < required_dpi:
        issues.append(f"Resolution {dpi[0]} DPI below minimum {required_dpi} DPI for {image_type}")

    # 2. Color mode check
    if img.mode != 'RGB':
        issues.append(f"Color mode is {img.mode}; Cell requires RGB submission")

    # 3. File size check
    size_mb = os.path.getsize(image_path) / (1024 * 1024)
    if size_mb > 20:
        issues.append(f"File size {size_mb:.1f} MB exceeds 20 MB limit")

    # 4. Dimension check (width in mm)
    widths_mm = {
        '2col_single': 85, '2col_1.5': 114, '2col_full': 174,
        '3col_single': 55, '3col_double': 114, '3col_full': 174,
    }
    if layout in widths_mm and dpi[0] > 0:
        max_width_mm = widths_mm[layout]
        actual_width_mm = (img.size[0] / dpi[0]) * 25.4
        print(f"Width at current DPI: {actual_width_mm:.1f} mm (target: {max_width_mm} mm)")

    # Report
    print(f"=== Cell Figure Validation: {os.path.basename(image_path)} ===")
    print(f"Dimensions: {img.size[0]} x {img.size[1]} px")
    print(f"DPI: {dpi[0]} x {dpi[1]}")
    print(f"Color mode: {img.mode}")
    print(f"File size: {size_mb:.1f} MB")

    if issues:
        print(f"\nISSUES FOUND ({len(issues)}):")
        for issue in issues:
            print(f"  - {issue}")
    else:
        print("\nAll checks PASSED")

    return len(issues) == 0

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重要な概念

画像の種類ごとの解像度区分

Cell Pressでは、カラー／グレースケール写真には300 DPI、白黒画像には500 DPI、線画には1,000 DPIという3段階の解像度システムを採用しています。すべての測定値は任意の大きな寸法ではなく、印刷時の希望サイズにおけるものです。この段階的な方式により、画像の種類ごとに適切な品質で再現できます。

Cell Pressの段組みシステム

Cell Pressのジャーナルでは、ジャーナルに応じて異なる段組みレイアウトを使用しています。2段組みのジャーナル（Cell、Molecular Cell）では幅85／114／174 mmを使用します。3段組みのジャーナルでは幅55／114／174 mmを使用します。その他のジャーナル（Chem、Joule）では幅112／172 mmを使用します。図を適切な段幅に合わせることで、意図しない拡大縮小を防げます。

画像加工ポリシー

Cell Pressは、生物医学出版において最も厳格な画像の完全性ポリシーのひとつを適用しています。科学画像へのPhotoshopのクローン／修復ツールの使用は明示的に禁止されています。単一チャンネルの色調変更は、図の凡例とMethodsの両方で開示する必要があります。

判断の枠組み

What type of image are you preparing?
├── Color or grayscale photograph → 300 DPI minimum
│   ├── Micrograph → TIFF (LZW compression)
│   └── Clinical image → TIFF or PDF
├── Black-and-white image → 500 DPI minimum
│   └── High-contrast micrograph → TIFF
├── Line art (graph, diagram) → 1,000 DPI minimum
│   ├── Vector source → Export as PDF or EPS
│   └── Raster source → Export TIFF at 1,000 DPI
└── Which journal layout?
    ├── Cell, Molecular Cell → 2-column (85/114/174 mm)
    ├── Cell Reports → 3-column (55/114/174 mm)
    └── Chem, Joule, Matter → Single/full (112/172 mm)

シナリオ	形式	解像度	幅
蛍光顕微鏡写真	TIFF（LZW）	300 DPI	ジャーナル固有の段幅
ウェスタンブロット	TIFF	500 DPI	1段（85 mm）
棒グラフまたは散布図	PDFまたはEPS	1,000 DPI（ラスタライズする場合）	データ密度による
ゲル電気泳動	TIFF	500 DPI	複数レーンの場合は全幅
経路図	PDFまたはEPS	ベクター	全幅（174 mm）

ベストプラクティス

1. TIFFファイルにはLZW圧縮を使用する：CellではLZW圧縮を使用したTIFFが認められており、品質を損なわずにファイルサイズを大幅に削減できます。これにより、20 MBの上限内に収めやすくなります
2. 図からタイトルを削除する：Cell Pressでは、図のタイトルは図の中ではなくキャプションにのみ記載するよう求めています。投稿前に埋め込みタイトルをすべて削除してください
3. 主要フォントとしてAvenirを使用する：ArialとHelveticaも認められていますが、Cell Pressが推奨するフォントはAvenirです。Avenirを使用することで、ジャーナルの慣例に精通していることを示せます
4. AIファイルにすべてのフォントを埋め込む：Adobe Illustratorファイルには、フォントを完全に埋め込む必要があります。フォントがないと、制作時にレンダリングエラーが発生します
5. ゲル画像の加工内容をすべて開示する：削除したレーンは図中で明確に示し、凡例で説明する必要があります。開示されていない加工は、却下の理由となります
6. 画像の種類に合わせて解像度を選ぶ：線画に300 DPI（1,000が必要）を使用したり、写真に1,000 DPI（ファイルサイズの無駄）を使用したりしないでください。内容の種類に応じた解像度区分を選んでください
7. 未加工の元データを保管する：Cell Pressは査読中または論文公開後に、生データを求める場合があります。加工済みデータとともに、元データをすべて保管してください

よくある落とし穴

1. すべての画像タイプに300 DPIを適用する：線画には1,000 DPI、白黒画像には500 DPIが必要です。これらの画像タイプに300 DPIを使用すると、エッジがギザギザになります
   • 回避方法：解像度の3段階の表を確認し、書き出す前に画像タイプに合った解像度を選んでください
2. 科学画像にスタンプツールや修復ツールを使う：Cell Pressは、科学データに対するPhotoshopのスタンプツールおよび修復ツールの使用を明確に禁止しています
   • 回避方法：画像全体に均一な明るさ／コントラスト調整のみを適用し、すべての処理をMethodsに記載してください
3. 図の中にタイトルを配置する：Cell Pressでは、タイトルを図に埋め込まず、すべてキャプションに記載することが求められています
   • 回避方法：各図のパネルを確認し、キャプションに含めるべきテキストを削除してください
4. ファイルサイズが20 MBを超える：非圧縮のTIFFファイルは、上限を超えることがよくあります
   • 回避方法：TIFFファイルの保存時にLZW圧縮を適用し、アップロード前にファイルサイズを確認してください
5. ジャーナルに適した段組幅を使っていない：3段組のジャーナルで2段組の幅を使う（またはその逆）と、図が再スケーリングされます
   • 回避方法：対象とするCell Pressのジャーナルを確認し、正しい段組幅の表を使ってください
6. 単一チャンネルの色調整を開示していない：開示せずに個々のカラーチャンネルを変更すると、Cell Pressのポリシーに違反します
   • 回避方法：単一チャンネルに対する変更は、図の凡例とMethodsの両方に記載してください

投稿前のチェックリスト

図をCellに投稿する前に、以下を確認してください。

• カラー／グレースケール画像が300 DPI以上
• 白黒画像が500 DPI以上
• 線画が1,000 DPI以上
• ファイル形式がTIFF（LZW）、PDF、またはEPS
• 各ファイルが20 MB未満
• カラーモードがRGB
• フォントがAvenir、Arial、またはHelveticaで、サイズが約7 pt
• パネルラベルが大文字の太字（A、B、C）
• 図の中にタイトルがない（キャプションを使用）
• AIファイルにすべてのフォントが埋め込まれている
• 科学画像にスタンプツールや修復ツールを使用していない
• 明るさ／コントラストの調整が画像全体に適用されている
• ゲルのレーンの削除箇所が凡例に明記されている
• 処理の詳細がMethodsに記載されている
• 未処理の元データが保持されている

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参考資料

• Cell Pressの図に関するガイドライン：https://www.cell.com/information-for-authors/figure-guidelines
• Cell Pressのデジタル画像に関するガイドライン：https://www.cell.com/matter/figureguidelines
• Cell Pressの画像の完全性に関するポリシー：https://www.cell.com/cell/image-integrity