clinical-trial-protocol-skill

臨床試験プロトコルスキル

⚠️ 実行制御 - まずお読みください

重要：このオーケストレーターはシンプルスタート方式に従います：

1. まずウェルカムメッセージを表示します（以下の「起動：ウェルカムと確認」セクションに記載）
2. 続行する準備ができているかユーザーに確認します - 確認（はい／いいえ）を待ちます
3. Full Workflow Logic に直接進みます - サブスキルを順番に自動実行します
4. サブスキルのファイルを事前に読み込まないでください - サブスキルは、該当するステップの実行時にのみ必要に応じて読み込まれます

この方法が重要な理由：

• すべてのサブスキルを事前に読み込むと、コンテキストとメモリを浪費します
• サブスキルは、実行中に実際に必要になったときにのみ読み込んでください
• ワークフローは、既存のウェイポイントからの再開を自動的に処理します

概要

このスキルは、医療機器または医薬品の臨床試験プロトコルを、モジュール式のウェイポイントベースのアーキテクチャで生成します。

このスキルでできること

介入のアイデア（医療機器または医薬品）をもとに、このオーケストレーションされたワークフローでは2つのモードを利用できます：

🔬 調査のみモード（ステップ 0～1）： 0. 介入の初期化 - 医療機器または医薬品の情報を収集します

1. 類似プロトコルの調査 - 類似試験、FDA ガイダンス、公開済みプロトコルを探します
   • 成果物： 形式を整えた包括的な調査サマリー（.md ファイル）

📄 プロトコル全体モード（ステップ 0～5）： 0. 介入の初期化 - 医療機器または医薬品の情報を収集します

1. 類似プロトコルの調査 - 類似試験、FDA ガイダンス、公開済みプロトコルを探します
2. プロトコルの基盤 - プロトコルのセクション 1～6（基盤、デザイン、対象集団）を生成します
3. プロトコルの介入 - プロトコルのセクション 7～8（介入の詳細）を生成します
4. プロトコルの運用 - プロトコルのセクション 9～12（評価、統計、運用）を生成します
5. プロトコルの生成 - 関係者によるレビュー用の、完成度の高いファイルを作成します

アーキテクチャ

ウェイポイントベースの設計

すべての分析データは、waypoints/ ディレクトリに JSON／Markdown ファイルとして保存されます：

waypoints/
├── intervention_metadata.json           # Intervention info, status, initial context
├── 01_clinical_research_summary.json   # Similar trials, FDA guidance, recommendations
├── 02_protocol_foundation.md            # Protocol sections 1-6 (Step 2)
├── 03_protocol_intervention.md          # Protocol sections 7-8 (Step 3)
├── 04_protocol_operations.md            # Protocol sections 9-12 (Step 4)
├── 02_protocol_draft.md                 # Complete protocol (concatenated in Step 4)
├── 02_protocol_metadata.json            # Protocol metadata
└── 02_sample_size_calculation.json      # Statistical sample size calculation

豊富な初期コンテキストのサポート： 介入の初期化（ステップ 0）時に、ユーザーは相当量のドキュメント、技術仕様、または調査データを提供できます。これらは intervention_metadata.json の initial_context フィールドに保存されます。後続のステップでは、より多くの情報に基づいてプロトコルを作成するため、このコンテキストを参照します。

モジュール式のサブスキルステップ

各ステップは、references/ ディレクトリにある独立したスキルです：

references/
├── 00-initialize-intervention.md    # Collect device or drug information
├── 01-research-protocols.md         # Clinical trials research and FDA guidance
├── 02-protocol-foundation.md        # Protocol sections 1-6 (foundation, design, population)
├── 03-protocol-intervention.md      # Protocol sections 7-8 (intervention details)
├── 04-protocol-operations.md        # Protocol sections 9-12 (assessments, statistics, operations)
└── 05-generate-document.md          # NIH Protocol generation

ユーティリティスクリプト

scripts/
└── sample_size_calculator.py   # Statistical power analysis (validated)

前提条件

1. clinical trials MCP Server（必須）

インストール：

• .mcpb ファイルを Claude Desktop にドラッグ＆ドロップしてインストールします
• または、Claude Desktop の設定で手動構成します

利用可能なツール： search_clinical_trials - 次の条件で検索します：

condition - 疾患または状態（例：「pancreatic cancer」） intervention - 医薬品、医療機器、または治療法（例：「pembrolizumab」、「CAR-T」） sponsor - スポンサーまたは共同研究者の名前（例：「Pfizer」、「NIH」） location - 市、州、または国（例：「California」、「Boston」） status - 「recruiting」（デフォルト）、「active」、「completed」、「all」 phase - 試験のフェーズ：「1」、「2」、「3」、「4」、「early_phase1」 max_results - デフォルトは 25、最大 100

get_trial_details - nct_id（例：「NCT04267848」）を使って、特定の試験の詳細情報を取得します。適格性基準、評価項目、試験デザイン、連絡先情報が返されます。

検証： ステップ 1 の起動時に MCP 接続が自動的にテストされます。

2. FDA データベースへのアクセス（組み込み）

目的： データベースの URL を明示して FDA の規制経路を調査します

情報源：

• ステップ 1：FDA の医療機器／医薬品データベース（510(k)、PMA、De Novo、Drugs@FDA、Orange Book、Purple Book）
• すべての情報源で FDA データベースの URL に直接アクセスします。一般的な Web 検索は行いません

3. 臨床試験プロトコルのテンプレート

テンプレートファイル： assets/ ディレクトリ内の任意の .md ファイル

目的： プロトコルの構成と内容に関するガイダンスを示す参照テンプレートです。システムは利用可能なテンプレートを自動検出し、動的に使用します。

4. Python の依存関係（ステップ 2 に必須）

インストール：

pip install -r requirements.txt

依存関係：

• scipy >= 1.11.0（統計計算）
• numpy >= 1.24.0（数値演算）

目的： 臨床プロトコルの統計的なサンプルサイズを正確に計算します

使用方法

スキルを呼び出し、希望するモードを選択するだけです。

🔬 調査のみモード：

1. メインメニューから「調査のみ」を選択します
2. 介入情報を入力します
3. 書式設定された .md アーティファクトとして、包括的な調査概要を受け取ります
4. 完全なプロトコルの生成を続行するか、終了するかを選択できます

📄 完全なプロトコルモード：

1. メインメニューから「完全なプロトコル」を選択します
2. すべての手順（ステップ 0～5）を順番に進めます
3. ステップ 4 の後に一時停止し、プロトコルのドラフトを確認します
4. 準備ができたら、最終プロトコル文書を生成します

再開機能： 中断された場合は、スキルを再起動するだけで、最後に完了したステップから自動的に再開します。

実行フロー

起動：ようこそメッセージとモード選択

スキルが呼び出されたら、次のメッセージを表示します。

🧬 CLINICAL TRIAL PROTOCOL

Welcome! This skill generates clinical trial protocols for medical devices or drugs.

[If waypoints/intervention_metadata.json exists:]
✓ Found existing protocol in progress: [Intervention Name]
  Type: [Device/Drug]
  Completed: [List of completed steps]
  Next: [Next step to execute]

📋 SELECT MODE:

1. 🔬 Research Only - Run clinical research analysis (Steps 0-1)
   • Collect intervention information
   • Research similar clinical trials
   • Find FDA guidance and regulatory pathways
   • Generate comprehensive research summary as .md artifact

2. 📄 Full Protocol - Generate complete clinical trial protocol (Steps 0-5)
   • Everything in Research Only, plus:
   • Generate all protocol sections
   • Create professional protocol document

3. ❌ Exit

Please select an option (1, 2, or 3):

🛑 停止して、ユーザーが選択（1、2、または 3）するまで待ちます

• **1（調査のみ）**の場合：execution_mode = "research_only" を設定し、「調査のみワークフローのロジック」に進みます
• **2（完全なプロトコル）**の場合：execution_mode = "full_protocol" を設定し、「完全なワークフローのロジック」に進みます
• **3（終了）**の場合：「問題ありません！続けるときは、いつでもスキルを再起動してください。」と表示して、正常に終了します

---

調査のみワークフローのロジック

このワークフローではステップ 0 と 1 のみを実行し、書式設定された調査概要アーティファクトを生成します。

ステップ 1：既存のウェイポイントを確認する

• waypoints/intervention_metadata.json が存在する場合：メタデータを読み込み、ステップ 0 と 1 がすでに完了しているか確認します
• メタデータが存在しない場合：ステップ 0 から開始します

ステップ 2：調査ステップ（0 と 1）を実行する

各ステップ（0 と 1）について：

1. 完了状況を確認する： メタデータでステップがすでに完了している場合は、「✓ ステップ [X] はすでに完了しています」と表示してスキップします

2. ステップを実行する：

   • 「▶ ステップ [X] を実行しています...」と表示します
   • 対応するサブスキルファイルの指示を読み、それに従います
   • 完了を待ちます
   • 「✓ ステップ [X] が完了しました」と表示します
   • ステップの実行方法（オンデマンド読み込み）： ステップを実行する準備ができた時点（それより前ではなく）で、サブスキルの Markdown ファイルを読み込み、すべての指示を実行します
   • ステップとファイルの対応関係：
     • ステップ 0：references/00-initialize-intervention.md（介入情報を収集）
     • ステップ 1：references/01-research-protocols.md（臨床研究および FDA のガイダンス）

3. エラーに対処する： ステップが失敗した場合は、再試行するか終了するかをユーザーに尋ねます。再開できるよう、現在の状態を保存します。

ステップ 3：調査概要アーティファクトを生成する

ステップ 1 が正常に完了した後：

1. ウェイポイントファイルを読み込む：

   • waypoints/intervention_metadata.json（介入の詳細）
   • waypoints/01_clinical_research_summary.json（調査結果）

2. 書式設定された Markdown の概要を作成する： 次の構成で、包括的で書式の整った調査概要を Markdown アーティファクトとして生成します。

# Clinical Research Summary: [Intervention Name]

## Intervention Overview
- **Type:** [Device/Drug]
- **Indication:** [Target condition/disease]
- **Description:** [Brief intervention description]
- **Mechanism of Action:** [How it works]

## Similar Clinical Trials
[List top 5-10 similar trials with NCT ID, title, phase, status, key findings]

## FDA Regulatory Pathway
- **Recommended Pathway:** [510(k), PMA, De Novo, IND, NDA, BLA, etc.]
- **Regulatory Basis:** [Rationale for pathway selection]
- **Key Requirements:** [Major regulatory considerations]

## FDA Guidance Documents
[List relevant FDA guidance documents with links and key excerpts]

## Study Design Recommendations
- **Suggested Study Type:** [RCT, single-arm, etc.]
- **Phase Recommendation:** [Phase 1, 2, 3, etc.]
- **Primary Endpoint Suggestions:** [Based on similar trials]
- **Sample Size Considerations:** [Preliminary thoughts]

## Key Insights and Recommendations
[Synthesized recommendations for protocol development]

## Next Steps
[If user wants to proceed with full protocol development]

---
*Generated by Clinical Trial Protocol Skill*
*Date: [Current date]*

3. アーティファクトを保存する： 書式設定された概要を waypoints/research_summary.md に書き込みます

4. 完了メッセージを表示する：

✅ RESEARCH COMPLETE

Research Summary Generated: waypoints/research_summary.md

📊 Key Findings:
  • Similar Trials Found: [X trials]
  • Recommended Pathway: [Pathway name]
  • FDA Guidance Documents: [X documents identified]
  • Study Design: [Recommended design]

📄 The research summary has been saved as a formatted markdown artifact.

Would you like to:
1. Continue with full protocol generation (steps 2-5)
2. Exit and review research summary

オプション 1 のロジック（完全なプロトコルに進む）：

• execution_mode = "full_protocol" を設定します
• ステップ 0 と 1 は完了しているため、ステップ 2 から「完全なワークフローのロジック」に進みます

オプション 2 のロジック（終了）：

• 「✓ 調査概要を保存しました。プロトコルの生成を続けるときは、いつでもスキルを再起動してください。」と表示します
• オーケストレーターを正常に終了します

---

ワークフロー全体のロジック

ステップ 1：既存のウェイポイントを確認する

• waypoints/intervention_metadata.json が存在する場合：メタデータを読み込み、completed_steps 配列を確認して、次の未完了ステップから再開します
• メタデータが存在しない場合：ステップ 0 から開始します

ステップ 2：順番にステップを実行する

各ステップ（0、1、2、3、4、5）について：

1. 完了状況を確認する： メタデータですでに完了しているステップは、「✓ Step [X] already complete」と表示してスキップします

2. ステップを実行する： 「▶ Executing Step [X]...」と表示し、対応するサブスキルファイルを読み込んでその指示に従い、完了を待ってから「✓ Step [X] complete」と表示します

   • ステップの実行方法（オンデマンド読み込み）： ステップを実行する準備ができた時点（それより前ではありません）で、サブスキルの Markdown ファイルを読み込み、ファイル内のすべての指示を実行します
   • 重要： サブスキルファイルを事前に読み込まないでください。実行時にのみ読み込んでください。
   • ステップとファイルの対応：
     • ステップ 0：references/00-initialize-intervention.md（ステップ 0 の実行時に読み込む）
     • ステップ 1：references/01-research-protocols.md（ステップ 1 の実行時に読み込む）
     • ステップ 2：references/02-protocol-foundation.md（ステップ 2 の実行時に読み込む。セクション 1～6）
     • ステップ 3：references/03-protocol-intervention.md（ステップ 3 の実行時に読み込む。セクション 7～8）
     • ステップ 4：references/04-protocol-operations.md（ステップ 4 の実行時に読み込む。セクション 9～12）
     • ステップ 5：references/05-concatenate-protocol.md（ステップ 5 の実行時に読み込む。最終的な結合）

3. エラーに対処する： ステップが失敗した場合は、再試行するか終了するかをユーザーに尋ねます。再開できるように現在の状態を保存します。

4. 進行状況を表示する： 「Progress: [X/6] steps complete」と表示し、残り時間の推定値を示します

5. ステップ 4 の完了時に一時停止する： ステップ 4 の完了後、一時停止してプロトコル完了メニュー（下記参照）を表示します。続行する前に、ユーザーの選択を待ちます。

ステップ 2.5：プロトコル完了メニュー

ステップ 4 が正常に完了した後、以下のメニューを正確に表示します（独自の内容や別の選択肢を追加しないでください）。

✅ PROTOCOL COMPLETE: Protocol Draft Generated

Protocol Details:
  • Study Design: [Design from metadata]
  • Sample Size: [N subjects from metadata]
  • Primary Endpoint: [Endpoint from metadata]
  • Study Duration: [Duration from metadata]

Protocol file: waypoints/02_protocol_draft.md
File size: [Size in KB]

📋 WHAT WOULD YOU LIKE TO DO NEXT?

1. 📄 Review Protocol in Artifact - click on the .md file above

2. 📄 Concatenate Final Protocol (Step 5)

3. ⏸️  Exit and Review Later

オプション 1 のロジック（成果物を確認する）： 一時停止し、ユーザーがセクションファイルを開くのを待ってから、次の指示を待ちます

オプション 2 のロジック（プロトコルを結合する）：

1. references/05-concatenate-protocol.md を読み込み、その指示に従ってステップ 5 を実行します
2. ステップ 5 で、すべてのセクションファイルを結合して最終的なプロトコル文書を作成します
3. ステップ 5 の完了後、ステップ 3（最終サマリー）に進みます

オプション 3 のロジック（終了する）：

1. 「✓ Protocol sections saved. You can resume with Step 5 anytime to concatenate.」と表示します
2. オーケストレーターを正常に終了します

ステップ 3：最終サマリー

以下を含む完了メッセージを表示します。

• 介入名、種類（デバイス／薬剤）、適応症
• プロトコルの詳細（デザイン、サンプルサイズ、エンドポイント、期間）
• 完了したすべてのステップの一覧
• 最終成果物：完成したプロトコルの Markdown ファイルの場所（waypoints/protocol_complete.md）
• 参照用のウェイポイントファイル一覧
• 重要な免責事項（FDA Pre-Sub、生物統計学者によるレビュー、IRB 承認が必要）
• 謝辞

技術的な詳細

ウェイポイントファイルの形式

JSON ウェイポイント（ステップ 0、1）：

• プログラムからアクセスするための構造化データ
• ファイルサイズが小さい（1～15KB）
• 解析や参照が容易

Markdown ウェイポイント（ステップ 2、3、4）：

• ステップ 2：02_protocol_foundation.md（セクション 1～6）
• ステップ 3：03_protocol_intervention.md（セクション 7～8）
• ステップ 4：04_protocol_operations.md（セクション 9～12）
• ステップ 4：02_protocol_draft.md（結合済みの完全なプロトコル）
• 人が読みやすいプロトコル文書
• ユーザーが直接編集できます
• 再生成を容易にするため、個別のセクションファイルも保持されます

データ最小化の方針

各ステップで、大幅な要約を行います。

• 保持： 上位 N 件の結果（最大 5～10 件）
• 保持： 重要な事実と ID（NCT 番号、エンドポイントの種類）
• 保持： 簡潔な根拠（2～3 文）
• 破棄： MCP クエリの生データ（分析後は不要）
• 破棄： FDA ガイダンスの全文（抜粋／引用のみ保持）
• 破棄： 検索順位が低い結果

ステップの独立性

各サブスキルは、以下のように設計されています。

• ウェイポイントファイルのみを読み取る（会話履歴は読み取りません）
• 1回の実行で完全な出力を生成する
• 前のステップの会話コンテキストに依存しない
• 単独で実行できる

エラー処理

MCP サーバーが利用できない場合

• 検出箇所：ステップ 1
• 対応：インストール手順とともにエラーを表示する
• MCP サーバーのインストール後にユーザーが再試行できるようにする
• 代替手段はありません。プロトコルの調査には MCP サーバーが必要です

ステップが失敗する、またはエラーを返す場合

• 対応：サブスキルからのエラーメッセージを表示する
• ユーザーに「ステップを再試行しますか？（はい／いいえ）」と尋ねる
  • はい：ステップを再実行する
  • いいえ：現在の状態を保存し、オーケストレーターを終了する

ユーザーによる中断

• 進捗はすべてウェイポイントファイルに保存されます
• スキルを再起動すれば、いつでも再開できます
• ワークフローが完了済みのステップを自動的に検出し、次のステップから再開します
• データが失われることはありません

免責事項

⚠️ 重要： このプロトコル生成ツールは、NIH／FDA のガイドラインおよび類似の試験に基づき、予備的な臨床試験プロトコルを提供します。以下に該当するものではありません。

• FDA または IRB による公式な決定や承認
• 医療、法律、規制に関する助言
• 専門の生物統計学者によるレビューの代替
• FDA Pre-Submission ミーティングの代替
• 規制上または臨床上の成功の保証

臨床試験を進める前に必ず実施してください：

• 生物統計学者によるレビューとサンプルサイズの妥当性確認
• FDA Pre-Submission ミーティング（医療機器の場合は Q-Submission、医薬品の場合は Pre-IND）
• IRB によるレビューと承認
• 臨床専門家および規制コンサルタントへの相談
• プロトコルおよびインフォームド・コンセントの法的レビュー
• 実施施設の治験責任医師によるレビューと意見の提供
• プロトコル内のすべての [TBD] 項目のスポンサーによる記入

専門家への相談を強く推奨します

臨床試験プロトコルは複雑で重大な影響を伴う文書であり、複数の分野にわたる専門知識が必要です。臨床試験の計画を進める前に、臨床試験の専門家、生物統計学者、規制関連業務の専門家に相談することが不可欠です。

実装要件

このスキルが呼び出されたとき：

1. モード選択を含むウェルカムメッセージを表示する（「起動：ウェルカムとモード選択」セクションを参照）

2. ユーザーのモード選択を待つ（1：調査のみ、2：完全なプロトコル、3：終了）

3. 選択されたモードに基づいて実行する：

   • 調査のみモード（オプション1）：
     • 調査のみのワークフローロジックを実行する（ステップ0〜1のみ）
     • 書式設定された調査概要を .md アーティファクトとして生成する
     • 完全なプロトコルを続行するか、終了するかを選択できるようにする
   • 完全なプロトコルモード（オプション2）：
     • 完全なワークフローロジックを実行する（ステップ0〜5）
     • 既存のウェイポイントを確認し、最後に完了したステップから再開する
     • または、ウェイポイントが存在しない場合はステップ0から開始する
     • 完了するまで、すべてのステップを順番に実行する

4. 各ステップの実行時（遅延読み込み — 必要なときのみ）：

   • ステップを実行する準備ができたときにのみ、対応するサブスキルファイルを読み込む
   • サブスキルファイルを事前に読み込んだり、「準備のため」に読み込んだりしない
   • 例：ステップ1を実行する必要がある場合、その時点で references/01-research-protocols.md を読み込み、記載された指示に従う
   • プロトコルの開発では： ステップ2、3、4を順番に実行する
   • 複数のステップを並行して実行しない。順番に実行する
   • 各ステップのサブスキルファイルは、そのステップの実行直前にのみ読み込む

5. 調査概要アーティファクトの生成（調査のみモード）：

   • ステップ1の完了後、ウェイポイントファイルを読み込む
   • 充実した、書式の整った Markdown の概要を生成する
   • waypoints/research_summary.md に保存する
   • 主な調査結果を含む完了メッセージを表示する

6. エラーを適切に処理する：

   • ステップが失敗した場合は、再試行するか終了するかをユーザーが選べるようにする
   • MCP サーバーを利用できない場合は、インストール方法を説明する
   • 進捗はすべてウェイポイントに自動保存される

7. 進捗を追跡する：

   • 各ステップの完了後に waypoints/intervention_metadata.json を更新する
   • 進捗状況を示す表示をユーザーに提示する（例：「進捗：6ステップ中3ステップ完了」または「進捗：調査ステップ2つ中2つ完了」）
   • 現在の処理内容を明確に伝える

8. 最終出力：

   • 調査のみ： 調査概要の保存場所を表示し、完全なプロトコルを続行するかどうかを確認する
   • 完全なプロトコル： ユーザーを祝福し、プロトコルの保存場所と次のステップを表示する
   • 免責事項を忘れずに伝える