database-lookup

データベースの検索

REST API を通じて、78 件の公開データベースを利用できます。ユーザーの質問に関連するデータベースを特定して検索し、使用したデータベースとともに生の JSON 結果を返してください。

基本的なワークフロー

1. クエリを理解する — ユーザーは何を探していますか？化合物、遺伝子、経路、特許、発現データ、経済指標などでしょうか？これにより、検索すべきデータベースが決まります。

2. データベースを選択する — 以下のデータベース選択ガイドを使用してください。迷った場合は、複数のデータベースを検索してください。関連データを見逃すより、広く検索するほうが適切です。

3. リファレンスファイルを読む — 各データベースには、エンドポイントの詳細、クエリ形式、呼び出し例を記載したリファレンスファイルが references/ にあります。API を呼び出す前に、関連するファイルを読んでください。

4. API を呼び出す — 使用するプラットフォームに応じた HTTP フェッチツールについては、以下の API の呼び出し セクションを参照してください。

5. 結果を返す — 必ず次の内容を返してください。

   • 各データベースからの生の JSON レスポンス
   • クエリに使用した具体的なエンドポイントを含む、検索したデータベースのリスト
   • クエリの結果がなかった場合は、省略せず明記してください

データベース選択ガイド

ユーザーの意図に応じて、適切なデータベースを選択してください。複数のデータベースを検索すると役立つクエリも多くあります。

物理学・天文学

ユーザーの質問	主なデータベース	併せて検討
地球近傍天体、小惑星	NASA（NeoWs）	—
火星探査車の画像	NASA（Mars Rover Photos）	—
系外惑星、軌道パラメーター	NASA Exoplanet Archive	—
名前または座標による天体	SIMBAD	SDSS
銀河／恒星のスペクトル、測光データ	SDSS	SIMBAD
物理定数	NIST	—
原子スペクトル、スペクトル線	NIST（ASD）	—

地球・環境科学

ユーザーの質問	主なデータベース	併せて検討
地震、地震イベント	USGS Earthquakes	—
水データ、河川流量、地下水	USGS Water Services	—
天気（現在、予報、過去）	OpenWeatherMap	NOAA
気候データ、過去の気象観測所	NOAA（CDO）	—
大気質、有害物質の排出	EPA（Envirofacts）	—

化学・医薬品

ユーザーの質問	主なデータベース	併せて検討
化合物、分子	PubChem	ChEMBL
分子の特性（重量、化学式、SMILES）	PubChem	—
医薬品の同義語、CAS 番号	PubChem（synonyms）	DrugBank
生物活性データ、IC50、結合アッセイ	ChEMBL	BindingDB、PubChem
医薬品の結合親和性（Ki、IC50、Kd）	ChEMBL、BindingDB	PubChem
医薬品と標的の相互作用	ChEMBL、DrugBank	BindingDB、Open Targets
タンパク質標的に対するリガンド（UniProt による検索）	BindingDB	ChEMBL
化合物の構造から標的を特定	BindingDB（SMILES 類似性）	ChEMBL
医薬品の添付文書、有害事象、リコール	FDA（OpenFDA）	DailyMed
医薬品の添付文書（構造化製品ラベル）	DailyMed	FDA（OpenFDA）
医薬品の薬理、適応症	DrugBank	FDA
化学物質の相互参照	PubChem（xrefs）	ChEMBL
スクリーニング用の市販化合物	ZINC	PubChem
類似性／部分構造検索（購入可能な化合物）	ZINC	PubChem、ChEMBL
医薬品様化合物ライブラリ、ビルディングブロック	ZINC	—
FDA 承認薬の構造	ZINC（fda subset）	PubChem、FDA
化合物の購入可能性、ベンダーカタログ	ZINC	—

材料科学・結晶学

ユーザーの質問	主なデータベース	併せて検討
化学式または元素による材料	Materials Project	COD
バンドギャップ、電子構造	Materials Project	—
結晶構造、CIF ファイル	COD	Materials Project
弾性／機械的特性	Materials Project	—
生成エネルギー、熱力学	Materials Project	—
格子パラメーター、空間群	COD	Materials Project

生物学・ゲノミクス

ユーザーの質問内容	主なデータベース	あわせて検討
生物学的経路	Reactome, KEGG	—
遺伝子／タンパク質が関与する経路	Reactome（マッピング）, KEGG	—
酵素反応速度論、触媒活性	BRENDA	KEGG
メタボロミクス研究、代謝物プロファイル	Metabolomics Workbench	PubChem
m/z または正確質量の検索	Metabolomics Workbench (moverz/exactmass)	PubChem
タンパク質の配列、機能、アノテーション	UniProt	Ensembl
タンパク質間相互作用	STRING	BioGRID
遺伝子情報、ゲノム上の位置	NCBI Gene	Ensembl
ゲノム配列、バリアント、転写産物	Ensembl	NCBI Gene
遺伝子発現データセット	GEO (NCBI E-utilities)	—
組織間の遺伝子発現	GTEx	Human Protein Atlas
遺伝子発現シグネチャ（CMap/L1000）	LINCS L1000	GEO
GEO に対する遺伝子セットエンリッチメント	RummaGEO	GEO
タンパク質配列（NCBI）	NCBI Protein	UniProt
分類学的分類	NCBI Taxonomy	—
SNP／バリアントデータ（dbSNP）	dbSNP	ClinVar, gnomAD
集団におけるバリアント頻度	gnomAD	dbSNP
シーケンシングランのメタデータ	SRA	ENA, GEO
ヌクレオチド配列（欧州アーカイブ）	ENA	SRA, NCBI Gene
ゲノムアセンブリ、生リード（欧州）	ENA	SRA, Ensembl
配列アクセッションからの相互参照	ENA (xref)	NCBI Gene, UniProt
ゲノムアノテーション、トラック	UCSC Genome Browser	Ensembl
3D タンパク質構造（実験）	PDB (RCSB)	EMDB
3D タンパク質構造（予測）	AlphaFold DB	PDB
EM マップ、クライオ電子顕微鏡構造	EMDB	PDB
タンパク質ファミリー、ドメイン	InterPro	UniProt
化学物質（生物学）	ChEBI	PubChem
タンパク質／遺伝子相互作用	BioGRID	STRING
遺伝子機能アノテーション（GO 用語）	QuickGO	Gene Ontology
制御エレメント、ChIP-seq、ATAC-seq	ENCODE	—
TF 結合プロファイル／モチーフ	JASPAR	ENCODE
組織間のタンパク質発現	Human Protein Atlas	UniProt
単一細胞アトラスプロジェクト	Human Cell Atlas	—
プロテオミクスデータセット	PRIDE	—
マウス遺伝子データ	MouseMine	NCBI Gene
プラスミドリポジトリ	Addgene	—

生物／種が重要です。 生物学データベースの多くは、複数の生物を対象としています。ユーザーの質問が特定の生物に関するものの場合は、明示的に指定してください。ヒトだと決めつけないでください。一般的なパターン：Ensembl は URL パスに {species} を使用します（例：homo_sapiens）。STRING／BioGRID／QuickGO は NCBI Taxonomy ID を使用します（ヒトは species=9606、マウスは 10090）。UniProt は検索クエリで organism_id:9606 を使用し、KEGG は生物コード（hsa、mmu）を使用します。GTEx と Human Protein Atlas はヒトのみを対象としています。各データベース固有のパラメーターについては、リファレンスファイルを確認してください。

疾患・臨床

ユーザーの質問内容	主なデータベース	あわせて検討
がんの体細胞変異	COSMIC	Open Targets, cBioPortal
がんゲノミクス（TCGA）	GDC (TCGA)	COSMIC, cBioPortal
がん研究の変異、CNA、発現	cBioPortal	GDC (TCGA), COSMIC
腫瘍の臨床データ（生存率、病期）	cBioPortal	GDC (TCGA)
薬剤・標的・疾患の関連	Open Targets	ChEMBL
遺伝子・疾患の関連	DisGeNET	Open Targets, Monarch
メンデル遺伝病と遺伝子の関係	OMIM	NCBI Gene
バリアントの臨床的意義	ClinVar (NCBI)	OMIM
GWAS の SNP・形質関連	GWAS Catalog	—
疾患・表現型・遺伝子の関連	Monarch Initiative	HPO
表現型オントロジー、HPO 用語	HPO	Monarch
ファーマコゲノミクス、薬剤・遺伝子相互作用	ClinPGx (PharmGKB)	DrugBank
薬剤／疾患の臨床試験	ClinicalTrials.gov	FDA
疾患関連の発現データ	GEO	Open Targets

特許・規制

ユーザーの質問内容	主なデータベース	あわせて検討
キーワードや技術による特許検索	USPTO (PatentsView)	—
発明者や譲受人による特許検索	USPTO (PatentsView)	—
特許出願の審査状況	USPTO (PEDS)	—
商標検索	USPTO (TSDR)	—
SEC の企業提出書類、10-K、10-Q	SEC EDGAR	—

経済・金融

ユーザーの質問内容	主なデータベース	あわせて検討
米国の経済時系列データ（GDP、CPI、金利）	FRED	BEA
雇用、賃金、労働統計	BLS	FRED
GDP、国民経済計算	BEA	FRED、World Bank
国際開発指標	World Bank	FRED
金利、マネーサプライ	Federal Reserve	FRED
ユーロの為替レート、ECB の金融統計	ECB	—
米国の債務、イールドカーブ、財政データ	US Treasury	FRED
株価、外国為替、暗号資産	Alpha Vantage	—
多様なトピックに関する統計データ	Data Commons	—

社会科学・人口統計

ユーザーの質問内容	主なデータベース	あわせて検討
米国の人口、住宅、所得データ	US Census	Data Commons
EU の統計（経済、貿易、健康）	Eurostat	World Bank
世界の健康指標（死亡率、疾病）	WHO GHO	World Bank

複数分野にまたがるクエリ

ユーザーの質問内容	主なデータベース	あわせて検討
化合物に関するあらゆる情報	PubChem + ChEMBL + DrugBank	BindingDB、ZINC、Reactome、FDA
遺伝子に関するあらゆる情報	NCBI Gene + UniProt + Ensembl	Reactome、STRING、COSMIC、cBioPortal、ENA
バリアントに関するあらゆる情報	dbSNP + ClinVar + gnomAD	GWAS Catalog、COSMIC、cBioPortal
創薬ターゲットの経路	ChEMBL + Reactome	Open Targets、GEO
化学発明の先行技術	USPTO + PubChem	ChEMBL
材料に関するあらゆる情報	Materials Project + COD	—
米国の経済概況	FRED + BLS + BEA	Federal Reserve

ユーザーのクエリが複数の分野にまたがる場合（例：「アスピリンについて何がわかっていますか」や「BRCA1 に関する情報をすべて探してください」）、関連するデータベースすべてに並行して問い合わせてください。

一般的な識別子の形式

データベースによって識別子の体系は異なります。クエリが失敗する場合、識別子の形式が正しくない可能性があります。簡単な参照表を以下に示します。

識別子	形式	例	使用先
UniProt アクセッション	P##### または Q#####	P04637 (TP53)	UniProt、STRING、AlphaFold、Reactome マッピング
Ensembl 遺伝子 ID	ENSG###########	ENSG00000141510	Ensembl、Open Targets、GTEx
NCBI Gene ID	整数	7157 (TP53)	NCBI Gene、GEO、DisGeNET、HPO
HGNC ID	HGNC:#####	HGNC:11998	Monarch
PubChem CID	整数	2244 (アスピリン)	PubChem
ZINC ID	ZINC + 15 桁	ZINC000000000053 (アスピリン)	ZINC
ENA プロジェクト	PRJEB + 数字	PRJEB40665	ENA
ENA ラン	ERR + 数字	ERR1234567	ENA
ENA 実験	ERX + 数字	ERX1234567	ENA
ENA サンプル	ERS + 数字	ERS1234567	ENA
ChEMBL ID	CHEMBL####	CHEMBL25 (アスピリン)	ChEMBL
Reactome 安定 ID	R-HSA-######	R-HSA-109581	Reactome
HP 用語	HP:#######	HP:0001250 (発作)	HPO（コロンを %3A として URL エンコード）
MONDO 疾患	MONDO:#######	MONDO:0007947	Monarch
GO 用語	GO:#######	GO:0008150	QuickGO、Gene Ontology
dbSNP rsID	rs########	rs334	dbSNP、GWAS Catalog、gnomAD
GENCODE ID	ENSG###.##（バージョン付き）	ENSG00000139618.17	GTEx（バージョン接尾辞が必要）

識別子の解決

データベースが識別子を認識しない場合は、次のワークフローで変換します。

遺伝子：シンボル（例：「TP53」）→ NCBI Geneで検索（シンボルでesearch）→ NCBI Gene IDを取得 → Ensemblの/xrefs/symbol/homo_sapiens/{symbol}を使ってEnsembl IDに変換するか、UniProtの検索（gene_exact:{symbol} AND organism_id:9606）を使ってUniProtアクセッションに変換します。

化合物：名前 → PubChemの/compound/name/{name}/cids/JSON → CIDを取得 → UniChemまたはChEMBLの分子検索を使ってChEMBL IDに変換します。名前で検索できない場合は、SMILES、InChIKey、またはCAS番号を試してください。

バリアント：rsID（例：「rs334」）は、dbSNP、ClinVar、GWAS Catalog、gnomADでそのまま使用できます。ゲノム座標の場合は、Ensembl VEPを使って影響の注釈と関連するrsIDを取得します。

疾患：名前 → Open TargetsまたはMonarchで検索 → EFO IDまたはMONDO IDを取得 → 後続のクエリで使用します。

POST 専用 API

これらのデータベースにはHTTP POSTが必要で、WebFetch（GET専用）では動作しません。代わりに、プラットフォームのシェルツールからcurlを使用してください。

データベース	POSTが必要な理由	例
Open Targets	GraphQLエンドポイント	curl -X POST -H "Content-Type: application/json" -d '{"query":"..."}' https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql
gnomAD	GraphQLエンドポイント	curl -X POST -H "Content-Type: application/json" -d '{"query":"..."}' https://gnomad.broadinstitute.org/api
RummaGEO	POST専用のエンリッチメント	curl -X POST -H "Content-Type: application/json" -d '{"genes":["..."]}' https://rummageo.com/api/enrich
GDC/TCGA	複雑なフィルタークエリ	curl -X POST -H "Content-Type: application/json" -d '{"filters":...}' https://api.gdc.cancer.gov/ssms
SEC EDGAR	User-Agentヘッダーが必要	curl -H "User-Agent: YourApp [email protected]" https://efts.sec.gov/LATEST/search-index?q=...

APIキーとアクセス制限

一部のデータベースではAPIキーが必要であったり、アクセス制限が設けられていたりします。APIキーが必要な場合は、次の手順に従ってください。

1. まず現在の環境を確認します — キーがシェル環境変数（例：$FRED_API_KEY）としてすでにエクスポートされている場合があります。環境から直接読み取ってください。
2. 次に.envを確認します — 変数が環境にない場合は、現在の作業ディレクトリにある.envファイルを確認してください。
3. どちらにもない場合 — キーなしで続行し（ほとんどのAPIは低いレート制限で引き続き利用できます）、不足しているキーとその取得方法をユーザーに伝えてください。

API キーが必要なデータベース（無料で登録可能）

データベース	環境変数	登録 URL
FRED	FRED_API_KEY	https://fred.stlouisfed.org/docs/api/api_key.html
BEA	BEA_API_KEY	https://apps.bea.gov/API/signup/
BLS	BLS_API_KEY	https://data.bls.gov/registrationEngine/
NCBI（GEO、Gene）	NCBI_API_KEY	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/settings/
OpenFDA	OPENFDA_API_KEY	https://open.fda.gov/apis/authentication/
USPTO（PatentsView）	PATENTSVIEW_API_KEY	https://patentsview.org/apis/keyrequest
Data Commons	DATACOMMONS_API_KEY	Google Cloud Console
Materials Project	MP_API_KEY	https://materialsproject.org（無料アカウント）
NASA	NASA_API_KEY	https://api.nasa.gov（無料、DEMO_KEY を利用可能）
NOAA（CDO）	NOAA_API_KEY	https://www.ncdc.noaa.gov/cdo-web/token
OpenWeatherMap	OPENWEATHERMAP_API_KEY	https://openweathermap.org/appid
OMIM	OMIM_API_KEY	https://omim.org/api（無料の学術利用）
BioGRID	BIOGRID_API_KEY	https://webservice.thebiogrid.org（無料）
Alpha Vantage	ALPHAVANTAGE_API_KEY	https://www.alphavantage.co/support/#api-key
US Census	CENSUS_API_KEY	https://api.census.gov/data/key_signup.html
DisGeNET	DISGENET_API_KEY	https://www.disgenet.org（無料の学術利用）
Addgene	ADDGENE_API_KEY	https://www.addgene.org（無料アカウント）
LINCS L1000（CLUE）	CLUE_API_KEY	https://clue.io（無料の学術利用）

いずれも無料で取得できます。API はキーがなくても動作しますが、レート制限は厳しくなります。まずは必ずキーを使ってください。環境変数が設定されていない場合はキーなしで続行し、回答でレート制限が厳しくなる可能性があることを伝えてください。

有料またはアクセス制限のあるデータベース

データベース	制限	無料の代替手段
DrugBank	有料の API ライセンスが必要	代わりに ChEMBL + PubChem + OpenFDA を使用してください
COSMIC	無料の学術登録が必要（JWT 認証）	がんの変異データには Open Targets を使用してください
BRENDA	無料の登録が必要（REST ではなく SOAP）	酵素／経路データには KEGG を使用してください

データベースの利用に有料アクセスまたはユーザーが未設定の登録が必要な場合：

1. 同じ質問に回答できる無料の代替手段に切り替えてください
2. アクセスできなかったデータベースとその理由、代わりに使用したものをユーザーに伝えてください
3. ユーザーが制限のあるデータベースを指定した場合は、設定できるようアクセス要件を説明してください

API キーの読み込み

ステップ 1 — 現在の環境を確認します。 キーがシェル変数としてすでにエクスポートされている場合があります。たとえば Claude Code では、Bash で echo $FRED_API_KEY を実行して確認できます。変数が設定され、空でない場合は、その値を使用してください。

ステップ 2 — .env ファイルを確認します。 環境変数が設定されていない場合は、現在の作業ディレクトリにある .env を読み込みます。形式：

FRED_API_KEY=your_key_here
BEA_API_KEY=your_key_here

ステップ 3 — キーなしで続行します。 どちらの場所にもキーがない場合は、キーなしで続行し（ほとんどの API はレート制限が厳しくなりますが動作します）、そのことをユーザーに伝えてください。

API 呼び出し

環境で利用できる HTTP フェッチツールを使って、REST エンドポイントを呼び出します。ツール名はプラットフォームによって異なります。

プラットフォーム	HTTP フェッチツール	代替手段
Claude Code	WebFetch	Bash 経由の curl
Gemini CLI	web_fetch	シェル経由の curl
Windsurf	read_url_content	ターミナル経由の curl
Cursor	専用のフェッチツールなし	run_terminal_cmd 経由の curl
Codex CLI	専用のフェッチツールなし	shell 経由の curl
Cline	専用のフェッチツールなし	execute_command 経由の curl

使用中のプラットフォームがわからない場合や、フェッチツールが失敗した場合は、利用可能なシェル／ターミナルツールから curl に切り替えてください。例：

curl -s -H "Accept: application/json" "https://api.example.com/endpoint"

リクエストのガイドライン

• 対応している場合は、Accept: application/json ヘッダーを設定してください
• クエリパラメーター内の特殊文字は URL エンコードしてください。SMILES 文字列（/、#、=、@）、括弧を含む化合物名、コロンを含むオントロジー用語（HP:0001250 → HP%3A0001250）は、よくある失敗の原因です。安全のため、curl では --data-urlencode を使用してください。
• 並列実行可：異なるデータベース（例：PubChem + ChEMBL + Reactome）を検索する場合は、並列で実行してください。ほとんどの API は、余裕のあるレート制限を設けています。
• レート制限のある API へのリクエストは順次実行：NCBI API（Gene、GEO、Protein、Taxonomy、dbSNP、SRA）は、キーなしの場合は毎秒 3 リクエスト、キーありの場合は毎秒 10 リクエストです。以下にも注意してください：Ensembl（毎秒 15 リクエスト）、BLS v1（キーなしの場合は 1 日 25 リクエスト）、SEC EDGAR（毎秒 10 リクエスト）、NOAA（トークンありの場合は毎秒 5 リクエスト）。
• レート制限エラー（HTTP 429 または 503）が発生した場合は、少し待ってから 1 回だけ再試行してください

エラーからの復旧

API がエラーを返した場合、または結果が空の場合：

1. 識別子の形式を確認する — 上記の一般的な識別子形式の表を参照してください。遺伝子シンボルは、まず NCBI Gene ID または Ensembl ID に変換する必要がある場合があります。
2. 別の識別子を試す — 化合物名で PubChem の検索に失敗した場合は、SMILES、InChIKey、または CID を試してください。遺伝子シンボルで失敗した場合は、NCBI Gene ID を試してください。
3. 別のデータベースを試す — データベースが停止している場合や何も返さない場合は、選択ガイドの「こちらも検討」列にある代替候補を確認してください。
4. 失敗を報告する — どのデータベースで何のエラーが発生したか、また代わりに何を試したかをユーザーに伝えてください。

ページネーション

多くの API はページ分割された結果を返します。最初のページだけを読み取ると、データを見落とす可能性があります。一般的なパターン：

• オフセット／件数：offset=0&limit=100 → 次のページでは、件数分だけオフセットを増やします（ChEMBL、FRED、NOAA、USGS、NCBI E-utilities、ENA、GDC、FDA）
• カーソルベース：レスポンスに nextPageToken または cursor の値が含まれます。次のリクエストにその値を渡してください（ClinicalTrials.gov、UniProt）
• ページ番号：page=1&per_page=50 → ページ番号を増やします（World Bank、cBioPortal、ZINC）

各データベース固有のページネーションパラメーターについては、リファレンスファイルを確認してください。レスポンスに total、totalCount、または next が含まれ、返された結果の数が合計より少ない場合は、さらにページがあります。

対象を絞った検索（単一の遺伝子、単一の化合物）であれば、通常は最初のページで十分です。ユーザーが網羅的な結果（例：「X に関するすべての臨床試験」や「遺伝子 Y で既知のすべての変異」）を必要としている場合は、ページネーションを行ってください。

出力形式

次のような形式で回答してください：

## Databases Queried
- **PubChem** — /compound/name/aspirin/property/...
- **Reactome** — /search/query?query=aspirin

## Results

### PubChem
[raw JSON response]

### Reactome
[raw JSON response]

結果が非常に多い場合は、最も関連性の高い部分を提示し、追加データがあることを伝えてください。ただし、デフォルトでは生の JSON 全体を表示してください。ユーザーはそれを求めています。

データベースの追加

このスキルは拡張を想定して設計されています。各データベースは、references/ にある独立したリファレンスファイルです。データベースを追加するには：

1. 既存のファイルと同じ形式で references/<database-name>.md を作成する
2. 上記のデータベース選択ガイドに項目を追加する
3. リファレンスファイルには、ベース URL、主要なエンドポイント、クエリパラメーターの形式、呼び出し例、レート制限、レスポンス構造を含めてください

利用可能なデータベース

API を呼び出す前に、該当するリファレンスファイルを読んでください。

物理学・天文学

データベース	リファレンスファイル	対象
NASA	references/nasa.md	NEO 小惑星、火星探査車、APOD
NASA Exoplanet Archive	references/nasa-exoplanet-archive.md	系外惑星、軌道パラメーター
NIST	references/nist.md	物理定数、原子スペクトル
SDSS	references/sdss.md	銀河・恒星のスペクトル、測光
SIMBAD	references/simbad.md	天体カタログ

地球科学・環境科学

データベース	リファレンスファイル	対象
USGS	references/usgs.md	地震、水データ
NOAA	references/noaa.md	気候、気象観測所のデータ
EPA	references/epa.md	大気質、有害物質の排出
OpenWeatherMap	references/openweathermap.md	現在の天気・予報

化学・薬剤

データベース	参照ファイル	対象範囲
PubChem	references/pubchem.md	化合物、特性、同義語
ChEMBL	references/chembl.md	生物活性、創薬
DrugBank	references/drugbank.md	薬剤データ、相互作用（有料）
FDA (OpenFDA)	references/fda.md	薬剤ラベル、有害事象、リコール
DailyMed	references/dailymed.md	薬剤ラベル（NIH/NLM）
KEGG	references/kegg.md	経路、遺伝子、化合物
ChEBI	references/chebi.md	生物学的に関心のある化学物質
ZINC	references/zinc.md	市販化合物、バーチャルスクリーニング
BindingDB	references/bindingdb.md	実験で測定された結合親和性

材料科学

データベース	参照ファイル	対象範囲
Materials Project	references/materials-project.md	バンドギャップ、弾性特性、結晶構造
COD	references/cod.md	結晶構造、CIF ファイル

生物学・ゲノミクス

データベース	参照ファイル	対象範囲
Reactome	references/reactome.md	生物学的経路、反応
BRENDA	references/brenda.md	酵素反応速度論、触媒作用（SOAP）
UniProt	references/uniprot.md	タンパク質配列、機能
STRING	references/string.md	タンパク質間相互作用
Ensembl	references/ensembl.md	ゲノム、変異、配列
NCBI Gene	references/ncbi-gene.md	遺伝子情報、リンク
NCBI Protein	references/ncbi-protein.md	タンパク質配列、レコード
NCBI Taxonomy	references/ncbi-taxonomy.md	分類学的分類
GEO (NCBI)	references/geo.md	遺伝子発現データセット
GTEx	references/gtex.md	組織間の遺伝子発現
PDB	references/pdb.md	タンパク質の3D構造
AlphaFold DB	references/alphafold.md	予測されたタンパク質構造
EMDB	references/emdb.md	電子顕微鏡マップ
InterPro	references/interpro.md	タンパク質ファミリー、ドメイン
BioGRID	references/biogrid.md	タンパク質／遺伝子間相互作用
Gene Ontology	references/gene-ontology.md	GO 用語、遺伝子アノテーション
QuickGO	references/quickgo.md	GO アノテーション（EBI、推奨）
dbSNP	references/dbsnp.md	SNP／変異データ
SRA	references/sra.md	シーケンスランのメタデータ
gnomAD	references/gnomad.md	集団における変異頻度（POST）
UCSC Genome Browser	references/ucsc-genome.md	ゲノムアノテーション、トラック
ENCODE	references/encode.md	DNA 要素、ChIP-seq、ATAC-seq
JASPAR	references/jaspar.md	TF 結合プロファイル／モチーフ
Human Protein Atlas	references/human-protein-atlas.md	組織間のタンパク質発現
Human Cell Atlas	references/hca.md	シングルセルアトラスデータ
LINCS L1000	references/lincs-l1000.md	遺伝子発現シグネチャ（CMap）
RummaGEO	references/rummageo.md	GEO 遺伝子セットエンリッチメント（POST）
PRIDE	references/pride.md	プロテオミクスデータリポジトリ
Metabolomics Workbench	references/metabolomics-workbench.md	メタボロミクス研究、代謝物
MouseMine	references/mousemine.md	マウスゲノム情報
ENA	references/ena.md	ヌクレオチド配列、リード、アセンブリ、分類（EMBL-EBI）
Addgene	references/addgene.md	プラスミドリポジトリ

疾患・臨床

データベース	リファレンスファイル	対象範囲
Open Targets	references/opentargets.md	標的と疾患の関連（POST）
COSMIC	references/cosmic.md	がんの体細胞変異
ClinPGx (PharmGKB)	references/clinpgx.md	薬理ゲノミクス
ClinicalTrials.gov	references/clinicaltrials.md	臨床試験レジストリ
OMIM	references/omim.md	メンデル遺伝性疾患と遺伝子のデータ
ClinVar	references/clinvar.md	バリアントの臨床的意義
GDC (TCGA)	references/tcga-gdc.md	がんゲノミクス、変異（POST）
cBioPortal	references/cbioportal.md	がん研究の変異、CNA、発現、臨床データ
DisGeNET	references/disgenet.md	遺伝子と疾患の関連
GWAS Catalog	references/gwas-catalog.md	GWASのSNPと形質の関連
Monarch Initiative	references/monarch.md	疾患・表現型・遺伝子の関連
HPO	references/hpo.md	Human Phenotype Ontology

特許・規制

データベース	リファレンスファイル	対象範囲
USPTO	references/uspto.md	特許、商標
SEC EDGAR	references/sec-edgar.md	企業の提出書類（User-Agentヘッダーが必要）

経済・金融

データベース	リファレンスファイル	対象範囲
FRED	references/fred.md	米国の経済時系列データ
Federal Reserve	references/federal-reserve.md	金融・財務データ
BEA	references/bea.md	GDP、国民経済計算
BLS	references/bls.md	雇用、賃金、CPI
World Bank	references/worldbank.md	開発指標
ECB	references/ecb.md	ユーロの為替レート、金融統計
US Treasury	references/treasury.md	債務、利回り曲線、財政データ
Alpha Vantage	references/alphavantage.md	株式、外国為替、暗号資産
Data Commons	references/datacommons.md	統計ナレッジグラフ

社会科学・人口統計

データベース	リファレンスファイル	対象範囲
US Census	references/census.md	人口、住宅、経済調査
Eurostat	references/eurostat.md	EU統計
WHO GHO	references/who.md	世界の健康指標