diagrams_mermaid

Mermaid 図

概要

このスキルは、プロセスの多い回答で、エージェントが明確な Mermaid 図を作成できるよう支援します。 ユーザーが明示的に図を求めた場合に使用し、視覚的な構造がないと説明を理解しにくい場合は、先回りして使用してください。

主な目的：

• 複雑なテキストのワークフローを、読みやすい Mermaid ブロックに変換する
• 構文の有効性を保ち、レンダラーで表示しやすくする
• 一般的なソフトウェア／システム図と、計算生物学のパイプラインの両方に対応する

このスキルを使用するタイミング

次の場合に、このスキルを有効にしてください。

• ユーザーが図、フローチャート、シーケンス図、アーキテクチャマップ、または Mermaid の出力を求めている
• 回答に複雑なプロセス（複数のステップ、分岐、ループ、並列パス）が含まれる
• 説明が複数のシステム、ツール、エージェント、または API にまたがる
• ユーザーがワークフロー全体のつながりを知りたがっている（特に FastFold のワークフロー）

分野固有のトリガー（計算生物学／科学）

• BoltzGen 設計パイプライン（入力準備 -> ドラフト作成 -> upsert -> 実行 -> 結果）
• fold -> analysis -> OpenMM/OpenMMDL の下流ワークフロー
• 候補のランク付け／評価パイプライン
• 複数のツールを使った研究／分析の実行フロー

図の選択ヒューリスティック

構造を伝えるうえで最も簡潔な図を選んでください。

• フローチャート：段階的なワークフローや判断分岐のデフォルト
• シーケンス図：ユーザー／エージェント／API／サービス間の時間の経過に伴うやり取り
• 状態図：ライフサイクル／ステータスの遷移
• ER 図：データモデル内のエンティティと関係
• ガント図／タイムライン：スケジュール／マイルストーンの表示

迷った場合は、まずフローチャートを使用してください。

先回りした対応

複雑な回答では、明瞭さが向上する場合、先回りして Mermaid 図を含めてください。 簡潔にまとめてください。

1. 平易なテキストで簡単に説明します。
2. ワークフローの複雑さとユーザーの意図に最も合った詳細度で、Mermaid 図を1つ追加します。
3. 任意の補足情報は箇条書きにし、（デフォルトでは）追加の図を作成しないでください。

1ステップだけの簡単な回答に、無理に図を付けないでください。

出力要件

図は必ず Mermaid のフェンス付きブロックで出力してください。

flowchart TD
    start[Start] --> endNode[End]

品質要件：

• そのままレンダリングできる有効な Mermaid 構文
• 簡潔なノードラベル（ノード内の長い段落は避ける）
• 論理的な命名と読みやすい構造
• 不要な装飾的スタイルを使用しない

Mermaid の安全性とレンダリングのルール

図の破損を防ぐため、以下を厳守してください。

• スペースを含まない ID を使用する（camelCase、PascalCase、またはアンダースコア）
• 特殊文字を含むエッジラベルは引用符で囲む
• 括弧、コロン、カンマを含むノードラベルは引用符で囲む
• end、graph、subgraph、flowchart などの予約済み ID は避ける
• サブグラフには subgraph id [Label] の形式を優先する
• 明示的な色／スタイル（style、classDef、カスタムの塗りつぶし）を使用しない
• click ハンドラーを使用しない

references/mermaid_syntax_rules.mdを参照してください。

ワークフロー

1. ユーザーの目標を把握し、エンティティ、遷移、判断を特定します。
2. 選択ヒューリスティックに従って図の種類を選びます。
3. 有効な ID と最小限のラベルを使って Mermaid 図を作成します。
4. 構文と読みやすさを自己確認します。
5. 必要に応じて短い凡例／注記を添え、最後に Mermaid ブロックを返します。

FastFold／計算生物学のテンプレート

以下を出発点として、ユーザーの状況に合わせて調整してください。

• references/workflow_templates.md

テンプレートの対象範囲：

• BoltzGen 設計パイプライン
• fold -> MD ワークフローの連鎖
• エージェント主導の複数ステップの実行パターン

ガードレール

• 多数の複雑な図より、明確な図を1つ優先してください。
• 利用できないシステム／ステップを捏造せず、実際のワークフローの動作を反映してください。
• 図は、ユーザーが提示した手順と制約に沿ったものにしてください。
• 不確実性が高い場合は、図を作成する前に不足しているパイプラインの詳細を確認してください。