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dicom-series-preflight

dicom-series-preflight

github.com/promptingcompanyデータ・データベース039 回インストール17 週間前に更新
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dicom-series-preflight について

Medical AI Skills の DICOM シリーズ事前確認スキルです。変換や推論の前に単一シリーズのディレクトリをスキャンし、JSON レポートを作成します。ヘッダーのみを確認し、ピクセルのデコード、臨床上の承認、匿名化は行いません。

主な機能

  1. 01単一シリーズディレクトリのスキャン
  2. 02ヘッダーのみを確認
  3. 03構成と方向情報の報告
  4. 04PHI のフラグ付けと所見の列挙
  5. 05pass・warn・fail の判定

活用シーン

  1. 01変換前の DICOM シリーズ確認
  2. 02推論前の構成と方向情報の確認
  3. 03事前確認結果によるワークフローの制御

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/promptingcompany/nv-skills --skill dicom-series-preflight

インストール後、Claude Code で/dicom-series-preflightを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイル

SKILL.md と一緒にインストールされる参考資料やスクリプト。

BENCHMARK.md
skill_manifest.yaml
skill-card.md
skill.oms.sig
evals/
evals.json
fixtures/
generate_fixtures.py
scripts/
preflight_series.py
tests/
test_preflight_series.py
validators/
output_schema.json

詳細

DICOM シリーズの事前チェック

目的

  • 変換または推論の前に、1 つの DICOM シリーズフォルダーを対象として、ヘッダーのみの事前チェックに使用します。匿名化や臨床上の適格性確認には使用しません。
  • ラッパーはドキュメントに記載されたとおりに使用してください。上流のエントリーポイントを手書きの実装に置き換えないでください。
  • マニフェスト I/O：入力は dicom_dir、出力は preflight_json です。

手順

  • 引数、副作用、検証ゲートを変更する前に、skill_manifest.yaml を確認してください。
  • 以下に記載されたコマンドを使用して scripts/preflight_series.py を実行し、出力は呼び出し元が指定した実行ディレクトリに保存してください。
  • ホストエージェントで run_script を使用できる場合は、run_script("scripts/preflight_series.py", args=[...]) を使用してください。それ以外の場合は、以下に示す Bash/Python コマンドを実行してください。
  • 実行結果を証拠として扱う前に、出力された JSON と、対応する検証ガイダンスを確認してください。

利用可能なスクリプト

スクリプト目的引数
scripts/preflight_series.pyskill_manifest.yaml で宣言されている主要なエントリーポイントです。PATH_TO_DICOM_DIR

前提条件

  • 実行時の要件：runtime.side_effects.pip_packages に記載されている Python パッケージ。
  • 以下のセクションに別途記載がない限り、リポジトリのルートからコマンドを実行してください。

制限事項

  • ヘッダーのみを対象とし、ピクセルデータのデコードや焼き込み済み PHI の検出は行いません。
  • 正準方向のゲートでは、LPS 由来の CT 軸コードが L,P,S であることを前提としています。
  • 圧縮転送構文とマルチフレームインスタンスは警告の対象ですが、デコードはされません。
  • 単一ディレクトリのみをスキャンします。1 つのツリー内に複数の検査がある場合、それらを照合しません。
  • 臨床導入、規制要件に基づく匿名化、自律診断、または十分に検証されたコンバーターを使用しない本番環境への取り込みには使用しないでください。

トラブルシューティング

エラー原因対処方法
依存関係の不足またはインポートエラーskill_manifest.yaml に記載された実行時パッケージとの不整合。マニフェストに記載されたパッケージをインストールするか、ドキュメントに記載されたセットアップコマンドを使用してください。
出力が空、またはスキーマが無効入力パスの誤り、未対応のモダリティ、または上流での失敗。既知のフィクスチャを指定して再実行し、ラッパーの JSON と標準エラー出力を確認してください。
検証ゲートの失敗出力が宣言されたエンジニアリング上の不変条件に違反しています。失敗した証拠パックを保持し、ゲートのメッセージを参考に入力またはラッパーコードを修正してください。

ピクセルをデコードせずに DICOM のディレクトリ（フォルダーごとに 1 シリーズ）をスキャンします。 インベントリ、方向軸コード、PHI フラグ、検出結果を含む JSON と、 pass、warn、fail のいずれかを示す preflight.verdict を出力します。

python scripts/preflight_series.py PATH_TO_DICOM_DIR

信頼できる事前チェックパックを作成するには、verifiers/dicom_preflight_quality_v1 と組み合わせてください。

make run-trusted SKILL=dicom_series_preflight \
  FIXTURE=skills/dicom-series-preflight/fixtures/clean_no_phi \
  OUT=runs/dicom_preflight_demo

主要なワークフロー：

make run-workflow \
  WORKFLOW=examples/workflows/dicom_preflight_gate.yaml \
  WORKFLOW_INPUT=skills/dicom-series-preflight/fixtures/clean_no_phi \
  WORKFLOW_OUT=runs/dicom_preflight_gate

匿名化、プライベートタグの確認、または臨床上の適格性確認には使用しないでください。

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