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extraction-form

extraction-form

github.com/willoscarデータ・データベース51745 回インストール3 週間前に更新
リポジトリ

extraction-form について

extraction-form は、evidence-review の文献抽出段階で使うスキルです。採択論文とプロトコルの項目から、後続の統合分析に使う正規化 CSV を作成します。

主な機能

  1. 01プロトコルの抽出項目を解析
  2. 02採択論文を選別
  3. 03正規化 CSV を生成
  4. 04論文の出典情報を保持
  5. 05説明的な内容を備考に分離

活用シーン

  1. 01スクリーニング結果を抽出表に整理
  2. 02採択論文をプロトコル項目ごとに記録
  3. 03後続の統合分析用データを準備

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/willoscar/research-units-pipeline-skills --skill extraction-form

インストール後、Claude Code で/extraction-formを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイルscripts/run.py

詳細

抽出フォーム

トリガーとルーティング

  • トリガー: 抽出フォーム、抽出テーブル、データ抽出、情報抽出、提取表。
  • 使用する場面: evidence-review がスクリーニング後に抽出(C4)へ進み、採択論文をフィールドごとに CSV に記録して、後続の統合を支援する必要がある場合。

スクリーニング済みの include 行とプロトコルスキーマを、evidence-review が使用する分析テーブルに変換します。

入力

必須:

  • papers/screening_log.csv
  • output/PROTOCOL.md

任意:

  • papers/paper_notes.jsonl

出力

  • papers/extraction_table.csv

契約

テーブルは次の要件を満たす必要があります。

  • 採択論文ごとに1行を含める
  • 出典情報の列(paper_id、title、year、url)を保持する
  • プロトコルで定義された抽出フィールドを含める
  • 自由記述の残余情報はスキーマ列ではなく notes に記録する

スクリプトの境界

scripts/run.py は次の処理を行います。

  • プロトコルから抽出スキーマを解析する
  • include 行を絞り込む
  • 正規化された CSV を生成する

受け入れ条件

  • 出力が存在する
  • include 行と抽出行が1対1で対応する
  • スキーマが output/PROTOCOL.md と一致する

対象外

  • 統合の執筆
  • バイアスのスコアリング

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