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Ginkgo Cloud Lab

概要

Ginkgo Cloud Lab（https://cloud.ginkgo.bio）は、Ginkgo Bioworks の自律型ラボインフラへのリモートアクセスを提供します。プロトコルは、ロボットアーム、磁気浮上式のサンプル搬送、70 種類以上の機器を網羅する産業グレードのソフトウェアを備えたモジュール式ユニット、Reconfigurable Automation Carts（RAC）で実行されます。

このプラットフォームには、EstiMate も含まれています。これは、人間の言葉で記述されたプロトコルを受け取り、掲載されているプロトコル以外のカスタムワークフローについて、実現可能性の評価と価格を提示する AI エージェントです。

カタログは、発現・精製（in vitro／無細胞／E. coli／Pichia）、特性評価・アッセイ、手法・ターゲットのオンボーディング、特殊プロトコルに分類されています。以下からプロトコルを選び、入力、出力、自動化されたワークフロー、注文方法については、対応するリファレンスファイルをご覧ください。

利用可能なプロトコル

発現・精製 - in vitro

プロトコル	測定結果	価格	所要期間	ステータス
IVT mRNA/circRNA 合成	qPCR（mRNA または circRNA、384 ウェル）	$99/サンプル	最長 12 営業日	認定済み

発現・精製 - 無細胞（E. coli CFPS）

プロトコル	測定結果	価格	所要期間	ステータス
配列発現の検証	合否判定用のタイター値＋純度（最大 1800 bp）	$39/サンプル	最長 10 日	認定済み
発現条件の最適化	24 条件での DoE	$199/サンプル	最長 11 日	認定済み
発現＋定量（HiBiT）	発光、精製なし	$39/サンプル	最長 11 日	認定済み
発現＋精製（A280）	Strep-tag、A280 収量	$149/サンプル	最長 11 日	認定済み
ミニバインダーの発現＋精製	Strep-tag、A280、LabChip	$149/サンプル	最長 11 日	認定済み
発現＋精製（A280＋LabChip）	Strep-tag、A280＋純度／サイズ	$159/サンプル	最長 12 日	認定済み

発現・精製 - E. coli

プロトコル	測定結果	価格	所要期間	ステータス
発現＋定量（HiBiT）	発光（最大 384 コンストラクト）	$79/サンプル	最長 3 週間	認定済み
発現＋精製（A280）	His-tag、A280 収量	$199/サンプル	最長 3 週間	認定済み
ミニバインダーの発現＋精製	His-tag、A280 収量	$199/サンプル	最長 3 週間	認定済み
発現＋精製（A280＋LabChip）	His-tag、A280＋純度／サイズ	$209/サンプル	最長 3 週間	認定済み

発現・精製 - Pichia

プロトコル	測定結果	価格	所要期間	ステータス
発現＋定量（LabChip）	分泌タンパク質、サイズ／純度（最大 96）	$89/サンプル	最長 4 週間	認定済み（新規）

特性評価・アッセイ

プロトコル	測定結果	価格	所要期間	ステータス
発現＋熱シフト	SYPRO Orange Tm（Tonset、TM1-3）	$159/サンプル	最長 12 日	認定済み
酵素反応生成物の検出（Echo-MS）	Echo-MS による基質／生成物	$44/サンプル	最長 13 日	ベータ版

メソッドとターゲットのオンボーディング

プロトコル	測定結果	価格	所要期間	ステータス
Echo-MS メソッドのオンボーディング	検量線、LOD/LOQ	分子あたり $799	最大 3 週間	認定済み
SPR ターゲットのオンボーディング	検証済み SPR キャプチャーメソッド	ターゲットあたり $1,399	最大 4 週間	ベータ

特殊プロトコル

プロトコル	測定結果	価格	所要期間	ステータス
蛍光ピクセルアートの生成	UV 写真、7 色の E. coli パレット	プレートあたり $25	最大 7 日	ベータ

近日公開： タンパク質発現と結合親和性の特性評価（発現・精製後、ターゲットに対する結合親和性をスクリーニングします）。

プロトコルの選び方

• 迅速な発現可能性スクリーニングが必要ですか？ セルフリー HiBiT（$39）または配列発現の検証（$39）。
• 精製タンパク質と収量が必要ですか？ A280 の各種プラン（セルフリーまたは E. coli）。純度・サイズの測定には LabChip を追加してください。
• 難易度の高いターゲット、膜タンパク質、ジスルフィド結合または補因子を含むターゲットですか？ セルフリー最適化（24 条件の DoE）。
• 分泌型または真核生物由来のターゲットですか？ Pichia 発現。
• de novo バインダー／ミニバインダーをスクリーニングしますか？ セルフリーまたは E. coli のミニバインダー各種プランを利用し、その後、速度論解析のために SPR のオンボーディングを行います。
• 酵素活性／バイオ触媒反応を調べますか？ Echo-MS による酵素検出（最初に分析対象物のメソッドをオンボーディングしてください）。
• 安定性／開発可能性を順位付けしますか？ 熱シフトアッセイ。
• RNA（mRNA/circRNA）ですか？ IVT 合成 + qPCR。

一般的な注文ワークフロー

1. https://cloud.ginkgo.bio/protocols でプロトコルを選択します
2. パラメーター（タンパク質／サンプル／分子／ターゲットの数、反復数、プレート数）を設定します
3. プロトコルの入力テンプレートをダウンロードし、入力データをアップロードします（配列プロトコルでは FASTA/CSV/XLSX、ピクセルアートでは Design Tool、オンボーディングではベンダーのカタログ番号）
4. 特別な要件があれば、Additional Details フィールドに記入します
5. メールアドレスを入力してプロトコルの利用規約に同意し、カートに追加／送信すると、実現可能性レポートと見積もりを受け取れます

上記に記載されていないプロトコルについては、EstiMate チャット（https://cloud.ginkgo.bio/estimate）でカスタムプロトコルを平易な言葉で説明すると、互換性評価と料金を確認できます。

認証

https://cloud.ginkgo.bio から Ginkgo Cloud Lab にアクセスしてください。アカウントの作成または機関経由のアクセスが必要となる場合があります。アクセスに関する質問は、[email protected] まで Ginkgo にお問い合わせください。

主なインフラストラクチャ

• RAC（再構成可能な自動化カート）： 高精度アームと磁気浮上式搬送を備えたモジュール式ロボットユニット
• Catalyst Software： プロトコルのオーケストレーション、スケジューリング、パラメーター設定、リアルタイムモニタリング
• 70 台以上の統合機器： Agilent Bravo 液体ハンドラー、Beckman/Labcyte Echo 音響ディスペンサー、BMG PHERAstar / Tecan Spark リーダー、Revvity LabChip、Bio-Rad CFX Opus、Nicoya Alto SPR、SciEx Echo-MS、Inheco/Cytomat インキュベーターなど
• Nebula： マサチューセッツ州ボストンにある Ginkgo の自律型ラボ施設

エージェントの実行手順

1. 環境を確認します。 装置またはプラットフォームのモデル、API のバージョン、認証情報、シミュレーターが利用可能かどうかを確認します。
2. 入力を特定します。 データまたはユーザーから、形式、識別子、パラメーターを確認します。結果に影響する値は推測せず、質問してください。
3. まず小規模に実行します。 実サンプルを使う前に、プロトコルをシミュレーションするか、水またはダミーのラボウェアを使って実行します。
4. 上記の手順と参考情報に従って、タスク全体を実行します。
5. 結果を検証します。 容量、デッキのレイアウト、ラボウェアの定義を確認し、実行前に人間の承認を得ます。
6. 報告します。 実行内容（バージョン、コマンド、パラメーター）、確認した内容、未確認の事項を記載します。

このような場合	対応
シミュレーションでプロトコルが失敗する	シミュレーション上で修正します。検証していないプロトコルをハードウェアで実行してはいけません。
この手順に記載されている関数、フラグ、エンドポイントがインストール済みのバージョンにない	インストール済みのバージョンのドキュメント（help()、--help、公式ドキュメント）を確認し、適宜対応してユーザーに伝えます。API を捏造してはいけません。
必須の入力、識別子、パラメーターが曖昧	ユーザーに確認するか、実行前に仮定を明示します。

誠実さに関するルール

• 結果、パラメーター、識別子、引用、統計を捏造してはいけません。実行または検証できない場合は、その旨を明確に伝えてください。
• ユーザーの明示的な確認なしに、物理的な操作、注文、課金を実行してはいけません。
• ここに記載されたバージョン固有の情報は古くなっている可能性があります。インストール済みのバージョンの公式ドキュメントで確認してください。
• 費用が発生する操作、共有 GPU やクラウドのクォータを消費する操作、個人データや患者データを扱う操作、取り消せない操作を行う前には、確認を求めてください。

関連スキル

• adaptyv：タンパク質実験の設計、申請、結果取得のために Adaptyv Bio Foundry API と Python SDK を使用する方法です。