human-protein-atlas-database

Human Protein Atlas（HPA）データベースの統合

このスキルは、Human Protein Atlas（HPA）から、タンパク質の発現量と細胞内局在に関する半定量データを提供します。RNA-seq（GTEx など）で遺伝子が転写されているかどうかが分かるのに対し、HPAでは、タンパク質産物が実際に存在するか、細胞内のどこに局在するか（核か細胞質かなど）、全身の血液循環中にどの程度の濃度で存在するかを確認できます。このデータは、正常なヒト組織およびがん種を対象とした免疫組織化学（IHC）に基づいています。

前提条件

1. uv：uv スキルを読み、セットアップ手順に従って、uv がインストールされ、PATH に設定されていることを確認してください。
2. ユーザーへの通知：ワークスペースのルートディレクトリに .licenses/human_protein_atlas_database_LICENSE.txt が存在しない場合は、まず（1）https://www.proteinatlas.org/about/licence の利用条件を確認するようユーザーに目立つ形で通知し、次に（2）通知内容とタイムスタンプを記録したファイルを作成してください。

使用する場面

次の用途では、このスキルを使用してください：

• HPA クエリ用に、遺伝子シンボルを Ensembl ID に対応付ける。
• IHC 染色に基づく、正常なヒト組織およびがん種のタンパク質存在量の半定量値（高、中、低、または検出されず）を取得する。
• タンパク質が局在する特定の細胞小器官や細胞内構造（核質、ミトコンドリアなど）を特定する。
• RNA-seq コンセンサスとタンパク質発現レベルの一貫性や一致度を確認する。
• 特定のタンパク質発現条件（「扁桃体で高発現」や「分泌タンパク質」など）に基づいて遺伝子を検索する。

次の用途では使用しないでください：

• eQTL、pQTL、またはバリアントレベルの関連をクエリする。HPA が提供するのは野生型の発現データであり、QTL に関する情報はありません。
• ヒト以外の種の遺伝子発現をクエリする。HPA はヒトのタンパク質のみを対象としています。
• タンパク質産物に関心がなく、定量的な RNA 発現のみを取得する（代わりに GTEx スキルの使用を検討してください）。

コマンド選択ガイド

最初から適切なコマンドを選んでください。 ユーザーの入力に対応するサブコマンドを以下から選択します。

• 遺伝子シンボルを Ensembl ID に対応付ける：resolve-ensembl-id
• 組織のタンパク質発現レベルを取得する：get-tissue-expression
• タンパク質の細胞内局在を取得する：get-subcellular-location
• 遺伝子の HPA メタデータ全体を取得する：get-atlas-entry
• 特定の条件に合う遺伝子を HPA で検索する：search-hpa

クイックスタート

# Map the ERBB2 gene symbol to its Ensembl ID
uv run scripts/hpa_cli.py resolve-ensembl-id ERBB2 --output /tmp/erbb2_id.json

# Get subcellular location by Ensembl ID
uv run scripts/hpa_cli.py get-subcellular-location ENSG00000141736 --output /tmp/erbb2_location.json

すべてのサブコマンドは JSON をディスクに書き込みます。出力は必ず /tmp/ ディレクトリに保存してください。--output を指定しない場合、出力ファイルは /tmp/hpa_output.json になります。

コマンド

1. resolve-ensembl-id — 遺伝子シンボル → Ensembl ID

一般的な遺伝子シンボル（「TP53」、「ERBB2」など）を Ensembl 遺伝子 ID に対応付けます。HPA のエンドポイントは Ensembl ID のみを対象としています。

uv run scripts/hpa_cli.py resolve-ensembl-id TP53 --output /tmp/tp53_id.json

引数：

• gene_symbol（位置引数）：標準的な遺伝子シンボル（「TP53」など）。
• --output：出力ファイルのパス（デフォルト：/tmp/hpa_output.json）。

2. get-tissue-expression — 組織のタンパク質レベルを取得

IHC 染色に基づいて、組織とそれに対応するタンパク質発現レベル（高、中、低、または検出されず）の一覧を返します。

uv run scripts/hpa_cli.py get-tissue-expression ENSG00000130234 \
  --tissues "duodenum,thyroid gland" --output /tmp/tissue_expr.json

引数：

• ensembl_id（位置引数）：Ensembl 遺伝子 ID。
• --tissues：絞り込み対象の組織をカンマ区切りで指定します（任意。デフォルトでは利用可能なすべての組織が対象です）。
• --output：出力ファイルのパス（デフォルト：/tmp/hpa_output.json）。

3. get-subcellular-location — 細胞内局在を取得

タンパク質が局在する特定の細胞小器官や細胞構造を取得します。

uv run scripts/hpa_cli.py get-subcellular-location ENSG00000141736 \
  --output /tmp/subcellular.json

引数：

• ensembl_id（位置引数）：Ensembl 遺伝子 ID。
• --output：出力ファイルのパス。

4. get-atlas-entry — HPA エントリー全体を取得

IHC スコア、RNA-seq コンセンサス、細胞内局在など、遺伝子のメタデータ全体を取得します。

uv run scripts/hpa_cli.py get-atlas-entry ENSG00000254647 \
  --output /tmp/ins_entry.json

引数:

• ensembl_id（位置引数）：Ensembl Gene ID です。
• --format：返されるエントリーの形式です。例：json（デフォルト：json）。
• --output：出力ファイルのパスです。

5. search-hpa — 属性で検索

特定の条件（例：「扁桃体で発現量が高い」）に基づいて遺伝子を絞り込めます。

uv run scripts/hpa_cli.py search-hpa \
  --query "brain_category_rna:amygdala" \
  --output /tmp/search_results.json

引数:

• --query：検索クエリ文字列です。詳細については references/search-api.md を参照してください。
• --output：出力ファイルのパスです。

基本ルール

• ラッパーを使用する：データベースに直接アクセスするのではなく、必ず提供されているヘルパースクリプトを実行してデータベースを照会してください。スクリプトが公正利用を自動的に徹底し、再試行ロジックを実装しています。
• 通知：このスキルを使用した場合は、出力内でそのことに触れてください。

API のバージョン管理

www.proteinatlas.org の HPA ウェブサイトでは、常に最新のデータリリースが提供されます。以前のアーカイブ版には vNN.proteinatlas.org（例：v24.proteinatlas.org）からアクセスできます。一方、現行バージョンのサブドメインは www.proteinatlas.org にリダイレクトされます。このスキルのスクリプトはデフォルトで最新バージョンを照会します。

よくあるエラー

• 結果が返されない場合は、references/search-api.md の API リファレンスを参照して、クエリに十分な詳細が含まれていることを確認してください。
• 結果が見つからない場合は、ウェブで HPA クエリの例を検索し、それらを参考にしてより適切なクエリを作成してください。
• 出力は通常、大量になります。jq を使うか、独自の Python データ解析ライブラリを作成して検索結果を処理してください。標準出力に出力したり、出力ファイルを cat で表示したりしないでください。