jaspar-database

JASPAR スキル

JASPAR は、Position Frequency Matrix（PFM）として保存されている転写因子（TF）結合プロファイルの、決定版ともいえるオープンアクセスデータベースです。

抽象的な配列モチーフやゲノム領域を、特定の生物学的調節因子に対応付けるには、このスキルを使用してください（例：「ここに結合する TF は何ですか？」や「CTCF のモチーフは何ですか？」）。

前提条件

1. uv：uv スキルを読み、そのセットアップ手順に従って、uv がインストールされ、PATH に設定されていることを確認してください。
2. ユーザーへの通知：ワークスペースのルートディレクトリに .licenses/jaspar_database_LICENSE.txt がまだ存在しない場合は、（1）https://jaspar.elixir.no/ および https://jaspar.elixir.no/api/ の利用規約を確認するよう、ユーザーにはっきりと通知し、（2）通知文とタイムスタンプを記録したファイルを作成してください。

基本ルール

重要：次の事項を守り、JASPAR API の利用規約を遵守する必要があります。

• ラッパーを使用する：データベースに直接アクセスするのではなく、必ず提供されているヘルパースクリプトを実行してデータベースに問い合わせてください。スクリプトが必要なレート制限を適切に自動適用します。
• API ウィンドウの最大サイズ：1 回の API クエリにおけるゲノムウィンドウのサイズは、100,000 bp（100kb）を超えてはなりません。大きな領域を問い合わせる場合、jaspar_api.py スクリプトが大きなリクエストを自動的に分割し、この制限を回避します。
• 有効なマトリックス ID：get_tf_motif、get_tf_metadata、get_tf_pwm には、安定した JASPAR Matrix ID（例：MA0488.2）が必要です。ユーザーが遺伝子シンボル（例：JUN）を指定した場合は、まず resolve_tf_id を使って解決する必要があります。
• 分類群 ID が必要：ID の解決には、検索対象を絞り込むために tax_id が必要です。一般的な ID：ヒト=9606、マウス=10090。
• 通知：このスキルを使用した場合は、その旨を出力に記載してください。

ユーティリティスクリプト

同梱されている Python スクリプトを使用して、すべてのコマンドを実行してください。

1. TF を Matrix ID に解決する

転写因子名を安定した Matrix ID に対応付けます。遺伝子名のみが指定されている場合、モチーフ取得前に必ず実行する手順です。

uv run scripts/jaspar_api.py resolve_tf_id --name "JUN" --tax-id 9606

2. TF モチーフ（PFM）を取得する

特定の TF の生の Position Frequency Matrix を取得します。--format フラグに対応しています。

uv run scripts/jaspar_api.py get_tf_motif --matrix-id "MA0488.2"
uv run scripts/jaspar_api.py get_tf_motif --matrix-id "MA0488.2" --format meme

3. TF メタデータを取得する

TF のクラス、ファミリー、および外部データベース（例：UniProt）へのリンクを取得します。--format フラグに対応しています。

uv run scripts/jaspar_api.py get_tf_metadata --matrix-id "MA0488.2"
uv run scripts/jaspar_api.py get_tf_metadata --matrix-id "MA0488.2" --format yaml

4. PWM（Position Weight Matrix）を計算する

マトリックスの PFM を取得し、対数オッズスコア（PWM）に変換します。

uv run scripts/jaspar_api.py get_tf_pwm --matrix-id "MA0488.2"
uv run scripts/jaspar_api.py get_tf_pwm --matrix-id "MA0488.2" --pseudocount 0.1

5. タンパク質配列からマトリックスを推定する

生の転写因子タンパク質配列から、JASPAR のマトリックスプロファイル候補を推定します。

uv run scripts/jaspar_api.py infer_from_sequence --sequence "QAQLLPSHHVG"

6. TF Flexible Model（TFFM）を取得する

JASPAR TF Flexible Model のメタデータを取得します。（注：JASPAR TFFM のエンドポイントでは、500 Internal Server エラーが発生することがあります。）

uv run scripts/jaspar_api.py get_tffm --tffm-id "TFFM0001.1"

出力形式

get_tf_motif および get_tf_metadata コマンドは、省略可能な --format フラグを受け付けます。対応形式：json（デフォルト）、jsonp、jaspar、meme、transfac、pfm、yaml。

避けるべきパターン

• 禁止：遺伝子シンボル（例：JUN）を get_tf_motif に渡さないでください。MA... Matrix ID を渡す必要があります。
• 禁止：TF 名を解決する際に --tax-id を忘れないでください。
• 禁止：組織特異的なエピジェネティックな利用可能性の判定に、このスキルを使用しないでください（JASPAR が示すのは結合の可能性であり、組織における実際の発現状況ではありません）。
• 禁止：特定のタンパク質変異が結合に及ぼす影響のモデル化に、このスキルを使用しないでください。