mcpField
L
lammps-workflows

lammps-workflows

github.com/chatmaterialsその他2953 回インストール33 週間前に更新
リポジトリ

lammps-workflows について

LAMMPSの分子動力学ワークフローを設定、確認、復旧するスキルです。入力ひな形の生成、ジョブ検査、ログ要約、復旧案のスクリプトを備え、力場やシミュレーションの前提を明示します。

主な機能

  1. 01最小化、NVT、NPT、再開用の入力ひな形を生成
  2. 02入力、データ、ポテンシャルファイルの参照を検査
  3. 03LAMMPSログと実行状況を要約
  4. 04失敗または不安定な実行の復旧案を提示
  5. 05状況レポートと入力候補をエクスポート

活用シーン

  1. 01保守的なLAMMPS入力ワークフローを作成
  2. 02作業ディレクトリの参照ファイル不足を確認
  3. 03シミュレーション実行の熱力学出力を要約
  4. 04破損または不安定なシミュレーションを診断

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/chatmaterials/lammps-workflows --skill lammps-workflows

インストール後、Claude Code で/lammps-workflowsを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイル

SKILL.md と一緒にインストールされる参考資料やスクリプト。

README.md
LICENSE
.gitignore
.github/
CODEOWNERS
dependabot.yml
pull_request_template.md
.github/ISSUE_TEMPLATE/
bug_report.md
config.yml
feature_request.md
.github/workflows/
ci.yml
agents/
openai.yaml
fixtures/completed/
in.lammps
log.lammps
system.data
fixtures/nan-thermo/
system.data
log.lammps
in.lammps
references/
failure-modes.md
lammps.md
force-fields.md
schedulers.md
scripts/
export_recovery_plan.py
check_lammps_job.py
export_input_suggestions.py
recommend_lammps_recovery.py
run_regression.py
summarize_lammps_log.py
make_lammps_inputs.py
export_status_report.py

詳細

LAMMPS ワークフロー

このスキルは、LAMMPS の実用的なセットアップ、レビュー、再開タスクに対応します。依頼が LAMMPS、in.lammps、log.lammps、力場の設定、データファイル、またはサーモスタットやバロスタットのワークフローに関する場合に使用してください。

使用する場面

依頼で次の内容に言及または関連する場合に、このスキルを使用してください。

  • LAMMPS、in.lammps、log.lammps、read_data、pair_style、pair_coeff、thermo
  • 最小化、平衡化、NVT、NPT、再開ファイル、またはスケジューラースクリプト
  • 古典的 MD または原子論的シミュレーションのセットアップ。平面波 DFT は対象外です。

基本方針

不足している情報は、次の順に優先して確認してください。

  1. シミュレーションの目的：最小化、NVT、NPT、または再開
  2. 単位系、原子スタイル、力場ファミリー
  3. 構造のソース：read_data、read_restart、または生成された構造
  4. 温度、圧力、タイムステップ、実行時間
  5. スケジューラーと MPI または OpenMP の構成

次の内容を、説明なく推測してはいけません。

  • 化学的な判断が重要な系の力場
  • 単位系や原子スタイル
  • 長距離静電相互作用、拘束、または特別な fix が必要かどうか
  • 力場の定義を変更した場合に再開ファイルとの互換性があるかどうか

ワークフロー

1. 依頼を分類する
  • セットアップ：in.lammps、実行スクリプト、ステージ構成を作成または編集します。
  • レビュー：既存の LAMMPS ディレクトリを調べ、状況を要約します。
  • 復旧：入力、力場、または実行時の問題を診断し、安全性を保てる最小限の修正を提案します。
2. 必要最小限のコンテキストを集める

コード固有の変更を推奨する前に、次の点を確認してください。

  • 使用する力場と、必要なポテンシャルファイル
  • 単位系と原子スタイル
  • 構造のソースと、ボックスのトポロジーがすでに有効かどうか
  • 目標とするアンサンブルと物理条件
  • スケジューラー環境
3. 同梱のヘルパーを使用する
  • scripts/make_lammps_inputs.py 最小化、NVT、NPT、または再開用の、保守的な入力のひな形を生成します。
  • scripts/check_lammps_job.py LAMMPS ディレクトリを確認し、入力、データ、またはポテンシャルファイルの参照が不足していないかを調べます。
  • scripts/summarize_lammps_log.py サーモブロックのヒューリスティックを使用して、log.lammps または実行ディレクトリを要約します。
  • scripts/recommend_lammps_recovery.py 破損または不安定な LAMMPS 実行を、具体的な復旧ガイダンスに変換します。
  • scripts/export_status_report.py LAMMPS の作業ディレクトリから、共有可能な Markdown 形式の状況レポートをエクスポートします。
  • scripts/export_input_suggestions.py 検出された復旧パターンに基づき、保守的な LAMMPS 入力の提案スニペットをエクスポートします。
4. 必要な場合に限り、関連するリファレンスを読み込む
  • LAMMPS ワークフローのガイダンス：references/lammps.md
  • 力場とデータファイルのリスク：references/force-fields.md
  • 失敗への対処：references/failure-modes.md
  • スケジューラーに関する考慮事項：references/schedulers.md
5. 監査可能な回答を提示する

LAMMPS の変更を推奨する場合は、必ず次の内容を含めてください。

  • 想定するアンサンブルと単位系
  • 想定する力場またはポテンシャルファミリー
  • ユーザーが確認する必要のある、未解決の入力ファイルや化学的な判断事項
  • 次回の実行後に確認すべき出力

ガードレール

  • 力場が誤っていれば、in.lammps の形式が正しくても不十分です。
  • minimize、NVT、NPT を同じものとして扱わず、選んだアンサンブルが目的に合う理由を説明してください。
  • 参照されているデータファイルまたはポテンシャルファイルが不足している場合は、その旨を明確に伝えてください。

品質基準

  • ワークフローの助言は、実際のアンサンブルと力場に関する想定に基づくものにしてください。
  • 構文上の問題とモデルの品質に関する問題を区別してください。
  • 現在の入力にプレースホルダーが残っている場合は、その点を明確に指摘してください。

コメント

Markdown 対応