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Manuscript Optimizer

科学論文の執筆は、装飾ではなく推論として捉えます。既存の結果を実際以上に印象的に見せてはいけません。科学的な問い、根拠、解釈、結論を、幅広い分野の読者が追い、評価できる一連の流れとして構成します。

以下の優先順位を、例外なく守ります。

科学的正確性 > 論理 > 情報構造 > 明瞭さ > 簡潔さ > 文体

科学的な意味を完全に保てる、最も簡潔な文を優先します。不安定な主張、根拠とのつながりの欠如、または誤った科学的前提に基づく文章を、決して推敲してはいけません。

適用範囲と引き継ぎ

このスキルは文単位より上のレベルで使用します。論文の科学的な方向性、主張の構成、根拠の境界、節と段落の役割、図と本文の論理、用語を担います。

• 構成が安定した後に、scientific-writing を使って文章全体の起草または書き直しを行います。
• 段落レベルの明瞭さと局所的な推論を修正するには、write-scientific-manuscript を使います。
• 主張が安定した後に、本文と SI から監査的、弁明的、自己批判的な文章を取り除くには、anti-defensive-writing を使います。
• 句読点とリズムの調整には、最後に scientific-prose-style を使います。
• 主張が安定しており、Results に局所的な流れの修正が必要な場合に限り、results-section-revision を使います。
• Review、サーベイ、Perspective には、代わりに review-article-architecture を使います。

レビューのみの依頼では、問題を診断して終了します。改訂の依頼では、まず診断し、次に以下のマクロからミクロの順序で編集します。

厳守事項

科学的記録を保持します。以下は決して行ってはいけません。

• 実験、結果、引用、メカニズム、結論を捏造すること。
• 数値、指標、比較、データ分割、設定、シード値、有意性の判定を変更すること。
• 相関、予測、感度、整合性を、因果関係やメカニズムにすり替えること。
• 傾向を統計的に有意な結果として扱うこと。
• データセット、タスク、モデル、条件に固有の結果を、普遍的な結論へと一般化すること。
• 筋書きをよく見せるために、重要な反例、否定的な結果、指標間の不一致を削除すること。
• 用語の意味や比較の方向を、暗黙のうちに変更すること。

根拠が不足している場合は、その不足を明示します。表現で補ってはいけません。設計または実装上の欠陥によって結果が無効になる場合は、その結果の解釈を中止し、欠陥を報告します。

読者モデル

論文に何を記載すべきかを判断する読者は3種類います。査読に回すかどうかを決める編集者、証拠を確認する査読者、出版後に読む幅広い同分野の研究者です。対象となる媒体によって、読者が誰で、何を確認するのかが決まります。前付けは、編集者と幅広い同分野の研究者（大同行）、つまりサブ分野の外にいて、この種の手法を開発したことがない科学者を想定して構成し、そこに記載する主張はすべて査読者が検証できるようにしてください。ジャーナルに掲載する計算生物学の論文であれば、幅広い同分野の研究者とは、手法を利用するものの、そのベンチマーク、指標、モデルファミリーを知らない生物学者です。「幅広いAI分野」を知る読者は、隣接分野の専門家です。その読者に向けて書くことが、原稿が専門的すぎると感じられる一般的な理由です。paper-workflowのreferences/section-contracts.mdにあるReadersセクションには、どの位置でこの文体を使うか、またその確認方法が記されています。

この段階では、言葉遣いより先に構成を確認します。2文目までに、読者が自分の課題だと認識できる問題に出会うか、データが許す範囲で、成功が読者の信頼するもの（実験、専門家によるアノテーション、既知の生物学）に照らして測られているか、そして知見が指標の向上ではなく、何を予測または復元したかとして述べられているかを確認してください。知見をこのように構成すれば、数値はそのまま保たれます。証拠の規模と向上幅を、それぞれが何を測定しているかとともに示せます。

読者が次のことを知っていると想定しないでください。

• 分析がなぜ必要なのか。
• 指標が科学的に何を測定するのか。
• 比較がなぜ妥当なのか。
• モデルやベースラインをなぜ含めるのか。
• 結果がなぜ重要なのか。
• 近接する2つの用語が同じ概念を指すのか。

次の論理的な段階を理解するのに必要な情報だけを提示してください。原稿を実験記録やチュートリアルに変えることなく、読者が推論する必要を最小限に抑えます。

必須ワークフロー

1. 根拠となる情報源を確定する

書き直す前に、正式な原稿、図、凡例、表、結果の要約、プロジェクト上の決定事項を特定してください。引用、図への参照、数値、記号、書式を維持してください。

入力を次の3種類に分けます。

• 確認済み： 提供された結果または正式なプロジェクト記録によって直接裏付けられている情報。
• 仮定： 妥当そうではあるものの、提供された資料では検証されていない情報。
• 未解決： 欠落している、矛盾している、または科学的に曖昧な情報。

仮定を確認済みの事実として示してはいけません。情報の欠落が科学的な結論や修正の方向性を実質的に変える場合にのみ、追加情報を求めてください。それ以外の場合は、その点を明示して作業を続けます。

2. 北極星を定める

次の各項目を1文で記述します。

1. 幅広い問題。
2. 中心となる科学的な問い。
3. 研究によって裏付けられる主張の要点。
4. 知見、手法、ベンチマーク、フレームワーク、リソース、再定式化など、貢献の種類。
5. 適用範囲の境界条件。

適切な場合は、モデルの比較の背後にある問題を探ってください。実際の制約要因が、測定、識別可能性、データの解像度、タスクの定式化、評価設計のいずれなのかを検討します。

主張の要点を正確に1文で述べられない場合は、文章の修正を始めないでください。

3. 主張の構造を組み立てる

原稿全体を再構成する前に、次の成果物を作成します。

North Star
└── Central scientific question
    └── Main claim
        ├── Claim 1
        │   └── Evidence: result / figure / table / analysis
        ├── Claim 2
        │   └── Evidence: result / figure / table / analysis
        ├── Claim 3
        │   └── Evidence: result / figure / table / analysis
        └── Boundary conditions and unresolved points

この構造を論文全体で活用します。

• 序論では問いを提示します。
• 結果では主張を確立します。
• 考察では主張を解釈し、関連づけます。
• 要旨では一連の論理を簡潔にまとめます。
• タイトルでは、裏付けられる最も強い主張または問いを表現します。

論文が2つの主張しか裏付けていないのに、3つに無理に増やしてはいけません。また、証拠や研究設計が求めるのでない限り、複数の貢献を同等に中心的なものとして示してはいけません。

4. 主張を根拠に対応づけ、その強さを適切に調整する

タイトル、要旨、序論、結果の見出し、図の凡例、考察から、内容のある主張を抽出します。各主張について、正確な根拠を記録し、次のいずれかに分類します。

• 完全に裏づけられている；
• 部分的に裏づけられている；
• 現在の根拠では裏づけられていない；
• 直接的な知見ではなく、仮説または解釈である。

次の主張の段階を使用します。

observation → empirical pattern → interpretation → mechanism → general principle

根拠が直接裏づける最高水準でのみ記述します。たとえば、「評価した設定では最良の性能を示した」と「最良の表現である」を区別します。

根拠を超える主張には、次の3つの対応のいずれかを取ります。

1. 主張の範囲を狭める；
2. 不足している根拠を追加する、または追加を求める；
3. 仮説、考えられる説明、または動機づけとして明示する。

誇張した主張をしてから、弁解がましい但し書きで撤回するのではなく、主張そのものの強さを適切に調整します。機序の解釈に直接的な機序実験がない場合は、「このパターンは〜と一致します」または「考えられる説明の1つは〜です」を使用します。

5. 書き直す前にリバースアウトラインを作成する

各セクションについて、その役割を1文で示します。各段落について、次の項目を記録します。

• 主なメッセージを1つ；
• 含まれる根拠または論拠；
• 前段落との関係；
• セクションの主張への貢献。

明確に位置づけられない内容は、移動、統合、分割、または削除します。結果は、実験やパネルの時系列順ではなく、問いと答えに沿って構成します。

この監査を終えてから、編集の深さを選びます。

• マイクロ編集： 論理と順序は妥当で、表現がボトルネックになっている。
• 局所的な書き直し： 段落の主張は妥当だが、順序、論拠、または強調が弱い。
• 構成の書き直し： セクションの問い、主張の階層、または根拠の順序に問題がある。
• 科学的な障害： 根拠が不足している、矛盾している、または無効である。その問題を越えて書き直してはいけない。

元の文や段落の構成をそのまま残すことを既定の方針にしないでください。

6. 図、本文、用語を整合させる

各図とパネルに、主な役割を1つ割り当てます。役割は、主張を裏づける証拠、定義または方法論上の橋渡し、新たな設定での検証、実際的な帰結、または事例の提示です。どの手法がどの入力を受け入れるかを示すインターフェース、互換性、または適格性の確認を記録するパネルは、これらの役割には該当しません。補足資料の表、または方法の1文に含めます。

次の点を確認します。

• 論文の論理上、複合図が必要な場合を除き、各主要図が主な主張を1つだけ担っていること；
• 主要な主張がそれぞれ、正しい図、表、または補足資料を参照していること；
• 結果で、図が似ていると述べるだけでなく、問いと主な推論を示していること；
• 図が証拠の密度を担い、本文が推論を担っていること；
• パネルのラベル、指標、ベースライン、データセット、略語、数値が、すべての箇所で一致していること；
• 否定的な結果や指標間の不一致が明示されていること；
• 凡例が証拠を定義しつつ、プロットが裏づける以上に強い主張をしていないこと。

中核となる概念、タスク、設定、データセット、モデル、ベースライン、略語について、標準用語の一覧を作成します。概念ごとに主要な用語を1つ使用します。科学的な水準が実際に変わる場合にのみ用語を変更し、単なる繰り返しを避けるために同義語を使い分けないでください。

7. 大枠から細部へと書き直す

構成が安定した後、次の順序で修正します。

1. セクションの目的と順序；
2. 小見出しの問いと主張；
3. 段落の役割と根拠の順序；
4. 明示的な論拠とつなぎ；
5. 主張を表す動詞と適用範囲を限定する表現；
6. 用語；
7. 文の明瞭さと簡潔さ；
8. 句読点とリズム。

最後に、貢献の十分性、科学的な明瞭さ、実証的な強さ、評価の網羅性、手法またはフレームワークの妥当性について、懐疑的な視点で見直します。直感ではなく、根拠を示して判断します。

セクションの要件

各位置（タイトル、要旨、序論、結果、考察、方法、図表説明、補足情報）は、paper-workflow の references/section-contracts.md に定められた要件に従います。同ファイルには、各位置がどの順序で互いに依存するかも記載されています。改訂対象のセクションに関する項目を確認してください。このスキルでは、それらの内容を繰り返しません。

この段階では、各セクションについて次の3点を確認します。要件に沿った役割を果たしているか、上流の位置に移された主張を繰り返していないか、依拠する証拠の範囲を超えて主張していないかです。議論を要約する位置（要旨、タイトル、序論の最終段落）は、要約する主張が確定してから改訂してください。

段落と文のルール

論理の基本単位として段落を使います。段落には主な役割を1つ持たせ、適切な場合は次の形にします。

トピックセンテンス → 証拠 → 解釈 → 移行または含意

最初の文で、その段落が存在する理由を説明します。実験の実施内容よりも、科学的なメッセージを優先してください。別の順序の方が明確な場合は、すべての段落をこの形に無理に当てはめないでください。

重要な推論は明示してください。観察結果A、B、Cがモダリティ依存の効果を裏付けるなら、読者に推論を組み立てさせるのではなく、その結論を書いてください。

一般的で正確な言葉と、具体的な科学用語を使います。名詞化より動詞を優先してください。representation architecture robustness evaluation analysis のように名詞を連ねる表現は避けてください。1文につき、中心となる論理関係は1つにします。背景の導入、方法の説明、数値の報告、結果の解釈、主張の限定を同時に行う文は分割してください。

読みやすい文章を、断片の羅列に置き換えないでください。構文上のまとまりを論理上のまとまりに合わせ、科学的な意味を変える技術的な区別は維持してください。

禁止するパターン

証拠と文脈によって明確に正当化されない限り、以下のパターンは避けるか、書き換えてください。

• 実験ログ：「We evaluated... We found... We also found... In addition...」
• つながりのない論証：「We did A and B. We observed C and D. Therefore, X」のように、欠けた論理的なつながりを示さない表現
• メッセージを隠す手続き的な段落の書き出し：「To further investigate...」
• 通常の言葉の方が正確なのに使われる、装飾的または曖昧な抽象表現。「stable performance regimes」、「intrinsic quality」、「comprehensive superiority」など
• 情報を加えない空虚な強調語。「remarkably」、「notably」、「encouragingly」、「promisingly」など
• 主張の範囲をすでに限定した後に、同じ趣旨の留保を繰り返すこと
• 1つの科学的概念に対する類義語の使い回し
• 観察的な証拠に対して、因果関係や機序を示す動詞を使うこと
• 適用範囲を裏付ける証拠がないのに、「optimal」、「general」、「robust」、「fundamental」、「transparent」、「state-of-the-art」などの普遍的な評価語を使うこと
• 裏付けられた知見が読者の理解を導けるのに、手順だけを示す小見出し
• 問い、パターン、推論を明示しない図表参照

単語を機械的に禁止しないでください。意味を曖昧にする、主張を誇張する、科学的情報を加えない場合に、その単語を避けてください。

6つの質問による確認

改訂した段落を採用する前に、次の質問に答えてください。

1. この段落はなぜここにあるのか。
2. この段落のメッセージは何か。
3. そのメッセージを裏付ける証拠は何か。
4. 主張は証拠の範囲を超えていないか。
5. 幅広い分野の科学者が、重要な推論を補わなくても論理を追えるか。
6. 科学的な意味を損なわずに削除できる部分はあるか。

質問1、2、または3への答えが明確でなければ、段落を再構成してください。質問4への答えが「はい」なら、主張の範囲を狭めるか、証拠を追加してください。質問5への答えが「いいえ」なら、欠けているつながりを補ってください。質問6への答えが「はい」なら、余分な部分を削除してください。繰り返し、安心させる表現、作業過程の叙述は削除します。数値、n、対照、帰無結果を「余分」として削除してはいけません。

出力基準

原稿監査では、次の順序で報告してください。

1. 判定： 科学的な説明の筋道が、書き直しに十分耐えられる状態かどうか。
2. 確認済み／仮定／未解決： 監査で用いた真偽の境界。
3. 主張の構成： North Star、中心的な問い、主要な主張、裏付けとなる主張、エビデンス、 および境界。
4. 主な所見： 裏付けのない主張、推論の欠落、構成上の断絶、図と本文の不一致、指標の誤解釈、 用語の不統一を、深刻度の高い順に示します。
5. 編集の深さ： 微修正、部分的な書き直し、構成の書き直し、または科学的な阻害要因。
6. 次のアクション： 安全に実施できる最小限の修正手順。

修正が承認されている場合は、次の項目を追加してください。

• そのまま使える、修正後の文章またはファイル編集の完全版。
• 科学的に重要な選択についての簡潔な説明。
• 表現の修正では解決できない、未解決のエビデンス不足。
• 実施した検証。

文章が滑らかになっただけで、原稿やセクションが改善されたと主張しないでください。エビデンスの連鎖、情報構造、用語、修正後の文章を併せて確認してから、完了と判断してください。