meta-manuscript-assembly

メタアナリシス論文の組み立て

投稿用の、出版可能な品質の表、図、参考文献を作成し、システマティックレビューおよびメタアナリシスの論文を完成させます。

使用するタイミング

• 解析完了後にメタアナリシス論文を仕上げるとき
• メタアナリシスの結果から表を作成するとき
• フォレストプロット／ファンネルプロットから複数パネルの図を組み立てるとき
• システマティックレビュー用の BibTeX 参考文献を生成するとき
• 影響力の大きいジャーナル（Lancet、JAMA、NEJM）向けに論文を整えるとき

前提条件

このスキルを使用する前に、次のものが揃っていることを確認してください。

• 結果表（CSV 形式）を含むメタアナリシスの完了
• 個別の図の生成（300 DPI の PNG）
• 論文の各セクションの執筆（抄録、序論、方法、結果、考察）
• 必要な引用文献の一覧

ワークフロー

フェーズ 1：表の作成

解析結果から包括的な表を作成します。

本文の表

1. 表 1：試験の特性

   • extraction.csv などから抽出します
   • 含める項目：NCT 番号、筆頭著者、年、デザイン、サンプルサイズ、介入の詳細、追跡期間
   • 略語一覧を付けて、Markdown 形式で作成します

2. 表 2：有効性アウトカムの要約

   • すべてのメタアナリシス（pCR、生存アウトカム）の結果をまとめます
   • 含める項目：効果推定値、95% CI、p 値、I²、絶対利益、NNT
   • GRADE の確実性評価を追加します

3. 表 3：安全性アウトカムの要約

   • 安全性メタアナリシスの結果から作成します
   • 含める項目：有害事象、発生率、RR/OR、NNH
   • 臨床的な管理指針を追加します

補足表

4. バイアスリスク評価

   • RoB 2 または ROBINS-I ツールの形式を使用します
   • 各試験について、ドメインごとに評価します
   • 根拠を示して全体的なリスクを評価します

5. GRADE エビデンスプロファイル

   • Summary of Findings 表の形式にします
   • 確実性評価を含むすべてのアウトカムを記載します
   • ドメインごとの根拠を記載します（バイアス、不一致、非直接性、不精確性）

6. 詳細な結果表

   • 個別の試験結果
   • サブグループ解析
   • 感度分析

フェーズ 2：図の組み立て

出版可能な品質の複数パネルの図を作成します。

ツール：PIL/Pillow を使った Python スクリプト

# Create assemble_figures.py
from PIL import Image, ImageDraw, ImageFont
from pathlib import Path

def add_panel_label(img, label, position='top-left', font_size=80, offset=(40, 40)):
    """Add A, B, C labels to panels"""
    draw = ImageDraw.Draw(img)

    # Try to use system font
    try:
        font = ImageFont.truetype("/System/Library/Fonts/Helvetica.ttc", font_size)
    except:
        font = ImageFont.load_default()

    x, y = offset

    # Draw white background box for visibility
    bbox = draw.textbbox((x, y), label, font=font)
    padding = 10
    draw.rectangle(
        [bbox[0] - padding, bbox[1] - padding,
         bbox[2] + padding, bbox[3] + padding],
        fill='white',
        outline='black',
        width=2
    )

    draw.text((x, y), label, fill='black', font=font)
    return img

def create_multi_panel_figure(images_list, output_path, labels=['A', 'B', 'C'], spacing=40):
    """Combine multiple images vertically with labels"""
    # Add labels to images
    labeled_images = [add_panel_label(img, label) for img, label in zip(images_list, labels)]

    # Calculate dimensions
    max_width = max(img.width for img in labeled_images)
    total_height = sum(img.height for img in labeled_images) + spacing * (len(labeled_images) - 1)

    # Create combined image
    combined = Image.new('RGB', (max_width, total_height), 'white')

    # Paste images
    y_offset = 0
    for img in labeled_images:
        combined.paste(img, (0, y_offset))
        y_offset += img.height + spacing

    # Save at 300 DPI
    combined.save(output_path, dpi=(300, 300))
    return output_path

典型的な図の構成

本文：

• 図 1：有効性の複数パネル図（pCR、EFS、OS のフォレストプロット）
• 図 2：サブグループ解析（例：バイオマーカーの状態別）
• 図 3：安全性と出版バイアス（SAE のフォレストプロット、ファンネルプロット）

補足資料：

• 補足図 1：感度分析（1 件ずつ除外したプロット）
• 補足図 2：出版バイアス（すべてのアウトカムのファンネルプロット）

フェーズ 3：参考文献の管理

包括的な BibTeX ファイルを作成します。

手順：

1. grep を使って論文からすべての引用を抽出します

   grep -E "¹|²|³|⁴|⁵|⁶|⁷|⁸|⁹|⁰|\[\d+\]" manuscript_sections.md
   

2. 各参考文献の BibTeX エントリを作成します

   • すべてのエントリに DOI を含めます
   • 標準化されたジャーナル略称（Index Medicus）を使用します
   • 著者名を正しく書式設定します

3. 対応表を作成します

   • 上付き文字（¹、²、³）を BibTeX キーに対応付けます
   • 論文内の引用箇所を記録します

4. 使用ガイドを作成します

   • Pandoc の変換手順
   • Zotero へのインポート手順
   • 手動での書式設定例（Lancet、JAMA のスタイル）

フェーズ 4：図のキャプション

すべての図に包括的なキャプションを作成します。

キャプションの構成：

**Panel A. Outcome Name**
Description of what the panel shows. Forest plot showing [effect measure] for [outcome]
across [N] trials ([total participants]). [Statistical method used]. [Key result].
Horizontal lines represent 95% confidence intervals; diamond represents pooled effect.
Vertical line at [null value] indicates no treatment effect.

**Abbreviations**: List all abbreviations used.

次の内容を含めます。

• 統計手法（ランダム効果モデル、Hartung-Knapp 調整）
• 異質性の指標（I²、Cochran's Q）
• 臨床的な解釈
• 略語の定義

フェーズ 5：品質保証

投稿前に、次の項目を確認します。

表

• すべてのデータが解析結果と完全に一致している
• 略語が定義されている
• 脚注ですべての記号が説明されている
• 列見出し／行見出しが明確である
• 統計表記に一貫性がある

図

• すべての図が最低 300 DPI である
• パネルラベル（A、B、C）が見やすく、データを隠していない
• キャプションと図が完全に一致している
• フォントサイズが読みやすい（最終印刷サイズで ≥8pt）
• グレースケールでも配色を判別できる

参考文献

• すべての引用に対応する参考文献がある
• 参考文献番号が連番になっている
• DOI が正しく、有効である
• 雑誌名の略称が標準化されている
• 著者名が原著論文と一致している

出力構成

07_manuscript/
├── tables/
│   ├── Table1_Trial_Characteristics.md
│   ├── Table2_Efficacy_Summary.md
│   ├── Table3_Safety_Summary.md
│   ├── SupplementaryTable1_RiskOfBias.md
│   ├── SupplementaryTable2_GRADE_Profile.md
│   └── ...
├── figures/
│   ├── Figure1_Efficacy.png (300 DPI)
│   ├── Figure2_Subgroup.png (300 DPI)
│   ├── Figure3_Safety.png (300 DPI)
│   ├── SupplementaryFigure1_Sensitivity.png
│   └── ...
├── references.bib
├── FIGURE_LEGENDS.md
├── CITATION_MAPPING.md
└── REFERENCES_USAGE_GUIDE.md

所要時間の目安

• 表の作成：2～3時間
• 図の組み立て：1～2時間
• 参考文献：1～2時間
• 図の説明：1時間
• QA：1時間
• 合計：6～9時間

雑誌ごとの書式設定

Lancet Oncology

• 語数制限：4000～5000語
• 表：本文に3～4点、補足資料は無制限
• 図：本文に3～4点、補足資料は無制限
• 参考文献：バンクーバー方式、通常30～40件
• 解像度：最低300 DPI

JAMA

• 語数制限：3500語
• 表：最大4点
• 図：最大4点
• 参考文献：最大40件
• 解像度：300～600 DPI

New England Journal of Medicine

• 語数制限：3000語
• 表：最大3点
• 図：最大3点
• 参考文献：最大40件
• 解像度：最低300 DPI

よくある注意点

1. 表：明確なラベルを付けずに効果指標（RR、OR、HR）を混在させないでください
2. 図：300 DPI 未満に圧縮しないでください
3. 参考文献：確認せずに自動生成された引用を使用しないでください
4. 図の説明：統計手法や略語を省略しないでください
5. 全体：すべての数値を独立して検証せずに投稿しないでください

関連スキル

• /meta-analysis - 統計解析を実施します
• /prisma-flow - PRISMA フローダイアグラムを作成します
• /grade-assessment - GRADE エビデンスプロファイルを完成させます
• /risk-of-bias - RoB 2 ツールで試験の質を評価します

使用例

/meta-manuscript-assembly

または、特定のフェーズを指定する場合：

/meta-manuscript-assembly tables
/meta-manuscript-assembly figures
/meta-manuscript-assembly references

成功基準

• ✅ すべての表が包括的な注記を備え、出版可能な状態である
• ✅ すべての図が300 DPIで、専門的なパネルラベルを備えている
• ✅ 30～40件すべての参考文献を含む完全なBibTeXファイルがある
• ✅ 包括的な図の説明がある
• ✅ すべての数値が元の解析と照合されている
• ✅ 原稿が投稿先の雑誌のガイドラインに準拠している
• ✅ 共著者による確認と投稿の準備が整っている